세금

면세 비율이 5% 이상 바뀌면 이미 공제받은 매입세액을 다시 계산하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 과세·면세 사업에 함께 쓰는 감가상각자산은 면세 비율이 5퍼센트 이상 달라지면 매입세액을 다시 계산합니다. 면세 비율이 늘면 세금을 더 내고, 줄면 그만큼 돌려받습니다. 상품이나 소모품은 대상이 아니고, 비교 기준은 직전 과세기간이 아니라 취득한 과세기간의 비율입니다.

네, 과세·면세 사업에 함께 쓰는 감가상각자산은 면세 비율이 5퍼센트 이상 달라지면 매입세액을 다시 계산합니다. 면세 비율이 늘면 세금을 더 내고, 줄면 그만큼 돌려받습니다. 상품이나 소모품은 대상이 아니고, 비교 기준은 직전 과세기간이 아니라 취득한 과세기간의 비율입니다.

어떤 자산이 재계산 대상인가요?

공통매입세액을 나누어 일부만 공제받은 감가상각자산이 대상입니다. 건물, 구축물, 기계장치, 차량운반구처럼 소득세법이나 법인세법에서 감가상각자산으로 보는 자산입니다. 상가와 주택이 섞인 겸용 건물, 과세 제품과 면세 제품을 함께 만드는 설비가 대표적입니다.

재고 상품, 원재료, 소모품은 재계산하지 않습니다. 취득한 과세기간에 안분해 공제를 마치면 그것으로 끝납니다. 처음부터 과세사업에만 쓰던 자산도 이 규정의 대상이 아닙니다.

그런 자산을 면세사업에 일부 쓰기 시작하면 재계산이 아니라 재화의 공급으로 보는 규정을 따릅니다. 시행령은 그 규정이 적용되는 경우 재계산을 하지 않는다고 정해 두었습니다. 면세사업에만 쓰던 자산을 과세사업으로 돌리는 경우도 별도 공제 특례가 있습니다. 어느 규정에 해당하는지에 따라 세액 계산이 달라지므로 자산의 처음 용도부터 확인해야 합니다.

5퍼센트는 어느 비율과 비교하나요?

취득한 과세기간에 적용한 면세 비율과 비교합니다. 그 뒤 재계산을 한 적이 있다면 마지막으로 재계산한 과세기간의 비율이 기준입니다. 직전 과세기간과 비교하는 것이 아닙니다.

면세 비율이 줄어드는 쪽도 기준은 같습니다. 이 차이 때문에 조금씩 늘어난 비율을 놓치기 쉽습니다. 취득 때 면세 비율이 30퍼센트였고 다음 기간 33퍼센트, 그다음 36퍼센트가 되었다고 해 보겠습니다. 매번 3퍼센트씩만 올랐지만 36퍼센트가 된 과세기간에는 취득 때보다 6퍼센트 차이가 납니다. 이 과세기간에 재계산해야 하고, 이후에는 36퍼센트가 새 기준이 됩니다.

비율을 정하는 방법도 처음과 같아야 합니다. 취득 때 공급가액 비율로 나눴다면 공급가액 비율로, 사용면적 비율로 나눴다면 사용면적 비율로 재계산합니다. 매출이 없어 예정 기준으로 나눴다가 면적이 확정되면 그때 정산 규정이 먼저 적용됩니다. 이 정산은 시행령 제82조가 따로 정하고, 정산 뒤부터 재계산 기준이 됩니다.

재계산 세액은 어떻게 계산하나요?

처음 매입세액에 남은 가치 비율과 면세 비율 증감분을 곱합니다. 건물과 구축물은 과세기간마다 5퍼센트씩, 그 밖의 감가상각자산은 25퍼센트씩 가치가 줄어든 것으로 봅니다. 경과된 과세기간은 건물 20, 그 밖의 자산 4를 넘으면 그 수로 봅니다.

그래서 건물은 취득 후 10년, 기계나 차량은 2년이 지나면 재계산할 세액이 없습니다. 과세기간 중간에 취득했더라도 그 과세기간 개시일에 취득한 것으로 보고 셉니다.

예를 들어 공통매입세액 1억원인 겸용 건물을 2024년 제1기에 취득하고 면세 비율 30퍼센트로 안분했다고 해 보겠습니다. 2026년 제2기에 면세 비율이 40퍼센트가 되면 10퍼센트 차이입니다. 경과된 과세기간을 5로 보면 1억원에 75퍼센트와 10퍼센트를 곱한 750만원을 더 냅니다. 반대로 면세 비율이 20퍼센트로 줄었다면 같은 금액을 납부세액에서 뺍니다.

재계산을 빠뜨리면 어떻게 되나요?

면세 비율이 늘었는데 재계산하지 않았다면 그만큼 세금을 덜 낸 것입니다. 세무서가 경정하면 덜 낸 세액에 과소신고 가산세 10퍼센트와 납부지연 가산세가 붙습니다. 겸용 건물에서 주택 임대 면적이 늘거나 면세 매출 비중이 커진 회사에서 자주 생깁니다.

스스로 발견했다면 수정신고로 가산세를 줄일 수 있습니다. 법정신고기한이 지난 뒤 1개월 안이면 과소신고 가산세의 90퍼센트, 6개월 안이면 50퍼센트가 감면됩니다. 다만 세무조사 통지 등으로 경정할 것을 미리 알고 수정신고하면 이 감면을 받지 못합니다.

면세 비율이 줄었는데 재계산하지 않았다면 돌려받을 세금을 놓친 것입니다. 이 경우는 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 바로잡을 수 있습니다. 재계산은 확정신고와 함께 하도록 정해져 있으므로 해당 과세기간의 확정신고를 고치는 방식입니다. 경정청구를 받은 세무서는 2개월 안에 결과를 알려야 합니다.

공통매입세액 재계산 대응 순서

• 대상 자산 정리 - 공통매입세액을 안분해 공제받은 건물·설비·차량과 취득 과세기간을 목록으로 만듭니다.
• 기준 비율 확인 - 자산별로 취득 때 또는 마지막 재계산 때 적용한 면세 비율과 안분 방법을 확인합니다.
• 차이 계산 - 확정신고 때마다 이번 과세기간 비율과 기준 비율의 차이가 5퍼센트 이상인지 봅니다.
• 세액 반영 - 경과된 과세기간 수를 따져 재계산 세액을 확정신고에 가산하거나 공제합니다.
• 누락분 정리 - 지난 과세기간 누락이 있으면 수정신고나 경정청구로 바로잡습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 처음 안분 방법과 자산의 종류, 경과된 과세기간 수에 따라 재계산 여부와 세액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 겸영 사업자의 공통매입세액 재계산 검토와 그에 따른 세무조사·경정청구 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 면세 비율이 4퍼센트만 바뀌었으면 아무것도 안 해도 되나요?
  네, 기준 비율과의 차이가 5퍼센트 미만이면 재계산하지 않습니다. 다만 다음 과세기간에도 기준은 그대로이므로 차이가 쌓여 5퍼센트를 넘는지 계속 확인해야 합니다.
• 예정신고 때 면세 비율이 크게 바뀌었으면 그때 재계산하나요?
  아니요, 재계산은 확정신고와 함께 신고·납부하도록 정해져 있습니다. 예정신고 때 면세 비율이 바뀌어도 확정신고 때 그 과세기간 전체 비율로 판단합니다.
• 재계산한 자산을 나중에 팔면 다시 계산하나요?
  자산을 팔면 그 매각대금에 대한 과세표준 계산이 따로 문제 됩니다. 공통 사용 자산의 매각은 직전 과세기간 공급가액 비율로 과세표준을 나누는 규정을 확인해야 합니다.
• 공통매입세액 안분을 생략했던 자산도 재계산 대상인가요?
  대상이 된다고 볼 수 있습니다. 안분 생략도 안분계산 규정 안에서 전액 공제한 것이기 때문입니다. 안분 자체를 하지 않았으니 대상이 아니라는 반론이 있어 근거 자료를 남겨 둡니다.
• 임대 건물의 상가가 비어 있는 기간도 비율에 영향을 주나요?
  면적 기준으로 안분한 건물은 과세기간의 실제 사용면적으로 비율을 봅니다. 공실을 과세·면세 어느 쪽으로 볼지는 그 공간의 용도와 임대 계획 자료로 판단하게 됩니다.
• 면세 비율이 줄어 돌려받는 경우에도 5퍼센트 기준이 같나요?
  네, 시행령은 늘거나 줄거나 기준 비율과의 차이가 5퍼센트 이상인 경우에 재계산하도록 정합니다. 줄어든 경우 계산한 세액을 납부세액에서 빼거나 환급세액에 더합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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