세무조사

세무조사 중지 통지를 받았는데 그 기간에도 조사가 진행되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

세무조사가 중지되면 그 기간에는 세액을 정하기 위한 질문, 장부 검사, 자료 제출 요구가 금지되고 중지기간은 조사기간에 들어가지 않습니다. 다만 국세청 기준으로는 금융기관 조회 회신 수보, 관련인 추가 선정, 다른 기관 자료 요구는 중지 중에도 계속될 수 있으므로, 통지서의 중지 사유와 기간을 확인하고 재개에 대비해 자료를 정리하십시오.

조사가 중지되었다고 조사가 끝난 것도, 혐의가 풀린 것도 아닙니다. 중지기간은 조사기간에 들어가지 않으므로 재개되면 남은 일수만큼 조사가 이어집니다. 이 기간을 소명 자료를 다듬는 시간으로 쓰는 것이 좋습니다.

이런 상담이 많습니다

I씨는 2026년 봄 지방국세청에서 증여세 조사를 받던 중, 조사팀이 해외에 있는 법인 주식 거래를 확인하려고 외국 과세당국에 자료를 요청했다며 6개월 동안 조사를 중지한다는 통지를 받았습니다. 그런데 중지기간 중에 은행 두 곳에서 「금융거래정보 제공사실 통보서」가 왔고, 얼마 뒤 동생도 관련인으로 사전통지서를 받았습니다. I씨는 조사가 중지되었다는데 왜 계좌 조회와 가족 조사가 진행되는지, 지금 조사팀에 연락해 설명해도 되는지 물어 왔습니다. 상담에서는 중지기간에 금지되는 행위와 계속될 수 있는 행위를 나누어 설명하고, 재개에 대비해 해외 거래 자료를 정리하는 일정부터 세웠습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

세무조사는 어떤 사유로 중지되나요?

세무공무원은 납세자가 자료 제출을 지연하는 등의 사유로 조사를 진행하기 어려우면 조사를 중지할 수 있습니다. 시행령이 정한 사유는 네 갈래입니다(제4호는 삭제되었습니다). 첫째, 연기신청 사유에 해당하는 사정이 있어 납세자가 중지를 신청한 경우. 둘째, 국외자료를 수집·제출하거나 상호합의 절차가 열려 외국 과세기관과 협의가 필요한 경우. 셋째, 납세자의 소재가 불명하거나 해외로 출국했거나, 장부·서류를 은닉하거나 제출을 지연·거부했거나, 노동쟁의가 생긴 경우처럼 조사를 정상적으로 진행하기 어려운 경우. 넷째, 납세자보호관이나 담당관이 조사의 일시중지를 요청한 경우입니다. 중지기간은 조사기간과 연장기간에 산입되지 않습니다.

국세청은 반대로 중지 사유가 아닌 것도 정리해 둡니다. 과세기준 자문을 신청했거나 과세 쟁점을 검토하는 중이라는 사정, 납세자가 해명할 시간을 요구하는 사정은 중지 사유가 아니라 조사기간 연장 사유입니다. 조사팀이 쟁점 검토를 이유로 중지를 통지했다면 사유가 맞는지 물어볼 수 있습니다. 또 조사팀이 납세자에게 중지를 신청하라고 요구한다는 오해가 생기지 않도록 주의하라는 내용도 있습니다. 납세자 신청에 따른 중지는 어디까지나 납세자가 원할 때 하는 것입니다. 이 분류 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

납세자가 권리보호요청을 하면 이것도 중지로 이어질 수 있습니다. 국세청 훈령은 납세자가 세무조사에 대해 납세자보호위원회 심의를 요청하면, 위원회 운영에 필요하다고 판단될 때 납세자보호담당관이 조사팀에 일시중지를 요청할 수 있게 하고, 요청을 받은 조사팀은 조사를 일시중지해야 합니다. 다만 심의 요청이 조사를 피하려는 것이 명백하면 일시중지를 요청하지 않을 수 있습니다. 중복조사나 범위를 벗어난 조사를 다투는 동안 조사가 계속 진행되는 것을 막는 장치입니다.

국외자료 수집을 이유로 한 중지는 기간이 깁니다. 국세청은 외국 과세당국에서 자료를 받는 데 오래 걸리는 점을 고려해 최초 중지기간을 6개월로 정하고, 자료가 오면 중지기간 중이라도 바로 재개하며, 기간 안에 오지 않으면 한 번 이상 더 중지할 수 있다고 안내하도록 합니다. 이 기간은 추후 변동될 수 있습니다.

중지기간에 조사공무원이 할 수 없는 것은 무엇인가요?

중지기간에는 국세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하기 위해 납세자에게 질문하거나, 장부 등을 검사·조사하거나, 그 제출을 요구할 수 없습니다. 중지기간에 이런 행위를 하는 것은 국세청 훈령상 권리보호요청 대상인 위법·부당한 행위로 명시되어 있습니다.

국세청은 자료 제출 요구뿐 아니라 해명자료 준비 상황을 묻는 연락 같은 직접·간접 접촉도 원칙적으로 금지합니다. 재개 일정을 조율하는 등 부득이하게 접촉하면 조사팀은 접촉 일시, 방식, 목적, 내용을 별도 대장에 기록하고 팀장과 과장의 확인을 받도록 되어 있습니다. 또 조사팀이 자료 제출 기한을 중지기간 안으로 정하는 것도 원칙적으로 허용하지 않습니다.

납세자가 스스로 해명자료를 내거나 문의하는 것은 막지 않습니다. 중지기간에 자발적으로 자료를 내면 조사팀은 안내하고 받아 둘 수 있지만, 그 기회에 새로운 자료를 요구해서는 안 됩니다. 조사팀이 먼저 연락해 자료를 재촉했다면 그 사실을 기록하고, 반복되면 납세자보호담당관에게 알리는 것이 좋습니다.

중지기간에도 계속될 수 있는 일은 무엇인가요?

국세청은 중지기간에도 질문·조사로 보지 않는 행위를 따로 정합니다. 납세자의 자발적 해명자료 수보, 관련인의 추가 조사대상 선정, 납세자가 신청한 기간 연장에 대한 승인 신청, 금융거래 현장확인의 승인 요청과 검토, 금융기관에 대한 금융거래정보 제공 요구서 발송과 회신 수보, 법령에 근거한 다른 기관의 과세자료 제출 요구가 여기에 들어갑니다. 중지 전에 납세자가 동의서를 낸 과세사실판단 자문도 진행할 수 있습니다. 이 분류는 추후 변동될 수 있습니다.

납세자 입장에서 핵심은 금융조회와 관련인 선정입니다. 사례의 I씨처럼 중지기간에 금융회사로부터 거래정보 제공사실 통보서를 받았다면 조사팀이 중지 전이나 중지 중에 금융기관에 정보를 요구했다는 뜻입니다. 금융회사는 거래정보를 제공한 날부터 10일 안에 명의인에게 알려야 하지만, 조사 목적으로 통보 유예를 요청하면 요청할 때마다 6개월 범위에서 늦출 수 있으므로 통보가 실제 조회 시점보다 한참 늦게 올 수도 있습니다. 국세청은 상속세와 자금출처조사에서 조사계획을 세운 뒤부터 금융기관 조회를 할 수 있게 하므로, 조사 시작 전이나 중지기간에 조회된 결과가 재개 직후 질문의 재료가 되는 경우가 많습니다.

가족이 관련인으로 새로 선정되어 사전통지를 받을 수도 있습니다. 관련인 조사는 지방청장 승인과 별도 사전통지 절차를 거치므로, 가족이 받은 통지서의 세목과 과세기간을 본인 조사 범위와 함께 대조해 두면 재개 후 대응이 수월합니다. 중지기간에 이루어진 관련인 선정이라도 본인 조사의 범위가 그만큼 넓어지는 것은 아닙니다. 이 운영 내용은 추후 변동될 수 있습니다.

납세자가 먼저 중지를 신청할 수 있나요?

네, 연기신청 사유에 해당하는 사정이 생기면 납세자가 중지를 신청할 수 있습니다. 2026. 8. 11. 국세기본법 개정으로 연기 사유가 천재지변에 따른 생명·신체·재산·공급망 피해, 사업의 현저한 손실이나 부도·도산 우려로 정비되었고, 시행령상 질병·장기출장, 장부 압수·영치, 화재 등 재해도 그대로 남아 있습니다. 시행령의 중지 사유는 이 법률 조항을 가리키므로, 조사 도중 이런 사정이 생기면 중지를 신청할 수 있습니다.

신청은 조사사무처리규정 별지 제8호 서식 세무조사 (중지·연장) 신청서로 하고, 조사대상 세목과 과세기간, 당초 조사기간, 원하는 중지기간, 신청 사유를 적은 뒤 사유를 증명하는 자료를 붙입니다. 국세청 기준으로 납세자가 신청한 중지는 횟수와 관계없이 세무서장이나 조사국장이 승인 여부를 정하고, 결과는 중지 개시일까지 통지합니다.

해명 자료를 준비할 시간이 필요하다는 이유라면 중지가 아니라 조사기간 연장을 신청해야 합니다. 세무조사 대상자가 해명을 위해 연장을 신청하고 납세자보호관이나 담당관이 인정하면 기간이 늘어납니다. 중소규모 납세자가 연장을 신청했는데 실제로는 중지 사유에 해당한다고 인정되면, 납세자보호담당관이 납세자의 뜻을 확인해 조사팀에 중지를 요청할 수도 있습니다.

중지가 끝나면 조사기간은 어떻게 다시 계산되나요?

중지 사유가 없어지면 세무공무원은 즉시 조사를 재개해야 합니다. 조세채권 확보처럼 긴급한 필요가 있으면 중지기간 중이라도 재개할 수 있습니다. 중지와 재개는 사유를 적어 문서로 알려야 합니다.

국세청은 재개할 때 따로 연장 승인을 받지 않고, 중지 당시 남아 있던 조사일수만큼 조사기간을 다시 설정하도록 합니다. 예를 들어 20일 조사의 12일째에 중지되었다면 재개 후 남은 8일 동안 조사가 이어집니다. 재개 통지서에는 재개일과 변경된 조사기간, 재개 사유가 적히므로 남은 일수가 맞게 계산되었는지 확인하십시오. 공시송달로 중지를 알리는 경우에는 송달의 효력이 생긴 날부터 중지가 시작되는 것으로 운영합니다.

중지기간은 2025. 9. 15. 시행된 이행강제금의 부과기간에서도 원칙적으로 빠집니다. 다만 납세자가 장부·서류를 은닉하거나 제출을 지연·거부해 중지된 경우는 예외여서, 이 사유로 중지되었다면 이행강제금 부과기간이 계속 진행될 수 있습니다. 자료 제출 지연이 중지 사유로 적혔다면 이 점을 특히 유의해야 합니다.

중지가 여러 번 반복되면 누가 통제하나요?

국세청 훈령은 중지가 반복될 때 통제 장치를 둡니다. 조사팀이 세 번째 이상 조사를 중지하려면, 납세자가 신청해 승인된 횟수까지 합쳐 계산해, 근거와 사유와 중지 횟수를 적은 신청서를 중지 개시 3일 전까지 조사관서 납세자보호담당관에게 내고 승인을 받아야 합니다. 납세자보호담당관은 납세자나 납세관리인의 의견을 들어야 하고, 중지 사유와 기간이 적정한지 검토해 축소 승인할 수도 있습니다. 다만 납세자가 연기 사유로 신청한 중지, 상호합의에 따른 중지, 소재불명이나 해외 출국에 따른 중지, 납세자보호관의 일시중지 요청에 따른 중지 등은 이 승인 대상에서 빠집니다.

중지가 길어지거나 사유가 의심스럽다면 납세자보호담당관에게 사정을 설명할 수 있습니다. 적법한 절차 없이 조사를 임의로 중지하는 행위는 권리보호요청 대상입니다. 반대로 중지 사유가 자료 제출 지연이라면 무엇이 미제출로 분류되었는지 조사팀에 서면으로 확인하고, 제출 일정을 제시해 중지를 빨리 끝내는 편이 실익이 큽니다. 중지가 길어질수록 조사 전체 기간도 늘어나고, 그동안 금융조회와 관련인 확인이 쌓여 재개 뒤 질문 범위가 넓어질 수 있기 때문입니다.

세무조사 중지기간 대응 순서

• 중지 통지서 확인 - 중지 사유가 법령상 어느 호인지, 중지기간과 변경된 종료일이 무엇인지 확인합니다.
• 접촉 기록 - 중지기간에 조사팀이 연락하거나 자료를 요구하면 일시와 내용을 기록합니다.
• 금융조회 통보 대비 - 금융거래정보 제공사실 통보서가 오면 해당 계좌의 거래 경위를 정리합니다.
• 가족 통지 대조 - 가족이 관련인 통지를 받으면 세목과 과세기간을 본인 조사 범위와 맞춰 봅니다.
• 자발적 보완 - 쟁점이 된 거래의 소명 자료를 정리하고, 필요하면 스스로 제출합니다.
• 재개 일정 점검 - 재개 통지가 오면 남은 조사일수가 맞게 계산되었는지 확인하고 첫 주 일정을 준비합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 중지기간에 허용되는 행위의 범위는 추후 변동될 수 있습니다. 중지 사유의 적법성과 반복 중지의 문제는 통지서 문구와 조사 경과를 함께 보아야 판단할 수 있습니다. 법무법인 윤성은 세무조사 중지·재개 과정의 권리보호요청과 조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 중지기간에 조사팀이 자료를 내라고 연락하면 응해야 하나요?
  중지기간에는 과세표준과 세액을 결정하기 위한 질문이나 자료 제출 요구가 금지되므로 응할 법적 의무는 없습니다. 다만 납세자가 스스로 원하면 자료를 낼 수 있습니다. 요구가 반복되면 일시와 내용을 기록해 납세자보호담당관에게 알리십시오.
• 중지 통지서 없이 조사가 멈춰 있으면 중지된 것인가요?
  중지와 재개는 사유를 적어 문서로 통지해야 합니다. 통지 없이 연락이 끊겼다면 조사기간은 계속 진행 중인 것이므로, 통지서에 적힌 조사 종료일이 지났는지 확인하고 조사팀에 상황을 서면으로 문의하십시오.
• 중지 사유가 「장부 제출 거부」로 적혔는데 사실과 다르면요?
  제출 거부나 지연은 시행령상 중지 사유이지만, 실제로 낸 자료가 있다면 제출 목록과 제출일을 정리해 조사팀에 서면으로 바로잡아 달라고 요청하십시오. 이 사유로 중지되면 이행강제금 부과기간이 멈추지 않을 수 있어 기록을 정확히 남기는 것이 중요합니다.
• 중지 중에 해외로 출국해도 되나요?
  출국 자체를 금지하는 규정은 없습니다. 다만 해외 출국은 그 자체로 중지 사유가 될 수 있어 중지가 길어지거나 재개 일정이 꼬일 수 있습니다. 장기 출국이 예정되어 있다면 조사팀에 일정을 미리 알리고 세무대리인을 통한 대응 방법을 정해 두십시오.
• 중지가 풀리면 조사기간을 새로 20일 받는 것인가요?
  아닙니다. 중지기간은 조사기간에 산입되지 않을 뿐이고, 국세청 기준으로는 재개하면 중지 당시 남은 조사일수만큼만 조사기간을 다시 설정합니다. 재개 통지서의 변경된 종료일이 남은 일수와 맞는지 확인하십시오.
• 중지 중에 받은 금융거래정보 제공사실 통보는 어떤 의미인가요?
  세무관서가 금융회사에 거래정보를 요구해 받았다는 뜻입니다. 통보는 제공일부터 10일 안에 하는 것이 원칙이지만 조사 목적으로 6개월 범위에서 유예될 수 있어, 조회 시점과 통보 시점이 크게 다를 수 있습니다. 통보된 계좌의 거래부터 설명 자료를 준비하십시오.

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