법인세·소득세

농업법인 세우며 땅을 비싸게 현물출자했는데 그 차액에 종합소득세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

곧바로 나오지는 않습니다. 현물출자 재산이 고평가됐어도 출자자가 받은 지분 역시 같은 만큼 높게 매겨졌다면 장부상 자산과 자본금이 함께 부풀었을 뿐이어서, 교환차익을 세무서가 증명하지 않는 한 상여처분과 종합소득세는 위법하다고 대법원이 판단했습니다. 지금은 출자 당시 법인에 다른 재산이 있었는지와 받은 지분 수부터 확인하십시오.

현물출자 재산이 시가보다 높게 평가됐다는 사실만으로 그 차액을 출자자가 가져갔다고 볼 수는 없습니다. 출자자가 차익을 얻었다는 증명은 세무서가 해야 합니다.

이런 상담이 많습니다

B씨는 2024년 가족과 함께 농업회사법인을 새로 세우면서 갖고 있던 과수원 두 필지를 약 22억원으로 평가해 현물출자하고 그 금액만큼 출자지분을 받았습니다. 세무서는 2025년 세무조사에서 과수원 시가가 약 12억원이라며 차액 약 10억원을 법인의 부당행위계산으로 부인하고 B씨에 대한 상여로 소득처분했습니다. 이어 B씨에게 종합소득세를 고지했습니다. 법인에는 과수원 말고 다른 재산이 없었고, B씨는 지분 가치도 결국 과수원 값과 같다며 다투려 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

현물출자 재산을 비싸게 평가하면 바로 상여처분되나요?

바로 되지는 않습니다. 법인이 출자자의 재산을 시가보다 높게 받으면 그 시가초과액은 부당행위계산으로 부인돼 법인의 익금에 들어갑니다. 그러나 그 금액을 출자자에게 상여로 처분하려면 그 돈이 실제로 법인 밖으로 나가 출자자에게 귀속됐어야 합니다.

대법원은 현물출자가 재산을 넘기는 거래와 그 대가로 지분을 받는 거래가 결합된 것이라고 보았습니다. 출자 재산이 고평가됐더라도 출자자가 받은 지분의 발행가액도 같은 만큼 높게 매겨졌다면, 장부에서 자산과 자본금이 함께 부풀려진 상태일 뿐입니다. 이때는 출자 재산 시가와 받은 지분 시가의 차이, 곧 교환차익이 있다는 점을 세무서가 따로 증명하지 않는 한 사외유출로 볼 수 없습니다.

사외유출이 아니면 소득처분은 어떻게 되나요?

익금에 넣은 금액이 법인 밖으로 나간 것이 분명할 때만 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분합니다. 귀속자가 임원이나 직원이면 상여입니다. 밖으로 나가지 않았다면 사내유보로 처분합니다.

상여로 처분된 금액은 근로소득이 되어 종합소득세가 과세됩니다. 그래서 사외유출이 인정되지 않으면 출자자에게 나온 종합소득세도 근거를 잃습니다. 이 사건에서 원심은 차액 약 9억 5천만원의 사외유출을 인정하지 않았고, 대법원은 세무서의 상고를 기각했습니다.

새로 세운 법인에 출자했다면 지분 가치는 어떻게 보나요?

신설법인에 다른 재산이 없다면 출자자가 받은 지분의 가치는 출자한 부동산의 시가와 크게 다르지 않다고 봅니다. 아직 손익이 생기기 전이기 때문입니다. 대법원은 지분 액면 합계액이 실제 가치와 같다는 점을 세무서가 증명하지 못했다고 본 원심을 그대로 두었습니다.

비상장 지분의 가치는 상속세 및 증여세법 시행령의 순자산가치 평가 방법도 참고합니다. 순자산가치는 법인의 순자산가액을 발행주식 총수로 나눈 값입니다. 다른 자산 없이 과수원만 출자받은 법인이라면 순자산가액은 결국 과수원 시가에 가깝습니다.

부당행위계산 부인은 언제 적용되나요?

특수관계인과의 거래로 법인의 조세 부담을 부당하게 줄인 경우에 적용됩니다. 2026. 10. 4. 기준 현행 「법인세법」도 판결 당시와 같은 구조입니다. 시가보다 높은 가액으로 현물출자받은 경우는 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때만 부인 대상이 됩니다.

시가는 특수관계인이 아닌 사람 사이의 정상적인 거래에서 적용될 가격을 말합니다. 감정가액, 비교 가능한 매매사례가 시가를 다투는 자료가 됩니다.

현물출자 상여처분 대응 순서

• 출자 내역 정리 - 출자 재산 평가액, 받은 지분 수와 액면가, 법인의 다른 자산 유무를 확인합니다. 신설법인인지가 판단에 영향을 줍니다.
• 시가 자료 확보 - 출자 당시 감정평가서와 주변 거래사례를 모읍니다. 세무서가 정한 시가가 맞는지부터 다툽니다.
• 교환차익 검토 - 출자 재산 시가와 받은 지분 시가를 비교합니다. 둘이 같다면 사외유출이 없다는 주장의 근거가 됩니다.
• 불복 청구 - 종합소득세 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구나 심사청구를 합니다. 법인의 소득금액변동통지 내용도 함께 확인합니다.
• 취소소송 - 기각되면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 교환차익 증명 책임이 세무서에 있다는 점을 앞세웁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 법인이 이미 다른 사업을 하던 회사였거나 출자 뒤 지분을 팔았다면 재무제표와 지분 거래 내역을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 소득처분에 따른 종합소득세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 현물출자 고평가액은 누구의 소득이 되나요?
  먼저 법인의 익금이 됩니다. 시가보다 높게 현물출자받은 금액은 부당행위계산으로 부인돼 법인 익금에 들어갑니다. 출자자의 소득이 되려면 그 금액이 법인 밖으로 나가 출자자에게 귀속됐어야 하고, 이 점은 세무서가 증명해야 합니다.
• 교환차익이 무엇인가요?
  출자한 재산의 시가와 그 대가로 받은 지분의 시가 차이를 말합니다. 대법원은 현물출자에서 사외유출을 판단할 때 출자 재산이 고평가됐는지만 보지 말고 이 교환차익이 실제로 있는지도 함께 봐야 한다고 했습니다. 지분도 같이 고평가됐다면 차익이 없습니다.
• 지분 액면가 합계를 지분 가치로 보면 안 되나요?
  당연히 그렇게 보지는 않습니다. 이 사건에서 세무서는 지분 가치가 액면 합계액이라고 보고 상여처분했지만, 법원은 액면 합계액이 지분의 실제 가치와 같다는 증명이 없다고 판단했습니다. 신설법인이라면 지분 가치는 출자 재산 시가에 가깝습니다.
• 사외유출이 없으면 어떤 소득처분을 하나요?
  익금에 넣은 금액이 법인 밖으로 나가지 않았다면 사내유보로 처분합니다. 사외유출이 분명할 때만 귀속자에 따라 배당, 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 처분합니다. 사내유보로 처분되면 출자자에게 종합소득세가 따로 과세되지 않습니다.
• 상여로 처분되면 어떤 세금이 나오나요?
  법인세법에 따라 상여로 처분된 금액은 귀속자의 근로소득이 됩니다. 그래서 출자자에게 그 해 귀속 종합소득세가 추가로 과세됩니다. 법인에는 소득금액변동통지가 가고, 법인은 원천징수 의무를 지게 됩니다.
• 차액이 작아도 부당행위계산이 되나요?
  차액이 작으면 적용되지 않을 수 있습니다. 시가보다 높게 현물출자받은 경우 부당행위계산 부인은 시가와 거래가액 차이가 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때만 적용됩니다. 주권상장법인 주식 거래에는 이 기준이 적용되지 않습니다.
• 종합소득세 고지를 받으면 언제까지 다투나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 하거나 국세청에 심사청구를 해야 합니다. 그 결정에 불복하면 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 기간을 넘기면 다투기 어렵습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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