세금

리스 자산을 쓰는 회사가 리스회사 대신 매입세액공제를 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 등록된 시설대여업자에게서 리스한 시설을 공급자에게서 직접 인도받았다면 가능합니다. 공급자가 리스이용자에게 직접 세금계산서를 발급하는 특례가 있습니다. 리스료에는 부가가치세가 없으므로 이 특례를 쓰지 않으면 공제받을 길이 없습니다.

네, 등록된 시설대여업자에게서 리스한 시설을 공급자에게서 직접 인도받았다면 가능합니다. 공급자가 리스이용자에게 직접 세금계산서를 발급하는 특례가 있습니다. 리스료에는 부가가치세가 없으므로 이 특례를 쓰지 않으면 공제받을 길이 없습니다.

리스 설비의 매입세액은 왜 리스이용자가 공제받을 수 있나요?

리스 거래에서 설비를 사는 사람은 리스회사이고, 쓰는 사람은 리스이용자입니다. 원칙대로라면 공급자는 리스회사에 세금계산서를 발급합니다. 그런데 시설대여업은 여신전문금융업에 속해 그 리스료가 면세 금융용역으로 다뤄집니다. 리스회사는 면세사업자라 설비 매입세액을 공제받지 못하고, 리스이용자도 리스료에 부가가치세가 없으니 공제할 것이 없습니다.

이렇게 되면 설비에 붙은 부가가치세가 누구에게서도 공제되지 않고 원가로 남습니다. 그래서 시행령은 이런 경우를 따로 정합니다. 과세사업자가 등록된 시설대여업자에게서 시설을 임차하고, 공급자나 세관장에게서 직접 인도받는 경우입니다. 이때 공급자나 세관장이 리스이용자에게 직접 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 공급시기를 따질 때도 리스이용자가 공급자에게서 직접 공급받은 것으로 봅니다.

이 특례로 리스이용자는 설비 매입세액을 자기 매출세액에서 공제받습니다. 공급가액 5억원 설비라면 5,000만원의 매입세액이 원가가 되느냐, 공제되느냐가 이 특례에 달려 있습니다. 실제로 설비를 사업에 쓰는 사람이 부가가치세를 공제받게 되어 부가가치세의 구조와도 맞습니다. 공급자는 발급 상대방만 바뀔 뿐 매출 신고는 같습니다.

특례를 쓰려면 어떤 요건을 갖춰야 하나요?

네 가지를 갖춰야 합니다. 리스이용자가 부가가치세 납세의무가 있는 사업자여야 합니다. 리스회사가 여신전문금융업법에 따라 등록한 시설대여업자여야 합니다. 리스 대상이 시설 등이어야 하고, 리스이용자가 그 시설을 공급자나 세관장에게서 직접 인도받아야 합니다.

직접 인도가 핵심 요건입니다. 리스 계약서에 인도 장소와 인도 방법을 적어 두면 나중에 다툼이 생겼을 때 유력한 자료가 됩니다. 리스회사가 먼저 물건을 받아 두었다가 리스이용자에게 넘겼다면 이 요건을 갖추지 못합니다. 운송장, 설치 확인서, 검수 확인서처럼 공급자에게서 리스이용자에게 바로 넘어간 사실을 보여 주는 자료를 남겨 두어야 합니다.

수입 설비도 같습니다. 세관장이 수입세금계산서를 리스이용자에게 직접 발급할 수 있습니다. 이때도 리스이용자가 수입 통관 후 직접 인도받는 구조여야 합니다.

요건을 갖추었더라도 특례는 「발급할 수 있다」는 허용 규정입니다. 공급자가 리스회사에 발급하는 것이 위법은 아니므로, 리스이용자가 먼저 요청하지 않으면 원칙대로 처리되기 쉽습니다. 리스 실행 전에 공급자에게 서면으로 발급 상대방을 알리는 것이 실무상 가장 중요한 단계입니다.

리스회사를 공급받는 자로 적어 받았다면 바로잡을 수 있나요?

해석이 갈립니다. 수입차 판매회사가 전시·시승용 차량을 리스로 쓴 사안들이 있습니다. 리스회사를 공급받는 자로 적은 세금계산서를 수년 뒤 리스이용자 명의로 고쳤습니다.

조세심판원 2022. 3. 14. 조심 2021광0547 결정은 이를 착오 수정으로 보아 리스이용자의 환급 청구를 받아들였습니다. 반면 조세심판원 2022. 2. 21. 조심 2021서3513 결정은 받아들이지 않았습니다. 확정신고기한이 지난 뒤 공급받는 자를 바꾼 것은 새로운 세금계산서 발급으로 보았습니다. 차량이 모두 광고선전용으로 쓰였다는 증빙도 부족하다고 했습니다. 두 결정 모두 차량 관련 사안이라 승용차 불공제 문제도 함께 다뤄졌습니다. 법원은 착오로 보지 않는 쪽입니다. 부산고등법원 2023. 12. 13. 선고 2023누21112 판결(확정)은 같은 구조에서 착오 수정을 인정하지 않았습니다.

결국 처음부터 리스이용자 명의로 받는 것이 가장 안전합니다. 수정으로 바로잡으려면 공급자, 리스회사가 모두 신고를 고쳐야 해 협조를 얻기도 어렵습니다. 리스 계약서에 직접 인도와 세금계산서 수취 방식을 적어 두고, 공급자에게 발급 상대방을 미리 알려야 합니다.

리스한 승용차도 매입세액공제를 받을 수 있나요?

리스로 들여도 개별소비세 과세 대상 승용자동차라면 매입세액은 공제되지 않습니다. 비영업용 소형승용자동차의 구입·임차·유지에 관한 매입세액은 불공제 대상이기 때문입니다. 리스이용자 명의로 세금계산서를 받는 특례는 공제 가능한 설비에서만 실익이 있습니다.

다만 운수업이나 자동차 판매업처럼 승용차를 영업에 직접 쓰는 업종은 공제될 수 있습니다. 앞의 심판례에서 차량이 광고선전용으로 쓰였는지가 다툼이 된 것도 이 때문입니다. 승용차 리스라면 업종과 용도를 먼저 확인해야 합니다. 개별소비세 과세 대상이 아닌 차량은 이 불공제 규정이 적용되지 않으니 차종부터 확인합니다. 과세 대상은 승용자동차, 이륜자동차, 캠핑용자동차이고 1,000시시 이하 규격 경차 등은 빠집니다.

리스 설비 매입세액 대응 순서

• 리스회사 확인 - 여신전문금융업법상 등록된 시설대여업자인지 확인합니다.
• 인도 방식 확정 - 공급자에게서 직접 인도받는 구조로 리스 계약을 짭니다.
• 발급 상대방 통지 - 공급자에게 리스이용자를 공급받는 자로 발급하도록 미리 알립니다.
• 인도 자료 보관 - 운송장, 설치·검수 확인서로 직접 인도 사실을 남깁니다.
• 불공제 대상 확인 - 승용차 등 불공제 대상이면 공제 여부를 따로 판단합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 리스회사의 등록 여부와 인도 경로, 리스 대상 자산에 따라 매입세액공제 가능성이 달라집니다. 법무법인 윤성은 리스·렌탈 거래의 부가가치세 구조 검토와 매입세액 불공제 처분 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 운용리스와 금융리스 모두 특례를 쓸 수 있나요?
  특례 요건은 등록된 시설대여업자로부터 시설을 임차하고 직접 인도받는 것입니다. 시행령 문언은 리스의 회계상 구분을 요건으로 두지 않으므로 두 경우 모두 요건을 갖추면 적용된다고 볼 수 있습니다.
• 렌탈회사에서 빌린 설비도 같은가요?
  렌탈회사가 여신전문금융업법상 시설대여업자로 등록하지 않았다면 특례 대상이 아닙니다. 이 경우 렌탈료에 부가가치세가 붙어 렌탈료 세금계산서로 매입세액을 공제받습니다.
• 리스가 끝나 설비를 리스회사에 돌려주면 세금계산서를 발급하나요?
  대가 없이 리스계약에 따라 돌려주는 것은 임차물 반환이어서 재화의 공급이 아니라고 볼 수 있습니다. 이용자가 공급받은 것으로 보아 공제받았으니 공급으로 보아야 한다는 반론이 있어 계약 종료 전에 확인합니다.
• 리스 설비를 면세사업에 쓰면 공제받을 수 있나요?
  면세사업에 쓰는 설비의 매입세액은 공제되지 않습니다. 과세사업과 면세사업에 함께 쓰면 공통매입세액으로 보아 면세공급가액 비율 등으로 나눠 과세사업 해당분만 공제받습니다.
• 리스회사도 이용자에게 세금계산서를 따로 발급하나요?
  시설대여업자의 리스료는 면세 금융용역이어서 리스회사는 세금계산서가 아니라 전자계산서를 발급합니다. 법인은 재화나 용역을 공급하면 계산서를 발급해야 하고, 리스료에서 공제할 부가가치세는 없습니다.
• 리스이용자가 이미 리스회사 명의로 받은 지 1년이 안 됐다면요?
  착오 외 사유라면 확정신고기한 다음 날부터 1년 안에 공급받는 자를 바꾸는 수정세금계산서를 발급할 수 있습니다. 공급자의 협조가 필요하니 서둘러 요청해야 합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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