법인세·소득세

개인 대주주가 포기한 신주인수권부사채를 우리 법인이 더 받으면 법인세가 나오나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

나올 수 있습니다. 법인이 증자나 신주인수권부사채 같은 자본거래로 특수관계인에게서 이익을 받으면 그 이익은 익금이 되는데, 대법원은 이익을 준 특수관계인이 법인 주주가 아니라 개인 주주여도 똑같이 과세된다고 판단했습니다. 다만 특수관계가 있는지, 인수가격이 시가보다 낮아 이익이 실제로 옮겨 갔는지는 따로 다툴 수 있습니다.

지분 비율보다 신주나 신주인수권부사채를 더 받았다고 모두 과세되는 것은 아닙니다. 인수를 포기한 주주가 우리 법인의 특수관계인이어야 하고, 인수가격이 시가보다 낮아 실제로 이익이 옮겨 왔어야 합니다. 다만 이익을 준 쪽이 법인이 아닌 개인 주주라는 사정만으로 과세에서 빠지지는 않습니다. 대법원이 이 점을 정리했으므로, 다툼의 중심은 특수관계와 이익의 크기로 옮겨 갑니다.

이런 상담이 많습니다

B법인은 비상장회사 C사의 주주이고, C사 최대주주 D씨는 B법인 대표의 형입니다. C사가 2024. 4. 15. 기존 주주를 대상으로 신주인수권부사채 30억원을 발행했는데 D씨 등 개인 주주들이 인수를 포기해, B법인이 지분 비율보다 많은 20억원어치를 인수했습니다. B법인은 2025. 6. 신주인수권을 행사해 주식을 받았고, 행사가격은 당시 주식 평가액보다 낮았습니다. 2026. 9. 세무조사에서 조사관은 개인 주주들이 넘겨준 이익을 익금에 넣겠다고 했고, B법인은 이익을 준 사람이 개인인데도 법인세가 나오는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

이익을 준 사람이 개인 주주여도 법인세가 나오나요?

나옵니다. 법인세법 시행령은 법인의 수익 가운데 하나로 「자본거래로 인하여 특수관계인으로부터 분여받은 이익」을 정하고 있습니다. 이 규정은 이익을 준 특수관계인을 법인 주주로 한정하지 않습니다.

대법원은 같은 문언의 개정 전 규정을 두고, 특수관계인에는 법인 주주뿐 아니라 개인 주주도 포함된다고 판단했습니다. 판결은 이 규정이 일정한 유형의 자본거래로 특수관계인에게서 받은 이익을 과세하는 것이어서 "이익 분여자가 법인 주주인지 개인 주주인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다"고 했습니다. 원심은 개인 주주에게서 받은 이익은 대상이 아니라고 보았으나 파기환송되었고, 환송 후 서울고등법원은 그 분여이익을 익금에 넣어 세액을 다시 계산했으며 이 판결은 확정되었습니다.

판결은 개정 연혁도 근거로 들었습니다. 이 규정은 원래 부당행위계산 조항(제88조 제1항 제8호)에 의하여 받은 이익이라고 정했는데, 2000. 12. 29. 개정으로 자본거래의 유형만 인용하는 문장으로 바뀌었습니다. 대법원은 그 취지가 이익을 준 사람이 개인 주주인 경우에도 받은 이익이 수익에 포함된다는 점을 분명히 하려는 데 있다고 보았습니다. 지금 시행 중인 시행령 제11조 제8호도 같은 문장 구조이므로, 현행 조문 아래에서도 같은 결론으로 볼 수 있습니다. 사례의 B법인도 D씨가 개인이라는 이유만으로는 과세를 피하기 어렵습니다.

어떤 자본거래가 과세 대상이 되나요?

익금이 되는 이익은 부당행위계산 유형으로 정한 자본거래에서 생긴 것입니다. 불공정한 비율의 합병, 신주나 신주인수권부사채 인수를 포기하거나 시가보다 비싸게 인수하는 증자, 지분 비율에 따르지 않은 감자, 그 밖에 전환사채 등에 의한 주식 전환·인수·교환 같은 거래가 여기에 들어갑니다. 포기한 신주를 자본시장법상 모집 방법으로 배정한 경우는 증자 유형에서 빠지도록 정해져 있습니다.

특수관계 여부는 그 행위 당시를 기준으로 판단하고, 특수관계인이 아닌 사람을 거쳐 이루어진 거래도 포함됩니다. 그래서 발행 회사가 실권주를 일단 제3자에게 배정했다가 우리 법인으로 넘어오게 한 구조라도 실질에 따라 볼 수 있습니다. 거래 순서와 날짜를 시간순으로 정리해 두어야 하는 이유입니다.

상대가 우리 법인의 특수관계인인지는 어떻게 보나요?

법인세법은 법인의 경영에 사실상 영향력을 행사하는 사람과 그 친족, 소액주주가 아닌 주주와 그 친족 등을 특수관계인으로 봅니다. 사례에서 D씨는 B법인 대표의 형이므로, B법인 경영에 사실상 영향력을 행사하는 대표의 친족으로 볼 여지가 큽니다. 반대로 인수를 포기한 개인 주주가 우리 법인과 친족·지배관계가 없다면 그 몫의 이익은 이 규정으로 과세하기 어렵습니다. 포기한 주주마다 관계를 따로 확인합니다. 여러 주주가 함께 포기했다면 특수관계인이 포기한 몫과 그렇지 않은 몫을 나눠, 과세 대상 이익을 특수관계인 몫으로 좁힐 수 있는지 봅니다.

세무조사에서 무엇을 다툴 수 있나요?

개인 주주라는 주장은 이제 받아들여지기 어렵습니다. 대신 세 가지를 봅니다. 첫째, 포기한 주주별 특수관계 여부입니다. 둘째, 이익이 실제로 있었는지입니다. 행사가격과 주식 시가를 비교해야 하므로 세무서가 쓴 비상장주식 평가 방법과 평가 시점을 검토합니다. 셋째, 모집 방법으로 배정된 거래인지입니다. 분여한 쪽의 이익 계산은 상속세 및 증여세법 규정을 준용하도록 되어 있어, 계산 방식도 함께 점검합니다. 이 판결은 파기환송이어서 개별 사건의 최종 세액은 사실관계에 따라 따로 정해집니다. 개인 주주라는 주장 하나만으로 과세전적부심사를 내면 실익이 적으므로, 처음부터 특수관계와 평가 쟁점을 함께 준비합니다.

자본거래 분여이익 법인세 대응 순서

• 거래 구조 확인 - 발행 결의서, 배정 내역, 인수 포기서를 모아 누가 얼마를 포기했는지 정리합니다.
• 특수관계 점검 - 포기한 주주마다 우리 법인 대표·주주와의 친족·지배관계를 확인합니다.
• 시가 검토 - 행사가격과 비상장주식 평가액, 평가 기준일을 비교합니다.
• 과세전적부심사 - 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 특수관계와 이익 산정의 잘못을 소명합니다.
• 불복·경정청구 - 고지 뒤라면 90일 안에 심판청구를, 이미 신고·납부했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 인수를 포기한 주주가 우리 법인과 어떤 관계인지, 행사 당시 주식 시가가 얼마였는지에 따라 과세 여부와 금액이 달라집니다. 법인세법 시행령 제11조 제8호에 따른 익금 과세를 다투는 경우 법무법인 윤성은 과세전적부심사와 심판청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 개인 주주가 포기한 신주를 우리 회사가 받으면 법인세가 나오나요?
  포기한 개인 주주가 우리 회사의 특수관계인이고 인수가격이 시가보다 낮아 이익이 옮겨 왔다면 그 이익은 익금이 됩니다. 대법원은 이익을 준 특수관계인에 개인 주주도 포함된다고 판단했습니다.
• 이익을 준 쪽이 법인 주주일 때만 과세되는 것 아닌가요?
  아닙니다. 수익 규정은 이익을 준 특수관계인을 법인 주주로 한정하지 않습니다. 대법원은 이익 분여자가 법인인지 개인인지에 따라 과세 여부가 달라진다고 보기 어렵다며 반대 취지의 원심을 파기했습니다.
• 어떤 거래가 자본거래 분여이익 대상인가요?
  불공정 비율 합병, 신주나 신주인수권부사채 인수 포기·고가 인수, 지분 비율에 따르지 않은 감자, 전환사채 등에 의한 주식 전환·인수·교환 같은 자본거래입니다. 포기한 신주를 모집 방법으로 배정하면 증자 유형에서 빠집니다.
• 대표의 형이 포기한 몫도 특수관계인 거래인가요?
  법인 경영에 사실상 영향력을 행사하는 사람과 그 친족, 소액주주가 아닌 주주와 그 친족 등이 특수관계인입니다. 대표의 형제는 대표의 친족이어서 특수관계인으로 볼 여지가 큽니다. 주주별로 따로 확인합니다.
• 세무서가 계산한 이익이 너무 큰 것 같아요.
  이익은 행사가격과 주식 시가의 차이에서 나오므로 비상장주식 평가 방법과 평가 기준일을 다시 검토합니다. 평가가 달라지면 익금도 줄어듭니다. 과세전적부심사나 심판청구에서 평가 오류를 주장할 수 있습니다.
• 이미 법인세를 냈다면 돌려받을 수 있나요?
  특수관계가 없거나 이익 계산이 잘못되었다면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 고지를 받아 낸 세금이라면 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구 등으로 다툽니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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