부가가치세

임대한 땅 일부를 잃었는데 선납받은 사용료 부가세를 돌려받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

아니요, 임차인이 반환을 요구하지 않고 땅을 계속 쓴다면 용역 공급이 계속되는 것으로 보아 부가세를 돌려받기 어렵습니다. 대법원 2012두19533 판결로 에누리액의 반영 시기와 감액 합의, 수정세금계산서 처리를 정리했습니다.

아니요, 임대할 권한 일부를 잃었더라도 임차인이 반환을 요구하지 않고 땅을 계속 쓰고 있다면 부가세를 돌려받기 어렵습니다. 대법원은 이런 경우 당초 계약에 따른 용역 공급이 계속되고 있다고 보았습니다. 다만 사용료를 깎기로 합의하면 그 시점 과세기간에서 공급가액을 줄일 수 있으므로, 길이 막힌 것은 아닙니다.

이런 상담이 많습니다

A조합은 조합원들 땅에 상가를 지어 분양하면서 수분양자들에게 대지 부분을 20년 동안 쓰게 하고 토지사용료 60억 원을 미리 받았습니다. 조합은 이를 20년으로 나눈 금액을 매 과세기간 공급가액으로 신고해 왔습니다. 그런데 일부 조합원 지분이 경매로 넘어가 새 소유자가 수분양자들을 상대로 부당이득 소송에서 이겼습니다. 소송에서 수분양자들은 조합에 사용료를 돌려 달라고 하지 않았고 점포도 그대로 쓰고 있습니다. 2026. 6. 조합은 그 지분만큼 임대할 수 없게 되었으니 남은 기간 부가세를 돌려받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

대법원은 어떻게 판단했나요?

상가개발조합이 1,878개 점포를 분양하면서 대지권 부분을 30년간 쓰게 하고 토지사용료 약 1,141억 원을 미리 받아, 30년으로 나눈 금액으로 부가세를 신고해 온 사건입니다. 토지 지분 약 20%가 제3자에게 넘어갔고, 새 소유자들은 조합이나 수분양자를 상대로 부당이득 소송에서 이겼습니다. 조합은 2006년 제1기부터 2008년 제2기까지 낸 부가세를 돌려 달라고 경정청구했다가 거부되었습니다.

대법원은 조합이 사용료를 돌려주지 않았고 수분양자들도 반환을 요구하지 않은 채 토지 전부를 계속 사용했으므로 용역 공급이 계속되고 있다고 보았습니다. 사용료 차감 합의 등으로 에누리액이 생긴다면 “그 금액은 특별한 사정이 없는 한 해당 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간의 총공급가액에서 차감될 수 있다.”라고 밝히고 상고를 기각했습니다.

공급가액을 줄이려면 무엇이 있어야 하나요?

임대인 쪽 사정만으로는 부족하고, 당사자 사이에서 공급 조건이 실제로 바뀌었다는 사정이 필요합니다. 판결이 예로 든 것은 사용료 일부를 차감하기로 합의하는 경우입니다. 임차인이 사용료 반환을 요구하거나 계약 해지를 통보하는 경우도 공급이 계속되는지를 다시 볼 사정이 됩니다.

이 사건에서는 경정청구 대상 기간 동안 그런 요구나 통보가 있었다는 증거가 없었습니다. 땅 일부의 소유권이 바뀌고 제3자가 판결을 받았다는 사실만으로는 조합과 수분양자 사이의 계약 내용이 바뀐 것이 아니라는 판단입니다. 판결로 대금이 줄어든 경우의 처리는 「소송에서 판결로 공사대금이 줄었다면 수정세금계산서는 언제 어떻게 발급하나요?」에서 자세히 설명했습니다.

지금 법에서도 같은 기준인가요?

같다고 볼 수 있습니다. 판결이 적용한 구 부가가치세법의 용역 공급 정의는 현행 부가가치세법 제11조 제1항에 같은 내용으로 남아 있고, 시설물이나 권리를 사용하게 하는 것도 용역 공급입니다. 둘 이상의 과세기간에 걸친 부동산 임대료를 선불로 받으면 계약기간 개월 수로 나눈 금액을 각 과세기간 공급가액으로 하는 방식도 같습니다.

에누리액은 지금도 공급가액에 넣지 않고, 계약 해지 등으로 공급가액에 차감되는 금액이 생기면 그 사유가 발생한 날을 작성일로 수정세금계산서를 발급합니다. 공급 후 공급조건대로 공급되지 않아 차감되는 금액도 에누리액이고, 그 사유가 발생한 날이 속하는 과세기간에서 뺀다는 것이 대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두8178 판결의 판단입니다. 결국 감액은 과거로 거슬러 올라가지 않고 합의 시점의 과세기간에 반영됩니다.

이미 낸 부가세를 되찾을 다른 방법은 없나요?

당초 신고가 틀렸던 것이 아니라면 지난 기간 경정청구는 받아들여지기 어렵습니다. 공급 조건이 바뀌는 사정은 앞으로의 과세기간에 반영하는 것이 원칙이기 때문입니다. 그래서 남은 계약기간이 길다면 임차인과 사용료 차감이나 일부 반환을 합의해 그 시점부터 공급가액을 줄이는 방법을 검토합니다.

합의할 때는 차감 금액과 대상 면적, 적용 시작일을 문서로 분명히 남겨야 합니다. 그 문서가 수정세금계산서 발급과 신고의 근거가 되고, 세무서가 에누리액인지 따로 주는 돈인지를 판단하는 자료가 됩니다.

선납 임대료 부가세 대응 순서

• 계약 구조 확인 - 사용료 선납 금액과 기간, 과세기간별 안분 신고 내역을 정리합니다.
• 권한 상실 범위 산정 - 넘어간 지분 비율과 그 시점을 등기와 판결문으로 확인합니다.
• 임차인 의사 확인 - 반환 요구나 해지 통보가 있었는지, 사용이 계속되는지 기록을 모읍니다.
• 감액 합의 문서화 - 차감 금액과 시작일을 정해 합의서를 쓰고 그날을 작성일로 수정세금계산서를 발급합니다.
• 신고와 기한 관리 - 감액분을 해당 과세기간 신고에 반영하고, 지난 기간을 다툴 사정이 있으면 5년 안에 경정청구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임차인이 반환을 요구했는지와 사용료 감액 합의를 언제 어떤 내용으로 했는지에 따라 공급가액을 줄일 수 있는 시기와 금액이 달라집니다. 법무법인 윤성은 임대·분양 사업의 부가가치세 경정청구와 수정세금계산서 처리 자문, 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 여러 해 치 임대료를 한 번에 받으면 부가세는 언제 내나요?
  둘 이상의 과세기간에 걸친 부동산 임대료를 선불로 받으면 받은 금액을 계약기간 개월 수로 나눈 금액을 각 과세기간의 공급가액으로 합니다. 받은 해에 한꺼번에 내는 것이 아닙니다.
• 임대료를 깎아 준 금액은 언제 공급가액에서 빠지나요?
  깎아 주기로 합의하는 등 사유가 생긴 날이 속하는 과세기간의 공급가액에서 뺍니다. 수정세금계산서도 그 사유 발생일을 작성일로 발급하므로, 과거 과세기간으로 거슬러 올라가 고치지 않습니다.
• 제3자가 부당이득 소송에서 이긴 판결로 후발적 경정청구를 할 수 있나요?
  어렵다고 볼 수 있습니다. 판결 사안에서도 제3자의 승소 확정 이후 임차인이 반환을 요구하지 않고 계속 사용한 이상 당초 공급이 계속된다고 보아 경정청구 거부가 적법했습니다.
• 임차인이 사용료 일부를 돌려 달라고 하면 어떻게 되나요?
  반환 요구나 계약 해지 통보는 공급 조건이 바뀌었는지 다시 볼 사정이 됩니다. 반환하기로 합의하거나 해지되면 그 사유가 생긴 과세기간에 공급가액 차감과 수정세금계산서 발급을 검토합니다.
• 에누리액과 임차인에게 따로 주는 보상금은 어떻게 다른가요?
  에누리액은 공급 조건에 따라 대가에서 직접 깎아 주는 금액이어서 공급가액에 넣지 않습니다. 반면 공급받는 자에게 주는 장려금이나 비슷한 금액은 과세표준에서 공제하지 않으므로 합의서의 문구가 중요합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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