부가가치세

관리형 토지신탁에서 시행사가 기한이익을 잃고 시공사가 위탁자가 되면 부가가치세는 누가 내나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

새로운 위탁자가 된 시공사가 냅니다, 관리형 토지신탁에서 위탁자가 대출금 상환을 못해 기한이익을 잃고 신탁계약에 따라 위탁자 지위가 시공사로 넘어간 뒤 수탁자가 신탁재산을 처분하면 그 부가가치세 납세의무자는 시공사입니다. 국세청은 2025년 4월 29일 회신에서 관리형 토지신탁은 사업비 조달의무를 수탁자가 지지 않아 위탁자가 납세의무자이고, 신탁법 제10조에 따라 지위가 이전되면 새 위탁자가 그 자리를 잇는다고 보았습니다. 지금은 신탁특약의 지위 이전 조항과 기한이익 상실 통지서 발송일부터 확인해 두십시오.

수탁자인 신탁회사가 공매를 진행한다고 해서 신탁회사 명의로 부가가치세를 신고하거나, 사망한 종전 위탁자의 상속인이 세금을 떠안아야 하는 것은 아닙니다. 신탁계약상 위탁자 지위가 누구에게 있는지가 기준입니다.

이런 상담이 많습니다

시행사 대표 A씨는 2024년 5월 신탁회사, 시공사, 저축은행 등 대출금융기관과 관리형 토지신탁계약을 맺고 오피스텔과 근린생활시설을 지었습니다. 건물은 2025년 6월 사용승인을 받았지만 분양이 저조해 2025년 10월 대출금 상환을 못했고, 대출금융기관은 기한이익 상실 통지서를 보냈습니다. 신탁특약에는 기한이익 상실 사유가 생기면 위탁자의 모든 지위가 시공사에게 이전된다는 조항이 있었습니다. 2025년 12월 대출금융기관이 신탁회사에 공매를 요청하자, 시공사 B사는 공매로 분양되는 호실의 부가가치세를 누가 신고·납부해야 하는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 위탁자 지위가 시공사로 넘어간 뒤의 공매를 어떻게 해석했나요?

부가가치세 납세의무자는 새로운 위탁자인 시공사라는 결론입니다. 국세청은 사전-2025-법규부가-0216(2025. 4. 29.)에서, 수탁자가 2022년 1월 1일 이후 분양사업자인 위탁자와 「부가가치세법」 제3조 제3항 제2호 및 시행령 제5조의2 제2항 제1호의 토지신탁계약을 맺은 경우로서, 위탁자가 미분양으로 대출금융기관 채무를 갚지 못해 기한이익을 상실하고 「신탁법」 제10조에 따라 위탁자 지위가 시공사로 이전된 뒤 수탁자가 제3자에게 신탁재산을 공급하면 납세의무자는 새로운 위탁자인 시공사라고 보았습니다. 판단 이유는 두 가지입니다. 첫째, 관리형 토지신탁은 위탁자가 자기 책임과 비용으로 사업비를 조달하므로 수탁자가 사업비 조달의무를 지지 않는 신탁이고, 이 경우 위탁자가 납세의무자입니다. 둘째, 신탁특약에 따라 대출금융기관이 기한이익 상실 통지서를 보낸 시점부터 별도 절차 없이 위탁자 지위가 시공사에게 넘어갔으므로 그 뒤의 처분에 대한 납세의무도 시공사에게 있습니다. 이 회신은 신탁특약에 지위 이전 조항이 있고 통지로 효력이 생긴 사실관계를 전제로 하므로, 지위 이전 조항이 없거나 이전 절차가 완료되지 않았다면 결론이 달라질 수 있습니다. 신탁계약을 2022년 1월 1일 전에 맺은 경우는 적용 규정이 다릅니다. 국세청은 사전-2024-법규부가-0933(2025. 6. 5.)에서 2022년 1월 1일 전에 맺은 관리형 토지신탁에서 기한이익 상실로 수탁자가 신탁재산을 처분한 경우, 담보 목적 신탁의 채무이행을 위한 처분에 해당하지 않으면 2020년 12월 22일 개정 부가가치세법(법률 제17653호) 부칙 제5조에 따라 위탁자와 공동사업자가 납세의무자가 된다고 보았습니다.

신탁재산의 부가가치세는 원래 누가 내나요?

2026. 10. 6. 기준 현행 「부가가치세법」은 신탁재산과 관련된 재화·용역을 공급할 때 원칙적으로 수탁자가 신탁재산별로 납세의무자가 된다고 정합니다. 다만 위탁자 명의로 공급하는 경우, 위탁자가 신탁재산을 실질적으로 지배·통제하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우에는 위탁자가 납세의무자입니다. 시행령은 부동산개발사업을 목적으로 하는 신탁계약에서 사업비 조달의무를 수탁자가 부담하지 않는 경우를 그 하나로 들고 있습니다. 관리형 토지신탁이 바로 여기에 해당합니다.

• 차입형 토지신탁 - 수탁자가 사업비를 조달하므로 수탁자가 납세의무자입니다.
• 관리형 토지신탁 - 위탁자가 사업비를 조달하므로 위탁자가 납세의무자입니다. 공매를 수탁자가 진행해도 같습니다.
• 위탁자 지위 이전 - 신탁행위로 정한 방법에 따라 위탁자 지위를 제3자에게 이전할 수 있고, 이전된 뒤의 공급은 새 위탁자가 납세의무자입니다.
• 종전 위탁자 사망 - 지위 이전이 사망 전에 효력을 낳았다면 상속인에게 납세의무가 가지 않습니다.

위탁자 지위 이전 자체에도 부가가치세가 붙나요?

신탁법 제10조에 따라 위탁자 지위가 이전되면 기존 위탁자가 새로운 위탁자에게 신탁재산을 공급한 것으로 보는 것이 원칙입니다. 다만 신탁재산에 대한 실질적인 소유권 변동이 있다고 보기 어려운 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 공급으로 보지 않습니다. 지위 이전을 공급으로 보는 경우 그 공급의 납세의무자는 기존 위탁자이므로, 시공사로 지위가 넘어간 사안에서는 공매 단계와 지위 이전 단계를 나누어 세금계산서와 신고 의무를 정리해야 합니다.

관리형 토지신탁 부가가치세 납세의무자 대응 순서

• 신탁계약 유형 확인 - 신탁계약서에서 사업비 조달의무가 위탁자에게 있는지 확인합니다. 관리형이면 위탁자가 납세의무자입니다.
• 지위 이전 조항과 통지 확인 - 신탁특약의 기한이익 상실 시 지위 이전 조항, 대출금융기관의 통지서 발송일을 확인합니다. 통지일이 지위 이전 효력일입니다.
• 사업자등록 정리 - 새 위탁자가 분양 사업장의 사업자등록과 세금계산서 발급 체계를 자기 명의로 갖춥니다.
• 공급시기별 신고 - 공매로 호실이 넘어가는 공급시기마다 새 위탁자 명의로 매출세액을 신고하고, 지위 이전 단계의 공급 여부를 따로 검토합니다.
• 불복 - 종전 위탁자나 상속인, 수탁자에게 잘못 고지되면 90일 안에 심판청구를 하고, 이미 잘못 신고했다면 5년 안에 경정청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신탁특약에 지위 이전 조항이 없거나 통지 전에 위탁자가 사망했거나 우선수익자가 직접 소유권을 넘겨받는 구조라면 신탁계약서와 통지 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 신탁 관련 부가가치세 납세의무자 다툼과 과세처분 불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 관리형과 차입형 토지신탁은 납세의무자가 어떻게 다른가요?
  차입형은 수탁자가 사업비를 조달하므로 수탁자가 신탁재산별로 납세의무자가 됩니다. 관리형은 위탁자가 사업비를 조달하므로 시행령이 정한 「수탁자가 사업비 조달의무를 부담하지 않는 경우」에 해당해 위탁자가 납세의무자입니다. 계약서의 사업비 조달 조항으로 구분합니다.
• 위탁자 지위는 언제 시공사로 넘어간 것으로 보나요?
  위탁자의 지위는 신탁행위로 정한 방법에 따라 제3자에게 이전할 수 있습니다. 국세청 2025년 4월 29일 회신 사안에서는 신탁특약에 따라 대출금융기관이 기한이익 상실 통지서를 발송한 시점부터 별도 절차 없이 지위 이전 효력이 생긴 것으로 보았습니다. 특약 문구와 통지 발송일을 확인해야 합니다.
• 종전 위탁자가 사망하면 상속인이 부가가치세를 내나요?
  지위 이전이 사망 전에 효력을 낳았다면 그 뒤 공매로 공급되는 신탁재산의 납세의무자는 새 위탁자입니다. 회신 사안도 종전 위탁자가 통지 후 사망했지만 납세의무자를 시공사로 보았습니다. 다만 사망일이 통지일보다 앞서면 상속인의 지위 승계 여부를 따로 따져야 합니다.
• 위탁자 지위 이전 자체가 신탁재산 공급으로 과세되나요?
  신탁법 제10조에 따른 위탁자 지위 이전은 기존 위탁자가 새 위탁자에게 신탁재산을 공급한 것으로 보는 것이 원칙이고, 이 공급의 납세의무자는 기존 위탁자입니다. 다만 실질적인 소유권 변동이 있다고 보기 어려운 경우로서 대통령령으로 정하는 경우는 공급으로 보지 않습니다.
• 수탁자인 신탁회사 명의로 세금계산서를 발급해도 되나요?
  관리형 토지신탁에서 위탁자가 납세의무자인 이상 세금계산서도 납세의무자인 위탁자 명의로 발급해야 합니다. 수탁자 명의로 발급하면 매입자의 매입세액 공제와 매출자의 신고가 모두 어긋날 수 있으므로, 새 위탁자 명의의 사업자등록을 먼저 정리해야 합니다.
• 납세의무자가 아닌데 고지서가 왔으면 어떻게 하나요?
  고지서를 받은 날부터 90일 이내에 조세심판원에 심판청구를 제기할 수 있습니다. 신탁계약서의 사업비 조달 조항, 신탁특약의 지위 이전 조항, 기한이익 상실 통지서로 납세의무자가 다른 사람임을 보이는 것이 중심입니다. 결정에 불복하면 행정소송으로 이어갑니다.
• 잘못된 명의로 이미 신고·납부했으면 돌려받을 수 있나요?
  납세의무자가 아닌 자가 신고·납부한 경우 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 결정 또는 경정하거나 이유가 없다는 뜻을 통지합니다. 같은 공급에 대해 실제 납세의무자의 신고도 함께 정리해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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