불복·환급

국내사업장 없는 외국법인이 부동산주식을 팔 때 떼인 원천세, 법인세 신고로 돌려받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 국내사업장 없는 외국법인이 부동산주식 양도소득으로 법인세를 신고하면 양도 때 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제하고 남는 금액은 환급되거나 다른 국세에 충당됩니다. 현행 법인세법 제97조 제1항 후단이 이 원천징수세액을 공제세액으로 본다고 정하고 있습니다. 지금 확인할 것은 양수인이 발급한 원천징수영수증과 법인세 신고서에 기납부세액이 빠짐없이 적혔는지입니다.

양수인이 양도대금에서 떼어 간 원천징수세액을 따로 돌려 달라고 청구할 필요는 없습니다. 법인세 신고서에 기납부세액으로 적으면 공제와 환급이 함께 처리됩니다.

이런 상담이 많습니다

일본에 본점을 둔 A법인은 국내에 사업장 없이 한국 비상장법인 주식 100%를 갖고 있었습니다. 이 한국법인은 자산 대부분이 토지와 건물이어서 부동산주식에 해당했습니다. A법인은 2025년 이 주식을 다른 외국법인에 팔았고, 양수인은 양도차익 30억원의 100분의 20인 6억원을 원천징수했습니다. 2026년 3월 법인세를 신고해 보니 산출세액이 4억원으로 원천징수세액보다 적게 나왔고, A법인은 차액 2억원을 돌려받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

외국법인이 부동산주식을 팔면 법인세 신고를 해야 하나요?

네, 국내사업장이 없는 외국법인이라도 국내원천 부동산등양도소득이 있으면 내국법인의 신고·납부·결정·경정 규정을 준용해 각 사업연도 소득에 대한 법인세를 신고해야 합니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「법인세법」은 국내 비상장법인의 주식 중 그 법인 자산총액에서 토지·건물 등 부동산 가액이 100분의 50 이상인 주식을 부동산주식등으로 보아 부동산등양도소득에 포함합니다. 주식을 팔았더라도 회사 재산 구성이 부동산 위주라면 일반 유가증권 양도와 다르게 취급된다는 뜻입니다.

양수인은 대금을 줄 때 지급금액의 100분의 10을 원천징수합니다. 취득가액과 양도비용이 확인되면 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수합니다. 위 사례에서 양도대금이 80억원이었다면 8억원과 6억원 중 적은 6억원이 원천징수세액입니다.

국세청은 원천징수세액 공제와 환급을 어떻게 해석했나요?

국세청은 원천징수된 세액을 기납부세액으로 공제하고, 법인세를 넘는 부분은 환급하거나 다른 국세에 충당해야 한다고 회신했습니다(서면-2019-법령해석국조-0641, 2019. 7. 18.). 질의 법인은 일본 소재 법인으로 한국 부동산주식을 팔고 2019년 3월 법인세를 신고했는데, 산출세액을 넘는 원천징수세액을 환급받지 못한 상태였습니다.

당시 쟁점은 외국법인 신고에 준용되는 법인세법 제64조 제1항 제4호가 「제73조 및 제73조의2에 따라 원천징수된 세액」, 즉 이자·배당 원천징수세액만 적고 있다는 점이었습니다. 국세청은 준용은 대상의 성질에 맞게 고쳐 적용하는 것이므로, 부동산등양도소득에 대해 원천징수된 세액도 기납부세액으로 공제·환급하는 뜻으로 읽어야 한다고 보았습니다. 이 회신은 법인세 신고를 한 외국법인을 전제로 한 해석이므로, 신고를 하지 않았거나 원천징수 자체가 잘못된 경우에는 판단이 달라질 수 있습니다.

그 뒤 법인세법은 어떻게 바뀌었나요?

현행 법인세법 제97조 제1항 후단은 회신의 결론을 조문에 적어 두었습니다. 외국법인의 과세표준에 같은 법 제98조 제1항 제5호(부동산등양도소득) 또는 제8항에 따라 원천징수된 소득이 들어 있으면, 그 원천징수세액을 제64조 제1항 제4호에 따라 공제되는 세액으로 본다는 내용입니다. 지금은 해석에 기대지 않고 조문만으로 공제를 주장할 수 있습니다.

공제하고 남은 원천징수세액은 어떻게 돌려받나요?

원천징수세액이 법인세를 넘으면 그 차액은 국세환급금으로 결정되어 다른 국세에 먼저 충당되고, 남은 금액은 결정일부터 30일 안에 지급됩니다. 신고 때 원천징수세액을 빠뜨렸거나 세무서가 공제를 인정하지 않았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다.

외국법인 부동산주식 양도 법인세 대응 순서

• 부동산주식 판정 - 양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 회사 자산총액 중 부동산 비율을 계산합니다. 100분의 50 이상이고 비상장이면 부동산등양도소득입니다.
• 원천징수영수증 확보 - 양수인에게서 원천징수 내역과 납부 사실을 받습니다. 지급금액 기준인지 양도차익 기준인지도 확인합니다.
• 법인세 신고 - 사업연도 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 신고하면서 원천징수세액을 기납부세액으로 적습니다. 산출세액보다 많으면 환급세액이 계산됩니다.
• 경정청구 - 공제가 빠졌거나 인정되지 않았다면 법정신고기한부터 5년 안에 청구합니다. 원천징수영수증과 주식 취득 자료를 함께 냅니다.
• 조세불복 - 경정청구가 거부되면 통지를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조세조약상 주식 양도소득 과세 여부나 부동산 비율 산정이 다투어지면 재무제표와 감정평가 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 외국법인의 법인세 경정청구와 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 부동산주식은 어떤 주식을 말하나요?
  양도일이 속하는 사업연도 개시일 현재 그 법인 자산총액 중 토지·건물 등 부동산 가액 합계가 100분의 50 이상인 비상장 내국법인의 주식입니다. 다른 부동산 과다보유 법인의 주식을 갖고 있으면 그 비율만큼 부동산 가액에 더해 계산합니다.
• 양수인은 얼마를 원천징수하나요?
  지급금액의 100분의 10을 원천징수합니다. 양도한 자산의 취득가액과 양도비용이 확인되면 지급금액의 100분의 10과 양도차익의 100분의 20 중 적은 금액을 원천징수합니다. 취득가액 증빙을 미리 양수인에게 주면 원천징수세액이 줄어들 수 있습니다.
• 원천징수됐는데 법인세 신고를 또 해야 하나요?
  국내사업장이 없는 외국법인이라도 부동산등양도소득이 있으면 법인세 신고 규정을 준용하므로 신고 대상입니다. 신고하면서 원천징수세액을 기납부세액으로 공제하는 구조이므로, 신고하지 않으면 원천징수세액이 실제 세액보다 많아도 정산되지 않습니다.
• 이자·배당 원천징수만 공제된다는 말은 맞나요?
  제64조 제1항 제4호의 문구만 보면 그렇게 읽힐 여지가 있었지만, 국세청은 2019년 회신에서 부동산등양도소득 원천징수세액도 공제·환급된다고 보았습니다. 현행 제97조 제1항 후단은 이를 조문으로 정하고 있습니다.
• 환급금은 언제 받을 수 있나요?
  세무서장은 초과 납부된 금액을 국세환급금으로 결정하고, 다른 국세에 충당한 뒤 남은 금액을 결정일부터 30일 안에 지급해야 합니다. 체납된 국세가 있으면 먼저 그 세금에 충당되므로 실제 받는 금액이 줄어들 수 있습니다.
• 신고 때 원천징수세액을 빠뜨렸다면요?
  법정신고기한까지 신고했다면 신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구로 원천징수세액 공제와 환급을 구할 수 있습니다. 원천징수영수증, 양수인의 납부 내역, 처음 낸 법인세 신고서 사본을 함께 제출하면 세무서가 공제 누락 여부를 바로 대조할 수 있습니다.
• 경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?
  거부 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 할 수 있습니다. 원천징수 사실과 금액, 제97조 제1항 후단의 공제 규정을 근거로 다툽니다. 이의신청은 거치지 않아도 됩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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