부가가치세

지자체가 운행 손실을 메워 주려고 준 돈에도 부가가치세가 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.14 갱신

지자체가 공공성 있는 사업의 손실을 보전하려고 준 돈이 용역 대가가 아닌 재정 원조라면 부가가치세 과세표준에 들어가지 않습니다. 대법원 2020두56780 판결로 공공보조금 판단 기준과 위탁운영 상품의 공급자, 불복 기한을 정리했습니다.

아니요, 지자체가 공공성 있는 사업의 손실을 메워 주려고 준 돈이 용역의 대가가 아니라 재정 원조라면 부가가치세 과세표준에 들어가지 않습니다. 이름이 「운임」이어도 지급·반환 구조와 협약 목적, 실제 용역을 받는 사람이 누구인지로 성격을 가립니다. 협약에 홍보 노력 의무가 있다는 것만으로 홍보 용역의 대가가 되지도 않습니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 군(郡)과 협약을 맺고 2024. 3.부터 관광 순환버스를 운행하고 있습니다. 군은 매달 일정액을 「전세 운행비」 명목으로 지급하고, E사가 승객에게서 받은 운임의 일정 비율을 그 금액 안에서 돌려받습니다. 버스는 정해진 노선을 돌며 누구나 일반 요금을 내고 탈 수 있습니다. 세무서는 2026. 4. 이 운행비를 군에 대한 운행대행 용역의 대가로 보아 부가가치세를 고지하겠다고 통지했습니다. E사 대표는 2026. 5. 이 돈이 정말 용역 대가인지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

지자체 지원금은 언제 과세표준에서 빠지나요?

과세표준은 공급한 재화·용역의 공급가액이고, 공급받는 자에게서 받는 대가라면 명목을 묻지 않고 포함됩니다. 다만 재화나 용역의 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금은 공급가액에 넣지 않습니다.

결국 그 돈이 지자체에 제공한 용역의 반대급부인지, 사업을 돕기 위한 재정 지원인지가 쟁점입니다. 지원 목적이 손실 보전으로 적혀 있고, 사업 매출이 늘수록 지자체 부담이 줄어드는 구조라면 대가보다 보조금에 가깝다고 볼 수 있습니다. 반대로 지자체가 운행 횟수나 좌석 수만큼 값을 치르고 그 용역을 직접 쓰는 구조라면 대가로 평가될 가능성이 커집니다. 판결이 적용한 구법 조항과 현행 제29조 제5항 제4호의 내용은 같습니다.

대법원은 관광열차 전세운임을 어떻게 판단했나요?

사안에서 경상북도는 2009. 11. 한국철도공사와 관광순환열차 운행 협약을 맺고, 개조 전 좌석 수로 산정한 전세운임을 매월 지급했습니다. 그 금액을 한도로 승객 운임의 40%를 돌려받았고, 협약은 지급 목적을 「열차운행에 따른 변동비용 일부 보전」으로 적었습니다. 원심은 도가 홍보·특산품 판매 기회를 얻었다며 운행대행 용역의 대가로 보았습니다.

대법원은 운행 용역을 직접 받은 사람은 도가 아니라 철도 이용자이고, 전세운임은 “용역의 공급 그 자체에 대한 반대급부로서의 대가가 아닌 재정상의 원조를 목적으로 교부된 운영자금에 해당한다.”라고 판단했습니다. 운임 매출이 늘수록 도의 실질 부담이 줄어 대가로 보기 어렵다는 점도 들어 원심을 파기환송했습니다.

운송 자체가 면세인지도 따로 봐야 하나요?

네, 지원금 성격과 별개로 승객에게 제공하는 운송이 면세 여객운송인지 따져야 합니다. 여객운송 용역은 면세가 원칙이지만, 항공기·고속버스·전세버스·택시·고속철도 등에 의한 운송과 삭도·유람선 같은 관광·유흥 목적 운송수단에 의한 운송은 면세에서 빠집니다.

이 사건에서 세무서는 단체상품 승객에게 과세 관광용역을 공급했다고 주장했습니다. 그러나 원심은 관광열차가 기존 일반열차 노선으로 지역 주민을 포함한 불특정 다수를 각자 원하는 목적지까지 태우고 일반열차와 같은 요금을 받았다며 면세 여객운송으로 보았고, 대법원도 이 판단을 유지했습니다. 이름에 「관광」이 붙었다는 것만으로 과세 대상이 되지는 않습니다.

위탁운영사가 판 여행상품은 누구의 매출인가요?

같은 판결은 공사가 자회사에 맡긴 크루즈 열차 여행상품도 판단했습니다. 자회사는 자기 이름으로 상품을 팔았지만, 가격은 공사 승인 없이 바꿀 수 없었고 매월 실적을 보고했으며 권리도 공사에 귀속되었습니다. 판매대금에서 매출 비율 수수료와 비용을 뺀 나머지를 공사에 정산했습니다.

대법원은 자회사를 자기 명의로 공사 계산으로 영업하는 준위탁매매인으로 보고, 위탁매매 규정을 유추해 공사가 판매대금 전부에 부가가치세를 내야 한다고 보았습니다. 위탁운영 계약이라면 정산금이 아니라 고객이 낸 금액 전체가 위탁자 매출이 될 수 있습니다.

지자체 지원금 부가가치세 대응 순서

• 협약서 확인 - 지원 목적, 산정 방식, 반환·정산 조항을 확인합니다.
• 용역 상대방 확인 - 실제 서비스를 받는 사람이 지자체인지 일반 이용자인지 정리합니다.
• 반대급부 여부 점검 - 지원금이 제공량에 비례하는지, 매출이 늘면 줄어드는지 봅니다.
• 부수 의무 정리 - 홍보 협조 같은 의무가 보조사업자의 부수 의무 수준인지 따집니다.
• 기한 안에 다투기 - 과세예고나 조사 결과 통지를 받은 날부터 30일, 고지서를 받은 날부터 90일 안에 대응합니다.

행사 운영형 보조금의 과세 여부는 「지자체 박람회를 운영하고 받은 보조금도 부가세 과세표준에 들어가나요?」에서 자세히 설명했습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 협약상 지원 목적과 지급·반환 구조, 실제 용역을 받는 사람이 누구인지에 따라 과세 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 지자체 협약 사업과 위탁운영 구조의 부가가치세 검토, 세무조사 대응과 조세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 보조금 명목이면 모두 과세표준에서 빠지나요?
  아닙니다. 공급과 직접 관련되지 않은 국고보조금과 공공보조금만 빠집니다. 이름이 보조금이어도 지자체에 제공한 용역의 대가로 평가되면 과세표준에 들어갑니다.
• 협약에 관광 홍보 의무가 있으면 홍보 용역의 대가가 되나요?
  그 의무가 보조사업자가 보조사업과 관련해 부수적으로 지는 정도라면 홍보 용역의 대가로 보기 어렵다는 것이 대법원 판단입니다. 독립된 홍보 용역을 약정하고 값을 정했다면 달리 볼 수 있습니다.
• 위탁매매 규정은 용역에도 적용되나요?
  위탁매매 규정은 재화에 관한 것이지만, 대법원은 자기 명의로 남의 계산으로 용역 제공을 영업으로 하는 준위탁매매에도 유추적용된다고 봅니다. 그러면 위탁자가 직접 공급한 것으로 봅니다.
• 위탁운영인지 일반 거래인지는 계약서 제목으로 정하나요?
  아닙니다. 계약 명칭이나 형식보다 실질로 판단합니다. 가격 결정권, 손익과 위험의 귀속, 실적 보고 의무, 수수료 구조 등을 함께 봅니다.
• 지원금을 매출로 신고해 왔다면 돌려받을 수 있나요?
  용역 대가가 아닌 공공보조금인데 과세표준에 넣어 신고했다면, 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안의 과세기간분은 경정청구를 할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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