법인세·소득세

종합소득세 신고기한을 넘긴 사업자, 언제 기한 후 신고해야 무신고가산세가 가장 줄어드나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

종합소득세 신고기한을 놓쳐도 세무서가 결정하기 전까지 기한 후 신고를 할 수 있고, 법정신고기한 후 1개월 안이면 무신고가산세의 50%, 3개월 안 30%, 6개월 안 20%가 줄어듭니다. 복식부기의무자는 수입금액 기준과 비교하고, 성실신고확인 대상자는 6. 30.이 지난 때부터 구간을 셉니다.

신고기한을 며칠 넘겼다고 해서 신고를 포기할 이유는 없습니다. 빨리 낼수록 가산세 감면이 커지고, 하루 단위로 붙는 납부지연가산세도 줄어듭니다. 다만 개인사업자라면 가산세보다 큰 손해가 따로 있을 수 있습니다. 기한 후 신고에서는 중소기업 특별세액감면 같은 주요 감면을 받을 수 없기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

수도권에서 소규모 금형 제조업을 하는 F씨는 장부를 기장해 왔지만, 담당 직원이 퇴사하면서 2025년 귀속 종합소득세 신고를 놓쳤습니다. 산출세액은 1,500만원이고, 기한 안에 신고했다면 중소기업 특별세액감면 300만원을 받아 1,200만원을 냈을 사업장입니다. 2026. 7. 초 이를 알게 된 F씨는 2026. 7. 20.에 기한 후 신고를 할 예정이었고, 가산세가 얼마인지, 감면은 그대로 받을 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

기한 후 신고하면 무신고가산세는 얼마나 줄어드나요?

법정신고기한까지 신고하지 않으면 무신고납부세액의 20%가 무신고가산세입니다. 부정행위로 신고하지 않았다면 40%입니다. 복식부기의무자는 이 금액과 수입금액의 1만분의 7(부정행위면 1만분의 14) 중 큰 금액을 냅니다.

기한 후 신고를 하면 무신고가산세가 기간에 따라 줄어듭니다. 1개월 안 50%, 3개월 안 30%, 6개월 안 20%이고, 6개월이 지나면 감면이 없습니다. F씨는 2026. 7. 1.이 지나 신고하므로 30% 감면 구간입니다. 무신고가산세 300만원 가운데 90만원이 줄어 210만원이 남습니다. 같은 신고를 7. 1.까지 했다면 150만원이었습니다.

세무공무원이 조사에 착수한 것을 알고 낸 기한 후 신고는 이 감면을 받지 못합니다. 장부를 기장하지 않은 사업자라면 무기장가산세도 문제가 되는데, 무신고가산세와 함께 해당되면 둘 중 큰 금액만 적용합니다.

중소기업 특별세액감면은 받을 수 있나요?

기한 후 신고를 하는 경우에는 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면 등을 적용하지 않습니다. 세무서가 무신고자의 세액을 결정하는 경우도 같습니다. 가산세 감면과 달리 이 감면 배제에는 기간에 따른 예외가 없습니다. 기한이 하루 지난 신고도 한 달 지난 신고와 똑같이 감면을 받지 못합니다.

F씨처럼 수도권 소기업 제조업이라면 감면율은 20%입니다. 산출세액 1,500만원에서 300만원을 감면받을 수 있었지만 기한 후 신고로는 받지 못합니다. 어떤 감면이 빠지고 기한 안 신고와 무엇이 다른지는 「종합소득세를 기한 후 신고하면 중소기업 특별세액감면을 받을 수 없나요?」에서 자세히 설명했습니다.

성실신고확인 대상자는 기한이 다른가요?

수입금액이 업종별 기준 이상인 성실신고확인대상사업자는 성실신고확인서를 내는 경우 6. 30.까지 확정신고를 합니다. 이 사업자의 1개월·3개월·6개월 감면 구간은 6. 30.이 지난 때부터 셉니다. 자신이 대상자인지 모른 채 5월 기준으로 계산하면 감면 구간을 잘못 볼 수 있습니다.

장부가 없어 기한 후 신고를 추계로 하는 경우에는 따로 살필 것이 있습니다. 추계로 소득을 계산하면 통합고용세액공제 등 일부 세액공제도 적용하지 않습니다. 복식부기의무자가 추계로 신고하면 신고를 하지 않은 것으로 보는 문제도 생기므로 장부를 갖출 수 있는지부터 확인합니다.

납부지연가산세는 따로 붙나요?

기한 후 신고로 낼 세금이 있으면 신고와 함께 내야 합니다. 법정납부기한 다음 날부터 낸 날 전날까지 하루 0.022%의 납부지연가산세가 붙고, 이 가산세는 기한 후 신고로 줄지 않습니다. F씨가 7. 20.에 내면 6. 2.부터 7. 19.까지 48일분으로, 1,500만원에 대해 15만 8,400원입니다.

기한 후 신고를 받은 세무서는 신고일부터 3개월 안에 세액을 결정해 알려야 합니다. 개인지방소득세도 지방자치단체에 따로 기한 후 신고를 해야 하고, 지방세 무신고가산세가 별도로 계산됩니다.

환급받을 세금만 있다면 어떻게 되나요?

중간예납이나 원천징수로 낸 세금이 더 많아 환급받을 세액만 있다면, 무신고납부세액이 없으므로 무신고가산세도 계산되지 않습니다. 이 경우에도 기한 후 신고를 해야 환급을 받습니다. 신고한 뒤 잘못된 부분은 법정신고기한 후 5년 안에 경정청구로 고칠 수 있습니다.

종합소득세 기한 후 신고 대응 순서

• 신고 시점 확정 - 1개월·3개월·6개월 경계를 확인해 가능한 한 빠른 날짜에 신고합니다.
• 감면 배제 계산 - 기한 후 신고로 받지 못하는 감면과 받을 수 있는 공제를 나눠 실제 세액을 다시 계산합니다.
• 세액 납부 - 신고와 함께 세금을 내 납부지연가산세가 더 붙지 않게 합니다.
• 지방소득세 신고 - 지방자치단체에 개인지방소득세 기한 후 신고를 따로 합니다.
• 결정 내용 검토 - 세무서 결정에서 가산세 감면이 빠졌거나 정당한 사유가 있었다면 고지를 받은 날부터 90일 안에 이의신청이나 심판청구를 변호사와 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 신고한 날짜와 장부 기장 여부, 받을 수 있었던 감면의 종류에 따라 세금이 크게 달라집니다. 법무법인 윤성은 기한 후 신고 가산세 검토, 가산세 감면 신청, 결정 고지에 대한 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 종합소득세 신고를 놓쳤는데 지금 신고할 수 있나요?
  세무서가 세액을 결정해 통지하기 전까지는 기한 후 신고를 할 수 있습니다. 낼 세금이 있으면 신고와 함께 내야 하고, 세무서는 신고일부터 3개월 안에 세액을 결정해 알려 주므로 그 내용도 확인합니다.
• 기한 후 신고하면 가산세가 얼마나 줄어드나요?
  무신고가산세가 법정신고기한이 지난 후 1개월 안이면 50%, 3개월 안이면 30%, 6개월 안이면 20% 줄어듭니다. 세무공무원의 조사 착수를 알고 신고했다면 이 감면을 받지 못합니다.
• 기한 후 신고에도 중소기업 감면이 되나요?
  기한 후 신고를 하면 창업중소기업 세액감면과 중소기업 특별세액감면 등을 적용하지 않습니다. 평소 감면을 받던 사업장이라면 감면 상실액이 가산세보다 클 수 있으니 함께 계산해 봅니다.
• 복식부기의무자는 무신고가산세가 다른가요?
  복식부기의무자는 무신고납부세액의 20%와 수입금액의 1만분의 7 가운데 더 큰 금액이 무신고가산세입니다. 부정행위로 신고하지 않았다면 40%와 수입금액의 1만분의 14를 비교합니다.
• 납부지연가산세도 줄어드나요?
  납부지연가산세는 법정납부기한 다음 날부터 낸 날 전날까지 하루 0.022%씩 붙고, 기한 후 신고 감면 대상이 아닙니다. 신고와 함께 세금을 바로 내는 것이 부담을 줄이는 방법입니다.
• 환급받을 세금만 있으면 가산세가 있나요?
  환급받을 세액만 있으면 무신고납부세액이 없어 무신고가산세도 계산되지 않습니다. 다만 신고를 해야 환급을 받을 수 있으므로 기한 후 신고를 하고, 잘못된 부분은 5년 안에 경정청구로 고칩니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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