법인세·소득세

자회사가 우리 회사 주식만 비싸게 감자해 주면 그 이익은 어떻게 과세되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

불균등 고가 유상감자로 특수관계인 주주에게서 분여받은 이익은 감자대가를 받은 법인의 익금에 산입되고, 같은 금액이 주식 취득가액에 더해진 뒤 주식이 모두 소각되면 그 사업연도에 손금으로 산입됩니다. 국세청은 2015년 사전답변에서 이렇게 회신했고, 현행 법인세법 시행령 제11조 제8호와 시행규칙 제37조 제2항도 같은 구조입니다. 지금 확인할 것은 감자대가가 시가보다 얼마나 높았는지와, 감자에 참여하지 않은 특수관계 주주 쪽에 부당행위계산부인이 걸리는지입니다.

불균등 감자로 받은 웃돈은 바로 세금으로 끝난다고 생각하기 쉽지만, 주식이 전부 소각되었다면 익금에 넣은 금액을 같은 사업연도에 손금으로 되돌리는 구조라서 감자에 참여한 법인의 과세소득이 그만큼 순증하지는 않습니다. 다만 계산과 신고를 정확히 해 두어야 이후 조사에서 다툼이 줄어듭니다.

이런 상담이 많습니다

A법인은 완전자회사인 B법인과 함께 C법인을 세워 주식을 나누어 갖고 있었습니다. 2025년 C법인은 이사회 결의로 A법인이 가진 주식만 시가보다 높은 값에 사들여 전부 소각하는 유상감자를 했습니다. B법인은 감자에 참여하지 않았습니다. A법인 재무 담당자는 시가를 넘는 감자대가가 그대로 익금이 되는지, 주식이 없어졌으니 손금으로 처리할 수 있는지, B법인에도 문제가 생기는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

불균등 고가 감자의 웃돈은 누구에게 어떻게 과세되나요?

주주들의 지분 비율과 다르게 일부 주주의 주식만 소각하는 감자에서, 감자에 참여한 법인이 특수관계인인 다른 주주로부터 이익을 분여받았다면 그 이익은 감자에 참여한 법인의 익금입니다. 분여한 쪽 법인에는 부당행위계산부인이 적용될 수 있습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 이런 자본거래로 특수관계인으로부터 분여받은 이익을 수익의 범위에 넣고 있습니다. 감자에 참여하지 않고 남은 주주는 지분 가치가 줄어드는 대신 상대방에게 이익을 넘긴 것으로 보아, 소액주주가 아니라면 부당행위계산부인으로 익금산입될 수 있습니다.

• 감자에 참여한 법인(A) - 분여받은 이익을 익금산입
• 감자에 참여하지 않은 특수관계 주주(B) - 분여한 이익에 대해 부당행위계산부인 검토
• 감자를 한 법인(C) - 자본거래이므로 손익이 생기지 않는 것이 원칙

국세청은 분여이익의 세무처리를 어떻게 해석했나요?

국세청은 유상감자에서 특정 법인주주의 주식만 시가보다 높은 가액으로 사들여 모두 소각해 그 주주가 특수관계인으로부터 이익을 분여받았다면, 그 금액을 익금에 산입하고 아울러 같은 금액을 손금에 산입한다고 회신했습니다(사전-2014-법령해석법인-22087, 2015. 3. 20.).

이유는 분여받은 이익이 먼저 주식 취득원가에 더해졌다가 그 주식을 처분할 때 손금으로 돌아오는데, 감자로 주식이 전부 소각되었다면 처분이 같은 날 함께 일어난 것이기 때문이라고 설명했습니다. 이른바 먼저 과세하고 나중에 손금으로 추인하는 구조가 한 사업연도 안에서 동시에 일어나는 것입니다. 회신은 주식 전부가 소각된 사실관계를 전제로 하므로 일부만 소각되었다면 손금 시기가 달라질 수 있습니다.

분여이익은 왜 취득가액에 더해지나요?

분여받은 이익을 익금에 넣은 만큼 주식 취득가액을 늘려야 나중에 같은 이익에 다시 과세되지 않기 때문입니다. 시행규칙은 감자로 분여받은 이익을 자산 취득가액에 포함하는 금액으로 명시하고 있습니다.

주식 일부만 소각되고 나머지를 계속 보유한다면 늘어난 취득가액은 남은 주식을 팔 때 반영됩니다. 이 경우에는 익금산입은 감자 시점에, 손금 반영은 처분 시점에 이루어져 사업연도가 달라질 수 있습니다. 세무조정계산서에 유보로 남겨 두고 추적해야 하는 이유입니다.

감자 의제배당은 익금불산입이 되나요?

분여이익과 별도로, 감자대가가 그 주식을 취득하는 데 쓴 금액을 넘으면 그 초과액은 의제배당입니다. 2024. 2. 29. 시행령 개정 이후 자본의 감소로 생긴 의제배당은 수입배당금 익금불산입 대상에서 빠졌습니다.

2015년 회신 당시에는 감자 의제배당에도 익금불산입을 적용할 여지가 있었지만, 지금은 자회사 감자로 받은 의제배당 전액이 익금에 남습니다. 분여이익 조정과 의제배당 계산이 같은 금액을 두 번 반영하지 않도록 계산서를 나누어 작성해야 합니다.

불균등 감자 대응 순서

• 감자대가와 시가 비교 - 감자 결의 당시 주식 평가서를 확보하고 시가와 감자대가 차이를 계산합니다. 차액이 분여이익의 출발점입니다.
• 특수관계와 소액주주 여부 확인 - 감자에 참여하지 않은 주주가 특수관계인인지, 소액주주인지 확인합니다. 이에 따라 부당행위계산부인 적용 여부가 갈립니다.
• 세무조정 정리 - 분여이익 익금산입과 취득가액 가산, 소각에 따른 손금산입을 같은 사업연도에 반영합니다. 감자 의제배당은 익금불산입 대상에서 뺍니다.
• 신고 오류 정정 - 손금산입을 빠뜨렸다면 과세표준 및 세액의 결정(경정)청구서로 5년 안에 바로잡습니다.
• 조사·불복 단계 - 세무조사 결과통지를 받으면 30일 안에 과세전적부심사를, 납부고지 뒤에는 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 시가 산정과 특수관계 판단은 감자 결의서와 주주 구성, 평가 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 자본거래 관련 법인세 부과처분 취소소송과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 감자에 참여하지 않은 주주도 세금이 나오나요?
  감자에 참여하지 않은 주주가 법인이고 감자에 참여한 주주와 특수관계에 있으며 소액주주가 아니라면, 지분 비율과 다른 감자로 이익을 분여한 것으로 보아 부당행위계산부인이 적용될 수 있습니다. 개인 주주라면 상속세 및 증여세법상 감자에 따른 이익의 증여를 따로 검토합니다.
• 시가보다 싸게 감자해 준 경우는 어떻게 되나요?
  감자대가가 시가보다 낮으면 감자에 참여한 주주가 남은 주주에게 이익을 넘긴 셈이 되어 방향이 반대로 바뀝니다. 남은 특수관계 주주가 법인이면 분여받은 이익이 익금이 되고, 감자에 참여한 법인 쪽에는 부당행위계산부인이 검토됩니다.
• 주식 일부만 소각되면 손금은 언제 반영하나요?
  분여받은 이익은 감자 시점에 익금산입하고 남은 주식의 취득가액에 더해 둡니다. 손금 반영은 남은 주식을 처분하거나 소각해 손익이 실현될 때 이루어지므로 감자 사업연도와 다를 수 있습니다.
• 자회사 감자 의제배당도 익금불산입되나요?
  아니요. 2024. 2. 29. 시행령 개정 이후 자본의 감소로 생긴 의제배당은 수입배당금 익금불산입 대상에서 빠졌습니다. 회신 당시처럼 익금불산입을 적용해 신고했다면 신고 내용을 다시 점검하는 것이 좋습니다.
• 상장회사 주식 감자에도 같은 규정이 적용되나요?
  자본거래로 인한 이익분여 규정은 상장 여부만으로 적용이 배제되지 않습니다. 다만 소액주주는 부당행위계산부인 대상 주주에서 제외되고, 시가는 상장주식이면 거래소 시세를 기준으로 판단하므로 평가 방법이 달라집니다.
• 세무조사에서 분여이익만 익금산입하고 손금은 안 해 주면요?
  주식 전부가 소각되었다면 손금산입도 같은 사업연도에 반영되어야 한다는 것이 국세청 회신 취지입니다. 결과통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구하거나, 고지 뒤 90일 안에 심판청구로 손금 누락을 다툴 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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