양도소득세

등록을 말소한 임대주택에 살지 않고 팔아도 상생임대로 거주주택 비과세가 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

네, 거주주택 비과세를 한 번 받은 뒤 등록임대주택의 등록을 말소하고 그 집을 거주주택으로 팔 때, 그 집이 상생임대주택 요건을 갖췄다면 2년 거주 없이도 거주주택 비과세를 적용받을 수 있습니다. 국세청은 2025년 9월 2일 해석에서 등록임대주택에도 상생임대주택 특례가 적용되므로 직전거주주택보유주택의 거주요건이 면제된다고 보았고, 다만 비과세 범위는 직전거주주택을 판 날 뒤의 기간분으로 한정된다고 했습니다. 지금은 임대주택의 직전임대차계약과 상생임대차계약 기간이 각각 1년 6개월과 2년을 넘는지 확인해 두십시오.

등록을 말소한 임대주택에 2년 동안 들어가 살아야 거주주택으로 팔 수 있다고 생각하는 분이 많습니다. 임대하던 동안 맺은 계약이 상생임대 요건을 채웠다면 이사 들어갈 필요가 없습니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2018년 3월 아파트 한 채를 8년 매입임대주택으로 등록하고, 2020년 1월 다른 아파트 두 채를 장기일반민간임대주택으로 등록해 세 채를 임대했습니다. 따로 살던 집은 2022년 10월 거주주택 비과세로 팔았습니다. 첫 번째 임대주택은 2021년 4월부터 2023년 4월까지 직전임대차계약, 2023년 4월부터 2025년 4월까지 보증금을 올리지 않은 상생임대차계약으로 임대했습니다. A씨는 2025년 5월 임대의무기간의 절반을 넘긴 그 집의 등록을 자진 말소하고 2026년 6월 세입자를 내보낸 상태로 팔았습니다. A씨는 그 집에 한 번도 살지 않았는데 거주주택 비과세가 되는지, 된다면 어느 기간분이 비과세인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 등록을 말소한 임대주택의 상생임대 특례를 어떻게 해석했나요?

등록임대주택에도 상생임대주택 특례가 적용되므로, 직전거주주택보유주택에 2년 이상 거주하지 않았더라도 상생임대 요건을 갖췄다면 거주주택 특례를 적용할 수 있다고 해석했습니다. 국세청은 사전-2025-법규재산-0663(2025. 9. 2.) 사전답변에서, 거주주택 한 채와 장기임대주택 세 채를 보유한 1세대가 거주주택 비과세를 받은 뒤 장기임대주택 하나를 임대의무기간 안에 자진 말소해 거주주택으로 전환하고 양도한 사안을 다뤘습니다. 상생임대주택 특례는 거주주택 특례의 거주기간 요건을 적용할 때 거주기간 제한을 받지 않도록 하는 규정이고, 임대주택으로 등록돼 있던 집이라고 해서 이 특례에서 빠지지 않는다는 취지입니다. 이 해석은 세 채 모두 장기임대주택 요건을 갖췄고 말소 주택이 상생임대 요건을 채웠다는 사실관계를 전제로 하므로, 임대료를 5% 넘게 올렸거나 임대기간이 모자라면 결론이 달라질 수 있습니다.

같은 해석은 비과세 범위를 제한했습니다. 거주주택 비과세를 한 번 받은 뒤 임대주택을 거주주택으로 전환해 파는 경우 그 집은 「직전거주주택보유주택」이 되고, 비과세는 앞서 판 거주주택의 양도일 뒤 기간분에만 적용됩니다. 그 전 기간분 양도차익은 과세됩니다.

직전거주주택보유주택의 비과세는 어느 기간에 적용되나요?

2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」은 임대주택으로 등록한 사실이 있고 직전거주주택보유주택에 해당하는 1세대 1주택에 대해 직전거주주택의 양도일 뒤 기간분에 대해서만 1주택을 보유한 것으로 보아 비과세를 적용합니다. 직전거주주택이란 임대주택을 보유하는 동안 양도한 다른 거주주택이고, 둘 이상이면 가장 나중에 양도한 집입니다.

• 거주주택 요건 - 보유기간 중 거주기간 2년 이상. 직전거주주택보유주택은 사업자등록과 임대사업자 등록을 한 날 이후의 거주기간으로 셉니다. 상생임대주택이면 이 거주요건을 적용하지 않습니다.
• 장기임대주택 요건 - 양도일 현재 사업자등록과 임대사업자 등록을 유지하고 임대료 증가율이 5%를 넘지 않을 것.
• 자진 말소 - 아파트 매입임대주택의 임대의무기간 안 등록 말소 신청은 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대한 경우에 한해 임대기간 요건을 갖춘 것으로 보고, 말소 뒤 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한해 거주주택 특례를 적용합니다.
• 비과세 범위 - 직전거주주택 양도일 뒤 기간분만 비과세, 그 전 기간분은 과세.

상생임대차계약은 임대주택으로 등록된 동안 맺어도 되나요?

됩니다. 상생임대차계약은 1세대가 주택을 취득한 뒤 임차인과 직접 맺은 직전임대차계약 대비 보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 넘지 않는 계약을 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일 사이에 맺고 임대를 시작한 것이면 됩니다. 직전임대차계약 임대기간이 1년 6개월 이상, 상생임대차계약 임대기간이 2년 이상이어야 합니다. 등록임대주택은 임대료 증액이 5%로 제한되므로 등록 중에 맺은 갱신 계약이 상생임대차계약 요건을 자연스럽게 채우는 경우가 많습니다. 2026년 9월 30일 개정으로 상생임대차계약 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 거주기간 제한이 면제되고, 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝났다면 2027년 12월 31일까지 팔아야 합니다.

등록말소 임대주택 거주주택 비과세 대응 순서

• 등록 이력 확인 - 임대사업자 등록일, 말소일, 말소 사유(임대의무기간 내 자진 말소인지)와 임대의무기간의 절반을 넘겼는지 렌트홈 등록 자료로 확인합니다.
• 계약서 정리 - 말소 주택의 직전임대차계약서와 상생임대차계약서를 날짜순으로 놓고 임대기간과 보증금 증가율을 계산합니다.
• 비과세 기간 구분 - 앞서 판 거주주택의 양도일을 기준으로 그 뒤 기간분과 그 전 기간분의 양도차익을 나눕니다.
• 양도기한 확인 - 말소일부터 5년, 상생 계약 종료일부터 1년과 2029년 12월 31일 중 빠른 날 안에 양도합니다.
• 신고와 경정청구 - 예정신고 때 특례적용신고서와 거주주택 특례 신고서를 함께 냅니다. 거주요건 미충족으로 이미 세금을 냈다면 법정신고기한 뒤 5년 안에 경정청구할 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 남은 장기임대주택의 등록 유지 여부와 직전거주주택을 판 시점과 순서에 따라 등록 자료와 종전 신고서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 등록임대주택과 거주주택 특례를 둘러싼 양도소득세 경정청구와 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임대주택을 말소하고 바로 팔면 전부 비과세인가요?
  아닙니다. 거주주택 비과세를 한 번 받은 뒤 임대주택을 거주주택으로 전환해 팔면 그 집은 직전거주주택보유주택이 되고, 앞서 판 거주주택의 양도일 뒤 기간분에 대해서만 1주택으로 보아 비과세합니다. 그 전 기간분 양도차익은 과세됩니다. 국세청도 2025년 9월 2일 해석에서 같은 범위로 한정했습니다.
• 말소한 임대주택에 2년을 살아야 하나요?
  상생임대주택 요건을 갖췄다면 살지 않아도 됩니다. 상생임대주택 특례는 거주주택 특례의 거주기간 요건을 적용할 때 거주기간 제한을 받지 않도록 하는 규정이고, 등록임대주택이었던 집도 이 특례에서 제외되지 않습니다. 요건을 못 갖췄다면 등록 이후 거주기간 2년을 채워야 합니다.
• 임대의무기간 안에 자진 말소해도 거주주택 특례가 되나요?
  아파트 매입임대주택을 임대의무기간 안에 자진 말소한 경우 임대의무기간의 2분의 1 이상 임대했다면 임대기간 요건을 갖춘 장기임대주택으로 보고, 말소 뒤 5년 이내에 거주주택을 양도하는 경우에 한해 거주주택 특례를 적용합니다. 절반을 못 채우고 말소했다면 특례 적용이 어렵습니다.
• 등록임대주택 갱신 계약이 상생임대차계약이 되나요?
  직전임대차계약 대비 보증금 또는 임대료 증가율이 5%를 넘지 않고 2021년 12월 20일부터 2026년 12월 31일 사이에 맺어 임대를 시작한 계약이면 됩니다. 직전 계약 임대기간 1년 6개월, 상생 계약 임대기간 2년을 각각 채워야 하고, 계약금 수령 사실이 증빙으로 확인되어야 합니다.
• 남은 임대주택도 계속 등록을 유지해야 하나요?
  네. 거주주택 특례는 양도일 현재 장기임대주택이 사업자등록과 임대사업자 등록을 유지하고 임대료 증가율 5% 이내로 임대하고 있을 것을 요구합니다. 남은 임대주택의 등록이 말소됐거나 임대료를 5% 넘게 올렸다면 거주주택 특례 자체가 적용되지 않습니다.
• 상생임대 특례는 언제까지 팔아야 적용되나요?
  2026년 9월 30일 개정으로 상생임대차계약의 임대기간이 끝난 날부터 1년이 되는 날과 2029년 12월 31일 중 빠른 날까지 양도해야 합니다. 임대기간이 2026년 12월 31일 이전에 끝났다면 2027년 12월 31일까지입니다. 말소 뒤 5년 기한과 함께 둘 다 지켜야 합니다.
• 거주 안 했다고 이미 세금을 냈으면 돌려받을 수 있나요?
  요건을 갖췄다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 관할 세무서장에게 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 거부 이유를 통지해야 하고, 거부되면 90일 안에 심판청구 등으로 다툴 수 있습니다. 두 계약서와 등록 자료를 함께 냅니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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