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세무조사 오리엔테이션·중간설명·납세자보호담당관 참관, 납세자가 요청할 수 있는 것은?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

세무조사 중 납세자는 조사 시작 때 조사사유와 권리구제 절차 설명을 받고, 조사 장소를 신청하며, 확인서와 결의서 사본을 요구할 수 있고, 2026. 2. 27. 시행령 개정으로 납세자보호담당관 참관은 납세자 요청에 따른 직무가 되었습니다. 오리엔테이션·중간설명·과장 면담은 국세청 내부 운영이므로, 요청할 때 법령 근거를 함께 적고 재산제세 조사의 참관은 신청 전에 운영 기준을 확인하십시오.

세무조사 중 납세자가 요청할 수 있는 것은 생각보다 많지만, 법령에 근거한 권리, 국세청 훈령상 절차, 국세청 내부 운영이 섞여 있습니다. 어디에 근거한 것인지 알면 요청할 때 무엇을 인용해야 하는지, 거절되면 어떻게 할지가 분명해집니다.

이런 상담이 많습니다

J씨 형제는 아버지의 상속세 신고 뒤 지방국세청 조사국에서 조사기간 90일의 사전통지를 받았습니다. 형제들은 조사를 받아 본 적이 없어 조사팀이 무엇을 볼지, 누가 얼마나 자주 나오는지조차 몰랐고, 조사 과정에서 억울한 일이 생기면 중립적인 사람이 옆에서 보아 주기를 원했습니다. 인터넷에서 납세자보호담당관 참관 제도가 확대되었다는 기사를 본 J씨는 상속세 조사에도 참관을 신청할 수 있는지, 조사 전에 설명을 들을 기회가 있는지, 조사 중에 쓴 확인서 사본을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사 시작 전 오리엔테이션에서는 무엇을 들을 수 있나요?

국세청은 사전통지서를 받은 날부터 조사 시작 전날까지 납세자가 신청하는 날에 조사팀장이 직접 오리엔테이션을 하도록 운영합니다. 신청이 없으면 조사 첫날에 합니다. 장소는 납세자 뜻을 고려하되 전화나 지방청 조사 사무실, 세무서 납세자보호담당관실에서도 할 수 있습니다.

설명할 내용은 세무조사 가이드북을 중심으로 한 조사 전 과정이고, 특히 조사대상 선정사유, 조사대상 세목과 기간, 준비할 사항입니다. 조사 시기와 장소에 관한 어려움을 듣고 연기나 장소 변경 신청을 적극 검토하며, 금품이나 식사 같은 사적 편의는 일체 받을 수 없다는 점도 안내하도록 되어 있습니다. 국세청 오리엔테이션 체크리스트에는 권리헌장 요지 낭독, 선정사유 설명, 조사 범위와 기간, 준비 서류 설명, 의문사항 설명, 애로사항 청취 같은 항목이 들어 있습니다. 이 항목 구성은 추후 변동될 수 있습니다.

국세청은 사전통지서를 보낼 때 세무조사 가이드북과 고객평가 체크리스트 회신용 봉투를 함께 보내도록 합니다. 가이드북에는 조사 담당자와 납세자보호담당관의 연락처가 적혀 있고, 회신 봉투는 납세자보호담당관에게 가도록 되어 있습니다. 오리엔테이션 전에 가이드북을 읽고 궁금한 점을 적어 가면 짧은 설명 시간에도 필요한 답을 얻기 쉽습니다.

오리엔테이션은 현행 조사사무처리규정 본문에 적힌 절차가 아니라 국세청 내부 운영입니다. 그래도 법률은 조사를 시작할 때 조사사유와 기간, 권리구제 절차를 설명하도록 요구하고, 훈령은 조사사유, 조사기간, 권리구제 절차 등 필요한 사항을 상세히 설명한 뒤 조사를 시작하도록 정합니다. 오리엔테이션을 요청할 때 이 근거를 함께 말하면 됩니다. 들은 내용은 날짜와 설명한 사람을 적어 메모로 남기십시오.

납세자보호담당관 참관은 누가 신청할 수 있나요?

2026. 2. 27. 국세기본법 시행령 개정으로 납세자보호담당관의 직무가 "납세자의 요청에 따른 세무조사 참관"으로 바뀌었습니다. 종전 시행령은 조사대상 과세연도 수입금액이 업종별 기준수입금액 이하인 개인사업자와 법인만 참관 대상으로 정했는데, 이 규모 제한이 법령에서 빠진 것입니다.

그런데 2026. 6. 19. 개정된 국세청 훈령인 납세자보호사무처리규정은 여전히 참관 신청 대상을 재산제세를 제외한 세무조사의 대상자로서 연간 수입금액이 가장 큰 과세기간 기준 20억원 미만인 개인, 40억원 미만인 비상장·비계열 법인으로 정하고 있습니다. 같은 조는 이와 별도로 세무조사에 대해 권리보호를 요청한 납세자는 참관을 신청할 수 있게 하고, 납세자의 신청에 따라 납세자보호담당관이 필요하다고 인정하면 참관을 실시할 수 있다고 정합니다.

결국 양도소득세, 상속세, 증여세 같은 재산제세 조사는 훈령의 수입금액 기준 참관 대상에서는 빠져 있지만, 시행령이 납세자 요청에 따른 참관을 직무로 정한 만큼 참관 신청서를 내고 필요성을 설명해 볼 수 있습니다. 권리보호요청을 한 납세자라면 훈령상으로도 신청 자격이 있습니다. 신청서는 납세자보호사무처리규정 별지 제60호 서식 세무조사 참관 신청서이고, 신청서를 받은 날부터 조사기간 종료 3일 전까지 조사관할 관서 납세자보호담당관에게 냅니다. 시행령 개정과 훈령 사이의 차이는 앞으로 훈령 개정으로 정리될 가능성이 있으므로, 신청 전에 관할 납세자보호담당관실에 현재 운영 기준을 확인하십시오.

참관이 받아들여지면 납세자보호담당관은 참관 계획을 세우고 납세자가 원하는 시점에 참관합니다. 조사기간 중 2회까지 하고, 납세자가 요청하고 필요하다고 인정되면 1회 더 할 수 있습니다. 참관 공무원은 편향 없이 객관적인 입장에서 조사의 적법절차 준수 여부를 확인하고 권리보호 사항을 조력합니다. 세액 판단을 대신해 주는 것은 아닙니다. 참관이 끝나면 납세자보호담당관은 납세자의 애로사항과 건의사항을 담아 참관 결과 보고서를 작성해 다음 날까지 조사팀에 통보하고, 조사팀은 이틀 안에 조치 결과를 회신해야 합니다.

조사가 길어지면 중간설명을 요청할 수 있나요?

국세청은 조사기간이 연장되거나 30일을 넘는 장기 조사에서 조사팀장이 중간설명을 하도록 운영합니다. 사전통지를 생략한 조사는 제외됩니다. 연장된 경우에는 당초 조사기간이 끝나기 전에, 30일을 넘는 조사는 조사기간의 중간쯤에 합니다. 예를 들어 40일 조사가 10일 연장되면 20일이 지난 무렵 한 번, 당초 종료일 전에 한 번 더 합니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

설명 내용은 그때까지 검토한 주요 내용과 앞으로의 조사 방향, 연장한 경우 그 사유입니다. 조사팀이 요구한 자료와 제출 여부를 정리한 「장부·서류 등 자료 제출 요구사항 목록」을 건네며 아직 내지 않은 자료를 빨리 내 달라고 요청하고, 적출 항목 가운데 납세자가 인정하는 부분은 수정신고할 수 있다고 안내하도록 되어 있습니다. 납세자가 검토 결과에 이의가 있으면 과세사실판단자문위원회에 조기 회부하는 등 해명할 기회를 충분히 주도록 합니다.

현행 조사사무처리규정 본문에는 중간설명이라는 문언이 없어 법령상 권리라기보다 국세청 내부 운영으로 보아야 합니다. 그래도 상속세 조사나 주식변동조사처럼 30일을 넘는 조사라면 조사 시작 때 중간설명 일정을 물어 두고, 중간설명을 받으면 적출 예정 항목을 메모해 반박 자료를 준비하는 데 쓰십시오.

조사팀과 의견이 다르면 과장 면담이나 소명서를 낼 수 있나요?

국세청은 납세자가 조사팀장에게 말로 신청하거나 조사과장에게 이메일이나 사무실 연락으로 신청하면 과장과 면담할 수 있게 운영합니다. 면담은 사무실에서 하거나 납세자가 원하면 조사 현장에서 하고, 필요하면 국장이나 서장이 주재할 수도 있습니다. 조사팀장과 팀원이 배석하고, 과장은 내용을 상급자에게 보고해 쟁점을 계속 관리합니다.

쟁점에 대한 의견은 납세자 소명서로 냅니다. 국세청은 납세자가 낸 모든 소명서를 관리 대상으로 삼아 조사팀이 제출 여부와 원본, 주요 내용을 관리자에게 반드시 보고하고, 진행 보고 때 쟁점별 검토 의견을 붙이며, 검토 결과를 납세자에게 상세히 설명하도록 합니다. 납세자가 원하면 조사 관리자에게 직접 의견을 설명할 기회를 주고, 타당한 부분은 조사 내용에 반영하도록 되어 있습니다. 조사팀의 격주 토론식 보고에서도 납세자가 과장 면담을 신청한 쟁점은 반드시 다루는 사항입니다.

소명서는 말로 한 설명보다 남는 힘이 큽니다. 쟁점마다 사실관계, 근거 자료 번호, 법령 해석을 나누어 쓰고, 제출일을 기록해 두면 결과통지서에 조사팀이 그 소명을 어떻게 검토했는지 대조할 수 있습니다. 결과 설명 때 소명자료에 대한 조사팀의 검토 의견을 설명하도록 정한 국세청 운영과 연결되는 부분입니다.

조사 중 작성된 확인서와 결의서 사본을 받을 수 있나요?

납세자 본인이나 세무업무를 위임받은 세무대리인은 권리 행사에 필요한 본인의 납세 관련 정보를 요구할 수 있고, 세무공무원은 신속하게 제공해야 합니다. 세무대리인이 요구하는 경우에는 민감정보가 아닌 범위에서 제공됩니다.

국세청은 납세자 본인이나 세무대리인이 요청하면 결정·경정결의서 사본, 조사기간 중 본인이 낸 서류, 본인이 참여해 작성된 확인서와 문답서를 타인의 개인정보를 지우고 제공하도록 정합니다. 납세자끼리 말을 맞출 우려가 있으면 문답서는 조사가 끝난 뒤에 줍니다. 조사 중 확인서에 서명했다면 그 자리에서 사본을 요청하고, 받지 못했다면 조사가 끝난 뒤라도 요청하십시오. 확인서는 과세의 핵심 증거로 쓰이는 경우가 많아 불복 단계에서 반드시 필요합니다. 서명하기 전에 사실과 다른 표현이나 추측이 섞인 문장이 있으면 고쳐 달라고 요청하고, 받아들여지지 않으면 이견을 별도 소명서로 내어 기록을 남기십시오.

조사 장소나 결과 설명 방식도 요청할 수 있나요?

조사 장소는 원칙적으로 주사무소나 주소지, 조사관서이지만, 납세자는 조사사무처리규정 별지 제15호 서식 세무조사 장소 신청서로 조사받고자 하는 장소를 신청할 수 있습니다. 세무대리인 사무실이나 조사관서에서 조사받기를 원할 때 씁니다. 처리 결과는 구두로 알려 줍니다.

조사가 끝나면 결과 설명도 요청할 수 있습니다. 세무공무원은 조사를 마친 날부터 20일 안에 조사 결과를 납세자에게 설명하고 서면으로 통지해야 합니다. 양도소득세 사무처리규정은 납세자나 납세관리인이 참석하는 조사결과 설명회를 열어 결정 사유와 근거 법령, 가산세 산출근거, 수정신고와 과세전적부심사 청구 가능 사실을 구체적으로 설명하도록 정하고, 납세자가 원하지 않으면 설명회를 생략할 수 있게 합니다. 설명회 날이 곧 결과통지서를 받는 날이 되어 과세전적부심사 청구기간 30일이 시작되므로, 날짜를 정할 때 대응 일정도 함께 잡아야 합니다.

조사 과정의 불편은 납세자보호담당관의 모니터링으로도 전달할 수 있습니다. 납세자보호담당관은 일부 조사 대상자를 표본으로 골라 착수·진행·종결 단계별로 홈택스, 손택스 앱 등을 통해 실시간 체크리스트로 점검하고, 결과통지 뒤에는 사후 체크리스트로 의견을 받습니다. 위법·부당한 행위가 확인되어 권리 침해가 심각하면 조사팀 교체를 신청할 수 있는 절차도 훈령에 있습니다.

세무조사 중 요청 대응 순서

• 근거 확인 - 원하는 요청이 법령상 권리인지, 훈령상 절차인지, 국세청 내부 운영인지 표로 확인합니다.
• 오리엔테이션 요청 - 사전통지 뒤 조사팀장에게 일정을 요청하고 선정사유와 범위, 준비 자료를 묻습니다.
• 참관 신청 - 참관이 필요하면 별지 제60호 서식을 조사기간 종료 3일 전까지 납세자보호담당관에게 내고, 재산제세 조사라면 필요성을 구체적으로 적습니다.
• 소명서 제출 - 쟁점이 생기면 사실관계, 자료 번호, 법령 해석으로 나눈 소명서를 내고 제출일을 기록합니다.
• 확인서 사본 확보 - 서명한 확인서와 문답서의 사본을 요청해 보관합니다.
• 결과 설명 일정 조율 - 결과 설명일이 과세전적부심사 기산일이 되므로 대응 일정을 함께 잡습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 오리엔테이션·중간설명·과장 면담은 국세청 내부 운영이어서 관서마다 방식이 다를 수 있습니다. 이 운영 방식은 추후 변동될 수 있습니다. 참관 대상은 2026. 2. 27. 시행령 개정과 훈령 사이에 차이가 있어 실제 운영 기준을 확인해야 합니다. 법무법인 윤성은 세무조사 과정의 권리보호요청, 소명서 작성, 조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 참관 신청을 하면 조사팀이 불쾌하게 여기지 않을까요?
  참관은 시행령이 정한 납세자보호담당관의 직무이고, 납세자의 요청에 따른 참관으로 바뀌었습니다. 참관 공무원은 조사의 적법절차 준수 여부를 객관적으로 확인하는 역할을 하므로, 신청 자체를 이유로 불이익을 주는 규정은 없습니다.
• 참관 신청을 했다가 취소할 수 있나요?
  네, 참관이 이루어지기 전까지 세무조사 참관 신청 취하서로 취하할 수 있고, 그 경우 처음부터 신청이 없었던 것으로 봅니다. 참관 대상에 해당하지 않으면 납세자보호담당관이 참관 불가 통지서를 교부합니다.
• 세무대리인이 있어도 오리엔테이션을 따로 받을 수 있나요?
  국세청 기준으로 오리엔테이션은 납세자와 세무대리인에게 조사팀장이 직접 하도록 되어 있어 함께 들을 수 있습니다. 세무대리인이 조사에 참여하고 의견을 진술하는 것은 국세기본법이 보장하는 권리이므로, 오리엔테이션에 대리인과 함께 참석하는 것이 좋습니다.
• 중간설명을 해 주지 않으면 문제 삼을 수 있나요?
  중간설명은 현행 훈령 본문에 없는 국세청 내부 운영이어서, 실시하지 않았다는 사정만으로 조사가 위법해지기는 어렵습니다. 다만 조사기간 연장 승인 절차에서 납세자 의견을 듣도록 되어 있으므로, 그때 진행 상황 설명을 요청하는 방법이 있습니다.
• 조사관이 사적인 질문을 하거나 범위 밖 자료를 요구하면요?
  조사대상 세목과 과세기간의 세액 계산과 관련 없는 장부 제출 요구나 적법한 절차 없이 범위를 벗어난 조사는 권리보호요청 대상입니다. 요구 내용을 기록해 두고 납세자보호담당관에게 권리보호요청서를 내십시오.
• 조사팀을 바꿔 달라고 할 수 있나요?
  납세자보호위원회 심의 결과 조사공무원의 위법·부당한 행위가 사실로 확인되고 권익이 심각하게 침해되었거나 침해될 우려가 있으면, 납세자의 의사를 확인해 조사팀 교체를 요청하는 절차가 있습니다. 단순히 조사팀이 마음에 들지 않는다는 이유로는 교체를 요청할 수 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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