세금

직원이 몰래 저지른 부정행위로 회사가 10년 제척기간을 적용받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

원칙적으로 적용받습니다. 대법원은 직원이 회사를 속여 저지른 부정행위라도 그로 인해 빠진 세금에는 10년 부과제척기간이 적용된다고 보았습니다. 다만 같은 경우에 세액의 40%인 부정행위 과소신고가산세는 회사에 물릴 수 없다고 했습니다. 회사가 관리·감독을 다했다면 10년 제척기간도 적용되지 않습니다.

원칙적으로 적용받습니다. 대법원은 직원이 회사를 속여 저지른 부정행위라도 그로 인해 빠진 세금에는 10년 부과제척기간이 적용된다고 보았습니다. 다만 같은 경우에 세액의 40%인 부정행위 과소신고가산세는 회사에 물릴 수 없다고 했습니다. 회사가 관리·감독을 다했다면 10년 제척기간도 적용되지 않습니다.

직원 부정행위도 회사의 부정행위로 보나요?

원칙적으로 회사의 부정행위로 봅니다. 대법원은 납세자가 업무를 맡겨 이익을 얻는 대리인, 사용인, 종업원의 부정행위도 납세자의 부정행위에 포함된다고 보았습니다. 회사가 직원에게 회계와 거래를 맡긴 이상 그 결과도 함께 진다는 취지입니다.

여기서 부정행위는 조세범 처벌법이 정한 적극적 행위를 말합니다. 이중장부, 거짓 증빙의 작성·수취, 장부 파기, 거래의 조작이나 은폐 등이 해당합니다. 단순히 신고를 빠뜨린 것만으로는 부정행위가 되지 않습니다.

예외도 있습니다. 회사가 직원의 부정행위를 막으려고 상당한 주의와 관리·감독을 게을리하지 않았다면 회사에 잘못이 없다고 봅니다. 이 경우에는 10년 제척기간도, 40% 가산세도 적용할 수 없습니다.

회사가 피해자인데도 10년 제척기간이 적용되나요?

네, 대법원 다수의견은 적용된다고 보았습니다. 직원이 자기 이익을 위해 회사를 상대로 사기나 배임을 저지르면서 거래처와 짜고 장부를 조작한 사안이었습니다. 회사는 이를 쉽게 알 수 없었지만, 그 결과 세금이 빠졌습니다.

다수의견은 두 제도를 나눠 보았습니다. 제척기간은 과세관청이 부과권을 행사하기 어려워진 사정을 고려하는 제도입니다. 직원의 은폐로 세금 파악이 어려워진 점은 회사가 피해자여도 다르지 않다고 했습니다. 반면 가산세는 납세자에게 가하는 제재이므로, 알 수 없었던 직원의 배임 행위까지 회사 책임으로 돌릴 수 없다고 했습니다.

그래서 대법원은 법인세 중 부당과소신고가산세 부분만 파기해 원심으로 돌려보냈습니다. 10년 제척기간을 적용한 법인세 본세 부분에 대한 회사의 상고는 기각되었습니다. 본세와 가산세의 결론이 이렇게 갈릴 수 있으므로 두 쟁점을 나눠 다퉈야 합니다.

10년 제척기간은 법인세에서 끝나지 않습니다. 부정행위로 빠진 국세가 법인세이면, 그와 관련해 소득처분된 금액의 소득세에도 10년이 적용됩니다. 빠진 매출이 대표 상여나 직원 상여로 처분되면 그 원천세도 10년 전까지 거슬러 올라갈 수 있습니다. 해외 거래처와 짜고 한 조작이라면 역외거래 부정행위로 15년이 됩니다.

이 판결에는 대법관 5명의 별개·반대의견이 있었습니다. 같은 「부정행위」 요건인데 가산세는 안 되고 제척기간만 된다는 것은 맞지 않는다는 의견이었습니다. 법리는 다수의견으로 정리되었지만, 사실관계에 따라 다툼의 여지가 남아 있습니다.

관리·감독을 다했다는 것은 무엇으로 증명하나요?

결재 체계와 내부통제 기록으로 증명합니다. 사후에 만든 자료보다 평소에 남긴 기록이 더 설득력을 가집니다. 판결이 요구하는 것은 「상당한 주의 또는 관리·감독」입니다. 결과적으로 비위를 막지 못했다는 사정만으로 이를 부정하지는 않습니다. 그러나 막연히 직원을 믿었다는 주장으로는 부족합니다.

실무에서는 다음 자료가 쓰입니다. 거래 승인 권한을 나눈 내부 규정, 매입처 등록과 대금 지급의 이중 확인 기록이 있습니다. 정기 감사 보고서와 외부감사 결과도 쓰입니다. 비위를 알게 된 뒤 바로 징계·고소·손해배상 청구에 나선 기록도 중요합니다.

반대로 대표이사나 회사를 사실상 경영하는 사람이 관여했다면 이 예외는 쓸 수 없습니다. 판결의 배임적 부정행위 법리도 대표자가 아닌 사용인의 행위를 전제로 합니다.

직원 비위를 알게 됐다면 수정신고부터 해야 하나요?

5년 이내 연도는 수정신고를 먼저 검토하는 것이 유리합니다. 법정신고기한이 지난 뒤라도 세무서가 경정하기 전에 수정신고하면 과소신고가산세가 줄어듭니다. 1개월 이내 90%, 3개월 이내 75%, 6개월 이내 50%를 감면합니다. 1년 이내는 30%, 1년 6개월 이내는 20%, 2년 이내는 10%입니다. 2년이 지나면 감면이 없습니다. 이 감면은 40% 부정행위 과소신고가산세에도 적용됩니다. 다만 세무서가 경정할 것을 미리 알고 낸 수정신고에는 감면이 없습니다.

수정신고서에 무엇을 적는지도 중요합니다. 직원이 회사를 속여 장부를 조작한 경위를 함께 정리해 두어야 합니다. 그래야 나중에 40% 가산세가 문제 될 때 배임적 부정행위였다는 주장이 일관됩니다.

5년이 지난 연도는 사정이 다릅니다. 회사가 관리·감독을 다했다면 부과제척기간이 이미 끝났을 수 있습니다. 이 연도까지 성급히 수정신고하면 다툴 기회를 스스로 버리게 됩니다. 연도별로 나눠 판단해야 합니다.

직원 비위 세금 대응 순서

• 사실 확정 - 직원의 조작 기간, 거래처, 금액을 내부조사로 특정하고 증거를 보전합니다.
• 세목별 영향 계산 - 법인세, 부가가치세, 원천세에 미친 영향을 사업연도별로 나눠 계산합니다.
• 제척기간 점검 - 5년이 지난 연도는 10년 제척기간이 적용되는지, 관리·감독 자료가 있는지 따집니다.
• 수정신고 판단 - 5년 이내 연도는 수정신고로 가산세를 줄일 수 있는지 검토합니다.
• 불복 준비 - 40% 가산세가 부과되면 배임적 부정행위였다는 자료로 처분을 안 날부터 90일 안에 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 직원 행위가 회사를 상대로 한 배임이었는지와 내부통제 기록에 따라 결과가 달라집니다. 법무법인 윤성은 임직원 비위로 생긴 법인 세무조사 대응과 가산세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 직원 부정행위가 아닌 단순 실수라면 제척기간은 몇 년인가요?
  신고를 했다면 원칙적으로 5년입니다. 부정행위가 없는 단순 착오나 누락에는 10년 제척기간이 적용되지 않습니다. 신고 자체를 하지 않은 경우는 7년입니다.
• 부정행위 과소신고가산세율은 얼마인가요?
  부정행위로 인한 과소신고납부세액의 100분의 40입니다. 역외거래에서 생긴 부정행위는 100분의 60입니다. 나머지 과소신고분에는 100분의 10이 적용됩니다.
• 부정행위의 구체적인 유형은 어디에 정해져 있나요?
  조세범 처벌법 제3조 제6항이 정합니다. 이중장부, 거짓 증빙, 장부 파기, 재산 은닉, 거래 조작 등이 들어갑니다. 조세 부과를 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위여야 합니다.
• 직원 부정행위로 회사 대표가 조세포탈죄로 처벌받나요?
  조세포탈죄는 고의가 있어야 하므로 대표가 몰랐다면 대표 개인에게 바로 성립하지 않습니다. 다만 행위자인 직원이 처벌되면 법인도 양벌규정에 따라 벌금형을 받을 수 있습니다.
• 양벌규정에서도 관리·감독을 다했다면 회사가 처벌을 피하나요?
  네, 법인이 위반행위를 막기 위해 상당한 주의와 감독을 게을리하지 않았다면 벌금형을 받지 않습니다. 세법상 가산세 판단과 비슷한 기준이지만 형사 절차에서 따로 다툽니다.
• 직원이 빼돌린 돈은 회사 손금이 되나요?
  횡령으로 생긴 손실은 회사가 손해배상채권을 갖게 되므로 바로 손금이 되지 않습니다. 그 채권이 회수불능으로 확정되는 때 대손금으로 처리하는 방식이 검토됩니다.
• 10년 제척기간이 적용되면 가산세도 10년 동안 부과되나요?
  본세에 10년이 적용되면 그 본세에 딸린 가산세도 같은 기간 안에서 부과될 수 있습니다. 다만 40% 가산세 자체를 매길 수 있는지는 별도로 판단합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

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