법인세·소득세

배당받는 외국법인 뒤에 실제 주인이 있는 줄 몰랐어도 원천징수 책임을 지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.30 갱신

아니요, 성실하게 조사해도 실질귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었다면 그 실질귀속자를 기준으로 원천징수할 의무는 없습니다. 대법원은 배당을 지급하는 회사가 과세관청 같은 조사권한이 없다는 점을 들어 원천징수의무에 한계를 두었습니다. 지금은 배당 지급 당시 받은 주주 확인 서류와 거주자증명서를 모아 두십시오.

배당을 받는 외국 주주의 지분 구조를 끝까지 추적할 조사권한은 회사에 없습니다. 지급 과정에서 성실하게 확인한 자료가 있으면 명의상 주주를 기준으로 원천징수한 것이 문제 되지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

국내 상장사 C사는 2023년 싱가포르 법인 D로부터 투자를 받았고, D는 C사 지분 7%를 보유한 주주로 2024년과 2025년에 배당금 합계 42억원을 받았습니다. C사는 D의 법인등기와 거주자증명서를 받아 D를 기준으로 원천징수했습니다. 2026년 세무조사에서 세무서는 D가 조세회피 목적의 도관회사이고 실제 투자자는 다른 나라 펀드라며, 그 펀드를 기준으로 원천징수했어야 한다고 C사에 법인세 징수처분을 예고했습니다. C사는 그런 펀드가 있는지 전혀 몰랐다고 합니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

실질과세 원칙은 원천징수에도 적용되나요?

적용됩니다. 소득의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있으면 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용합니다. 이 원칙은 국내원천배당소득의 원천징수에도 그대로 적용됩니다.

그래서 배당을 지급하는 회사는 특별한 사정이 없으면 명의상 주주와 달리 실제로 소득이 귀속되는 자가 있는지를 확인하고, 실질귀속자를 기준으로 원천징수해야 합니다. 2026. 9. 29. 기준 현행 「법인세법」은 국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 국내원천 배당소득에 대해 지급금액의 100분의 20을 원천징수하도록 정합니다. 조세조약상 제한세율이 적용되는지는 누가 실질귀속자인지에 따라 달라집니다.

실제 주인을 알 수 없었다면 책임을 면하나요?

면합니다. 배당을 지급하는 회사는 세수 확보라는 공익적 요청에 따라 원천징수의무를 지지만, 질문검사권처럼 과세관청이 가진 조사권한은 없습니다. 그래서 지급 과정에서 성실하게 조사해 확보한 자료로도 실질귀속자가 따로 있다는 사실을 알 수 없었다면, 실질귀속자를 기준으로 원천징수할 의무까지는 지지 않습니다.

이 경우 회사는 명의상 주주인 외국법인을 기준으로 원천징수할 의무만 집니다. 그 이상의 세금은 과세관청이 실질귀속자에게 직접 부과할 문제입니다.

알았다고 볼 수 있는 경우는 언제인가요?

같은 판결은 결론에서 회사가 실질귀속자를 알고 있었다고 보아 원천징수의무를 인정했습니다. 투자 협상을 실제 투자자 쪽 직원이 맡았고, 명의상 외국법인의 이사들은 거래에 참여하지 않았다는 사정이 근거였습니다. 투자계약서, 주주간 약정, 이메일에 실제 투자자의 이름이 나오면 「몰랐다」는 주장은 받아들여지기 어렵습니다.

원천징수를 하지 않았거나 덜 떼었다고 판단되면 세무서는 지체 없이 원천징수의무자인 회사로부터 부족분에 가산세를 더해 법인세로 징수합니다. 회사는 이 징수처분을 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다퉈야 합니다.

원천징수 실질귀속자 대응 순서

• 지급 당시 자료 확보 - 배당 지급 때 받은 법인등기, 거주자증명서, 주주 확인서를 모읍니다. 성실하게 조사했다는 첫 증거입니다.
• 투자 경위 정리 - 투자 협상 상대방, 계약 서명자, 연락 담당자를 시간순으로 정리합니다. 실제 투자자를 알 수 있었는지가 여기서 갈립니다.
• 내부 이메일 점검 - 실제 투자자의 이름이 등장하는 내부 문서가 있는지 먼저 확인합니다. 불리한 자료가 있으면 대응 전략이 달라집니다.
• 조세조약 검토 - 명의상 주주와 실질귀속자의 거주지국별 제한세율을 비교합니다. 세율 차이가 징수액을 정합니다.
• 불복 제기 - 징수처분을 받으면 90일 안에 이의신청·심사청구·심판청구 중 하나를 냅니다. 과세전적부심사 기회가 있으면 그 단계부터 다툽니다.

여기까지는 일반 기준이고, 명의상 주주가 국외투자기구이거나 조세조약상 수익적 소유자 조항이 걸리면 계약서와 조약 문언을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 원천징수 법인세 징수처분 등 법인세 부과처분 취소소송과 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 외국법인 배당금은 몇 %를 원천징수하나요?
  법인세법 제98조 제1항 제2호는 국내사업장이 없는 외국법인에 지급하는 국내원천 배당소득에 대해 지급금액의 100분의 20을 원천징수하도록 정합니다. 다만 우리나라와 조세조약을 맺은 나라의 거주자에게는 조약상 제한세율이 적용될 수 있고, 그 적용 여부는 명의상 주주가 아니라 실질귀속자를 기준으로 판단합니다.
• 성실하게 조사했다는 것은 어떻게 보여 주나요?
  배당 지급 시점에 확보한 자료로 보여 줍니다. 법인등기, 거주자증명서, 주주 확인서, 투자 협상 기록처럼 지급 과정에서 받은 서류가 기준입니다. 대법원 2011두3159 판결은 성실하게 조사해 확보한 자료로도 실질귀속자를 알 수 없었던 경우에만 책임을 면한다고 보았습니다.
• 원천징수를 덜 했다고 하면 가산세도 내나요?
  냅니다. 법인세법 제98조 제4항은 원천징수의무자가 원천징수하지 않았거나 덜 납부하면 세무서장이 국세기본법의 원천징수 등 납부지연가산세를 더해 원천징수의무자로부터 법인세로 징수하도록 합니다. 징수처분을 다투면 가산세 부분도 함께 다투게 됩니다.
• 명의상 외국법인이 도관회사면 무조건 책임지나요?
  무조건은 아닙니다. 명의상 외국법인이 조세회피 목적으로 끼워진 도관회사라는 사실은 실질귀속자를 정하는 문제이고, 지급 회사의 책임은 그 사실을 알 수 있었는지로 다시 판단합니다. 국세기본법 제14조 제1항의 실질과세 원칙과 판례의 원천징수 한계가 함께 적용됩니다.
• 실질귀속자에게 세금을 걷으면 회사는 벗어나나요?
  회사가 알 수 없었던 경우라면 실질귀속자 기준의 추가 세액은 과세관청이 실질귀속자에게 직접 부과할 문제가 됩니다. 반대로 회사가 알 수 있었다면 회사에 징수처분이 나올 수 있고, 회사는 뒤에 실질귀속자에게 구상하는 방법을 검토해야 합니다. 주주간 계약에 세금 부담 조항이 있는지도 확인하십시오.
• 징수처분은 언제까지 다퉈야 하나요?
  처분이 있음을 안 날부터 90일 안입니다. 국세기본법에 따라 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 하나를 90일 안에 내야 하고, 행정소송은 심사청구나 심판청구를 거친 뒤 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 냅니다. 원천징수 법인세 징수처분도 같은 기한이 적용됩니다.

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