양도소득세

상가를 주택으로 용도변경하고 2년 안에 팔면 단기보유세율이 붙나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 2년 넘게 보유한 상가를 주택으로 용도변경한 뒤 1년이나 2년 안에 팔아도 단기보유세율이 아니라 기본세율이 적용됩니다. 소득세법은 세율 판정의 보유기간을 건물 취득일부터 양도일까지로 세고, 국세청도 같은 결론을 회신했습니다. 다만 1세대1주택 비과세의 2년 보유는 주택으로 쓰기 시작한 날부터 다시 세므로 지금은 용도변경일과 실제 입주일부터 확인해야 합니다.

용도변경 뒤 2년이 지날 때까지 기다렸다가 팔아야 단기보유세율을 피한다고 믿는 분이 많지만, 세율 판정만 놓고 보면 그럴 필요가 없습니다. 기다려야 하는 것은 세율이 아니라 비과세 요건 쪽입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2007년에 어린이집으로 쓰던 건물을 샀고, 2015년에 아파트를 사서 지금까지 살고 있습니다. 어린이집 운영을 접은 뒤 2023년 6월 건물 전체를 근린생활시설로 바꿨다가, 2026년 3월 건물면적의 65%를 주택으로 용도변경해 겸용주택으로 만들었습니다. 용도변경 당시 그 건물은 조정대상지역에 있지 않았습니다. A씨는 이 겸용주택을 2027년 안에 팔면 1년 또는 2년 미만 보유로 보아 60%나 70% 세율이 붙는지, 아파트를 먼저 팔면 일시적 2주택 비과세가 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 2년 이상 보유한 근린생활시설을 겸용주택으로 용도변경해 용도변경일부터 1년 또는 2년 안에 팔더라도 소득세법 제104조 제1항 제1호에 따라 기본세율을 적용한다고 회신했습니다(서면-2024-법규재산-0823, 2024. 6. 27.). 질의자는 2005년 8월 어린이집 건물을 취득해 2021년 6월 근린생활시설로, 2024년 3월 겸용주택(주택 65%)으로 용도변경했고, 2013년 2월부터 아파트에 거주하고 있었습니다. 국세청은 세 가지를 나누어 답했습니다. 첫째, 단기보유세율의 보유기간은 건물 취득일부터 양도일까지이므로 용도변경일부터 다시 세지 않습니다. 둘째, 1세대1주택 비과세는 건물 취득일부터 양도일까지의 기간 중 주택으로 사용한 기간 등이 시행령 제154조 제1항의 요건을 충족해야 적용됩니다. 셋째, 근린생활시설을 주택으로 용도변경하면 용도변경일을 신규주택 취득일로 보아 일시적 2주택 특례를 적용합니다.

이 회신은 질의자가 밝힌 사실관계, 즉 용도변경 당시 비조정대상지역이고 2년 넘게 보유한 건물이라는 전제에서 나온 것입니다. 취득 후 2년이 되기 전에 용도변경해 파는 경우나, 공부상 용도변경 없이 사실상 주거용으로만 쓴 경우에는 결론이 달라질 수 있습니다.

단기보유세율의 보유기간은 어디서부터 세나요?

세율을 정하는 보유기간은 그 자산을 취득한 날부터 양도한 날까지입니다. 용도가 상가에서 주택으로 바뀌어도 자산 자체가 새로 취득된 것이 아니므로 기산일은 그대로입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법」 제104조 제1항은 주택의 보유기간이 1년 미만이면 양도소득 과세표준의 70%, 1년 이상 2년 미만이면 60%의 세율을 적용하고, 2년 이상이면 제55조 제1항의 기본세율(6%부터 45%까지)을 적용합니다. 건물을 산 지 2년이 넘었다면 용도변경 직후에 팔아도 기본세율입니다.

• 1년 미만 보유 주택 - 과세표준의 70%
• 1년 이상 2년 미만 보유 주택 - 과세표준의 60%
• 2년 이상 보유 - 기본세율 6%부터 45%까지

비과세 2년 보유는 용도변경일부터 다시 세나요?

네, 1세대1주택 비과세의 보유기간은 그 건물을 사실상 주거용으로 쓰기 시작한 날부터 양도일까지로 셉니다. 사실상 주거용으로 쓴 날이 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 바꾼 날부터 셉니다. 시행령 제154조 제5항이 2022. 5. 31. 개정으로 이렇게 바뀌었고, 2024. 2. 29. 개정으로 사실상 주거용 사용일 기준이 더해졌습니다. 세율은 건물 취득일 기준이지만 비과세는 주택이 된 날 기준이라는 점이 이 사안의 갈림길입니다. 회신 사안처럼 2024년 3월에 겸용주택으로 바꿨다면 2026년 3월이 지나야 보유 2년이 채워집니다. 취득 당시 조정대상지역이었다면 거주 2년도 필요합니다.

겸용주택은 주택 연면적이 주택 외 부분의 연면적보다 크면 건물 전부를 주택으로 봅니다. 회신 사안처럼 65%가 주택이면 상가 부분까지 주택으로 보아 비과세를 판단합니다. 다만 양도가액이 12억원을 넘는 고가주택이면 12억원 초과분은 과세됩니다.

아파트를 먼저 팔면 일시적 2주택이 되나요?

네, 상가를 주택으로 용도변경한 날을 신규주택 취득일로 보아 일시적 2주택 특례를 적용합니다. 종전주택인 아파트를 취득한 날부터 1년 이상 지난 뒤 용도변경이 이루어지고, 용도변경일부터 정해진 기간 안에 아파트를 팔면 아파트에 1세대1주택 비과세 규정을 적용합니다. 국세청은 이 사안에서 용도변경일을 신규주택 취득일로 본다고 분명히 했습니다.

2026. 10. 1.부터 무엇이 바뀌었나요?

일시적 2주택의 종전주택 처분기한이 둘로 나뉘었습니다. 2026. 9. 30. 개정된 시행령은 신규주택 취득일 현재 종전주택이 조정대상지역에 있고 신규주택도 조정대상지역에 있으면 2년, 그 밖의 경우는 3년 안에 종전주택을 팔도록 정했습니다. 조정대상지역 공고일 이전에 신규주택을 취득했거나 매매계약을 맺고 계약금을 지급한 사실이 확인되면 3년입니다. 부칙 제2조 제1항은 종전주택을 조정대상지역에 보유한 1세대가 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 양도하는 경우부터 2년 규정을 적용합니다. 2026. 8. 3. 이전에 조정대상지역 신규주택을 취득했거나 그 매매계약을 맺고 계약금을 지급한 사실이 증명서류로 확인되면 부칙 제2조 제2항에 따라 종전 규정대로 3년입니다. 용도변경으로 주택을 취득한 것으로 보는 경우에는 용도변경일이 신규주택 취득일이므로, 그 날짜와 두 주택의 조정대상지역 여부를 함께 확인해야 합니다. 회신 사안처럼 용도변경 당시 비조정대상지역이었다면 3년입니다.

상가 주택 용도변경 양도 대응 순서

• 취득일과 용도변경일 확인 - 건물 취득일, 건축물대장상 용도변경일, 실제 입주일을 등기사항증명서·건축물대장·주민등록초본으로 맞춥니다. 세율은 취득일, 비과세는 주거용 사용일이 기준입니다.
• 면적 비율 계산 - 주택 연면적이 주택 외 연면적보다 큰지 건축물대장으로 확인합니다. 주택이 더 크면 전부를 주택으로 봅니다.
• 조정대상지역 여부 확인 - 아파트 취득 당시와 용도변경 당시 두 주택이 조정대상지역이었는지 확인합니다. 처분기한 2년과 3년이 여기서 갈립니다.
• 양도 순서 결정 - 아파트를 먼저 팔지, 겸용주택을 먼저 팔지에 따라 비과세 적용 대상이 달라집니다. 겸용주택을 먼저 팔려면 용도변경일부터 2년 보유를 채워야 합니다.
• 예정신고와 불복 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 합니다. 세무서가 단기보유세율이나 비과세 부인으로 고지하면 90일 안에 심판청구를, 신고세액이 많았다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 용도변경 전에 이미 주거용으로 쓰고 있었거나 건물 일부만 주택으로 쓴 기간이 있다면 건축물대장과 전기·수도 사용 내역, 주민등록 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인과 세율 적용에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 건물을 산 지 2년이 안 됐는데 용도변경해 팔면요?
  건물 취득일부터 양도일까지가 2년 미만이면 주택으로서 60%, 1년 미만이면 70% 세율이 적용됩니다. 세율의 보유기간은 용도변경일이 아니라 건물 취득일부터 세기 때문입니다. 회신 사안은 취득 후 2년이 넘은 건물이라 기본세율이었고, 취득 2년 안에 파는 경우는 결론이 다릅니다.
• 공부상 용도는 안 바꾸고 실제로만 살았다면요?
  비과세 보유기간은 사실상 주거용으로 사용한 날부터 셉니다. 공부상 용도변경 없이 실제로 거주했다면 그 날짜를 증명해야 하고, 분명하지 않으면 공부상 용도를 주택으로 바꾼 날이 기준이 됩니다. 입주일을 뒷받침하는 전입신고, 공과금 내역, 이사 계약서를 모아 두어야 합니다.
• 주택 부분이 50%면 전부 주택으로 보나요?
  아니요, 주택 연면적이 주택 외 부분의 연면적과 같거나 작으면 주택 외 부분은 주택으로 보지 않습니다. 주택 연면적이 더 커야 건물 전부를 주택으로 봅니다. 회신 사안은 65%가 주택이라 전부 주택이었고, 정확히 절반이면 상가 부분은 과세 대상으로 따로 계산합니다.
• 용도변경일을 신규주택 취득일로 보는 근거는요?
  일시적 2주택 특례는 종전주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득해 2주택이 된 경우에 적용되는데, 국세청은 상가를 주택으로 용도변경한 날에 다른 주택을 취득한 것으로 봅니다. 서면-2024-법규재산-0823 회신도 용도변경일을 시행령 제155조 제1항의 신규주택 취득일로 본다고 했습니다.
• 일시적 2주택 처분기한 2년은 누구에게 적용되나요?
  신규주택 취득일 현재 종전주택이 조정대상지역에 있고 신규주택도 조정대상지역에 있는 경우입니다. 부칙에 따라 2026. 8. 4. 이후 조정대상지역 신규주택을 취득하고 2026. 10. 1. 이후 종전주택을 양도하는 분부터 적용됩니다. 그 밖의 경우는 3년이고, 공고일 이전 취득·계약금 지급이 확인되면 3년입니다.
• 겸용주택 양도가액이 12억원을 넘으면요?
  주택과 딸린 토지의 양도 당시 실지거래가액 합계가 12억원을 초과하는 고가주택은 비과세 대상에서 제외되고, 12억원을 넘는 부분에 해당하는 양도차익에 과세됩니다. 겸용주택 전부를 주택으로 보더라도 고가주택 판정은 따로 하므로, 전체 양도가액을 먼저 확인해야 합니다.
• 단기세율로 고지되면 언제까지 다퉈야 하나요?
  세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 제기해야 합니다. 스스로 단기세율로 신고해 세금을 더 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지서 수령일과 신고일을 기록해 두어야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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