법인세·소득세

세법해석 사전답변을 받고 그대로 거래했는데 세무서가 다르게 과세할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

그대로 거래했다면 세무서도 답변에 따라야 합니다. 국세청 훈령은 신청인이 답변을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 거래한 경우 관할 세무서가 답변내용에 따라 경정·결정하도록 정합니다. 다만 신청서와 실제 거래가 다르면 보호받기 어렵고, 다른 회사가 받은 회신은 이런 효력이 없습니다. 답변과 다른 과세에는 과세전적부심사로 다툽니다.

국세청 해석이라고 모두 같은 힘을 갖지는 않습니다. 본인 거래에 대해 실명으로 받은 사전답변은 세무서를 묶어 두지만, 다른 회사가 받은 질의회신은 그렇지 않습니다. 또 사전답변을 받았더라도 신청서에 적은 사실과 실제 거래가 달라지면 보호받기 어렵습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 제조업 법인의 대표입니다. 2025. 4. 지분 전부를 가진 자회사를 흡수합병하기 전에 합병 뒤 자회사 이월결손금을 공제받을 수 있는지 세법해석 사전답변을 신청했고, 2025. 8. 공제된다는 답변서를 받았습니다. 회사는 2025. 10. 합병을 마치고 2026. 3. 31. 법인세 신고에 결손금 3억원 공제를 반영했습니다. 그런데 2026. 9. 시작된 세무조사에서 조사 담당자가 답변과 달리 공제를 부인할 수 있다고 했습니다. A씨는 국세청이 직접 준 답변인데도 세무서가 다르게 과세할 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

사전답변은 일반 질의회신과 무엇이 다른가요?

사전답변은 본인의 특정한 거래에 대해 실명과 구체적 사실관계를 적은 신청서를 법정신고기한 전에 내면 국세청장이 명확히 답하는 제도입니다. 서면질의가 세법 해석의 일반적 사항을 묻는 것과 다릅니다. 특정한 거래란 이미 시작했거나 가까운 장래에 시작할 것이 계약서 같은 객관적 자료로 확인되는 거래를 말합니다.

국세청 기준으로 가정의 사실관계, 사실판단 사항, 여러 단계로 이어진 거래의 일부만 묻는 질의, 조세회피 목적의 질의는 신청 대상이 아닙니다. 대리인은 변호사, 세무사, 세무대리 등록을 한 공인회계사만 할 수 있습니다.

신청서에는 인적사항, 해석에 필요한 구체적 사실관계, 묻는 내용, 관련 법령과 해석례·판례, 신청인의 의견을 적고 신청대상 검토표를 함께 냅니다. 장래의 거래라면 계약서 초안이나 이사회 안건처럼 거래 내용을 확인할 수 있는 자료를 요구받습니다. 이 단계에서 사실관계를 얼마나 정확히 적느냐가 나중의 보호 범위를 정합니다.

다른 납세자가 받은 회신은 사정이 다릅니다. 대법원은 원고들의 질의에 대한 답변이 아닌 국세청장 질의회신은 예규로 공표되었더라도 불특정 납세자에 대한 일반적 견해표명에 불과해 신의성실 원칙에서 말하는 공적 견해표명이 아니라고 보았습니다.

답변과 다르게 과세하면 어떻게 다투나요?

국세청 훈령은 신청인이 답변을 정당하게 신뢰하고 신청한 사실대로 거래를 이행했다면 관할 세무서장과 지방국세청장이 경정·결정할 때 그 답변내용에 따라야 한다고 정합니다. A씨처럼 신청서대로 합병했다면 조사 단계에서 이 조항을 먼저 내세웁니다.

훈령은 국세청 내부 규정이므로 소송에서는 국세기본법의 신의성실 원칙으로 다툽니다. 대법원은 과세관청의 공적 견해표명, 그 신뢰에 납세자의 귀책사유가 없을 것, 신뢰에 따른 행위, 견해에 반하는 처분으로 인한 이익 침해를 요건으로 봅니다. 본인 거래에 대한 국세청장 명의 답변서는 첫째 요건을 보여 주는 자료가 됩니다.

본세가 결국 과세되더라도 가산세는 따로 봅니다. 세법해석 질의·회신에 따라 신고·납부했는데 이후 다른 과세처분을 하는 경우는 가산세를 부과하지 않는 사유입니다.

사전답변을 받았는데도 보호받지 못하는 경우는?

보호의 전제는 신청서의 사실관계입니다. 합병 비율, 거래 시기, 대가 지급 방식처럼 결론에 영향을 주는 사실이 신청 뒤 바뀌었다면 답변을 그대로 내세우기 어렵습니다. 사실관계를 빠뜨리거나 다르게 적었다면 정당한 신뢰로 보기도 어렵습니다.

여러 단계로 이어지는 거래 가운데 한 단계만 물어 답을 받은 경우도 조심해야 합니다. 국세청 기준으로 이런 질의는 처음부터 신청 대상이 아니고, 답을 받았더라도 세무서는 나머지 단계와 묶어 거래 전체를 다시 볼 수 있습니다. 합병 전후에 주식 이전이나 자산 매각이 함께 계획되어 있다면 처음부터 전체 구조를 적어 신청합니다.

답변 뒤 세법이 바뀌어 바뀐 법이 적용되는 거래라면 답변은 종전 법령을 전제로 한 것이 됩니다. 이때는 거래 일정을 다시 짜거나 새로 신청할지 검토합니다.

신청이 반려되거나 답변이 늦어지면 어떻게 하나요?

국세청은 신청기한이 지났거나, 14일 보완 요구에 응하지 않았거나, 법령에 이미 명백하거나 법령 개정이 진행 중인 경우 신청서를 반려할 수 있습니다. 접수 뒤 그 내용으로 세무조사 사전통지를 받거나 결정·경정이 있어도 반려 대상입니다.

접수일부터 3개월 안에 처리하지 못하면 국세청은 진행상황을 알려야 합니다. 외부 요인이나 정부기관과의 거래 종결처럼 기한이 정해진 사정이 있으면 신속 처리를 요청할 수 있지만, 이사회나 주주총회가 예정되어 있다는 사정만으로는 받아들여지지 않습니다. 답변은 인적사항과 사업상 비밀을 빼고 공개되며, 통지를 받은 날부터 5일 안에 공개 연기를 신청할 수 있습니다.

사전답변 분쟁 대응 순서

• 사실관계 대조 - 신청서에 적은 사실과 실제 계약서, 이사회 의사록, 대금 지급 내역을 항목별로 맞춥니다.
• 조사 단계 의견서 - 답변서와 대조표를 조사 담당자에게 내고, 세무서가 국세청에 과세기준자문을 신청하면 납세자 의견서를 함께 냅니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지나 과세예고통지를 받은 날부터 30일 안에 청구합니다.
• 가산세 면제 주장 - 본세가 남더라도 질의회신에 따른 신고라는 점을 들어 가산세 면제를 구합니다.
• 심판청구 - 고지를 받은 날부터 90일 안에 변호사와 신의성실 원칙 위반을 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신청서에 적은 사실과 실제 거래가 얼마나 같은지에 따라 답변의 보호를 받을 수 있는지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 사전답변 신청서 작성과 답변에 반하는 과세에 대한 과세전적부심사·심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 사전답변과 서면질의는 무엇이 다른가요?
  사전답변은 본인의 특정한 거래에 대해 실명과 구체적 사실관계를 적어 법정신고기한 전에 신청하는 제도이고, 국세청 훈령은 그 답변대로 거래하면 세무서가 답변에 따르도록 정합니다. 서면질의는 세법 해석의 일반적 사항을 묻는 것입니다.
• 다른 회사가 받은 국세청 회신대로 했는데 과세됐어요.
  대법원은 본인 질의에 대한 답이 아닌 국세청 회신은 예규로 공표되었더라도 신의성실 원칙의 공적 견해표명이 아니라고 봅니다. 본세를 다투기는 어렵지만 해석이 갈리는 쟁점이었다면 가산세는 정당한 사유로 다툴 수 있습니다.
• 신고기한이 지난 뒤에도 사전답변을 신청할 수 있나요?
  신청은 해당 세목의 법정신고기한 전까지 해야 하고, 기한이 지난 신청은 반려됩니다. 이미 신고한 거래라면 일반 서면질의나 경정청구 같은 다른 절차를 검토합니다.
• 답변을 받은 뒤 계약 조건을 조금 바꿨는데 괜찮을까요?
  답변의 보호는 신청한 사실대로 거래한 경우에 미칩니다. 바뀐 조건이 결론에 영향을 줄 수 있는 사실이라면 답변을 그대로 내세우기 어려우므로 변경 전에 새로 신청할지 검토합니다.
• 세무조사 중에 사전답변을 신청해도 되나요?
  접수 뒤 그 내용으로 세무조사 사전통지를 받거나 결정·경정이 있으면 신청서는 반려될 수 있습니다. 조사 중이라면 조사 담당자에게 의견서를 내고, 세무서의 과세기준자문 신청 때 납세자 의견서를 내는 방법을 씁니다.
• 답변 내용이 공개되나요?
  답변은 인적사항과 사업상 비밀을 빼고 공개됩니다. 답변 통지를 받은 날부터 5일 안에 공개 연기나 특정정보 비공개를 신청할 수 있고, 연기는 1년 이내이며 한 번 6개월 연장할 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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