세무조사

명의신탁 주식으로 세무조사를 받았는데 같은 주식을 또 조사해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

같은 주식의 명의신탁 증여 사실을 명목만 바꿔 다시 조사하는 것은 국세기본법이 금지하는 재조사이고, 그에 기초한 증여세 부과는 위법합니다. 다만 거래상대방 조사가 필요하거나 재조사결정에 따르는 경우, 조사 대상과 기간이 다른 경우에는 다시 조사할 수 있습니다. 지금은 처음 조사의 결과통지서와 새 조사 통지서의 목적·대상·기간부터 나란히 비교해야 합니다.

두 번째 조사에 응하지 않아야만 재조사 위법을 다툴 수 있는 것은 아닙니다. 조사에 응하더라도 그 조사가 금지되는 재조사라면 그에 기초한 과세처분은 불복 절차에서 위법하다고 다툴 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨의 아버지는 오래전 회사 주식 일부를 직원들 이름으로 올려 두었다가 A씨 형제에게 넘겨주었습니다. 2023년 지방국세청은 이 주식을 두고 세무조사를 벌여, 주주명부대로 오래전에 형제에게 증여된 것으로 보고 결과를 통지했습니다. 그런데 2025년 감사원이 그 판단이 잘못됐다고 지적했고, 2026년 지방국세청은 「명의신탁 주식 실소유자 확인」을 조사 목적으로 내걸고 같은 주식에 대해 다시 세무조사를 통지했습니다. A씨는 이미 조사를 받은 주식을 또 조사하는 것이 적법한지, 이 조사로 증여세가 나오면 다툴 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

같은 주식을 다시 조사하면 언제 금지되는 재조사가 되나요?

다시 하는 조사가 명목은 달라도 처음 조사와 실질적으로 같은 증여 사실을 확인하는 것이라면 금지되는 재조사입니다. 세무공무원은 법에서 정한 예외가 아니면 같은 세목과 같은 과세기간에 대해 재조사를 할 수 없습니다. 대법원 2018. 6. 19. 선고 2016두1240 판결(파기환송)은 증여세 후속 조사가 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사로 얻은 자료에 비추어 종전 조사와 실질적으로 같은 과세요건사실에 대한 것이라면 금지되는 재조사라고 보았습니다. 그 사건에서 두 번째 조사는 나중에 이루어진 명의정정을 증여로 보는 것처럼 형식을 갖추었지만, 실제 질문은 대부분 오래전 증여가 있었는지에 관한 것이어서 첫 조사와 다름없다고 판단했습니다. 2026. 10. 8. 기준 현행 「국세기본법」도 같은 원칙을 두고 있습니다.

감사원 지적에 따라 다시 조사하는 것은 허용되나요?

감사원 지적이 처음 조사에서 이미 확보한 진술과 자료를 다르게 평가한 것에 그친다면, 그것을 이유로 같은 증여 사실을 다시 조사할 수는 없습니다. 2016두1240 판결은 재조사가 허용되는 「각종 과세자료」가 과세관청 외의 기관이 직무상 목적으로 작성하거나 취득해 제공한 자료를 말하고, 과세관청이 종전 조사에서 얻은 자료는 포함되지 않는다고 했습니다. 감사원의 처분요구도 새로운 진술이나 자료 없이 종전 조사 자료를 토대로 판단만 달리한 것이므로 여기에 해당하지 않는다고 보았습니다. 현행 시행령도 재조사 사유를 과세관청 외의 기관이 직무상 목적으로 작성하거나 취득해 제공한 자료의 처리를 위한 조사로 정하고 있습니다.

처음 조사가 현장확인이었다면 다시 조사해도 되나요?

처음 조사가 이름만 현장확인일 뿐 실제로는 납세자를 직접 만나 상당 기간 포괄적으로 질문하고 자료를 받아 간 것이었다면, 그 뒤의 정식 조사도 재조사가 될 수 있습니다. 대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결(파기환송)은 사업장에서 9일간 매출사실을 포괄적으로 질문조사한 현장확인을 재조사가 금지되는 세무조사로 보았습니다. 반대로 단순한 사실 확인이나 납세자가 스스로 낸 자료를 받는 데 그쳤다면 세무조사로 보기 어렵다고 했습니다. 명의신탁 사안에서도 처음 조사에서 누구를 얼마 동안 어떤 내용으로 조사했는지가 판단을 가릅니다.

다시 조사해도 적법한 경우는 무엇인가요?

조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방 조사가 필요한 경우, 조세심판원 등의 재조사결정에 따라 조사하는 경우에는 법이 재조사를 허용하고, 조사 대상과 과세기간이 처음 조사와 다르면 애초에 재조사가 아닙니다. 세무서가 '명백한 자료'를 재조사 근거로 내세운다면, 그 자료가 처음 조사 뒤에 새로 생긴 것인지, 처음 조사 때 이미 가지고 있던 자료를 다시 평가한 것인지를 따져 봐야 합니다. 광주고등법원 2018. 8. 23. 선고 2017누5910 판결(확정)은 그 조사가 원고에 대한 재조사가 아니라고 본 데 더해, 설령 앞선 조사에서 명의자를 조사한 적이 있더라도 명의신탁 여부를 판단하려면 거래상대방인 명의자의 거래내용 확인이 불가피하므로 재조사 예외로 볼 수 있다고 덧붙였습니다. 서울고등법원 2022. 9. 16. 선고 2021누44366 판결(확정)은 소를 부적법 각하한 1심을 유지하면서, 조세심판원의 재조사결정 취지에 따라 명의신탁 여부를 다시 조사한 뒤 당초 처분을 유지한 것이 재조사결정의 기속력에 반하지 않는다고 판단했습니다. 대구고등법원 2025. 7. 25. 선고 2025누10067 판결(확정)은 부동산과 주식 취득자금을 본 1차 조사 뒤에 다른 주주들까지 대상으로 한 명의신탁 조사는 목적과 대상이 달라 재조사가 아니라고 보았습니다.

재조사결정에 따른 조사는 결정서 주문에 적힌 범위로 한정됩니다. 주문이 정한 쟁점을 벗어나 다른 주식이나 다른 연도까지 넓혀 조사했다면 그 부분은 따로 다툴 여지가 있습니다. 재조사결정에 따른 재조사는 사전통지가 조사 시작 7일 전이면 됩니다. 증거인멸 우려 등으로 사전통지를 생략하더라도 조사를 시작할 때 사전통지 사항과 생략 사유를 적은 세무조사통지서를 교부해야 하므로, 그 통지서의 조사 사유와 세목, 과세기간을 첫 조사 기록과 대조합니다.

같은 조사 안에서 대상 연도나 세목을 넓히는 것은 재조사가 아니라 조사 범위 확대의 문제입니다. 시행령이 정한 사유가 있어야 하고, 넓힐 때는 그 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다. 통지 없이 대상 밖 과세기간을 과세한 처분을 취소한 조세심판원 결정(조심 2018서4063, 2019. 6. 26.)이 있지만, 통지를 빠뜨린 것만으로 처분이 위법하지 않다고 본 판결(서울고등법원 2017. 11. 15. 선고 2017누43649 판결, 확정 여부 미확인)도 있습니다.

금지된 재조사로 나온 증여세는 어떻게 되나요?

금지되는 재조사에 기초한 과세처분은 단순히 당초 처분의 오류를 바로잡는 정도가 아닌 한 그 자체로 위법합니다. 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결(파기환송)은 과세관청이 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았거나, 그 자료를 빼고도 같은 처분이 가능했더라도 결론이 달라지지 않는다고 했습니다. 그래서 명의신탁 증여세를 다툴 때는 실제소유자가 누구인지와 별도로, 조사 절차가 적법했는지를 독립된 취소 사유로 주장합니다.

고지 시점에서도 절차 하자가 생길 수 있습니다. 결과통지나 과세예고통지 뒤 과세전적부심사를 청구하기도 전이나 청구에 대한 결정이 나오기 전에 고지했다면, 법이 정한 예외가 없는 한 그 처분은 절차상 하자가 중대하고 명백해 무효입니다(대법원 2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결). 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결(일부 파기환송)은 세무조사결과통지 뒤에도 같은 법리를 적용했습니다. 다만 결과통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하이거나 조세범칙 고발·통고처분이 있는 경우 등은 과세전적부심사 대상에서 빠집니다.

명의신탁 주식 재조사 대응 순서

• 처음 조사 기록 확보 - 첫 조사의 사전통지서, 조사원증, 결과통지서, 질문조사 문답서를 모읍니다. 조사 대상 세목과 과세기간, 실제로 물은 내용을 확인하려는 것입니다.
• 두 번째 조사 통지 대조 - 새 통지의 조사 목적, 대상자, 과세기간을 첫 조사와 나란히 놓고 봅니다. 명목만 바뀌고 같은 증여 사실을 묻는지 확인합니다.
• 조사 계기 확인 - 감사원 지적, 거래상대방 조사, 재조사결정 가운데 무엇이 계기인지 봅니다. 새로운 외부 자료 없이 판단만 바뀐 것인지가 쟁점입니다.
• 조사 중 이의 남기기 - 재조사라고 보는 이유를 서면으로 제출해 기록에 남깁니다. 질문조사 문답서에도 같은 취지를 적어 달라고 요청합니다.
• 과세전적부심사와 불복 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구하고, 고지되면 심판청구로 재조사 위법과 명의신탁 여부를 함께 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 첫 조사가 다른 사람을 대상으로 했거나 조세범칙조사로 전환된 경우에는 조사 기록 전체를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 명의신탁 주식 증여세 세무조사 대응과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조사 명목이 다르면 재조사가 아닌가요?
  명목만으로 정하지 않습니다. 대법원 2016두1240 판결은 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 얻은 자료를 종합해 처음 조사와 실질적으로 같은 과세요건사실을 조사한 것이면 금지되는 재조사라고 했습니다. 조사원증에 다른 목적이 적혀 있어도 실제 질문 내용이 같으면 재조사로 볼 수 있습니다.
• 감사원 지적이 있으면 다시 조사할 수 있나요?
  감사원 지적이 새로운 자료 없이 처음 조사의 진술과 자료를 다르게 평가한 것뿐이라면 재조사 허용 사유가 되지 않습니다. 재조사 사유인 외부 기관 자료에는 과세관청이 종전 조사에서 얻은 자료가 포함되지 않는다는 것이 대법원 판단입니다. 감사원 처분요구서의 내용과 근거 자료를 확인해야 합니다.
• 명의자를 조사하는 것도 재조사인가요?
  명의신탁 여부를 판단하려면 명의자의 거래내용을 확인할 수밖에 없어서 거래상대방 조사로서 재조사가 허용될 수 있습니다. 광주고등법원 2017누5910 판결(확정)이 부가적 판단으로 이렇게 보았습니다. 다만 이를 명목으로 실제소유자에 대해 같은 사실을 다시 묻는 것까지 허용되는지는 조사 내용을 보고 따져야 합니다.
• 재조사결정에 따른 조사는 범위 제한이 있나요?
  네, 이의신청·심사청구·심판청구의 재조사결정에 따른 조사는 결정서 주문에 기재된 범위로 한정됩니다. 그 범위 안에서 다시 조사한 뒤 당초 처분을 유지해도 기속력에 반하지 않는다고 본 판결이 있습니다. 주문 밖의 주식이나 연도까지 조사했다면 그 부분은 재조사 금지 위반을 주장할 수 있습니다.
• 현장확인만 받았는데 그것도 세무조사인가요?
  이름이 현장확인이어도 납세자를 직접 만나 상당한 기간 포괄적으로 질문하고 장부를 조사했다면 세무조사로 봅니다. 대법원 2014두8360 판결은 9일간의 포괄적 질문조사를 세무조사로 보아 그 뒤 조사를 금지되는 재조사로 판단했습니다. 단순한 사실 확인에 그쳤다면 세무조사로 보기 어렵습니다.
• 재조사 자료를 안 썼다고 하면 처분이 유지되나요?
  아닙니다. 금지되는 재조사에 기초한 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 그 자체로 위법하고, 과세관청이 재조사로 얻은 자료를 근거로 삼지 않았거나 그 자료 없이도 같은 처분이 가능했더라도 마찬가지입니다. 대법원 2016두55421 판결의 판단입니다.
• 과세전적부심사는 언제까지 내야 하나요?
  세무조사 결과에 대한 서면통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지한 세무서장이나 지방국세청장에게 청구할 수 있습니다. 결과는 청구를 받은 날부터 30일 이내에 통지됩니다. 이 단계에서 재조사 위법을 주장해 두면 이후 심판청구에서도 같은 주장을 이어 갈 수 있습니다.
• 과세전적부심사 결정 전에 고지되면요?
  법이 정한 예외가 없는데 과세전적부심사를 청구하기도 전이나 결정이 나오기 전에 고지했다면 그 처분은 절차상 하자가 중대하고 명백해 무효라는 것이 대법원 판단입니다. 세무조사결과통지 뒤에도 같습니다. 다만 결과통지일부터 제척기간 만료일까지 3개월 이하이거나 고발·통고처분이 있었으면 과세전적부심사 자체가 배제됩니다.
• 같은 조사에서 다른 연도까지 넓히면 재조사인가요?
  재조사가 아니라 조사 범위 확대의 문제입니다. 다른 과세기간·세목에 대한 구체적인 탈루 증거 등 시행령이 정한 사유가 있어야 하고, 넓힐 때는 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다. 통지 없이 과세한 처분을 취소한 심판례가 있으나 통지 누락만으로 위법하지 않다고 본 판결도 있습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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