양도소득세

시골집 특례로 아파트를 비과세받은 뒤 시골집을 팔면 2년을 다시 채워야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 농어촌주택 특례로 일반주택을 비과세받은 뒤 남은 농어촌주택을 팔 때 보유기간은 그 농어촌주택을 취득한 날부터 셉니다. 소득세법은 보유기간을 자산의 취득일부터 양도일까지로 정하고, 다시 세게 하던 시행령 단서는 2022년 삭제됐습니다. 지금은 농어촌주택을 3년 이상 보유했는지부터 확인해야 합니다.

일반주택을 판 날부터 농어촌주택 보유기간을 2년 다시 셀 필요는 없습니다. 농어촌주택을 취득한 날부터 판 날까지가 그대로 보유기간입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2020년 3월 도시에 아파트를 샀고, 2022년 6월 수도권 밖 면 지역에 기준시가 2억원대 전원주택을 사서 주말마다 지냈습니다. 2024년 9월 아파트를 팔 때 농어촌주택 특례로 1세대 1주택 비과세를 받았습니다. 이제 2026년 11월 전원주택도 팔려는데, 아파트를 판 날부터 2년을 다시 채워야 비과세가 되는지 물어 왔습니다. 전원주택은 취득일부터 4년 넘게 보유했으므로 보유기간 2년 요건을 충족합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

농어촌주택을 나중에 팔 때 보유기간은 언제부터 세나요?

농어촌주택의 보유기간은 그 주택을 취득한 날부터 셉니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」은 보유기간을 자산의 취득일부터 양도일까지로 정하고, 「소득세법 시행령」은 1세대 1주택 보유기간 계산을 이 규정에 따르도록 합니다. 일반주택을 먼저 팔아 농어촌주택만 남았다고 해서 그날부터 보유기간을 다시 세지 않습니다.

농어촌주택은 취득 당시 조정대상지역이 아닌 곳에 있어야 특례 대상이 되므로, 보통 취득 당시 조정대상지역 주택에 붙는 2년 거주요건도 문제 되지 않습니다. 다만 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 일반주택을 먼저 팔고 남은 농어촌주택을 팔 때 비과세 보유기간 기산일은 그 주택의 취득일이라고 안내했습니다. 국세청 부동산납세과가 2022년 펴낸 양도소득세 월간 질의 사례집은 2018년 5월 일반주택, 2020년 5월 농어촌주택을 사서 2022년 9월 일반주택을 비과세로 팔고 2024년 6월 농어촌주택을 팔려는 사안에서 4년 이상 보유했으므로 비과세가 가능하다고 답했습니다. 사례집은 종전에는 일반주택 양도 후 2년을 다시 보유해야 한다고 봤지만 2022. 8. 25. 기획재정부 해석으로 취득일부터 세는 것으로 바뀌었다고 설명했습니다. 기획재정부 재산세제과-1049(2022. 8. 25.)는 조세특례제한법 제99조의4에 따른 농어촌주택등을 취득한 뒤 그중 1주택을 양도할 때 그 주택의 보유기간 기산일은 해당 주택의 취득일이라고 회신했습니다.

이 안내는 농어촌주택이 특례 요건을 모두 갖춘 사실관계를 전제로 합니다. 농어촌주택을 3년 보유하지 못하고 팔거나 특례 요건이 처음부터 없었다면 결론이 달라질 수 있습니다.

2022년 이후 무엇이 바뀌었나요?

보유기간을 다시 세게 하던 시행령 단서가 2022. 5. 31. 삭제됐고, 농어촌주택 특례 요건도 넓어졌습니다. 개정 전 시행령은 2주택 이상을 가진 세대가 1주택만 남기면 그날부터 보유기간을 다시 세도록 했지만, 지금은 취득일부터 세는 원칙만 남아 있습니다. 개정 시행령 부칙(대통령령 제32654호)은 이 개정규정을 2022. 5. 10. 이후 양도하는 주택부터 적용하도록 했습니다. 농어촌주택 특례의 취득기간은 2028. 12. 31.까지로 늘었고, 기준시가 요건은 사례집 당시 2억원에서 현행 3억원(한옥 4억원)으로 바뀌었습니다. 이 기준을 바꾼 조세특례제한법(법률 제19199호, 2022. 12. 31.) 부칙 제39조는 그 시행 전에 양도한 주택에만 종전 규정을 적용하도록 했습니다.

• 취득기간 - 2003. 8. 1.부터 2028. 12. 31.까지 취득한 1채
• 기준시가 - 주택과 딸린 토지 합계가 취득 당시 3억원 이하(한옥 4억원)
• 지역 - 수도권, 도시지역, 조정대상지역, 허가구역, 관광단지 등을 뺀 읍·면 또는 시행령에서 정한 동
• 위치 - 일반주택과 같은 읍·면·동이나 연접한 읍·면·동이 아니어야 함(2025. 12. 23. 개정법 시행 전에 취득한 농어촌주택은 종전 규정대로 같은 읍·면이나 연접한 읍·면 기준)

농어촌주택 3년 보유는 어떻게 지키나요?

일반주택을 먼저 팔 때 농어촌주택 보유가 3년 미만이어도 특례를 받을 수 있지만, 그 뒤 3년을 채워야 합니다. 3년을 채우지 못하고 농어촌주택을 처분하면 일반주택 양도 때 면제받은 세액 상당액을 처분일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 내야 합니다. 수용, 상속, 멸실로 3년을 채우지 못한 경우는 예외입니다.

농어촌주택 보유기간 대응 순서

• 취득일 확인 - 농어촌주택 등기사항증명서로 취득일을 확인하고 양도 예정일까지 2년 이상인지 셉니다. 증축이나 부수토지 추가 취득은 당초 취득일부터 셉니다.
• 3년 보유 점검 - 일반주택을 판 뒤 농어촌주택 보유가 3년이 되는 날을 확인합니다. 그 전에 팔면 앞선 비과세가 추징됩니다.
• 특례 신고 확인 - 일반주택 양도 때 과세특례신고서를 냈는지 확인합니다. 신고서는 예정신고나 확정신고 기한 안에 내야 합니다.
• 고가주택 여부 - 농어촌주택 양도가액이 12억원을 넘는지 확인하고, 넘으면 초과분 세액을 계산해 예정신고합니다.
• 불복과 경정청구 - 보유기간을 다시 센다는 이유로 과세되면 고지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를, 과다 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 농어촌주택을 멸실 후 다시 지었거나 일반주택 양도 때 특례 신고를 하지 않았다면 등기와 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 1세대 1주택 비과세 부인에 대한 심판청구와 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 농어촌주택에도 2년 거주요건이 붙나요?
  거주요건은 취득 당시 조정대상지역에 있던 주택에만 붙습니다. 농어촌주택 특례는 취득 당시 조정대상지역이 아닌 곳의 주택만 대상으로 하므로, 특례 요건을 갖춘 농어촌주택이라면 보통 보유 2년만 따지면 됩니다. 양도가액이 12억원을 넘으면 넘는 부분은 과세됩니다.
• 농어촌주택을 3년 못 채우고 팔면 어떻게 되나요?
  일반주택을 먼저 팔 때 받은 특례가 소급해 부인됩니다. 특례를 받지 않았다면 냈을 세액 상당액을 농어촌주택을 보유하지 않게 된 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 양도소득세로 내야 합니다. 수용, 상속, 멸실로 보유하지 못하게 된 경우는 예외입니다.
• 농어촌주택 특례는 언제까지 취득해야 하나요?
  현행 조세특례제한법은 2003. 8. 1.(고향주택은 2009. 1. 1.)부터 2028. 12. 31.까지 취득한 1채에 특례를 적용합니다. 그리고 그 농어촌주택을 취득하기 전에 갖고 있던 일반주택을 팔 때만 적용됩니다. 농어촌주택을 먼저 산 뒤 취득한 일반주택에는 적용되지 않습니다.
• 농어촌주택 기준시가 기준은 얼마인가요?
  주택과 딸린 토지의 기준시가 합계가 취득 당시 3억원 이하여야 합니다. 시행령에서 정한 한옥은 4억원 이하입니다. 사례집이 나온 2022년에는 2억원이었으나 현행 조문은 3억원으로 정하고 있습니다. 개정법(법률 제19199호) 부칙은 그 시행 전에 양도한 주택에만 종전 2억원 기준을 적용하도록 했으므로, 일반주택 양도 시점을 함께 확인해야 합니다.
• 농어촌주택을 증축했으면 보유기간은요?
  농어촌주택을 증축하거나 그 부수토지를 추가로 취득한 경우에도 보유기간은 당초 농어촌주택을 취득한 날부터 셉니다. 멸실된 뒤 다시 지은 주택은 거주기간과 보유기간을 통산합니다. 추가 취득 부분만 따로 떼어 보유기간을 새로 세지 않습니다.
• 일반주택 양도 때 특례 신고를 안 했으면요?
  농어촌주택 특례를 받으려면 양도소득세 예정신고나 확정신고 기한 안에 과세특례신고서를 내야 합니다. 신고서를 내지 않아 과세됐다면 요건을 실제로 갖춘 사실을 등기사항증명서와 주민등록표로 소명하며 경정청구를 검토할 수 있습니다.
• 보유기간을 다시 세서 과세되면 언제까지 다투나요?
  세무서가 고지했다면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 과세로 신고했다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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