세무조사를 시작할 때 조사관은 조사원증을 보여 주고 납세자권리헌장을 교부·낭독하며 조사사유와 기간을 설명해야 합니다. 다만 권리헌장 미교부만으로 과세처분이 위법하다고 보기는 어렵다는 것이 조세심판원 판단이고, 조사권 남용·금지된 재조사·과세전적부심사 박탈 같은 중대한 위법이 있어야 과세의 효력이 흔들립니다.
세무조사 기간 중
위법·부당한 조사라고 판단되면 조사 기간이 끝나는 날까지 세무서장이나 지방국세청장에게 납세자보호위원회 심의를 요청할 수 있습니다. 결과는 요청받은 날부터 20일(보완기간 제외) 안에 통지되고, 그 결정에 대해서는 통지받은 날부터 7일 이내에 국세청장에게 취소·변경을 요청할 수 있습니다.
세무조사를 시작할 때 조사관은 조사원증을 보여 주고 납세자권리헌장을 내주며 그 요지를 읽어 주어야 합니다. 조사사유와 조사기간, 권리구제 절차도 설명해야 합니다. 다만 이 절차 하나가 빠졌다는 이유만으로 세금이 취소되는 경우는 드물고, 어떤 절차 위반이 과세처분의 효력까지 흔드는지는 따로 따져 봐야 합니다.
이런 상담이 많습니다
J씨는 보습학원을 운영하는 개인사업자입니다. 2026. 8. 18. 조사관 두 명이 학원에 와서 조사원증만 보여 주고 곧바로 수강료 장부와 통장 내역을 요구했습니다. 납세자권리헌장 문서는 받지 못했고, 왜 조사 대상이 되었는지와 조사기간도 설명을 듣지 못했습니다. 조사는 6주째 이어지고 있고 곧 결과통지가 나올 예정입니다. J씨는 첫날 절차를 지키지 않은 조사라면 결과가 나와도 무효가 아닌지, 지금 할 수 있는 일이 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
세무조사 첫날 조사관은 무엇을 해야 하나요?
2026. 10. 11. 기준 현행 「국세기본법」은 세무조사를 시작할 때 조사관이 다음 순서를 지키도록 정합니다.
세무조사 시작 때 조사관의 의무
순서
조사관이 할 일
납세자가 확인할 것
1
조사원증 제시
소속과 성명
2
납세자권리헌장 교부·요지 낭독
문서를 실제로 받았는지
3
조사사유·조사기간 설명
사전통지서 내용과 같은지
4
납세자보호위원회 심의 요청·권리구제 절차 설명
요청 기한(조사 기간 종료일까지)
설명을 듣지 못한 항목은 날짜와 함께 기록하고 서면으로 다시 요청합니다.
출처 - 국세기본법 제81조의2 제3항, 제81조의19 제1항
조사원증을 납세자나 관련인에게 제시
납세자권리헌장 교부와 요지 직접 낭독
조사사유와 조사기간 설명
납세자보호위원회 심의 요청사항·절차와 권리구제 절차 설명
권리헌장을 내주어야 하는 경우는 세무조사(조세범칙조사 포함)와 사업자등록증 발급입니다. 국세청은 권리헌장을 받고 낭독을 들었다는 확인서 서식을 두고 있으므로, 서명하기 전에 실제로 받았는지 확인해야 합니다. 받지 못했는데 서명을 요청받으면 받은 내용대로 고쳐 달라고 하거나 사실을 따로 적어 두는 것이 좋습니다.
사전통지 없이 조사가 시작되었다면 조사를 시작할 때 사전통지 사항과 통지하지 않은 사유를 적은 세무조사통지서를 받아야 합니다. 폐업 등 법령이 정한 경우가 아니라면 이 통지서가 조사사유와 기간을 확인할 수 있는 기본 자료입니다.
권리헌장을 받지 못했다면 세금이 취소되나요?
그것만으로는 어렵습니다. 조세심판원은 청산인에게 권리헌장을 교부하지 않았다는 주장에 대해, 납세자가 세무대리인을 선임해 조사에 입회했고 처분 전에 소명할 기회가 충분했던 점을 들어 그 사유만으로 처분이 위법하다고 보기 어렵다고 판단했습니다. 과세처분의 적부는 원칙적으로 객관적인 과세요건이 있는지로 정해지고, 조사 절차의 위법이 중대하지 않으면 취소사유가 되지 않는다는 이유였습니다. 같은 결정은 세무조사 결과통지 자체는 처분이 아니라며 그에 대한 심판청구를 각하했으므로, 결과통지 단계에서는 과세전적부심사로 다투어야 합니다.
그렇다고 권리헌장 절차가 의미 없는 것은 아닙니다. 첫날 설명을 듣지 못했다면 조사사유와 조사기간, 조사대상 세목을 서면으로 다시 확인해 두어야 이후 재조사나 범위 확대가 문제 될 때 다툴 근거가 생깁니다.
어떤 절차 위반이면 과세가 위법해지나요?
대법원이 과세처분의 효력을 부정한 대표적인 경우는 다음과 같습니다.
절차 위반이 과세에 미치는 영향
권리헌장 미교부만 있는 경우
(불리)그 사유만으로 위법 보기 어려움
대리인 입회·소명 기회가 고려됨
과세요건 존부가 원칙
부정한 목적의 조사, 금지된 재조사
(유리)과세처분 위법
조사권 남용 금지는 구체적 법규
재조사 자료를 안 써도 위법
과세전적부심사 결정 전 과세
(유리)원칙적으로 무효
예외 사유 없을 때
고지 후 90일 안에 함께 다툼
출처 - 조세심판원 조심2020부0280 결정, 대법원 2016두47659·2025다210837·2017두51174 판결
세무조사가 과세자료 수집이나 신고 내용 검증이 아닌 부정한 목적으로 행해진 경우: 그 조사로 수집한 자료에 기초한 과세처분도 위법
같은 세목·같은 과세기간에 대해 법정 사유 없이 재조사한 경우: 그 재조사에 기한 과세처분은 그 자체로 위법
세무조사 결과통지 뒤 과세전적부심사 청구나 결정 전에 과세한 경우: 예외 사유가 없으면 무효
세무공무원은 적정하고 공평한 과세에 필요한 최소한의 범위에서 조사해야 하고, 다른 목적으로 조사권을 남용해서는 안 됩니다. 대법원은 이 조항을 세무조사의 적법 요건을 정한 구체적인 법규로 봅니다. 첫날 절차 위반이 이런 중대한 위법과 함께 나타나는지 살펴봐야 합니다.
「성실성 추정」은 조사에서 어떤 의미가 있나요?
세무공무원은 납세자를 성실하다고 보고, 납세자가 낸 신고서 등이 진실하다고 추정해야 합니다. 이 추정이 배제되는 것은 납세협력의무 불이행, 무자료·위장·가공거래 혐의, 구체적인 탈세 제보, 탈루·오류 혐의를 인정할 만한 명백한 자료, 금품 제공이 있는 경우입니다.
정기선정은 성실도 분석 결과 불성실 혐의가 있는 경우, 최근 4과세기간 이상 같은 세목의 조사를 받지 않은 경우, 무작위 표본조사로 이루어집니다. 정기선정으로 조사를 받는다는 사실만으로 불성실한 납세자로 취급받지 않는다는 뜻입니다. 사전통지서나 첫날 설명에서 조사사유가 위 다섯 가지 중 무엇인지 확인하면 조사 방향을 가늠하고 소명 자료를 준비하는 데 도움이 됩니다.
조사 절차 위반 대응 순서
첫날 상황 기록 - 조사원증 제시, 권리헌장 교부·낭독, 조사사유·기간 설명이 있었는지 날짜와 함께 적습니다.
조사사유·세목·기간 서면 확인 - 사전통지서와 대조하고, 설명을 듣지 못했다면 서면으로 다시 요청합니다.
확인서 서명 전 대조 - 권리헌장 수령 확인서 등은 실제와 같을 때만 서명합니다.
중대한 위법 여부 점검 - 재조사 금지 위반, 부정한 목적, 범위 확대 통지 누락이 있는지 봅니다.
권리보호 심의 요청 - 위법·부당한 조사라면 조사 기간이 끝나기 전에 납세자보호위원회 심의를 요청합니다.
결과통지 후 30일 안에 과세전적부심사 - 절차 위반과 실체 쟁점을 함께 담아 청구하고, 고지되면 90일 안에 심판청구로 이어 갑니다.
여기까지는 일반 기준이고, 절차 위반이 소명 기회를 실제로 빼앗았는지와 재조사·조사권 남용 같은 중대한 위법이 함께 있는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 현장 입회와 권리보호 심의 요청, 과세전적부심사와 심판청구를 수행합니다.
스스로 점검해 보기
해당하는 문항이 있으면 그 할 일부터 챙겨 두세요. 혼자 하기 어려우면 변호사에게 맡기세요.
