불복·환급

과세처분이 무효라면 불복기간이 지나도 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

불복기간이 지났어도 과세처분의 하자가 중대하고 객관적으로 명백해 당연무효라면 무효확인소송이나 부당이득반환 민사소송으로 다툴 수 있습니다. 과세전적부심사 기회를 빼앗은 처분은 무효로 본 판례가 이어지고, 대법원 2025다210837 판결은 중복조사에 따른 통고처분 벌금상당액 반환까지 인정했습니다. 소멸시효 5년이 먼저입니다.

위법한 과세처분이 모두 무효인 것은 아닙니다. 대부분의 위법은 취소사유여서 기간 안에 다투지 않으면 그대로 확정됩니다. 기간이 지난 뒤에도 다툴 수 있는 것은 하자가 중대하고 객관적으로 명백한 경우뿐이고, 대법원은 그 경계를 사안마다 구체적으로 그어 왔습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨가 대표인 회사는 2022. 5. 2. 세무조사 결과통지를 받았습니다. 과세전적부심사를 준비하던 중 통지 열흘 뒤 대표자 상여 소득처분에 따른 소득금액변동통지가 나왔고, 회사는 원천징수세액 1억 8,000만원을 냈으며 따로 불복하지 않았습니다. 법인세 포탈 부분은 통고처분으로 끝났습니다. 2026. 8. 비슷한 절차 하자로 낸 세금을 돌려받았다는 판결이 있다는 말을 들은 B씨는 4년이 지난 지금도 돌려받을 수 있는지, 행정소송과 민사소송 중 무엇으로 해야 하는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

위법한 과세와 무효인 과세는 어떻게 다른가요?

하자가 중대하고 객관적으로 명백해야 무효입니다. 대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결은 어떤 법령을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 해석에 다툼의 여지가 없는데도 적용했다면 무효지만, 해석에 다툼의 여지가 있는 상태에서 잘못 해석한 것은 과세요건사실을 오인한 데 불과하다고 보았습니다.

사안은 종합부동산세에서 빼 주는 재산세액을 시행규칙 산식으로 적게 계산한 처분이었습니다. 이 산식이 잘못이라는 법리는 대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결로 정립되었습니다. 그 전에 한 2009년부터 2014년 귀속분은 무효가 아니라고 보았고, 그 뒤인 2015. 11. 16. 한 2015년 귀속분은 정당세액을 넘는 부분이 무효라고 본 원심을 유지했습니다. 같은 하자라도 처분 당시 법리가 밝혀져 있었는지에 따라 결론이 갈린 것입니다. 대법관 4명은 잘못된 법령 해석에 따른 초과 과세는 무효로 보아야 한다는 반대의견을 냈습니다.

절차를 건너뛴 과세는 무효로 인정되나요?

과세전적부심사 기회를 빼앗은 과세는 원칙적으로 무효입니다. 대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결은 과세예고 통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정이 있기 전에 한 과세처분은 예외사유가 없는 한 절차상 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 보았습니다. 사안에서는 청구기간이 지나기 전에 한 소득금액변동통지가 무효이고, 이에 기초한 배당소득세 징수처분과 가산세도 무효로 보았습니다.

대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결은 한 걸음 더 나아갔습니다. 법인세 포탈에 대해 고발이나 통고처분을 했더라도 그것만으로 소득금액변동통지까지 과세전적부심사의 예외가 되지는 않으므로, 결과통지 뒤 적부심 전에 한 소득금액변동통지는 무효이고 회사가 낸 원천징수세액 3억 5,536만 7,250원은 부당이득이라는 원심을 유지했습니다. 국가는 관련 법리가 그 전에는 명백하지 않았다고 다퉜지만 받아들여지지 않았습니다. 현행법도 고발이나 통고처분과 관련 없는 세목이나 세액은 적부심 예외에서 뺍니다.

법 적용이 틀린 과세도 무효가 될 수 있나요?

법문상 다툼의 여지가 없는 경우라면 그렇습니다. 대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두34848 판결은 병원 실소유자가 따로 있는 상태에서 원장으로 일한 근로자가 사업소득으로 종합소득세를 신고·납부한 사안을 다뤘습니다. 세무서는 근로소득으로 보고 무신고가산세를 붙였지만, 대법원은 소득 구분을 잘못했더라도 신고는 한 것이므로 무신고를 전제로 한 가산세는 당연무효라고 보았습니다. 이미 낸 세액이 체납세액보다 많은데도 붙인 납부불성실가산세를 납부의무 없는 자에 대한 처분으로 보아 무효라고 한 원심 판단도 유지했습니다.

근거 법률이 위헌으로 선언된 경우도 있습니다. 대법원 2012. 2. 16. 선고 2010두10907 전원합의체 판결은 제2차 납세의무 규정에 대한 위헌결정 이후 그 과세처분에 기초해 한 예금 압류처분을, 과세처분이 이미 확정되었더라도 당연무효라고 보았습니다.

무효확인소송과 부당이득반환 소송, 무엇을 고르나요?

둘 다 가능합니다. 대법원 2008. 3. 20. 선고 2007두6342 전원합의체 판결은 무효를 전제로 한 이행소송 같은 다른 구제수단이 있는지 따질 필요 없이 무효확인을 구할 법률상 이익을 인정했습니다. 사안은 하수도원인자부담금이었지만 법리는 과세처분에도 적용됩니다. 무효확인판결에도 취소판결의 기속력 조항이 준용되고, 무효확인소송에는 제소기간 조항이 준용되지 않습니다.

이미 세금을 냈다면 민사소송이 직접적입니다. 대법원 2015. 8. 27. 선고 2013다212639 판결은 존재와 범위가 확정된 과오납부액은 민사소송으로 부당이득반환을 청구할 수 있다고 했고, 이때 민사법원은 처분이 무효인지를 선결문제로 판단합니다. 아직 내지 않았거나 압류가 진행 중이라면 무효확인소송이 맞는 경우가 많다고 볼 수 있습니다.

통고처분으로 낸 벌금상당액도 돌려받을 수 있나요?

선행 조사가 중복조사였다면 반환을 인정한 판례가 있습니다. 같은 2025다210837 판결에서 지방국세청은 2014년에 2011년부터 2013년 사업연도 법인세 통합조사를 마친 회사를 2018년 2014년부터 2016년 사업연도로 다시 조사하다가 조세범칙조사로 전환하면서 대상을 2010년부터 2016년으로 넓혀, 이미 조사한 연도까지 다시 조사했습니다. 회사와 이사는 통고처분에 따라 각 3억 145만 8,450원을 냈습니다. 대법원은 중복세무조사 금지 원칙이 조세범칙조사에도 적용되고, 이를 어긴 조사에 따른 통고처분은 효력이 부정되며, 낸 벌금상당액은 부당이득으로 민사소송을 통해 반환을 구할 수 있다고 보았습니다. 그 결과 2013년분에 해당하는 3억 1,595만 1,005원의 반환을 인정한 원심이 유지되었는데, 대법원은 이 부분에 조세심판원 결정으로 이미 취소된 부과처분에 상응하는 금액이 포함된 점도 함께 들었습니다. 중복조사 판단 기준은 「같은 세목·같은 연도를 또 세무조사했다면 그 과세처분은 취소되나요?」에서 자세히 설명합니다.

과세처분 무효 다툼 대응 순서

• 처분 경위 복원 - 결과통지일, 과세예고통지일, 고지일, 적부심 청구기간을 날짜순으로 맞춥니다.
• 하자 유형 분류 - 절차 생략, 납세의무 없는 자에 대한 처분, 법리가 밝혀진 뒤의 처분인지 나눕니다.
• 시효 확인 - 환급청구권을 행사할 수 있는 때부터 5년이 지났는지 먼저 계산합니다.
• 소송 형태 선택 - 납부를 마쳤으면 부당이득반환, 압류나 미납 상태면 무효확인소송을 검토합니다.
• 경정청구 병행 - 신고한 세목이면 법정신고기한이 지난 후 5년 안의 경정청구를, 판결 등으로 거래가 달라졌다면 안 날부터 3개월 안의 후발적 경정청구(「후발적 경정청구, 대법원은 어떤 사유를 인정하고 어떤 사유는 배척했나요?」)를 함께 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 하자가 절차를 건너뛴 것인지 법령 해석 문제인지와 처분 당시 그 법리가 밝혀져 있었는지에 따라 무효 여부가 달라집니다. 취소소송에서 이긴 뒤의 환급 문제는 「세금 취소소송에서 이기면 낸 세금은 언제 돌려받고, 다시 과세될 수 있나요?」에서 다룹니다. 법무법인 윤성은 과세처분 무효확인소송과 과오납 세금 부당이득반환 소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 불복기간이 지나면 세금을 다툴 방법이 전혀 없나요?
  처분이 당연무효라면 무효확인소송이나 부당이득반환 민사소송으로 다툴 수 있습니다. 다만 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것이면서 객관적으로 명백해야 하고, 단순한 위법은 취소사유에 그칩니다.
• 세법 해석이 틀린 과세라면 무효인가요?
  해석에 다툼의 여지가 있던 상태라면 무효가 아니라는 것이 대법원 2017다242409 전원합의체 판결입니다. 그 사건은 법리가 판결로 밝혀진 뒤에 한 처분만 정당세액 초과 부분을 무효로 보았습니다.
• 과세전적부심사를 청구하기 전에 고지서가 나왔다면 무효인가요?
  예외사유가 없는 한 무효입니다. 대법원 2016두49228 판결은 과세예고 통지 뒤 적부심 청구나 결정 전에 한 과세처분을 절차상 하자가 중대하고 명백하여 무효라고 보았습니다. 예외사유인지 먼저 확인합니다.
• 법인세로 고발됐으면 소득금액변동통지는 적부심 없이 해도 되나요?
  대법원 2025다210837 판결은 법인세 포탈에 대한 고발이나 통고처분만으로 소득금액변동통지까지 적부심 예외가 되지 않는다고 보고, 적부심 전 소득금액변동통지를 무효로 본 원심을 유지했습니다.
• 무효확인소송과 민사소송 중 무엇을 내야 하나요?
  둘 다 가능합니다. 대법원 2007두6342 전원합의체 판결은 다른 구제수단이 있어도 무효확인의 이익을 인정했고, 이미 낸 세금은 민사소송으로 부당이득반환을 구할 수 있습니다. 납부 여부에 따라 고릅니다.
• 통고처분으로 낸 벌금상당액도 돌려받을 수 있나요?
  선행 조세범칙조사가 중복세무조사 금지 원칙을 어겼다면 통고처분의 효력이 부정되고 낸 금액은 부당이득이 됩니다. 대법원 2025다210837 판결은 민사소송으로 반환을 구할 수 있다고 보았습니다.
• 무효인 세금은 몇 년 안에 돌려달라고 해야 하나요?
  국세환급금과 환급가산금을 받을 권리는 행사할 수 있는 때부터 5년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성됩니다. 과세처분의 무효확인청구 소송 등 행정소송으로 청구한 경우에도 시효중단 효력이 있습니다.

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