법인세·소득세

손자회사 지분을 다른 자회사에 넘겨도 연결납세가 유지되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

네, 연결모법인이 지분을 가진 자회사들 사이에서 손자회사 지분이 옮겨 가더라도 간접보유비율이 100분의 90 이상으로 유지되면 연결납세방식의 취소 사유도 연결자법인 배제 사유도 아닙니다. 법인세법은 연결지배를 판단할 때 다른 연결가능자법인을 통한 간접보유를 곱하고 합산해 계산하도록 정하고 있습니다. 지금은 지분 이동 전후의 지분도를 그려 연결모법인의 간접보유비율부터 계산해 보십시오.

같은 연결집단 안에서 지분 주인을 바꾸는 것만으로 연결납세가 깨지지는 않습니다. 연결모법인의 연결지배가 끊기지 않는 한 취소 사유도, 배제 사유도 생기지 않습니다.

이런 상담이 많습니다

지주회사 F사는 자회사 G사와 H사의 주식을 각각 100% 가지고 있고, G사는 손자회사 I사의 주식 100%를 가지고 있습니다. 이 회사들은 F사를 연결모법인으로 2025년부터 연결납세방식을 적용하고 있습니다. 사업 재편을 위해 2026년 9월 G사가 I사 지분 전부를 H사에 넘기는 계약을 맺었습니다. 재무팀은 손자회사의 직접 주주가 바뀌면 연결납세 승인이 취소되거나 I사가 연결집단에서 빠지는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

손자회사 지분을 다른 자회사로 옮기면 연결지배가 끊기나요?

아니요, 연결모법인이 지분 전부를 가진 자회사들 사이에서 손자회사 지분이 옮겨 가는 경우에는 연결모법인이 그 손자회사를 간접적으로 보유하는 비율이 그대로이므로 연결지배가 끊기지 않습니다. 연결지배는 다른 연결가능자법인을 통한 간접보유를 합산해 판단합니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」은 간접보유비율을 연결모법인의 자회사 보유비율에 자회사의 손자회사 보유비율을 곱해 계산하고, 그런 자회사가 둘 이상이면 각각 계산한 비율을 합산하도록 정합니다.

• 양도 전 - F사의 G사 보유비율 100% × G사의 I사 보유비율 100% = 100%
• 양도 후 - F사의 H사 보유비율 100% × H사의 I사 보유비율 100% = 100%
• 판단 - 두 경우 모두 100분의 90 이상이므로 I사는 계속 F사의 연결지배를 받습니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 연결집단 중 특정 연결자법인이 완전 지배하는 손자회사 지분 전부를 연결모법인의 다른 연결자법인에 양도하는 경우, 연결납세방식의 취소 사유와 연결자법인의 배제 사유에 모두 해당하지 않는다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0361, 2015. 11. 2.).

회신은 연결납세방식 취소 사유를 하나씩 대조했습니다. 사업연도 불일치, 지배하지 않는 법인에 대한 적용, 대상 법인 누락, 추계 사유, 수시부과 사유 어디에도 해당하지 않고, 지분 양도 뒤에도 손자회사 발행주식 전부를 연쇄적으로 보유하고 있어 연결모법인의 지배에서 벗어나지 않는다고 보았습니다. 이 회신은 모든 지분이 100%였던 사실관계를 전제로 하므로, 중간에 외부 주주가 있는 구조라면 비율을 다시 계산해야 합니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 발행주식 전부를 보유하는 완전지배가 기준이었지만, 지금은 100분의 90 이상 보유하는 연결지배가 기준입니다. 그래서 외부 주주가 일부 있는 자회사를 거쳐 지분을 옮기는 경우에도 곱한 비율의 합이 100분의 90 이상이면 연결지배가 유지됩니다.

반대로 비율이 100분의 90 아래로 떨어지면 그 손자회사는 사유가 생긴 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용받지 못합니다. 연결자법인이 바뀐 경우에는 변경사유가 생긴 날부터 1개월 안에 관할지방국세청장에게 신고해야 합니다.

지분을 넘긴 양도차익은 바로 과세되나요?

연결법인끼리 국내 법인 주식처럼 자본시장법상 금융투자상품에 해당하는 자산을 양도해 생긴 양도손익은 그 해 익금이나 손금에 넣지 않고 이연합니다. 양수한 연결법인이 그 주식을 연결집단 밖으로 처분하거나 소각할 때 양도법인의 익금 또는 손금에 산입합니다.

다만 그 거래에 부당행위계산 부인이 적용되면 이연하지 않습니다. 양도가액이 시가와 맞는지 평가 자료를 남겨 두어야 하고, 양도법인이나 양수법인이 연결납세에서 빠지면 남은 이연 손익은 그 해에 한꺼번에 산입됩니다.

연결집단 내 지분 이동 대응 순서

• 지분도 비교 - 이동 전후 지분도를 그리고 연결모법인의 직접·간접 보유비율을 계산합니다. 100분의 90 이상인지가 기준입니다.
• 취소·배제 사유 대조 - 연결납세방식 취소 사유와 연결자법인 배제 사유에 해당하는 것이 있는지 하나씩 확인합니다.
• 양도가액 근거 확보 - 연결법인 간 양도라도 시가 평가 자료를 남깁니다. 부당행위계산 부인이 적용되면 양도손익 이연을 받을 수 없습니다.
• 연결 신고 반영 - 연결소득금액 조정 때 연결법인간 이연대상 자산양도소득 조정명세서에 이연 금액을 적습니다.
• 변경 신고와 다툼 대비 - 연결자법인이 바뀌었다면 1개월 안에 연결법인 변경신고서를 냅니다. 취소·배제를 전제로 한 과세 통지를 받으면 30일 안 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 외부 주주가 섞인 구조나 지분 이동이 여러 단계인 경우에는 주주명부와 거래 계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 그룹 구조개편의 법인세 쟁점 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 간접보유비율은 어떻게 계산하나요?
  연결모법인의 자회사 보유비율에 그 자회사의 손자회사 보유비율을 곱해 계산합니다. 손자회사 지분을 가진 자회사가 둘 이상이면 각각 계산한 비율을 합산하고, 직접 보유한 지분이 있으면 함께 더해 100분의 90 이상인지 봅니다.
• 연결납세방식이 취소되는 경우는 무엇인가요?
  사업연도가 연결사업연도와 다른 경우, 연결지배하지 않는 법인에 적용한 경우, 연결가능자법인을 빠뜨린 경우, 추계 사유나 수시부과 사유가 있는 경우, 연결모법인이 다른 내국법인의 연결지배를 받게 된 경우입니다.
• 외부 주주가 있는 자회사를 거쳐도 되나요?
  현행법은 100분의 90 이상 보유를 연결지배로 보므로 외부 주주가 일부 있어도 곱하고 합산한 비율이 100분의 90 이상이면 연결지배가 유지됩니다. 지분 이동으로 비율이 그 아래로 떨어지는지 미리 계산해야 합니다.
• 손자회사가 연결에서 빠지면 언제부터인가요?
  연결모법인의 연결지배를 받지 않게 된 연결자법인은 그 사유가 생긴 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않습니다. 연도 중간에 비율이 떨어져도 그해 전체가 빠집니다.
• 연결법인끼리 판 주식의 차익은 언제 과세되나요?
  국내 법인 주식처럼 금융투자상품에 해당하는 자산을 다른 연결법인에 양도해 생긴 손익은 이연했다가, 양수법인이 연결집단 밖으로 처분하거나 소각할 때 양도법인의 익금 또는 손금에 산입합니다.
• 싸게 넘기면 양도손익 이연이 안 되나요?
  연결법인 간 양도라도 그 거래에 부당행위계산 부인이 적용되면 양도손익을 이연하지 않습니다. 특수관계인 사이의 거래이므로 양도가액이 시가에 맞는지 평가 자료를 거래 시점에 남겨 두어야 합니다.
• 연결자법인이 바뀌면 신고해야 하나요?
  연결자법인이 배제 등으로 바뀐 경우에는 변경사유가 생긴 날부터 1개월 안에 납세지 관할지방국세청장에게 신고해야 합니다. 지분 이동 뒤에도 구성원이 그대로라면 변경 사유가 생기지 않습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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