세금

결손금 소급공제로 받은 환급금을 몇 년 뒤에도 되찾아 가나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

결손 사업연도 법인세의 부과제척기간, 원칙적으로 5년이 지나면 환급세액을 되찾아 갈 수 없습니다. 대법원은 이 환수 고지를 그 사업연도 법인세 부과처분으로 보았습니다. 세무서가 환수 사유가 생긴 날부터 센다고 해도 그대로 받아들이실 필요는 없습니다. 다만 직전 사업연도 경정청구가 원인이면 2개월 특례를 봐야 합니다.

결손 사업연도 법인세의 부과제척기간, 원칙적으로 5년이 지나면 환급세액을 되찾아 갈 수 없습니다. 대법원은 이 환수 고지를 그 사업연도 법인세 부과처분으로 보았습니다. 세무서가 환수 사유가 생긴 날부터 센다고 해도 그대로 받아들이실 필요는 없습니다. 다만 직전 사업연도 경정청구가 원인이면 2개월 특례를 봐야 합니다.

소급공제 환급금을 되찾는 고지도 부과처분인가요?

네, 대법원은 결손이 난 사업연도 법인세의 부과 및 징수처분으로 보았습니다. 사안의 중소기업은 2006 사업연도에 결손이 나자 2007. 3. 무렵 소급공제 환급을 신청했습니다. 2005 사업연도 법인세액을 한도로 3,679,636,470원을 환급받았습니다. 2014. 10. 16. 파산선고 뒤 파산관재인이 2016. 9. 1. 2005 사업연도 법인세의 후발적 경정청구를 했습니다. 그 사업연도 과세표준에 영향을 주는 화해권고결정이 확정됐다는 이유였습니다.

세무서는 경정청구를 받아들여 환급하기로 했습니다. 그러면서 소급공제 환급세액의 계산 기초가 달라졌다고 보았습니다. 2016. 10. 17. 환급세액과 이자상당액 7,530,008,080원을 2006 사업연도 법인세로 고지했습니다.

원심은 이 처분의 부과제척기간이 지나 위법하다고 보았고, 대법원은 그 판단을 수긍했습니다. 세무서가 환급세액을 다시 정하고 금액을 계산하는 확정절차를 거쳐야 조세채무가 확정된다는 이유입니다. 국세환급금 결정이 취소돼 돌려받는 경우와는 계산방법과 환수절차가 달라 징수처분으로 볼 수도 없다고 했습니다. 반대로 결손금이 늘어 추가 환급을 구하는 경우는 「결손금 소급공제로 환급받은 뒤 세무조사로 결손금이 늘면 더 돌려받을 수 있나요?」에서 다루었습니다.

세무서가 환수 사유가 생긴 날부터 기간을 세면 어떻게 하나요?

그 계산은 대법원이 받아들이지 않았습니다. 국세기본법 시행령은 공제세액 등을 의무불이행 등으로 징수하면 그 사유가 생긴 날을 기산일로 둡니다. 대법원은 이 규정의 범위를 좁게 보았습니다. 의무 이행을 조건으로 세액공제 등을 받은 뒤 그 의무를 지키지 않아 추징하는 경우가 대상입니다. 이에 준하는 경우까지만 적용된다고 했습니다.

소급공제 환급세액의 환수는 의무불이행에 따른 추징이 아닙니다. 그래서 원칙대로 결손 사업연도의 신고기한 다음 날부터 셉니다. 현행 시행령 제12조의3 제2항 제3호의 문언도 판결 당시와 같아 같은 논리로 볼 수 있습니다.

같은 날 선고된 대법원 2019두61113 판결은 같은 회사의 법인지방소득세 사건입니다. 원심은 소급공제 환급신청이 부정행위가 아니어서 10년이 아닌 5년이 적용된다고 보았습니다. 대법원은 그 판단에 잘못이 없다고 했습니다. 환급을 정상적으로 신청했다면 10년 주장에도 다툴 여지가 있습니다.

지금 받은 환수 고지에도 같은 결론이 나오나요?

5년 기준은 같지만, 직전 사업연도 경정청구가 계기라면 결론이 달라질 수 있습니다. 이 사건 세무서는 경정청구일부터 2개월 안에 처분하면 된다고 주장했습니다. 원심은 경정청구 대상과 과세기간이 달라 그 특례가 적용되지 않는다고 보았고, 대법원은 이를 수긍했습니다.

그런데 2018. 1. 1. 시행된 개정 국세기본법은 특례를 넓혔습니다. 경정청구 대상과 연동된 다른 과세기간도 경정청구일부터 2개월 안에 조정할 수 있습니다. 지금의 국세기본법 제26조의2 제6항 제4호입니다. 이 규정은 2018. 1. 1. 이후의 경정청구부터 적용됩니다. 다만 그 전에 이미 부과제척기간이 끝난 사업연도에는 종전 규정이 적용됩니다.

직전 사업연도 경정청구로 환급세액이 줄었다면 이 특례가 적용될 수 있습니다. 그러면 결손 사업연도의 5년이 지났어도 경정청구일부터 2개월 안의 환수 고지는 적법할 수 있습니다. 불복 결정이나 판결이 확정돼 연동된 다른 과세기간을 조정할 때도 확정일부터 1년의 특례가 있습니다.

현행 법인세법은 직전 사업연도 법인세액이 달라지면 즉시 환급세액을 경정해 과다 환급분을 징수하도록 정합니다. 이자상당액은 원칙적으로 1일 10만분의 22입니다. 경정청구로 돌려받은 세금도 오류가 있으면 다시 부과될 수 있다는 점은 「경정청구로 환급받은 법인세를 세무서가 다시 부과할 수 있나요?」에서 설명했습니다.

소급공제 환급세액 환수 대응 순서

• 고지 성격 확인 - 고지서가 결손 사업연도의 법인세로 나왔는지, 국세환급금 결정 취소에 따른 반환청구인지 문구로 구분합니다.
• 기간 계산 - 결손 사업연도 신고기한 다음 날부터 5년이 지났는지 보고, 경정청구일부터 2개월이나 판결 확정일부터 1년 특례에 해당하는지 확인합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 해 제척기간 경과와 이자상당액 계산을 다툽니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 냅니다. 제척기간이 지난 처분이면 무효 주장도 함께 검토합니다.
• 자료 확보 - 당초 환급신청서와 환급결정 통지, 직전 사업연도 경정청구서와 결정 통지, 판결·화해의 확정일 자료를 모읍니다.

여기까지는 일반 기준이고, 결손 사업연도 신고기한과 고지일, 환수 사유가 생긴 경위에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 결손금 소급공제 환급세액 환수 처분 검토와 조세심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 결손금 소급공제는 어떤 법인이 신청할 수 있나요?
  중소기업에 해당하는 내국법인이 직전 사업연도 법인세액을 한도로 신청할 수 있습니다. 법인세 신고기한까지 신청해야 합니다. 결손 사업연도와 직전 사업연도 법인세를 모두 기한 안에 신고했어야 합니다.
• 환급세액을 되찾을 때 붙는 이자상당액은 얼마인가요?
  당초 환급세액 통지일 다음 날부터 고지일까지 1일 10만분의 22입니다. 과다 환급에 정당한 사유가 있으면 국세기본법 시행령의 환급가산금 이자율을 적용합니다.
• 중소기업이 아닌데 소급공제 환급을 받았다면 어떻게 되나요?
  세무서는 환급세액 전액에 이자상당액을 더해 결손 사업연도의 법인세로 징수합니다. 이 경우에도 결손 사업연도 법인세의 부과제척기간 안에 고지해야 하는지 확인해야 합니다.
• 세무조사로 결손금이 줄면 환급금 전부를 돌려줘야 하나요?
  줄어든 결손금 중 소급공제받지 않은 결손금을 넘는 부분만큼만 돌려줍니다. 소급공제받지 않은 결손금이 먼저 줄어든 것으로 보기 때문입니다. 당초 환급세액에 그 비율을 곱해 계산합니다.
• 환수에 따라 나온 법인지방소득세도 따로 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 대법원은 법인세액이 법인지방소득세의 과세표준에 지나지 않는다고 보았습니다. 법인세 처분 불복과 별개로 그 법인세액 결정이 위법하다는 이유로 취소를 구할 수 있다고 했습니다.
• 남은 결손금을 나중에 이월공제하면 결손 사업연도 기간이 늘어나나요?
  늘어날 수 있습니다. 원칙 기간이 끝난 뒤의 과세기간에 이월결손금을 공제하는 경우입니다. 그 결손금이 생긴 과세기간의 부과제척기간은 공제한 과세기간 법정신고기한부터 1년입니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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