세금

외국 주주·라이선서에게 지급할 때 국내 회사는 실제 주인을 어디까지 확인하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

성실하게 조사해 확보한 자료로도 실제 주인을 알 수 없었다고 말할 수 있는 정도까지입니다. 대법원은 지급자에게 실질귀속자 조사의무를 지우되, 그렇게 조사해도 알 수 없었다면 책임을 묻지 않습니다. 반대로 계약·실사·이사회 자료에 실제 투자 주체가 드러났다면 책임을 피하기 어렵습니다.

성실하게 조사해 확보한 자료로도 실제 주인을 알 수 없었다고 말할 수 있는 정도까지입니다. 대법원은 지급자에게 실질귀속자 조사의무를 지우되, 그렇게 조사해도 알 수 없었다면 책임을 묻지 않습니다. 반대로 계약·실사·이사회 자료에 실제 투자 주체가 드러났다면 책임을 피하기 어렵습니다.

지급자는 어떤 자료로 실제 주인을 확인해야 하나요?

법이 정한 출발점은 실질귀속자가 내는 신청서와 증명서류입니다. 제한세율을 받으려면 제한세율 적용신청서를, 조약상 비과세를 받으려면 비과세·면제신청서를 지급자에게 냅니다. 국외투자기구를 거치면 투자자 국가별 현황이 담긴 국외투자기구 신고서도 함께 받습니다.

지급자는 빠지거나 미비한 사항의 보완을 요구할 수 있습니다. 서류로 실질귀속자를 파악할 수 없으면 조약 세율을 쓰지 말고 국내 세율로 떼야 합니다. 2026. 1. 1. 이후 제한세율을 신청하는 분부터는 받은 서류를 세무서에도 내야 합니다. 기한은 지급일이 속하는 연도의 다음 연도 2월 말일입니다.

다만 서류만 갖추면 끝나는 것은 아닙니다. 대법원은 지급자에게 질문검사권 같은 조사권한이 없다는 점을 인정했습니다. 그러면서도 거래와 지급 과정에서 성실하게 조사할 의무를 지웠습니다. 그래서 서류와 다른 사실을 지급자가 알았거나 알 수 있었는지가 따로 문제 됩니다.

지급 과정에서 드러난 사실만으로도 책임을 지나요?

집니다. 대법원 2016. 11. 9. 선고 2013두23317 판결에서 국내 회사들은 아일랜드 회사에 유동화사채 이자를 주었습니다. 이때 원천징수를 하지 않았습니다. 원심은 아일랜드 회사 이사 4명이 일본 실질귀속자의 이사를 겸했고, 그중 1명이 지급 회사들의 대표이사였다는 점을 들었습니다. 지급 회사들의 자산관리회사가 재무상태를 일본 법인 직원에게 정기적으로 보고한 점도 들었습니다.

대법원은 이런 사정이면 성실히 조사해도 실질귀속자를 알 수 없었던 경우가 아니라는 원심을 수긍했습니다. 이 법리를 처음 밝힌 대법원 2013. 4. 11. 선고 2011두3159 판결은 「배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 있는 줄 몰랐어도 원천징수 책임을 지나요?」에서 다뤘습니다.

대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두25466 판결도 지급자에 대한 처분을 유지했습니다. 케이만군도 유한 파트너십이 룩셈부르크·벨기에 법인을 거쳐 국내 회사 배당을 받은 구조였습니다. 원심은 파트너십이 이메일로 지급 회사에 배당금을 자기 계좌로 즉시 보내라고 지시한 사실 등을 인정했습니다. 다만 이 판결은 지급자가 알 수 있었는지를 따로 판단하지 않았습니다. 벨기에 법인에서 주식을 사며 원천징수하지 않은 국내 매수 회사의 책임도 합병으로 원고가 승계했습니다.

중간 법인에 실체가 있으면 지급자에 대한 처분도 위법해지나요?

중간 법인이 수익적 소유자라면 지급자에 대한 처분의 전제가 흔들립니다. 대법원 2018. 11. 29. 선고 2018두38376 판결은 헝가리 중간지주회사에 배당을 준 사안입니다. 국내 회사가 약 8,411억원을 지급했습니다. 원천징수는 5% 제한세율로 했습니다. 과세관청은 미국 최종 모회사를 수익적 소유자로 보아 국내 회사에 추가 세액을 고지했습니다. 대법원은 헝가리 법인이 조약상 수익적 소유자로 볼 여지가 충분하다고 했습니다.

근거로는 2008년 50명, 2009년 45명의 직원을 둔 공동서비스센터 업무를 들었습니다. 현지 법인세 납부와 외부감사, 배당금의 자회사 증자·대여 사용도 들었습니다. 받은 배당을 미국 모회사로 넘긴 내역도 없었습니다. 대법원은 실질과세로도 조약 적용을 부인할 수 없다며 처분이 적법하다고 본 원심을 파기환송했습니다.

대법원 2020. 1. 16. 선고 2016두35854 판결이 있습니다. 이 사건은 룩셈부르크 집합투자기구에 배당·이자를 준 국내 보관은행들 사건입니다. 대법원은 현지에서 면세라도 포괄적 납세의무가 있으면 조약상 거주자이고, 고유한 투자활동을 한 수익적 소유자라고 보았습니다. 보관은행들에 대한 처분은 위법하다고 본 원심이 유지됐습니다. 원심이 인정한 사실에는 룩셈부르크 과세당국의 거주자증명서와 금융감독당국의 설립증명서가 있었습니다.

알기 어려웠다고 주장하면 가산세라도 면할 수 있나요?

가산세는 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 부과하지 않습니다. 그러나 최근 대법원은 지급자의 정당한 사유를 부정한 원심 판단을 수긍했습니다. 대법원 2025. 12. 11. 선고 2022두30744 판결이 있습니다. 이 사건에서 국내 회사는 아일랜드 회사에 특허 사용료 계약금을 주었습니다. 8,500만 달러를 원천징수 없이 지급한 사안입니다.

원심은 이 회사가 특허 상당 부분이 미국 등록이고 관리회사도 미국 법인임을 알았다고 보았습니다. 그런데도 거주지국 과세 조약이 있는 아일랜드 법인과 계약했으니 정당한 사유가 없다고 했고, 대법원은 이를 수긍했습니다. 조약 혜택 부인 자체의 쟁점은 「해외 중간 법인을 거쳐 받은 배당, 조세조약 혜택이 부인되면 어떻게 다투나요?」에서 다뤘습니다.

대법원 2026. 1. 8. 선고 2022두31112 판결도 지급자의 정당한 사유를 부정한 원심을 유지했습니다. 외국인투자 감면 범위를 잘못 적용해 덜 뗀 사안입니다. 결국 지급 당시 무엇을 확인했고 왜 그 세율을 택했는지 기록이 남아 있어야 주장의 출발점이 생깁니다.

실질귀속자 확인 대응 순서

• 구조도 확보 - 수취 법인부터 최종 모회사까지 지분 구조와 각 법인의 설립 시기를 받습니다.
• 신청서 수령 - 제한세율 적용신청서 또는 비과세·면제신청서, 거주자증명서, 국외투자기구 신고서를 지급 전에 받습니다.
• 내부 자료 대조 - 계약서 서명자, 실사 주체, 이사회 참석자, 송금 지시 내용이 서류상 수취인과 맞는지 확인합니다.
• 세율 결정과 기록 - 파악이 안 되면 국내 세율로 원천징수하고, 판단 근거를 지급 건별로 보관합니다.
• 신청서 제출과 정정 - 받은 신청서를 다음 연도 2월 말일까지 내고, 세율 오류는 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 수취 법인의 실체와 지급자가 거래 과정에서 알게 된 사실에 따라 책임 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 해외 지급 전 실질귀속자 확인 절차 검토와 원천징수분 법인세 고지에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국 펀드를 거쳐 지급하면 서류는 누가 모아 주나요?
  국외투자기구가 실질귀속자들에게서 신청서와 증명서류를 받아, 그 명세가 담긴 국외투자기구 신고서와 함께 지급자에게 냅니다. 지급자는 미비한 부분의 보완을 요구할 수 있습니다.
• 조약상 비과세 신청서는 지급자가 세무서에도 내야 하나요?
  네. 비과세·면제신청서는 소득지급자가 납세지 관할 세무서장에게 제출해야 합니다. 세무서가 요건 미충족으로 보면 지급자에게서 세액을 징수합니다. 서류 보완 요구도 지급자에게 옵니다.
• 거주자증명서만 받으면 조약 세율을 써도 되나요?
  충분하지 않을 수 있습니다. 거주자증명서는 거주자 여부의 자료일 뿐입니다. 수익적 소유자인지는 사업활동 현황과 소득의 실제 사용·운용 내역을 종합해 판단합니다.
• 현지에서 세금이 면제되는 펀드도 조약상 거주자인가요?
  현지 법상 포괄적 납세의무가 있다면 면세 혜택으로 실제 과세되지 않았더라도 거주자로 볼 수 있습니다. 대법원은 룩셈부르크 집합투자기구를 이렇게 보았습니다.
• 원천징수분 법인세와 지방소득세 고지는 따로 다퉈야 하나요?
  따로 다툴 수 있습니다. 대법원은 구 지방세법상 법인세분 지방소득세 처분을 법인세 처분 불복과 별개로 다툴 수 있다고 했습니다. 과세표준인 법인세액 결정이 위법하다는 이유면 됩니다.
• 덜 뗀 원천세가 고지되면 가산세는 어느 정도인가요?
  미납세액의 3%와 고지 전까지의 기간에 따른 이자 상당액이 붙습니다. 둘을 합한 금액은 미납세액의 10%가 한도이고, 고지 뒤에도 내지 않으면 별도 가산세가 더해집니다.
• 실질귀속자를 몰라 국내 세율로 뗐는데 나중에 서류를 받으면 어떻게 하나요?
  실질귀속자나 지급자가 원천징수된 날이 속하는 달의 다음 달 11일부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서는 청구일부터 6개월 안에 결과를 알려야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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