세무조사

상속세 세무조사는 얼마부터 지방국세청이 하나요? 기준금액 계산법과 조사기간

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

국세청 기준으로 상속세 조사는 기준금액 50억원 이상이면 지방국세청이, 그 미만이면 세무서가 맡고, 기준금액은 상속재산에 간주·추정상속재산과 사전증여 가산액을 더해 신고금액과 시가·보충적 평가 재계산액 중 가장 큰 금액으로 정합니다. 조사기간은 기준금액에 따라 70일에서 100일이므로, 사전통지서의 발신 관서와 기간을 보고 재산을 시가로 다시 계산해 보십시오. 이 기준금액과 조사기간은 추후 변동될 수 있습니다.

지방국세청에서 통지가 왔다고 해서 큰 탈루 혐의가 있다는 뜻은 아닙니다. 상속세는 신고 후 세무서가 결정해야 세액이 확정되는 세목이어서 재산 규모가 크면 지방청이 결정을 위한 조사를 맡도록 업무를 나누고 있을 뿐입니다.

이런 상담이 많습니다

C씨 형제는 2025년 말 아버지가 돌아가신 뒤 아파트와 상가, 예금을 상속받아 상속세를 신고했습니다. 아파트는 기준시가, 상가는 임대료를 환산한 보충적 평가액으로 신고해 사전증여 가산액까지 합친 신고 재산이 46억원 정도였습니다. 그런데 2026년 가을 세무서가 아니라 지방국세청 조사국에서 사전통지서가 왔고, 조사기간도 80일로 적혀 있었습니다. C씨는 50억원이 안 되는데 왜 지방청이 조사하는지, 조사가 왜 이렇게 긴지 물어 왔습니다. 상담에서는 국세청 내부 분류에서 쓰는 기준금액이 신고금액이 아니라 시가로 다시 평가한 금액일 수 있다는 점부터 설명했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

상속세 조사 관할은 법률에 어떻게 정해져 있나요?

상속세는 피상속인의 주소지를 관할하는 세무서장이 과세하고, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것은 관할 지방국세청장이 과세합니다. 피상속인의 주소지가 국외라면 상속재산 소재지를, 재산이 여러 관할에 흩어져 있으면 주된 재산의 소재지를 기준으로 합니다. 상속인이 사는 곳이 아니라 돌아가신 분의 주소지가 기준이라는 점이 출발점입니다.

국세청 훈령인 상속세 및 증여세 사무처리규정은 조사 관할과 재산 소재지 판정을 이 법률 조항에 따르도록 하고, 지방국세청장이 업무량과 조사인력을 고려해 관할을 조정할 수 있게 합니다. 지방국세청장은 세무서에서 조사하는 것이 낫다고 보면 세무서장에게 조사를 위임할 수 있고, 이때는 진행 상황과 결과를 매달 확인합니다. 그러나 어느 금액부터 지방청이 맡는지는 법률이나 훈령 본문에 숫자로 적혀 있지 않고, 국세청이 내부적으로 정합니다.

세무조사 일반의 관할 조정 근거도 있습니다. 국세기본법은 세무조사를 납세지 관할 세무서장이나 지방국세청장이 하되, 주된 사업장이 납세지와 관할을 달리하거나 납세지 관서가 조사하는 것이 부적절한 경우 등에는 국세청장이 관할을 조정할 수 있게 합니다. 시행령은 출자·거래관계나 특수관계인을 함께 조사할 필요가 있는 경우, 관서별 업무량과 인력을 고려할 필요가 있는 경우를 조정 사유로 듭니다. 피상속인이 운영하던 법인이나 상속인의 다른 조사와 묶어야 할 때 관할이 바뀌는 근거가 여기에 있습니다.

지방국세청이 조사하는 기준금액은 얼마인가요?

국세청은 세무서가 상속세 신고서와 과세자료를 처음 분류할 때 기준금액 50억원 이상은 지방국세청에 보내고, 50억원 미만은 세무서에서 처리하도록 정합니다. 여기에 몇 가지 예외와 추가 기준이 붙습니다. 이 기준금액은 추후 변동될 수 있습니다.

기준금액이 40억원에서 50억원 사이인 경우는 경계선에 있는 자로 따로 관리합니다. 세무서는 재산 평가가 적정한지, 신고에서 빠진 재산이나 탈루 혐의가 있는지 검토해, 다시 계산하면 지방청 기준에 해당하는 경우 고액상속 검토 자료를 작성해 지방청에 보냅니다. 주요 계열법인 사주 등의 상속세 자료는 금액과 관계없이 지방청으로 보냅니다. 또 피상속인의 해외금융재산이나 해외부동산이 10억원 이상으로 확인되거나 추정되는 경우, 차명재산·해외재산을 이용한 탈루 혐의 금액이 10억원 이상인 경우에는 세무서가 지방청으로 보낼 수 있고 지방청이 실익을 판단해 맡습니다.

지방청으로 보낼 신고서는 신고기한이 끝난 날부터 1개월 안에 전산으로 넘기는 것으로 운영됩니다. 다만 부과제척기간이 6개월 이내로 남았거나 납부기한 전 징수 사유가 있는 수시결정 대상이면 지방청으로 넘기지 않고 세무서가 바로 처리합니다.

기준금액은 어떻게 계산하나요?

기준금액은 본래의 상속재산에 간주상속재산, 추정상속재산, 증여재산가산액을 더한 금액입니다. 간주상속재산은 사망보험금이나 퇴직금처럼 법률이 상속재산으로 보는 것이고, 추정상속재산은 돌아가시기 전 1년 안에 2억원, 2년 안에 5억원 이상 인출하거나 처분했는데 용도가 분명하지 않은 금액입니다. 증여재산가산액은 상속인에게 10년, 상속인 아닌 사람에게 5년 안에 증여한 재산입니다.

이 합계는 신고금액만으로 계산하지 않습니다. 국세청은 신고금액, 신고 재산과 무신고·탈루혐의 재산을 시가로 다시 평가한 금액, 같은 재산을 보충적 평가방법으로 다시 평가한 금액 가운데 가장 큰 금액을 기준금액으로 삼습니다. 신고금액에는 결정 전에 한 수정신고, 기한후신고, 경정청구가 반영됩니다. 아파트를 기준시가로 신고해 46억원이 되었더라도, 같은 단지 매매사례로 다시 평가해 50억원을 넘으면 지방청 기준에 들어갈 수 있습니다. 이 산정 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

사례로 계산해 보면 이렇습니다. 신고 단계에서 아파트 18억원, 상가 12억원, 예금 8억원, 사망보험금 2억원, 사전증여 가산액 6억원으로 합계 46억원이었습니다. 국세청이 아파트를 매매사례가액 28억원, 상가를 감정가 수준인 15억원으로 다시 보면 합계는 59억원이 됩니다. 신고 기준으로는 경계선 구간이지만, 시가로 다시 본 금액이 50억원을 넘으므로 지방청 처리 대상으로 분류될 수 있습니다. 이 분류는 조사를 누가 맡을지 정하는 내부 기준일 뿐이고, 실제 세액은 상속세 및 증여세법의 평가 규정에 따라 따로 결정됩니다.

사전증여가 많으면 기준금액이 커도 세무서가 조사하나요?

네, 기준금액이 50억원 이상이어도 70억원 미만이고 증여재산가산액을 뺀 금액이 20억원 미만이면 지방청으로 보내지 않고 세무서가 처리합니다. 국세청이 든 예로, 기준금액 60억원 중 50억원이 증여재산가산액이면 나머지가 10억원이어서 세무서 처리 대상입니다. 반면 기준금액 80억원 중 70억원이 증여재산가산액이면 70억원 이상이어서 지방청으로 보냅니다. 이 기준금액은 추후 변동될 수 있습니다.

이미 증여세를 신고한 재산이 대부분이라면 새로 확인할 상속재산이 적다는 점을 고려한 기준으로 보입니다. 다만 사전증여 가운데 신고하지 않은 것이 확인되면 그 금액이 기준금액에 더해져 결론이 달라질 수 있습니다. 국세청은 고액 사전증여 누락을 중점 검증 대상으로 들고 있으므로, 10년 안에 상속인에게 넘어간 돈은 신고 여부와 관계없이 목록으로 정리해 두는 것이 좋습니다.

상속세 조사기간은 며칠인가요?

상속세 조사기간은 기준금액에 따라 차등을 둡니다. 국세청은 100억원 이상 100일 이내, 50억원 이상 100억원 미만 90일 이내, 30억원 이상 50억원 미만 80일 이내, 30억원 미만 70일 이내, 간편조사 60일 이내로 정하고, 기간에는 토요일과 공휴일이 포함됩니다. 특별한 사유가 없으면 신고기한이 끝난 날이나 자료를 받은 날부터 9개월 안에 조사를 끝내도록 운영합니다. 이 조사기간 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

법률상 상속세 조사는 장기조사 유형이어서 중소규모 납세자의 20일 제한과 연장기간 20일 제한이 적용되지 않습니다. 대신 기간을 늘리려면 연장 사유와 승인 절차를 거쳐 문서로 알려야 합니다. 상속재산가액 100억원 미만이면 납세자보호담당관이 연장을 승인하고, 100억원 이상이면 지방국세청 납세자보호위원회 심의를 거칩니다. 법정결정기한은 상속세 신고기한부터 9개월이고, 그 안에 결정하지 못하면 사유를 상속인에게 알려야 합니다.

조사기간이 30일을 넘는 상속세 조사는 국세청 기준으로 중간설명 대상이기도 합니다. 조사팀장이 조사기간 중간쯤 그때까지 검토한 주요 내용과 앞으로의 방향을 설명하고, 상속인이 인정하는 부분은 수정신고가 가능하다고 안내하도록 되어 있습니다. 80일이나 90일 조사라면 중간설명 일정을 미리 물어 두는 것이 좋습니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

상속인이 다른 세무조사를 받고 있으면 어디서 함께 조사하나요?

국세청은 상속인이 양도소득세나 자금출처조사를 포함한 증여세 조사대상자로 이미 선정되어 있으면 상속세를 조사하는 관서에서 함께 조사하도록 운영합니다. 피상속인이 개인사업자였고 사업 관련 조사대상으로 선정된 상태에서 조사 시작 전에 사망했다면, 통합조사 등과 상속세 조사를 원칙적으로 동시에 진행하고 한 팀이 하거나 착수 시점을 맞춥니다.

이때 어느 관서가 맡는지도 정리되어 있습니다. 상속세가 지방청 관할이면 개인 사업 조사가 지방청이든 세무서든 지방청의 상속세 담당팀이 함께 조사합니다. 반대로 상속세가 세무서 관할이면 사업 조사가 지방청 관할이라도 각각 별도로 조사하되 착수 시점을 맞춥니다. 관할이 서로 다를 때 지방청이 일괄해 조사하는 것이 원칙이지만 어려우면 따로 합니다. 이 관할 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

납세자 입장에서는 상속세 사전통지서와 함께 또는 조사 중에 다른 세목의 통지가 추가로 올 수 있다는 점을 알아 두어야 합니다. 같은 조사팀이 여러 세목을 동시에 보면 자료 요구 범위도 넓어지므로, 세목별로 제출 자료 목록을 따로 관리하는 것이 좋습니다.

세무서가 맡으면 조사 방식은 어떻게 달라지나요?

세무서 관할로 남은 상속세 자료는 다시 기준금액에 따라 처리 방식이 나뉩니다. 국세청 기준으로 15억원 미만은 신고담당이 서면으로 검증하고, 25억원 미만은 조사담당이 실지조사 없이 서면검토로 결정할 수 있으며, 30억원 미만은 간편조사를 할 수 있고, 30억원 이상은 반드시 일반조사로 분류합니다. 금액이 작아도 돌아가시기 전 처분재산의 사용처가 불분명하거나 이자소득에 비해 신고한 금융재산이 크게 적으면 일반조사로 갑니다. 이 분류 기준의 세부 내용은 별도 가이드에서 다룹니다. 이 분류 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

기준금액 30억원 이상이면 금융재산 일괄조회를 반드시 하는 것으로 운영되고, 일괄조회는 지방국세청장만 할 수 있어 세무서 조사라도 지방청을 거칩니다. 일괄조회 결과가 조사에 쓰이도록 조사 착수 1개월 전에 계획을 세우는 것이 원칙이므로, 사전통지서를 받을 무렵이면 금융기관 조회가 이미 진행되었을 가능성이 큽니다. 피상속인 계좌의 10년 거래 중 큰 출금은 사용처를 미리 정리해 두십시오.

상속세 조사관할 확인 대응 순서

• 발신 관서 확인 - 사전통지서가 세무서에서 왔는지 지방국세청 조사국에서 왔는지, 조사기간이 며칠로 적혔는지 확인합니다.
• 기준금액 재계산 - 본래 상속재산, 간주·추정상속재산, 증여재산가산액을 더하고, 부동산은 매매사례가액이나 감정가 수준으로 다시 계산해 봅니다.
• 사전증여 목록 정리 - 10년 안에 상속인에게, 5년 안에 그 밖의 사람에게 넘어간 재산을 신고분과 미신고분으로 나누어 정리합니다.
• 인출금 사용처 정리 - 돌아가시기 전 2년 동안의 큰 출금과 재산 처분 대금이 어디에 쓰였는지 영수증과 이체내역으로 맞춥니다.
• 연기·시기 협의 - 상속인들의 일정과 자료 준비 상황을 보아 연기신청이나 조사시기 신청이 필요한지 판단합니다.
• 창구 단일화 - 상속인 전원에게 통지가 가므로 대표 연락 창구와 세무대리인을 정해 조사팀에 알립니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실제 관할과 조사 방식은 국세청이 다시 평가한 재산 가액, 해외재산이나 차명재산 혐의, 피상속인의 사업 형태에 따라 달라집니다. 위 금액 기준은 추후 변동될 수 있습니다. 법무법인 윤성은 상속세 세무조사 대응과 재산 평가 쟁점 검토, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 상속인이 사는 곳의 세무서가 조사하나요?
  아닙니다. 상속세는 돌아가신 분의 주소지를 관할하는 세무서장이 과세하고, 국세청장이 특히 중요하다고 인정하는 것은 관할 지방국세청장이 과세합니다. 상속인이 여러 지역에 흩어져 살아도 피상속인 주소지 관서가 창구가 됩니다.
• 돌아가신 분이 해외에 살았다면 관할은 어디인가요?
  상속개시지가 국외라면 국내에 있는 상속재산의 소재지를 관할하는 세무서장 등이 과세합니다. 재산이 여러 곳에 있으면 주된 재산의 소재지가 기준입니다. 해외 거주 상속인은 납세관리인을 정해 두면 통지와 연락이 편해집니다.
• 지방청 조사를 세무서 조사로 바꿔 달라고 할 수 있나요?
  납세자가 관할 변경을 신청하는 절차는 따로 없습니다. 관할 조정은 지방국세청장이나 국세청장이 업무량과 조사인력 등을 고려해 정하고, 지방청이 세무서에 조사를 위임할 수도 있습니다. 관할보다 조사 범위와 일정에 대한 협의에 집중하는 편이 실익이 있습니다.
• 조사기간 80일은 평일만 세나요?
  아닙니다. 국세청은 조사기간 계산에 토요일과 공휴일을 포함하도록 정하고 있습니다. 통지서에 적힌 시작일과 종료일 사이 전체 날짜가 조사기간이므로, 명절이나 연휴가 끼어 있으면 실제 대면 일정은 더 짧아질 수 있습니다. 이 기간 계산 기준은 추후 변동될 수 있습니다.
• 조사가 9개월을 넘기면 위법한가요?
  법정결정기한(신고기한부터 9개월)을 넘겼다는 사정만으로 결정이 무효가 되지는 않습니다. 다만 세무서는 기한 안에 결정할 수 없으면 그 사유를 상속인에게 알려야 합니다. 결정지연통지서를 받았다면 지연 사유를 확인해 두십시오.
• 상속세 조사가 끝난 뒤에도 다시 조사받을 수 있나요?
  상속재산가액이 30억원 이상이면 상속개시 후 5년 안에 상속인이 보유한 부동산, 주식, 금융재산 등이 정상적인 수준을 크게 넘어 늘어난 경우 결정한 세액에 탈루가 있는지 다시 조사할 수 있습니다. 상속인이 그 재산의 자금 출처를 증명하면 조사하지 않습니다.
• 신고를 기준시가로 했는데 세액도 시가로 다시 계산되나요?
  관할 분류에서 시가로 다시 본 금액을 쓰는 것과 실제 세액 결정은 다른 문제입니다. 세액은 상속세 및 증여세법의 평가 규정에 따라 시가를 원칙으로 하되 시가를 산정하기 어려우면 보충적 평가방법을 씁니다. 감정평가 대상 여부는 별도 가이드에서 다룹니다.

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