법인세·소득세

자회사가 한 달간 우선주를 외부에 발행하면 연결납세에서 빠지나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

연결자법인이 외부에 우선주를 발행해 연결모법인 보유비율이 100분의 90 아래로 떨어졌다면 한 달 뒤 되찾아도 그해 개시일부터 연결납세에서 빠집니다. 법인세법은 연결지배를 의결권 없는 주식을 포함한 100분의 90 이상 보유로 정하고, 연결지배를 잃은 연결자법인은 그 연결사업연도 개시일부터 배제합니다. 지금은 발행 직후 보유비율이 100분의 90 이상이었는지부터 계산해 보십시오.

한 달 만에 지분을 되찾았으니 문제없다고 보기 쉽지만, 법은 지배가 끊긴 기간의 길이를 따지지 않습니다. 반대로 보유비율이 100분의 90 이상으로 유지되는 범위의 발행이라면 연결납세에 영향이 없습니다.

이런 상담이 많습니다

J사는 하나뿐인 연결자법인 K사의 주식 100%를 가지고 2024년부터 연결납세방식을 적용해 왔습니다. 2026년 1월 K사는 운영자금을 마련하려고 외부 투자자에게 의결권 없는 상환우선주를 발행했고, 이 우선주는 K사 발행주식총수의 100분의 15에 해당했습니다. 한 달 뒤인 2026년 2월 J사가 투자자로부터 그 우선주를 모두 사들여 K사 지분을 다시 100% 갖게 되었습니다. 재무팀은 이 한 달 때문에 2026년 연결납세를 못 하는지, 다음 해에는 다시 연결할 수 있는지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

한 달만 지분이 줄어도 연결납세에서 빠지나요?

네, 연결자법인이 연결모법인의 연결지배를 받지 않게 되면 그 기간이 한 달이어도 그 사유가 생긴 날이 속하는 연결사업연도의 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않습니다. 법은 일시적인 지배 상실을 따로 예외로 두지 않습니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법」은 연결지배를 발행주식총수의 100분의 90 이상 보유로 정하고, 이 비율을 계산할 때 의결권 없는 주식을 포함합니다. 그래서 외부에 발행한 상환우선주가 의결권이 없더라도 분모에 들어가 연결모법인의 보유비율을 낮춥니다.

• 연결지배 유지 - 우선주 발행 뒤에도 연결모법인 보유비율이 100분의 90 이상이면 연결납세에 영향이 없습니다.
• 연결지배 상실 - 사례처럼 100분의 15를 외부에 발행하면 보유비율이 100분의 85로 떨어져 그해 연결에서 빠집니다.
• 자기주식 - 보유비율을 계산할 때 자기주식은 뺍니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 연결모법인과 연결자법인 하나로 구성된 연결집단에서 연결자법인이 일시적(1개월)으로 완전지배를 받지 않게 된 경우, 연결자법인은 그 사유가 발생한 날이 속하는 연결사업연도 개시일부터 연결납세방식을 적용하지 않고, 완전 지배하는 연결자법인이 더 이상 없게 된 연결모법인도 같은 날부터 연결납세방식을 적용하지 않는다고 회신했습니다(사전-2016-법령해석법인-0085, 2016. 4. 6.).

회신은 두 가지 이유를 들었습니다. 연도 중에 새로 지배하게 된 법인은 다음 연결사업연도부터 연결하는 것과 균형을 맞춰야 하고, 기부금과 기업업무추진비 한도를 연결집단 단위로 다시 계산하는 구조는 연중 계속 지배를 전제로 한다는 것입니다. 연결납세는 둘 이상의 법인을 하나의 단위로 신고하는 방식이므로 하나뿐인 자회사가 빠지면 모회사도 연결납세를 할 수 없게 됩니다.

회신 뒤 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시 기준은 발행주식 전부를 보유하는 완전지배여서 우선주 한 주만 외부에 발행해도 연결에서 빠졌습니다. 지금은 100분의 90 이상이면 연결지배이므로, 외부 발행 우선주가 발행주식총수의 100분의 10 이하라면 연결지배가 유지되어 회신과 결론이 달라집니다.

우리사주조합이 가진 주식과 주식매수선택권 행사로 발행되거나 양도된 주식은 발행주식총수의 100분의 5 이내에서 연결모법인이 보유한 것으로 봅니다. 투자자 발행분과 함께 이 주식이 있다면 함께 넣어 비율을 계산합니다.

다시 100%가 되면 다음 해부터 연결할 수 있나요?

연결에서 빠진 법인은 배제된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지 같은 법인을 연결모법인으로 해서는 다시 연결납세를 적용받을 수 없습니다. 지분을 곧바로 되찾아도 바로 다음 해에 돌아가지 못합니다.

연결납세를 적용한 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 이내에 배제되었다면, 연결 기간 동안 다른 연결법인과 합산했던 소득과 결손금을 배제된 사업연도의 익금과 손금에 넣어 정산해야 합니다. 연결법인 사이에 법인세 분담 정산금을 주고받았다면 이 정산은 하지 않습니다.

연결자법인 지분 변동 대응 순서

• 발행 전 비율 계산 - 우선주나 신주 발행 계획이 있으면 의결권 없는 주식을 넣어 발행 직후 보유비율을 계산합니다. 100분의 90 이상이면 연결지배가 유지됩니다.
• 배제 여부 확정 - 비율이 떨어졌다면 그 연결사업연도 개시일부터 배제됩니다. 하나뿐인 자회사라면 모회사의 연결납세도 끝납니다.
• 변경 신고 - 연결자법인이 바뀐 날부터 1개월 안에 연결법인 변경신고서를 관할지방국세청장에게 냅니다.
• 개별 신고와 정산 - 배제된 해에는 각자 법인세 과세표준 및 세액신고서로 개별 신고하고, 4년 안 배제라면 합산했던 소득·결손금을 정산합니다.
• 재연결 시점 확인 - 같은 모회사로 다시 연결할 수 있는 시점을 계산하고, 경정 통지를 받으면 30일 안 과세전적부심사를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 우선주 조건과 발행주식총수 계산은 정관과 주주명부를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 그룹 법인세 쟁점 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 의결권 없는 우선주도 보유비율에 들어가나요?
  네, 연결지배 보유비율을 계산할 때 의결권 없는 주식이나 출자지분도 포함합니다. 외부에 발행한 상환우선주는 발행주식총수에 들어가므로 연결모법인의 보유비율을 그만큼 낮춥니다. 발행 전에 비율을 계산해 두어야 합니다.
• 외부 발행이 10% 이하면 괜찮나요?
  연결모법인이 나머지 주식을 모두 보유하고 있다면 외부 발행분이 발행주식총수의 100분의 10 이하일 때 보유비율이 100분의 90 이상으로 유지되어 연결지배가 이어집니다. 자기주식은 계산에서 빼고 판단합니다.
• 하나뿐인 자회사가 빠지면 모회사는 어떻게 되나요?
  연결납세는 둘 이상의 법인을 하나의 단위로 신고하는 방식이어서 하나뿐인 연결자법인이 빠지면 연결모법인도 그 연결사업연도 개시일부터 연결납세를 할 수 없습니다. 두 법인 모두 개별로 신고해야 합니다.
• 다시 100%가 되면 언제 연결할 수 있나요?
  배제된 날이 속하는 사업연도와 그 다음 사업연도 개시일부터 4년 이내에 끝나는 사업연도까지는 같은 법인을 연결모법인으로 해 다시 연결할 수 없습니다. 그 뒤에 연결지배가 있으면 다시 신청을 검토합니다.
• 연결 기간에 합산한 결손금은 어떻게 되나요?
  연결납세를 시작한 연결사업연도와 그 다음 연결사업연도 개시일부터 4년 안에 배제되면, 다른 연결법인과 합산했던 소득과 결손금을 배제된 사업연도의 익금과 손금에 넣어 정산합니다. 정산금을 주고받았다면 예외입니다.
• 우리사주조합 주식도 빼고 계산하나요?
  우리사주조합이 가진 주식과 주식매수선택권 행사로 발행되거나 양도된 주식은 발행주식총수의 100분의 5 이내에서 연결모법인이 보유한 것으로 봅니다. 이 범위를 넘는 부분만 외부 지분으로 계산합니다.
• 배제된 사실은 어디에 신고하나요?
  연결자법인이 배제되어 바뀐 경우에는 변경사유가 생긴 날부터 1개월 안에 납세지 관할지방국세청장에게 신고해야 합니다. 그해 법인세는 각 법인이 법인세 과세표준 및 세액신고서로 개별 신고합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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