불복·환급

손익귀속시기 경정으로 후발적 경정청구를 했는데 세무서가 다른 항목을 증액할 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 세무서가 손익귀속시기를 바꿔 경정하는 바람에 생긴 이중과세를 풀어 달라는 후발적 경정청구에서, 세무서는 그 청구 사유로 인정된 범위만 감액할 수 있고 제척기간이 지난 사업연도의 다른 항목을 함께 증액경정할 수는 없습니다. 국세청은 후발적 경정청구의 특례제척기간이 이중과세가 생긴 범위에만 미친다고 보았습니다. 지금은 후발적 사유를 안 날부터 3개월이 지나지 않았는지부터 확인해야 합니다.

세무서가 경정 과정에서 다른 항목까지 들여다볼까 봐 후발적 경정청구를 망설일 필요는 없습니다. 제척기간이 지난 사업연도에 대해 세무서가 손댈 수 있는 범위는 경정청구 사유로 인정된 금액의 감액까지입니다.

이런 상담이 많습니다

12월 결산 법인인 A사는 2023사업연도 법인세 세무조사에서 손익귀속시기 지적을 받았습니다. 세무서는 2023년에 손금으로 넣은 비용 가운데 2022년에 이미 발생한 미지급비용을 2023사업연도 손금에서 빼고 법인세를 늘렸습니다. 그런데 그 비용은 2022사업연도 신고 때도 손금에 넣지 못한 것이어서, 양쪽 어디에서도 공제받지 못하는 이중과세가 됐습니다. A사는 2022사업연도에 그 비용을 손금으로 인정해 달라는 후발적 경정청구를 내려 하는데, 세무서가 그 김에 2022사업연도의 다른 전기 비용까지 손금에서 빼 세금을 늘리면 어쩌나 하고 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 손익귀속시기 경정으로 생긴 이중과세를 이유로 제척기간이 지난 뒤 후발적 경정청구가 들어온 경우, 세무서는 청구 사유로 인정된 금액의 감액경정만 할 수 있고 그와 무관한 다른 항목의 증액경정을 함께 할 수는 없다고 회신했습니다. 기준-2023-법규기본-0106(2024. 5. 1.) 회신입니다. 질의 법인은 2016년에 발생한 비용을 2016사업연도에 손금불산입하고 2017사업연도에 손금산입했는데, 세무서가 2017사업연도 손금산입을 취소하자 2016사업연도 손금불산입을 취소해 달라고 후발적 경정청구를 냈습니다. 국세청은 첫째, 세무서의 2017사업연도 손금산입 취소는 2016사업연도 법인세에 대한 후발적 경정청구 사유에 해당하고, 둘째, 세무서가 그 청구를 받아들여 2016사업연도 손금불산입을 취소할 때 2015년에 발생한 다른 비용의 2016사업연도 손금산입분까지 취소할 수는 없다고 답했습니다.

이유는 후발적 경정청구 제도의 목적에 있습니다. 국세기본법 제45조의2 제2항 제4호는 통상의 경정청구기간이 지난 과세기간에 이미 과세된 금액을 세무서가 다른 과세기간의 소득으로 다시 경정함으로써 생기는 이중과세를 풀기 위한 규정입니다. 그래서 후발적 경정청구를 받아들이기 위해 열리는 특례제척기간도 손익귀속시기 변경으로 이중과세가 생긴 범위에만 미칩니다. 이 회신은 세무서가 손익귀속시기를 바로잡는 경정을 먼저 한 사실관계를 전제로 한 해석이므로, 납세자가 스스로 귀속시기를 고쳐 청구하는 경우나 같은 항목 안에서 금액만 다투는 경우에는 판단이 달라질 수 있습니다.

제척기간이 지난 사업연도도 후발적 경정청구가 되나요?

네, 후발적 경정청구는 통상의 경정청구기간과 관계없이 사유가 생긴 것을 안 날부터 3개월 안에 할 수 있습니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「국세기본법」 제45조의2 제2항은 법정신고기한까지 신고한 사람이나 결정을 받은 사람이 각 호의 사유가 발생했을 때 제1항의 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 경정을 청구할 수 있다고 정합니다. 그 제4호가 바로 세무서의 결정이나 경정으로 그 대상이 된 과세표준·세액과 연동된 다른 과세기간(같은 세목으로 한정)의 세액이 세법상 신고해야 할 세액을 초과하게 된 경우입니다.

세무서 쪽 제척기간도 이에 맞춰 열립니다. 국세기본법 제26조의2 제6항 제3호는 경정청구가 있으면 원래의 제척기간이 지났더라도 경정청구일부터 2개월이 지나기 전까지 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있게 하고, 제4호는 그 경정청구 대상과 연동된 다른 과세기간의 조정이 필요한 경우에도 같은 2개월을 줍니다. 국세청은 이 특례제척기간을 경정청구 사유의 범위 안에서만 쓸 수 있다고 본 것입니다.

후발적 경정청구 특례제척기간 대응 순서

• 경정 내용 분해 - 세무서의 경정통지서에서 어느 사업연도의 어느 항목이 어떤 이유로 늘었는지 항목별로 적습니다. 손익귀속시기 변경으로 다른 사업연도에 빠진 손금이 있는지 찾습니다.
• 3개월 기산 - 경정통지서를 받은 날을 안 날로 보고 3개월이 되는 날을 계산합니다. 그 안에 후발적 경정청구서를 냅니다.
• 청구 범위 한정 - 청구서에는 세무서 경정으로 이중과세가 된 금액만 적습니다. 청구와 무관한 항목을 함께 적으면 세무서가 그 항목을 살펴볼 빌미가 됩니다.
• 증액경정 대응 - 세무서가 감액과 함께 다른 항목을 증액하면, 그 항목이 청구 사유와 연동된 것인지 따지고, 연동되지 않았다면 제척기간 도과를 이유로 90일 안에 심판청구를 합니다.
• 거부처분 다툼 - 세무서가 2개월 안에 아무 통지를 하지 않거나 경정을 거부하면 그 다음 날부터 심판청구나 행정소송으로 이어 갑니다.

여기까지는 일반 기준이고, 세무서가 손댄 항목이 경정청구 사유와 연동된 것인지는 세무조정계산서와 경정결의서를 보고 사업연도별로 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 후발적 경정청구와 법인세 경정거부처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 후발적 경정청구 3개월은 언제부터 세나요?
  사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월입니다. 세무서의 경정으로 다른 사업연도에 이중과세가 생긴 경우라면 그 경정통지서를 받은 날이 기준이 됩니다. 통지서 송달일을 증명할 수 있도록 등기 수령 기록이나 홈택스 열람 일시를 보관해 두는 것이 안전합니다.
• 통상의 경정청구 5년이 지난 사업연도도 청구할 수 있나요?
  네, 후발적 경정청구는 제1항의 5년 기간에도 불구하고 할 수 있습니다. 법정신고기한까지 신고했거나 결정을 받은 사업연도라면, 세무서의 경정으로 연동된 다른 과세기간의 세액이 신고해야 할 세액을 초과하게 된 때 그 사유를 안 날부터 3개월 안에 청구합니다. 같은 세목인 경우로 한정됩니다.
• 세무서가 감액하면서 다른 항목을 증액하면 어떻게 하나요?
  증액된 항목이 경정청구 사유와 연동된 것인지 먼저 따집니다. 국세청은 후발적 경정청구 인용에 따른 특례제척기간이 손익귀속시기 변경으로 이중과세가 생긴 범위에만 미친다고 보았으므로, 청구와 무관한 항목의 증액은 제척기간이 지난 처분으로 다툴 수 있습니다. 고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.
• 세무서는 경정청구를 받고 언제까지 답해야 하나요?
  청구를 받은 날부터 2개월 안에 경정하거나 경정할 이유가 없다는 뜻을 통지해야 합니다. 2개월 안에 아무 통지가 없으면 통지를 받기 전이라도 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심판청구 등 불복을 제기할 수 있습니다. 세무서가 제척기간이 지난 사업연도에 경정할 수 있는 기간도 경정청구일부터 2개월입니다.
• 세무서가 아니라 제가 귀속시기를 잘못 신고한 경우에도 되나요?
  이 회신은 세무서가 손익귀속시기를 바꿔 경정한 사실관계를 전제로 합니다. 납세자 스스로 귀속시기를 잘못 신고한 것을 뒤늦게 발견한 경우는 결정이나 경정이 있었던 것이 아니므로 제4호 사유로 보기 어렵고, 통상의 경정청구기간 5년 안에 청구해야 합니다. 어느 쪽인지는 경정통지서 유무로 가립니다.
• 거부통지를 받으면 어떤 순서로 다투나요?
  경정거부처분 통지를 받은 날부터 90일 안에 조세심판원에 심판청구를 제기합니다. 이의신청은 선택 절차입니다. 심판청구에서 기각되면 결정서를 받은 날부터 90일 안에 행정소송을 낼 수 있습니다. 심판 단계에서 사업연도별 세무조정 내역과 경정결의서를 함께 내야 이중과세 범위가 드러납니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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