세금

거래 당시 특수관계가 없었는데 부당행위계산 부인이 적용되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

원칙적으로 적용되지 않습니다. 부당행위계산 부인은 행위 당시를 기준으로 특수관계인과의 거래인지 판단합니다. 거래 뒤에 임원이 되거나 지분을 사들여 특수관계가 생겨도 지난 거래는 대상이 아닙니다. 다만 거래 당시가 언제인지가 다툼이 되고, 합병과 가지급금 대손에는 별도 기준이 있습니다.

원칙적으로 적용되지 않습니다. 부당행위계산 부인은 행위 당시를 기준으로 특수관계인과의 거래인지 판단합니다. 거래 뒤에 임원이 되거나 지분을 사들여 특수관계가 생겨도 지난 거래는 대상이 아닙니다. 다만 거래 당시가 언제인지가 다툼이 되고, 합병과 가지급금 대손에는 별도 기준이 있습니다.

특수관계는 언제를 기준으로 판단하나요?

행위 당시입니다. 법인세법 시행령 제88조 제2항이 근거입니다. 부당행위계산 부인 규정은 행위 당시를 기준으로 특수관계인 간의 거래에 적용됩니다. 거래 뒤에 특수관계가 생겼다고 지난 거래까지 거슬러 부인하지 않습니다.

반대로 거래 당시 특수관계였다면 나중에 관계가 끊겨도 부인 대상입니다. 세무조사는 대개 몇 년 뒤에 이루어지므로, 조사 시점의 관계가 아니라 거래 시점의 관계를 다시 확인해야 합니다. 임원이 퇴임하거나 지분을 정리했다는 사정은 이미 이루어진 거래의 판단을 바꾸지 않습니다.

퇴임한 임원과 새로 거래할 때도 같은 원칙입니다. 법인세법 시행령 제2조 제8항에는 퇴임 임원을 일정 기간 계속 특수관계인으로 보는 규정이 없습니다. 다만 퇴임 뒤에도 소액주주가 아닌 주주로 남아 있으면 특수관계인입니다. 임원 임면 등 경영에 사실상 영향력을 계속 행사해도 마찬가지입니다. 퇴임 직후 거래라면 이 두 가지를 먼저 확인해야 합니다.

이 원칙은 시가 판단에도 같이 쓰입니다. 부당행위 여부는 행위 당시 사정으로 보므로, 거래 뒤에 값이 오르거나 내렸다는 사정은 원칙적으로 고려하지 않습니다. 다만 거래 당시 장래 가격 변동이 어느 정도 확정돼 있었다면 그 사정은 판단에 들어갈 수 있습니다.

행위 당시는 계약일인가요 잔금일인가요?

대금을 확정한 거래 당시로 본 판결이 있습니다. 대법원 2008. 7. 24. 선고 2008두3197 판결의 제1심이 이 기준을 썼습니다. 자산의 취득·양도가 정상 거래인지는 대금을 확정 짓는 거래 당시를 기준으로 판단해야 한다는 것입니다. 이는 양도소득세의 양도시기인 잔금청산일과는 다른 개념이라고 했습니다.

이 사건에서 회사는 매도인과 그해 7월에 구두로 계약했으므로 그때는 특수관계가 아니었다고 주장했습니다. 매도인은 8월 말 회사 이사로 취임했고, 매매계약서는 9월 19일자로 작성됐습니다. 제1심은 100억원이라는 큰 금액을 구두로 계약했다는 주장을 받아들이지 않았습니다. 7월은 교섭 단계였고 9월 계약서 작성 때 계약 의사가 확정됐다고 보아 특수관계를 인정했습니다.

거래 당시가 언제냐에 따라 시가도 달라질 수 있습니다. 가격이 빠르게 오르는 자산이라면 계약일과 잔금일의 시가 차이가 큽니다. 같은 날짜 기준이 특수관계 판정과 시가 판정에 함께 쓰인다는 점을 기억하십시오.

결국 거래 당시를 앞당기려면 그날 가격과 조건이 확정됐다는 객관적 자료가 있어야 합니다. 날짜가 빠진 계약서나 당사자 진술만으로는 부족합니다. 이 사건은 이후 경제적 합리성이 인정돼 회사가 이겼지만, 특수관계 판단에서는 회사 주장이 배척됐습니다.

합병과 가지급금은 기준이 다른가요?

다릅니다. 불공정합병은 판정 기간이 따로 있습니다. 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 특수관계였는지를 봅니다. 합병 직전에 지분을 정리해 특수관계를 끊어도 그 기간 중 특수관계였다면 대상이 될 수 있습니다.

가지급금 대손 제한도 시점이 정해져 있습니다. 특수관계인에게 업무와 관련 없이 빌려준 돈은 대손금으로 손금에 넣을 수 없는데, 특수관계인지는 대여시점을 기준으로 판단합니다. 빌려준 뒤 관계가 끊겼다고 대손 제한이 풀리지 않습니다. 오히려 특수관계가 소멸하는 날까지 회수하지 못한 가지급금과 그 이자는 그때 익금에 들어갑니다. 채권에 관한 소송으로 회수할 수 없는 경우 등 정당한 사유가 있으면 예외입니다.

대표 상여 처분에 따른 소득세를 회사가 대신 내고 가지급금으로 둔 금액은 특수관계가 소멸될 때까지 인정이자 계산에서 빠집니다. 특수관계가 소멸될 때까지 회수하지 않아 익금에 산입한 금액은 기타 사외유출로 처분됩니다.

특수관계가 생기기 직전에 거래했다면 안전한가요?

안전하다고 단정할 수 없습니다. 거래 당시 이미 특수관계를 맺기로 합의돼 있었다면 실질은 특수관계인 거래로 볼 여지가 있습니다. 위 사건도 매도인의 이사 취임이 주식 매매와 함께 추진된 구조였습니다.

특수관계인 외의 자를 통한 거래도 대상입니다. 특수관계 없는 제3자를 중간에 끼워 거래한 경우가 그렇습니다. 그 제3자와 특수관계인이 다시 거래했다면 전체를 하나로 보아 판단할 수 있습니다.

특수관계 판정 시점 대응 순서

• 관계 변동 정리 - 임원 선임·퇴임일, 지분 취득·처분일을 날짜순으로 정리합니다.
• 거래 확정일 확인 - 계약서 작성일, 가격 확정일, 대금 지급일을 구분해 확인합니다.
• 증빙 확보 - 가격이 확정된 날을 보여 주는 서면 계약과 교섭 기록을 보관합니다.
• 특수 기준 점검 - 합병, 가지급금 대손처럼 별도 판정 기준이 있는 거래인지 확인합니다.
• 과세 시 대응 - 특수관계 성립 전 거래라는 점을 객관 자료로 증명합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 가격을 확정한 날과 특수관계가 생긴 날의 선후에 따라 부당행위계산 부인 적용 여부가 달라집니다. 법무법인 윤성은 특수관계 판정 시점이 쟁점인 거래의 부당행위계산 부인 검토와 법인세 불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 임원이 퇴임한 뒤 회사 자산을 싸게 사면 어떤가요?
  거래 당시 특수관계가 아니면 원칙적으로 대상이 아닙니다. 시행령에 퇴임 임원을 일정 기간 특수관계인으로 보는 규정은 없습니다. 다만 소액주주가 아닌 주주로 남았거나 경영에 사실상 영향력을 행사하면 특수관계인입니다.
• 계약 뒤 잔금 전에 특수관계가 생기면요?
  그 사건 제1심은 대금을 확정한 거래 당시를 기준으로 보았습니다. 계약 때 가격이 확정됐고 그때 특수관계가 없었다면 부인 대상이 아니라고 볼 여지가 있습니다. 계약서상 가격 확정 내용을 확인하십시오.
• 특수관계가 끊긴 뒤 받지 못한 대여금은 대손 처리할 수 있나요?
  대여 당시 특수관계인이었다면 업무무관 가지급금의 대손 제한이 그대로 적용됩니다. 관계가 끊겼다는 사정만으로 대손금이 되지 않으니 회수 노력을 이어 가십시오.
• 합병 직전에 지분을 팔아 특수관계를 끊으면 불공정합병 과세를 피하나요?
  피하기 어렵습니다. 합병의 특수관계 판정은 합병등기일이 속한 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지를 봅니다. 그 기간 중 특수관계였다면 대상이 될 수 있습니다.
• 특수관계 여부를 다툴 때 누가 증명하나요?
  부당행위계산 부인의 요건은 원칙적으로 과세관청이 증명합니다. 다만 거래 당시를 앞당기려는 주장이라면 그 날짜를 뒷받침할 자료를 회사가 내야 설득력이 생깁니다.
• 상대방만 우리 회사를 특수관계인으로 보면 어떻게 되나요?
  법인세법은 어느 한쪽 기준으로 특수관계가 성립하면 쌍방 모두 특수관계인으로 봅니다. 그래서 우리 회사 쪽뿐 아니라 상대방 쪽 지분이나 임원 관계도 함께 확인해야 합니다.

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