세금

신탁 부동산을 팔면 세금계산서는 수탁자와 위탁자 중 누가 발급하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

신탁 부동산을 팔 때 세금계산서는 원칙적으로 수탁자인 신탁회사가 발급합니다. 신탁재산과 관련된 공급은 수탁자가 신탁재산별로 별도의 납세의무자가 되기 때문입니다. 다만 위탁자 명의로 파는 경우나 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배하는 경우에는 위탁자가 발급합니다. 건물분만 과세되고 토지분은 세금계산서를 발급하지 않습니다.

신탁 부동산을 팔 때 세금계산서는 원칙적으로 수탁자인 신탁회사가 발급합니다. 신탁재산과 관련된 공급은 수탁자가 신탁재산별로 별도의 납세의무자가 되기 때문입니다. 다만 위탁자 명의로 파는 경우나 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배하는 경우에는 위탁자가 발급합니다. 건물분만 과세되고 토지분은 세금계산서를 발급하지 않습니다.

신탁 부동산을 팔면 왜 수탁자가 세금계산서를 발급하나요?

부가가치세법은 신탁재산과 관련된 재화나 용역을 공급할 때 수탁자를 납세의무자로 정하고 있습니다. 수탁자는 신탁재산마다 별도의 납세의무자가 되므로, 같은 신탁회사라도 신탁재산이 다르면 각각 따로 신고합니다. 신탁재산의 관리·처분·운용에서 생긴 소득과 재산도 신탁재산에 포함됩니다.

그래서 신탁된 상가 건물을 매각하면 매도인 지위의 수탁자가 매수인에게 세금계산서를 발급합니다. 부동산 매각에서 토지는 면세이므로 건물 공급가액에 대해서만 발급합니다. 토지와 건물 가액을 계약서에 나눠 적지 않았다면 기준시가 등으로 안분해야 하므로, 계약서에 구분해 적어 두는 것이 좋습니다. 수탁자는 해당 신탁재산을 사업장으로 보아 사업자등록을 해야 하고, 공동수탁자가 있으면 대표수탁자가 등록과 신고를 맡습니다. 공동수탁자는 부가가치세를 연대해 납부할 의무를 집니다.

이 규정은 2020. 12. 22. 법 개정으로 들어왔습니다. 그 전에는 신탁재산 처분의 납세의무자를 두고 판례와 실무가 여러 차례 바뀌었습니다. 오래된 신탁 거래를 정리할 때는 공급 당시 적용 법령을 따로 확인해야 합니다. 특히 신탁 설정 시점과 공급 시점이 개정 전후에 걸쳐 있다면 어느 규정을 따를지부터 정리해야 합니다.

위탁자가 세금계산서를 발급하는 경우는 언제인가요?

세 가지 유형이 있습니다. 첫째, 신탁재산과 관련된 재화나 용역을 위탁자 명의로 공급하는 경우입니다. 둘째, 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배·통제하는 경우로서 시행령이 정한 경우입니다. 셋째, 신탁의 유형과 수탁자의 임무 범위 등을 고려해 시행령이 정한 경우입니다.

시행령이 정한 실질 지배 유형은 이렇습니다. 부동산개발 목적 신탁에서 사업비 조달의무를 수탁자가 지지 않는 경우가 대표적입니다. 다만 수탁자가 정비사업의 사업시행자인 경우는 빠집니다. 수탁자가 정비사업의 사업대행자인 경우도 위탁자가 납세의무자입니다. 수탁자가 위탁자의 지시로 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 경우, 투자신탁도 같습니다.

관리형 토지신탁을 예로 들어 보겠습니다. 시행사가 사업비를 조달하고 신탁회사는 명의만 관리한다고 합시다. 그러면 위탁자인 시행사가 분양 세금계산서를 발급하는 구조가 될 수 있습니다. 같은 부동산이라도 신탁계약서의 사업비 조달 조항에 따라 발급 주체가 달라집니다.

발급 주체를 잘못 정하면 매수인의 매입세액공제는 어떻게 되나요?

원칙적으로 납세의무자가 아닌 자가 발급한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서가 될 수 있습니다. 그러나 시행령은 신탁 거래의 혼선을 고려해 구제 규정을 둡니다. 거래사실이 확인되고 공급자가 그 세금을 신고·납부했다면 매입세액공제를 허용합니다.

구제는 두 방향입니다. 수탁자가 납세의무자인데 위탁자를 공급받는 자로 한 세금계산서를 받은 경우가 하나입니다. 위탁자가 납세의무자인데 수탁자를 공급받는 자로 한 세금계산서를 받은 경우가 다른 하나입니다. 이 규정은 신탁재산을 매입하는 쪽의 공제를 정한 것입니다.

매도 쪽에서 발급 주체를 잘못 정한 경우에는 이 구제가 그대로 적용되지 않을 수 있습니다. 매수인은 잔금 전에 신탁계약서와 신탁원부를 받아 납세의무자를 확인하고, 그 명의로 세금계산서를 받는 것이 안전합니다.

신탁 부동산을 넘기는 것 자체도 과세되나요?

위탁자가 수탁자에게 신탁재산을 맡기는 이전은 재화의 공급으로 보지 않습니다. 신탁이 끝나 수탁자가 위탁자에게 돌려주는 경우, 수탁자가 바뀌어 새 수탁자에게 넘기는 경우도 같습니다. 이런 이전에는 세금계산서를 발급하지 않습니다. 담보 목적으로 신탁등기를 하는 단계에서 부가가치세를 걱정할 필요는 없습니다.

반면 신탁법에 따라 위탁자의 지위가 다른 사람에게 이전되면 기존 위탁자가 새 위탁자에게 신탁재산을 공급한 것으로 봅니다. 이때는 기존 위탁자가 납세의무자입니다. 다만 실질적인 소유권 변동이 있다고 보기 어려운 경우로서 시행령이 정한 경우는 공급으로 보지 않습니다. 시행사 교체로 위탁자 지위가 넘어가는 개발사업에서 자주 문제 됩니다.

신탁 부동산 매각 대응 순서

• 신탁계약서 확인 - 신탁 유형과 사업비 조달 의무, 수탁자 임무 범위를 확인합니다.
• 납세의무자 판정 - 수탁자인지, 위탁자 예외 유형인지 정합니다.
• 사업자등록 점검 - 수탁자가 납세의무자라면 신탁재산별 사업자등록이 되어 있는지 확인합니다.
• 공급가액 구분 - 토지와 건물 가액을 나눠 건물분만 세금계산서를 발급합니다.
• 매수인 확인 - 매수인은 납세의무자 명의로 세금계산서를 받고 공급자의 신고 여부를 확인합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신탁 유형과 사업비 구조, 매각 명의에 따라 발급 주체와 매수인의 공제가 달라집니다. 법무법인 윤성은 신탁 부동산 거래의 부가가치세 납세의무 검토와 세무조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수탁자가 낼 부가가치세를 신탁재산으로 다 못 내면 누가 내나요?
  신탁의 수익자가 받은 수익과 귀속 재산 가액을 한도로 제2차 납세의무를 집니다. 반대로 위탁자가 체납하면 수탁자가 그 신탁재산으로 물적납세의무를 질 수 있습니다.
• 신탁재산별로 사업자등록을 따로 해야 하나요?
  네, 수탁자가 납세의무자가 되는 경우 해당 신탁재산을 사업장으로 보아 사업자등록을 신청해야 합니다. 공동수탁자가 있으면 대표수탁자가 신청합니다.
• 담보신탁된 건물을 위탁자가 직접 팔면 누가 발급하나요?
  위탁자 명의로 공급하는 경우에는 위탁자가 납세의무자입니다. 매매계약의 매도인이 위탁자이고 신탁회사는 신탁 해지 후 소유권을 넘기는 구조라면 위탁자가 발급합니다.
• 신탁된 상가의 임대료 세금계산서도 수탁자가 발급하나요?
  임대도 신탁재산과 관련된 용역 공급이므로 원칙적으로 수탁자가 납세의무자입니다. 다만 위탁자 명의로 임대하는 등 예외 유형에 해당하면 위탁자가 발급합니다.
• 위탁자의 특수관계인에게 팔면 왜 위탁자가 발급하나요?
  수탁자가 위탁자의 지시로 위탁자의 특수관계인에게 공급하는 경우는 위탁자가 실질적으로 지배하는 것으로 보는 유형이기 때문입니다. 이때는 위탁자가 납세의무자입니다.
• 2022년 전에 설정한 신탁도 같은 기준인가요?
  위탁자 실질 지배 유형을 정한 시행령 조항은 2022. 1. 1. 이후 설정한 신탁부터 적용됩니다. 그 전 신탁은 공급 시기와 당시 규정을 따로 확인해야 합니다.

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