세무조사

세무조사 막바지에 쟁점이 과세사실판단자문에 회부된다면 무엇을 준비하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

과세사실판단자문에 회부되면 조사관 의견서에 대한 납세자의견서와, 위원회 개최 5일 전에 오는 사전열람자료에 대한 반박 의견서를 준비해야 합니다. 국세청 훈령은 조사공무원이 자문 신청 전에 납세자와 의견을 교환하고 그 의견을 신청서에 반영하도록 정합니다. 지금은 조사 종료일과 위원회 개최일을 확인해 의견서 제출 일정을 잡아야 합니다.

자문을 납세자가 따로 신청할 필요는 없습니다. 신청은 조사공무원이 하고, 납세자는 신청 전에 받은 조사관 의견에 대한 의견서와 사전열람자료에 대한 반박 의견서를 내는 일에 집중하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2026년 봄부터 증여세 세무조사를 받고 있습니다. 쟁점은 C씨 이름으로 된 비상장회사 주식 3만 주가 아버지가 맡겨 둔 차명주식인지, C씨가 직접 돈을 내고 산 주식인지였습니다. 조사 종료를 2주 앞두고 조사관은 이 쟁점을 과세사실판단자문에 올리겠다며 조사관 의견서를 보내 왔고, 며칠 뒤 받은 사전열람자료에는 사실관계가 다른 판결이 근거로 실려 있었습니다. C씨는 무엇을 언제까지 내야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세사실판단자문은 누가 언제 신청하나요?

과세사실판단자문은 조사공무원이 납세자와 의견이 다르거나 혼자 판단하기 어려운 사실판단 사항을 납세자보호담당관에게 묻는 국세청 내부 절차입니다. 세무조사 중이면 조사기간 종료일을 포함해 10일 전까지 신청해야 하고, 조사기간이 20일 이내면 5일 전까지입니다. 근거는 국세청 훈령인 「과세사실판단자문사무처리규정」(2025. 7. 18. 개정)이고, 2026. 10. 8. 기준 현행본도 같은 내용입니다. 쟁점별 세액이 2억원(서울·중부·부산지방국세청은 4억원) 이상이면 지방국세청 위원회에서, 100억원 이상이면 국세청 위원회에서 심의합니다.

차명주식 조사에서는 실제 소유자가 누구인지, 명의를 빌린 데 조세회피 목적이 있었는지 같은 사실판단이 대상이 됩니다. 반대로 법령해석 사안, 비상장주식 시가처럼 평가심의위원회 심의 대상인 사안, 이미 세무조사 결과를 통지한 사안, 부과제척기간 만료까지 3개월 이하만 남은 사안은 자문 대상에서 빠집니다.

자문 전에 납세자는 무엇을 낼 수 있나요?

조사공무원은 자문을 신청하기 전에 자기 의견을 서면으로 납세자나 대리인에게 주고 의견을 교환해야 하며, 받은 의견을 신청서에 반영해 납세자의견서와 함께 내야 합니다. 2025. 7. 18. 개정으로 납세자의견서 서식이 새로 생겼고, 납세자 의견을 반영하지 않은 신청은 심의하지 않는다는 결정 대상이 됩니다. 의견서에는 쟁점, 사실관계, 관련 법령과 판례, 납세자 의견을 나눠 적고, 주식 취득 자금의 출처, 배당금이 누구에게 갔는지, 주주총회 참석 기록 같은 객관 자료를 붙입니다.

사전열람자료는 어떻게 검토하나요?

사전열람자료는 위원회가 볼 과세쟁점사실조사서에서 심리 의견과 판단을 뺀 부분입니다. 위원들은 이 자료를 보고 판단하므로, 사실관계가 빠지거나 다르게 적혔으면 바로 고쳐 달라고 요청해야 합니다. 근거로 실린 판결은 사건번호로 원문을 찾아 사실관계가 같은지, 상급심에서 결론이 바뀌지 않았는지 확인합니다. 예규도 원문 전체를 읽어 조건이 붙어 있지 않은지 봅니다.

회의는 공개하지 않지만, 위원장이 필요하다고 인정하면 납세자를 출석시켜 의견을 들을 수 있습니다. 의견진술을 원하면 신청서에 출석이 필요한 이유를 짧게 적고, 서면 반박 의견서를 함께 냅니다.

자문 의결이 나오면 세금이 정해지나요?

자문 의결은 과세불가, 일부과세, 과세, 기타 중 하나로 나오고 신청한 조사공무원에게 통보되며, 조사공무원은 그 결과를 업무처리에 활용해야 합니다. 의결 자체가 과세처분은 아니므로, 세금은 그 뒤 세무조사 결과 통지와 고지로 정해집니다. 통보서에는 자문신청서에 제시된 사실관계를 근거로 한 판단이고 사실관계가 다르면 판단이 달라질 수 있다는 문구가 들어갑니다. 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 고지 뒤에는 이의신청·심판청구로 다툽니다.

과세전적부심사를 언제나 청구할 수 있는 것은 아닙니다. 조세범칙 사건으로 고발이나 통고처분을 하는 경우, 결과 통지일부터 부과제척기간 만료일까지 3개월 이하만 남은 경우 등에는 청구할 수 없어 바로 고지 뒤 불복 단계로 넘어갑니다. 의결 결과는 신청한 조사공무원에게 통보되므로, 납세자는 조사관에게 결과를 물어 확인합니다.

과세전적부심사를 청구할 수 있는 30일 동안이나 청구 뒤 결정이 나오기 전에 세무서가 먼저 고지했다면, 법이 정한 예외 사유가 없는 한 그 처분은 절차상 하자가 중대·명백해 무효입니다. 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결(일부 파기환송)은 세무조사 결과 통지 뒤 과세전적부심사 전에 한 처분을 원칙적으로 무효로 보았고, 법인세 포탈로 고발했더라도 별개 처분인 소득금액변동통지에는 그 예외가 미치지 않는다고 했습니다. 반대로 결과에 이의가 없으면 과세전적부심사를 청구하지 않고 조기결정을 신청할 수 있고, 세무서는 신청 내용대로 즉시 결정해야 합니다. 국세청 「세무조사 가이드북」(2026, B유형)도 30일이 지나기 전에 조기결정을 신청하면 가산세 부담을 줄일 수 있다고 안내합니다.

과세사실판단자문 대응 순서

• 회부 여부 확인 - 조사관에게 자문 신청 예정인지, 어느 위원회에서 심의하는지 묻습니다. 조사 종료일과 신청 기한을 함께 적어 둡니다.
• 납세자의견서 제출 - 조사관 의견서를 받으면 쟁점별로 사실관계와 증거를 정리한 의견서를 냅니다. 의견서가 신청서에 반영됐는지 확인합니다.
• 사전열람자료 검토 - 개최 5일 전 받은 자료의 사실관계와 인용 판례·예규를 원문과 대조합니다. 틀린 부분은 반박 의견서로 정정을 요청합니다.
• 의견진술 신청 - 직접 설명이 필요하면 개최 3일 전까지 의견진술신청서를 냅니다. 출석하지 못해도 서면 의견은 남겨 둡니다.
• 결과 통지 후 선택 - 세무조사 결과 통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사와 조기결정 신청 중 하나를 고릅니다. 그 전에 고지가 나왔다면 무효를 다툴 수 있고, 고지 뒤에는 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 쟁점이 사실판단인지 법령해석인지, 평가심의위원회 대상인지에 따라 절차가 달라지므로 조사관 의견서와 조사 통지서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 증여세·양도소득세 세무조사의 의견서 제출과 과세전적부심사·조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 납세자가 과세사실판단자문을 직접 신청할 수 있나요?
  훈령상 신청인은 세무조사 등 업무를 맡은 공무원입니다. 납세자가 직접 신청하는 절차는 없고, 조사관이 신청하기 전에 서면 의견을 주고받는 단계와 사전열람 단계에서 의견서를 낼 수 있습니다. 쟁점이 자문 대상이 될 만하다면 조사관에게 회부를 요청해 볼 수는 있습니다.
• 자문에 회부되면 조사기간이 늘어나나요?
  자문 때문에 조사기간이 저절로 늘어난다는 조항은 이 훈령에 없습니다. 신청은 조사기간 종료일을 포함해 10일 전까지 하고, 세무서 위원회는 신청일부터 21일, 지방국세청과 국세청 위원회는 30일 안에 결정하므로 결정이 조사 종료 무렵이나 그 뒤에 나올 수 있습니다. 조사가 중지된 기간에는 납세자 동의서가 없으면 신청할 수 없습니다.
• 사전열람자료에는 조사관 의견도 들어 있나요?
  사전열람자료는 과세쟁점사실조사서 중 심리 의견과 판단을 뺀 부분입니다. 쟁점, 사실관계, 관련 세목과 세액, 관련 법령과 판례, 신청인 의견, 납세자 의견이 들어갑니다. 조사관 의견에 붙은 판례와 예규가 사안과 맞는지 원문으로 확인해야 합니다.
• 위원회에 출석해서 설명할 수 있나요?
  회의는 비공개가 원칙이지만, 위원장이 심의에 필요하다고 인정하면 납세자를 출석시켜 의견을 들을 수 있습니다. 출석하려면 위원회 개최 3일 전까지 의견진술신청서를 납세자보호담당관에게 내야 합니다. 출석이 받아들여지지 않을 수 있으므로 서면 의견서를 따로 냅니다.
• 과세불가 의결이 나오면 세금이 안 나오나요?
  조사공무원은 자문 결과를 업무처리에 활용해야 하므로 과세불가 의결은 납세자에게 유리한 자료가 됩니다. 다만 의결 자체는 과세처분이 아니고, 통보서에도 제시된 사실관계가 다르면 판단이 달라질 수 있다고 적힙니다. 결과 통지 내용을 확인하고 불복 기한을 관리해야 합니다.
• 비상장주식 시가 다툼도 자문 대상인가요?
  평가심의위원회 심의 대상인 사안은 과세사실판단자문 신청 대상에서 빠집니다. 비상장주식이나 부동산의 시가 인정 문제는 평가심의위원회 절차로 다루어지는 경우가 많습니다. 차명주식 조사에서 자문 대상이 되는 것은 실제 소유자와 명의신탁 목적 같은 사실판단입니다.
• 자문 결과에 동의할 수 없으면 어떻게 하나요?
  자문 의결 자체를 다투는 불복 절차는 따로 없습니다. 세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고(고발·통고처분 사건 등은 제외), 고지 뒤에는 이의신청·심사청구·심판청구로 처분을 다툽니다. 자문 단계에서 낸 의견서와 증거는 이후 절차에서 그대로 쓸 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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