부가가치세

과세사업자가 면세사업자로 잘못 정정신고했다면 매입세액 공제를 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

아니요, 과세사업자로 적법하게 등록한 뒤 과세사업을 계속했다면 면세사업자로 잘못 정정신고한 뒤의 매입세액도 공제 대상이 될 수 있습니다. 대법원은 이런 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 볼 수 없다고 했습니다. 지금은 최초 등록신청일과 정정신고일, 그 뒤의 실제 사업 내용부터 확인하십시오.

면세사업자 등록증을 받았다고 해서 지금 새로 과세사업자 등록신청부터 해야 매입세액을 살릴 수 있다고 걱정할 필요는 없습니다. 처음에 적법하게 과세사업자로 등록했고 과세사업을 계속했다면 그 등록의 효력은 남아 있습니다.

이런 상담이 많습니다

D사는 2023년 초 지방자치단체로부터 지역 냉난방 공급시설 관리업무를 위탁받아 과세사업자로 사업자등록을 했습니다. 몇 달 뒤 D사는 이 업무가 면세라고 잘못 알고 면세사업자로 바꿔 달라는 정정신고를 냈고, 세무서는 그대로 면세사업자용 등록증을 내주었습니다. 2025년 세무조사에서 세무서는 지자체에서 받은 사업비 전액이 과세표준이라고 보면서도, 정정신고 뒤에 생긴 매입세액은 등록 전 매입세액이라며 공제하지 않고 2026년 부가가치세 약 6억원을 고지했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

면세사업자로 정정신고한 뒤의 매입세액은 공제받지 못하나요?

아니요, 과세사업자로 적법하게 등록한 뒤 과세사업을 계속했다면 면세사업자로 잘못 정정신고한 뒤의 매입세액도 공제 대상이 될 수 있습니다. 대법원은 이런 매입세액을 「사업자등록을 하기 전의 매입세액」으로 볼 수 없다고 판단했습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「부가가치세법」도 사업자등록을 신청하기 전의 매입세액은 공제하지 않되, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면 그 과세기간 기산일까지 거슬러 올라간 기간의 매입세액은 공제하도록 정합니다. 판결은 이 「등록 신청 전」이 적법한 등록신청을 하기 전을 뜻한다는 전제에서 판단했습니다.

과세에서 면세로 바꾸는 것이 사업자등록 정정 사유인가요?

아니요, 정정신고 사유인 「사업의 종류에 변동이 있는 경우」는 과세사업의 업태와 종목이 바뀌는 경우를 말하고, 과세사업이 면세사업으로 바뀌는 경우는 들어가지 않습니다. 대법원은 정정신고를 과세사업자 지위를 유지한 채 등록사항 일부를 고치는 신고로 보았습니다.

반대로 면세사업자가 과세사업을 추가하려고 정정신고서를 내면 사업자등록 신청을 한 것으로 보는 규정은 있습니다. 그러나 과세사업자가 면세사업자로 바꾸는 정정신고의 효과를 정한 규정은 없습니다.

세무서가 면세사업자 등록증을 내줬으면 과세사업자 지위가 없어지나요?

아니요, 사업자등록은 사업 사실을 신고하는 것이어서 등록증을 내주거나 말소하는 것은 등록 사실을 증명하거나 폐업 사실을 적는 것에 그칩니다. 세무서가 잘못 정정신고를 받아 준 것만으로 명확한 근거 없이 매입세액 불공제라는 불이익을 줄 수는 없다는 것이 판결의 이유입니다.

판결 사안에서 원심은 정정신고로 기존 과세사업자 등록의 효력이 사라졌다고 보았지만, 대법원은 이 부분을 파기하고 서울고등법원으로 돌려보냈습니다. 다른 상고이유는 판단하지 않았으므로 최종 세액은 환송 후 심리에서 정해집니다.

위탁받은 사업비도 부가가치세 과세표준에 들어가나요?

위탁받은 업무를 자기 이름과 계산으로 수행하면서 받은 사업비는 용역의 공급대가로 과세표준에 들어갈 수 있습니다. 판결 사안에서 원심은 재료비, 인건비, 경비, 건설비 명목으로 받은 사업비가 단순한 지출 대행이 아니라 공급대가라고 보았고, 대법원도 이 판단에 잘못이 없다고 했습니다.

조세심판원의 재조사 결정 뒤 과세관청이 「종전 과세가 정당하다」고 알려 온 통지는 따로 취소소송의 대상이 되지 않습니다. 다툴 대상은 재조사 결과로 유지된 당초 부과처분입니다. 재조사 결정에 따른 처분에 대한 소송은 다시 심사·심판을 거치지 않고 낼 수 있습니다.

매입세액 불공제 대응 순서

• 등록 이력 확인 - 최초 등록신청일, 정정신고일, 등록증 종류를 연도별로 정리합니다. 처음 등록이 과세사업자 등록이었는지가 출발점입니다.
• 사업 실질 확인 - 정정신고 뒤에도 같은 과세 용역을 계속 공급했는지 계약서와 거래 내역으로 확인합니다. 실제 면세사업으로 바뀌었다면 결론이 달라집니다.
• 매입 자료 정리 - 정정신고 뒤 받은 세금계산서를 과세기간별로 모읍니다. 공제를 주장할 금액을 특정하는 자료입니다.
• 사업비 성격 검토 - 위탁계약상 사업비가 자기 계산으로 지출한 것인지, 위탁자 대신 지출한 것인지 봅니다. 과세표준 포함 여부가 갈립니다.
• 불복 기한 관리 - 고지를 받으면 90일 안에 심사청구나 심판청구를 냅니다. 재조사 결정이 나오면 다툴 처분이 무엇인지 다시 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 정정신고 뒤 실제로 면세사업만 하거나 과세와 면세를 함께 했다면 거래 내역과 공급 계약을 보고 공통매입세액 안분까지 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 부가가치세 부과처분과 매입세액 불공제를 다투는 조세불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 정정신고 후 매입세액도 공제되나요?
  처음에 과세사업자로 적법하게 등록하고 과세사업을 계속했다면 공제 대상이 될 수 있습니다. 대법원은 면세사업자로 정정신고한 뒤 생긴 매입세액을 사업자등록 전 매입세액으로 보아 불공제한 처분을 위법하다고 판단해 원심을 파기했습니다.
• 등록 전 매입세액은 전혀 공제되지 않나요?
  원칙적으로 공제되지 않지만, 공급시기가 속하는 과세기간이 끝난 후 20일 이내에 등록을 신청하면 등록신청일부터 그 과세기간 기산일까지 거슬러 올라간 기간의 매입세액은 공제됩니다. 등록신청일을 기준으로 따지므로 신청서 접수일을 확인해야 합니다.
• 사업자등록 신청은 언제까지 해야 하나요?
  사업자는 사업장마다 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장 관할 세무서장에게 사업자등록을 신청해야 합니다. 새로 사업을 시작하려는 사람은 사업 개시일 전에도 신청할 수 있고, 다른 세무서장에게 신청해도 관할 세무서장에게 신청한 것으로 봅니다.
• 업종이 바뀌면 정정신고를 해야 하나요?
  네, 사업의 종류에 변동이 있으면 지체 없이 사업자등록 정정신고서를 내야 합니다. 대법원은 이 사유가 과세사업의 업태와 종목이 바뀌는 경우를 뜻하고, 과세사업이 면세사업으로 바뀌는 경우는 포함되지 않는다고 보았습니다.
• 면세사업자가 과세사업을 추가하면요?
  소득세법이나 법인세법에 따라 등록한 면세사업자가 과세사업을 추가하려고 사업자등록 정정신고서를 내면 부가가치세법상 사업자등록 신청을 한 것으로 봅니다. 이 경우 정정신고일이 등록신청일이 됩니다.
• 재조사 후 과세 유지 통지도 소송 대상인가요?
  아니요, 재조사 결과 당초 처분을 유지한다는 통지는 그 뜻을 알려 주는 것에 그쳐 취소소송의 대상이 아니라고 대법원은 보았습니다. 다툴 대상은 유지된 당초 부과처분이며, 그 부분은 심사·심판을 다시 거치지 않고 소송을 낼 수 있습니다.
• 부가가치세 고지 후 불복 기한은 언제까지인가요?
  심판청구와 심사청구는 처분이 있음을 안 날, 통지를 받았다면 그 받은 날부터 90일 이내에 해야 합니다. 이의신청을 먼저 거쳤다면 그 결정을 통지받은 날부터 90일 이내에 심사청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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