세금

신고 때 세액공제를 적게 받았다면 경정청구로 바로잡을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

네, 2025. 1. 1. 이후에는 세액공제액을 적게 신고한 것만으로도 경정청구를 할 수 있습니다. 납부할 세액이 없어 돌려받을 돈이 없더라도, 이월할 공제액을 늘리려고 청구할 수 있다는 점이 바뀌었습니다. 청구기간은 그 해 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. 별도의 세무조사를 기다릴 필요는 없습니다.

네, 2025. 1. 1. 이후에는 세액공제액을 적게 신고한 것만으로도 경정청구를 할 수 있습니다. 납부할 세액이 없어 돌려받을 돈이 없더라도, 이월할 공제액을 늘리려고 청구할 수 있다는 점이 바뀌었습니다. 청구기간은 그 해 법정신고기한이 지난 후 5년입니다. 별도의 세무조사를 기다릴 필요는 없습니다.

세액공제 경정청구는 무엇이 달라졌나요?

경정청구는 신고한 내용이 세법에 맞지 않을 때 세무서에 고쳐 달라고 요청하는 제도입니다. 종전에는 과세표준·세액이 너무 많거나, 결손금이나 환급세액이 너무 적은 경우가 대상이었습니다. 세액공제액 자체를 적게 신고한 경우는 대상으로 적혀 있지 않았습니다.

이 차이는 납부할 세액이 없는 회사에서 문제가 됐습니다. 세액공제를 늘려도 이번 해에 줄어드는 세금이 없으면 「세액이 과다하다」는 요건을 채우기 어렵습니다. 그런데 공제받지 못한 금액은 10년간 이월돼 뒤의 해에 쓸 수 있습니다. 결국 이월공제액이 처음부터 적게 잡히면 뒤의 해 세금이 늘어나는 구조였습니다.

2024. 12. 31. 개정 국세기본법은 경정청구 대상에 「세액공제액이 신고하여야 할 세액공제액에 미치지 못할 때」를 넣었습니다. 이로써 결손 법인이나 최저한세에 걸린 법인도 공제액 자체를 바로잡을 수 있게 됐습니다. 2025. 1. 1. 이후 청구하는 분부터 적용됩니다.

이미 세금을 낸 해라면 종전 규정으로도 경정청구가 가능했습니다. 세액공제를 빠뜨려 낸 세금이 많았다면 세액 과다로 청구할 수 있었기 때문입니다. 이번 개정의 실익은 돌려받을 세금이 없는 해에 있습니다.

2024년 이전 신고분도 경정청구할 수 있나요?

법정신고기한이 지난 후 5년 안이라면 2024년 이전 과세기간의 신고분도 청구할 수 있습니다. 부칙은 개정규정을 2025. 1. 1. 이후 청구하는 경우부터 적용한다고만 정했습니다. 신고한 과세기간이 언제인지는 묻지 않습니다.

예를 들어 12월 결산법인의 2021 사업연도 법인세 신고기한은 2022. 3. 31.이었습니다. 이 경우 5년은 2027. 3. 31.까지이므로 지금도 청구할 수 있습니다. 반면 2020 사업연도분은 2026. 3. 31.에 5년이 끝났습니다.

5년이 지난 해의 이월공제액에는 한시 특례가 있었습니다. 2025. 1. 1. 이후 개시하는 과세기간에 이월공제할 수 있는 세액공제액이라면 5년이 지났어도 2025. 12. 31.까지 청구할 수 있었습니다. 이 특례는 이미 끝났으므로 지금은 5년 기간만 남아 있습니다.

공제액을 늘려 받으면 뒤의 해 세금은 어떻게 되나요?

발생연도의 공제액이 늘어나면 이월액도 함께 늘어납니다. 이미 그 뒤의 해에 이월공제를 받아 세금을 냈다면, 그 해도 이월공제액을 다시 계산해야 합니다. 이 경우 뒤의 해에 대해서도 경정청구를 함께 내는 것이 일반적입니다.

이월공제는 먼저 발생한 공제부터 차례로 씁니다. 그래서 오래된 해의 공제액이 바뀌면 그 뒤 여러 해의 공제 순서와 금액이 연쇄로 바뀔 수 있습니다. 해마다 공제 발생액, 사용액, 잔액을 정리한 표가 있어야 청구 내용을 세무서가 따라올 수 있습니다.

세무서가 공제 요건을 다시 볼 수 있는 기간도 늘어날 수 있습니다. 2025 사업연도 이후 발생한 공제액을 늦게 쓰면, 발생연도 제척기간이 공제연도 신고기한부터 1년까지 늘어납니다. 경정청구로 공제액을 늘릴수록 그 요건도 나중에 다시 검토될 수 있다는 점을 염두에 두십시오.

경정청구가 거부되면 어떻게 다투나요?

세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 2개월 안에 통지가 없으면 그다음 날부터 불복할 수 있습니다. 거부 통지를 받았다면 그 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다.

세액공제 경정청구에서 자주 다투는 쟁점은 공제 요건 자체입니다. 상시근로자 수 계산, 투자 완료 시점, 연구개발 활동 해당 여부 같은 사실관계가 결론을 가릅니다. 경정청구서를 낼 때부터 요건별 증빙을 갖춰 내야 거부 사유를 줄일 수 있습니다.

거부 이유가 기간 경과라면 과세기간별 신고기한을 다시 계산해 봐야 합니다. 신고기한 연장을 받았거나 기한 후 신고를 한 해는 계산이 달라질 수 있습니다. 소송 단계에서는 공제 요건을 갖췄다는 사정을 청구한 납세자 쪽이 증명해야 하는 경우가 많습니다. 그래서 심판청구 단계에서 증빙을 충실히 남겨 두는 것이 이후 절차에도 도움이 됩니다.

세액공제 경정청구 대응 순서

• 누락 공제 확인 - 최근 5년 신고서의 세액공제 명세와 실제 요건 자료를 대조해 빠뜨린 공제를 찾습니다.
• 기한 계산 - 과세기간별 법정신고기한부터 5년이 끝나는 날을 표로 정리합니다.
• 이월표 재작성 - 공제 발생액, 사용액, 이월 잔액을 해마다 다시 계산합니다.
• 청구서 제출 - 발생연도와 영향을 받는 뒤의 해를 함께 청구하고 요건별 증빙을 붙입니다.
• 거부 대응 - 2개월 무응답이나 거부 통지가 오면 90일 안에 불복합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 공제 발생연도와 신고기한, 이월공제 사용 내역에 따라 청구 가능 범위가 달라집니다. 법무법인 윤성은 누락된 세액공제의 경정청구와 거부처분 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 이번 해에 낼 세금이 0원인데도 경정청구가 받아들여지나요?
  네, 2025. 1. 1. 이후 청구분부터는 세액공제액을 적게 신고한 것 자체가 청구 사유입니다. 돌려받을 세금이 없어도 이월공제액을 바로잡는 결정을 구할 수 있습니다.
• 2025. 12. 31.까지였던 특례는 무엇이었나요?
  5년이 지난 과세기간에 생겨 2025년 이후 이월공제할 수 있는 세액공제액을 바로잡도록 한 한시 기간입니다. 이 기간은 끝났으므로 지금은 일반 5년 기간만 적용됩니다.
• 공제 신청서를 아예 내지 않았어도 경정청구할 수 있나요?
  세액공제 신청서 제출을 공제 요건으로 정하지 않은 공제라면 경정청구로 받을 수 있습니다. 공제마다 근거 조문의 신청 규정이 다르므로 해당 조문을 먼저 확인해야 합니다.
• 개인사업자의 종합소득세에도 적용되나요?
  네, 과세표준신고서를 낸 납세자라면 소득세와 법인세를 가리지 않습니다. 사업소득에 대한 조세특례제한법상 세액공제 누락도 같은 방식으로 청구할 수 있습니다.
• 경정청구를 하면 세무조사를 받게 되나요?
  경정청구를 처리하려고 세무서가 추가 자료를 요구하거나 사실을 확인할 수 있습니다. 요건별 증빙을 처음부터 갖춰 내면 확인 과정이 짧아지고 거부 사유도 줄일 수 있습니다.
• 2개월 안에 처리가 어렵다면 세무서가 알려 주나요?
  네, 기간 안에 결정이 곤란하면 세무서장은 진행 상황과 함께 불복할 수 있다는 사실을 통지해야 합니다. 이 통지를 받아도 2개월이 지나면 불복을 제기할 수 있습니다.

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