법인세·소득세

회사에 주식을 계약일 시가로 팔았는데 잔금 때 값이 오르면 부당행위인가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 특수관계 법인에 비상장주식을 매매계약일 당시 법인세법상 시가로 팔았다면 잔금일에 평가액이 올랐어도 양도소득 부당행위계산은 적용되지 않습니다. 소득세법 시행령은 법인세법상 시가 거래로 법인의 부당행위계산 부인이 적용되지 않으면 개인의 양도소득 부당행위계산도 적용하지 않습니다. 지금은 계약일 가격이 법인세법상 시가였다는 평가 자료부터 확인해야 합니다.

잔금일 기준으로 주식을 다시 평가해 두지 않아도 됩니다. 먼저 챙길 것은 계약일 당시 가격이 법인세법상 시가였다는 평가 자료입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 비상장회사 임원으로 일하던 2024년 10월, 보유 주식 전부를 그 회사에 넘기는 계약을 맺었습니다. 1주당 가격은 계약일 당시 상속세 및 증여세법의 보충적 평가방법으로 계산한 금액으로 정했습니다. 회사 자금 사정 때문에 대금은 세 번에 나눠 받기로 했고, A씨는 계약 직후 퇴사했습니다. 마지막 잔금을 받은 2026년 3월에는 같은 방법으로 다시 평가한 1주당 가액이 계약가보다 높아졌고, A씨는 잔금일을 기준으로 부당행위계산이 적용되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

잔금일에 주식 평가액이 오르면 부당행위계산이 적용되나요?

아니요, 개인과 법인 사이 주식 거래가 부당행위계산에 해당하는지는 매매계약일 현재를 기준으로 보므로 잔금일 평가액이 올랐다는 이유만으로 적용되지 않습니다. 양도차익은 대금청산일을 양도시기로 계산하지만, 부당행위계산은 특수관계인과 정상 가격으로 거래했는지를 보는 제도이고 거래가액은 계약 때 정해지기 때문입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」도 법인세법상 시가로 거래해 법인 쪽 부당행위계산 부인이 적용되지 않으면 개인 쪽 양도소득 부당행위계산도 적용하지 않는 규정을 그대로 두고 있습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 매매계약일 현재 대가가 법인세법상 시가에 해당하면 잔금일 평가액이 더 높아도 양도소득 부당행위계산을 적용하지 않는다고 회신했습니다(서면-2015-법령해석재산-0569, 2015. 6. 29.). 질의자는 비상장회사 임원으로 2013년 12월 회사와 주식 33,600주의 매매계약을 맺고 퇴사한 뒤 2015년 1월까지 대금을 나눠 받았습니다. 국세청은 법인세법의 부당행위계산과 종합소득의 부당행위계산이 모두 행위 당시를 기준으로 판정하는 점을 들어, 양도소득도 특수관계와 시가 해당 여부를 매매계약일 기준으로 본다고 설명했습니다. 다만 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 줄인 것으로 인정되면 이 특례는 적용되지 않습니다.

이 회신은 계약일 가격이 법인세법상 시가였고 계약일과 잔금청산일 전후 3개월 안에 제3자 간 매매사례가액이 없었다는 사실관계를 전제로 합니다. 계약 당시부터 시가와 차이가 있었거나 계약 뒤 가격을 고쳤다면 판단이 달라질 수 있습니다.

법인세법상 시가가 아니었다면 어떻게 되나요?

계약일 가격이 법인세법상 시가에서 벗어났다면 양도소득 부당행위계산이 적용될 수 있고, 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때 양도가액을 시가로 고쳐 다시 계산합니다. 회사와 그 회사의 임원은 국세기본법 시행령상 경제적 연관관계에 있는 특수관계인입니다.

• 특수관계 - 법인과 그 임원·사용인은 특수관계인입니다. 계약 뒤 퇴사했더라도 계약일에 특수관계였다면 그 기준으로 봅니다.
• 시가 - 비상장주식은 거래 사례가 없으면 법인세법 시행령 제89조 제2항에 따라 상속세 및 증여세법 평가 규정을 준용한 가액을 시가로 봅니다.
• 차액 기준 - 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상이어야 부당행위계산 대상이 됩니다.

상장주식 거래는 그 뒤 무엇이 바뀌었나요?

상장주식은 2021. 2. 17. 개정된 시행령에 따라 법인세법 시행령 제89조 제1항의 시가를 기준으로 하고, 3억원이나 100분의 5 같은 차액 기준을 적용하지 않습니다. 국세청은 같은 해 상장주식을 특수관계 법인에 장외에서 법인세법상 시가로 넘긴 사안에서도 법인 쪽 부당행위계산 부인이 적용되지 않으면 양도소득 부당행위계산을 적용하지 않는 취지로 회신했습니다(서면-2021-자본거래-3441, 2021. 6. 7.). 상장주식은 차액이 작아도 시가와 다르면 문제가 되므로 거래일의 거래소 최종시세가액을 기준으로 값을 정해야 합니다.

개인과 법인 주식 거래 부당행위계산 대응 순서

• 계약일 평가 자료 확보 - 계약일 현재 법인세법상 시가를 계산한 평가서를 보관합니다. 잔금일 평가액이 아니라 이 자료가 판단 기준이 됩니다.
• 특수관계 확인 - 계약일 당시 임원·주주 관계를 이사회 의사록과 주주명부로 확인합니다. 계약 뒤 퇴사는 이 판단을 바꾸지 않습니다.
• 대금 조건 기록 - 분할 지급 사유와 일정을 계약서와 이사회 의사록에 남깁니다. 계약 뒤 가격을 고치면 회신의 전제와 달라집니다.
• 예정신고 - 대금을 다 받은 날이 속하는 반기 말일부터 2개월 안에 신고합니다. 신고 뒤 세액을 많이 낸 사실을 알면 법정신고기한부터 5년 안에 경정청구를 검토합니다.
• 조세불복 - 세무서가 잔금일 평가액을 시가로 보아 고지하면 처분을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 계약 뒤 가격이나 지급 조건을 바꿨거나 같은 시기에 제3자 거래가 있었다면 계약서와 평가서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 부당행위계산 부인 처분에 대한 조세불복과 경정청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 계약 뒤 퇴사하면 특수관계가 없어지나요?
  부당행위계산에서 특수관계는 매매계약일을 기준으로 판단합니다. 계약 당시 임원이었다면 그 뒤 퇴사해 잔금을 받을 때 관계가 끝났어도 특수관계인 사이 거래로 봅니다. 그래서 계약일 가격이 법인세법상 시가였는지가 판단의 중심이 됩니다.
• 비상장주식의 법인세법상 시가는 어떻게 정하나요?
  같은 주식을 특수관계 없는 제3자끼리 거래한 가격이 있으면 그 가격이 시가입니다. 그런 가격이 없으면 법인세법 시행령이 정한 순서에 따라 상속세 및 증여세법의 평가 규정을 준용해 계산한 가액을 씁니다. 주식은 감정가액을 시가로 쓰지 않는다는 점도 함께 확인해야 합니다.
• 차액이 얼마 이상이어야 부당행위계산이 되나요?
  비상장주식 등은 시가와 거래가액의 차액이 3억원 이상이거나 시가의 100분의 5 이상일 때만 양도소득 부당행위계산 대상이 됩니다. 이 기준에 못 미치면 특수관계인에게 낮게 팔았더라도 양도가액을 시가로 고치지 않습니다.
• 대금을 나눠 받으면 양도일은 언제인가요?
  양도시기는 원칙적으로 대금을 청산한 날입니다. 다만 대금을 다 받기 전에 명의개서를 했다면 명의개서일이 양도시기가 됩니다. 부당행위계산은 계약일로 판단하더라도 예정신고 기한과 양도차익 계산은 이 양도시기를 기준으로 합니다.
• 거짓으로 계약서를 쓰면 어떻게 되나요?
  법인세법상 시가로 거래한 경우라도 거짓이나 그 밖의 부정한 방법으로 양도소득세를 줄인 것으로 인정되면 양도소득 부당행위계산이 적용됩니다. 계약일을 앞당겨 적거나 평가 자료를 꾸민 경우가 여기에 해당할 수 있으므로 계약 경위 자료를 사실대로 남겨야 합니다.
• 상장주식을 회사에 넘길 때도 같은가요?
  상장주식도 법인세법상 시가로 거래해 법인 쪽 부당행위계산 부인이 적용되지 않으면 양도소득 부당행위계산이 적용되지 않는 구조는 같습니다. 다만 상장주식의 시가는 거래일의 거래소 최종시세가액을 기준으로 하고 3억원·100분의 5 차액 기준이 적용되지 않습니다.
• 이미 잔금일 기준으로 신고했는데 바로잡을 수 있나요?
  잔금일 평가액으로 양도가액을 높여 신고해 세금을 많이 냈다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 계약일 기준 평가서와 계약서로 거래가액이 시가였다는 점을 보여 주어야 합니다.

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