세무조사

세무조사가 다른 목적으로 시작됐다면 그 과세처분까지 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

법이 정한 선정 사유 없이 조사대상이 되었거나, 조사 상대방이 될 근거가 없었거나, 조사가 부정한 목적에 쓰였다면 대법원은 그 조사로 모은 자료로 한 과세처분까지 위법하다고 봅니다. 사전통지 생략만으로는 위법이 아니며, 조사 단계에서 세무조사결정 자체를 다툴 수도 있습니다. 2024년 명의자 증여세 조사 판결까지 반영했습니다.

조사가 불편한 계기로 시작됐다는 사정만으로 세금이 취소되지는 않습니다. 대법원이 과세처분까지 위법하다고 본 것은 법이 정한 선정 사유가 없었거나, 조사 상대방이 될 근거가 없었거나, 조사가 과세 아닌 부정한 목적에 쓰인 경우였습니다. 반대로 증거인멸 우려를 이유로 사전통지를 생략한 조사는 적법하다고 본 판결이 이어지고 있습니다.

이런 상담이 많습니다

B씨의 배우자는 2024. 4. 서울의 아파트를 26억원에 샀습니다. 2025. 9. 지방국세청은 배우자의 취득자금 출처가 불분명하다며 배우자와 B씨를 함께 조사대상으로 정했고, B씨에게는 종합소득세·부가가치세 통합조사 사전통지가 왔습니다. 통지서 조사사유란에는 법 조문 번호만 적혀 있었습니다. 조사 결과 B씨 사업의 수입금액 누락이 지적되어 2026. 6. 종합소득세 약 9,000만원이 고지되었습니다. B씨는 본인 신고에는 문제 될 자료가 없었는데 배우자 때문에 조사받은 것이 적법한지, 고지된 세금을 다툴 수 있는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

조사대상 선정 사유가 없었다면 과세처분도 위법한가요?

원칙적으로 위법합니다. 대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 사안에서 원고의 처가 2004. 6. 부동산을 28억 6,700만원에 사자, 지방국세청장은 처가 원고에게서 증여받았을 가능성이 높다고 보아 두 사람을 조사대상으로 정했습니다. 원고에게 보낸 통합조사 사전통지서 조사사유란에는 조문만 적혀 있었고, 조사 결과 부가가치세와 종합소득세가 증액되었습니다. 원심은 원고 본인에게 납세협력의무 불이행이나 신고 내용의 탈루를 인정할 명백한 자료가 없었고, 세무서가 성실도 분석 결과자료도 내지 못했으며, 처의 자금출처가 불분명하다는 사정뿐이었다고 보아 처분이 위법하다고 판단했습니다.

대법원은 이를 유지하면서, 선정 사유 규정이 생긴 뒤에는 개별 세법의 질문·조사권도 그 요건과 한계 안에서만 허용되고, 선정 사유 없이 수집한 자료로 한 과세처분은 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 했습니다. 근거는 헌법상 적법절차 원칙입니다. 현행법은 정기선정과 수시선정 사유를 나누어 정하고 있습니다.

상속세·증여세처럼 세무서가 결정하는 세금은 누구든 조사할 수 있나요?

그렇지 않습니다. 세무서가 결정해야 확정되는 세목은 선정 사유가 없어도 조사할 수 있다는 규정이 있지만, 대법원 2024. 3. 12. 선고 2021두32088 판결은 그 경우에도 조사 상대방이 개별 세법상 질문·조사권의 상대방이어야 한다고 했습니다. 증여세라면 납세의무자이거나 납세의무자로 합리적으로 추정되는 사람이어야 합니다.

이 사건에서 지방국세청은 2017. 6.부터 8.까지 한 제조회사의 주식변동 증여 부분조사를 해, 실사주와 그 아들이 원고들에게 주식을 명의신탁했다고 보고 증여세를 부과했습니다. 세무서는 실사주가 다른 회사 사주의 주식을 차명으로 보유했던 점, 그 회사 퇴사 직후 이 회사 대표가 된 점, 이 회사 매출의 상당 부분이 그 회사에 의존한 점, 취임 당시 지분이 4.25%였던 점 등을 들었지만, 대법원은 그것만으로는 원고들에게 증여세 납세의무가 성립했다고 합리적으로 추정하기 어렵다며 조사와 처분이 위법하다고 본 원심 결론을 유지했습니다.

세무공무원의 사적 목적이 섞였다면 어떻게 판단하나요?

부정한 목적의 조사라면 그 조사로 모은 자료에 기초한 과세처분도 위법합니다. 대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결 사안에서 국세청 공무원은 토지 분쟁 상대방의 부탁을 받고 소유권 반환을 압박하려고 탈세제보서를 직접 써 사실혼 배우자를 통해 접수하게 했고, 관할이 없는 지방국세청이 조사하도록 관할 조정에도 관여했습니다. 조사팀은 착수 직후 제보 내용을 인정할 수 없다고 판단하고도 관련 회사의 포괄적인 법인세 통합조사로 범위를 넓혀 약 3개월간 조사했고, 그 과정에서 확인된 주식 명의신탁을 이유로 명의자인 원고에게 증여세 4,684만여 원이 부과되었습니다.

대법원은 조사권 남용 금지 조항이 객관적 필요성, 최소성, 권한 남용 금지를 정한 구체적 법규라고 보고, 이 조사를 개인적 이익을 위한 권한 남용의 전형적 사례로 판단했습니다. 원고는 압박 대상이 아니라 조사 과정에서 드러난 명의자였는데도 처분이 취소되었다는 점에서, 위법의 영향은 그 조사로 얻은 자료 전체에 미친다고 볼 수 있습니다.

사전통지 없이 갑자기 조사가 시작됐다면 위법인가요?

그것만으로 위법은 아닙니다. 현행법은 조사 시작 20일 전에 세목·기간·사유를 통지하도록 하면서, 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되면 생략할 수 있게 하고, 이때는 생략 사유를 적은 세무조사통지서를 내주도록 합니다. 통지 기간은 2025. 1. 1.부터 15일에서 20일로 늘었습니다.

대법원 2019. 1. 31. 선고 2018두53849 판결은 세무서가 법인세 신고서와 세금계산서합계표 등 객관적 자료로 탈루 혐의를 보고 비정기조사 대상으로 정한 뒤 증거인멸 우려로 사전통지를 생략한 것을 위법하지 않다고 본 원심을 수긍했습니다. 납세자의 조사 중지 신청을 받아들여 소명 기회를 준 점도 고려되었습니다. 대법원 2026. 8. 12. 선고 2026두30419 판결도 의료법인 조사에서 사전통지를 했다면 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없었을 것이라고 본 원심을 유지했습니다. 다툼은 생략 사유가 구체적이었는지에 모입니다.

과세처분이 나오기 전, 조사 단계에서 바로 다툴 수 있나요?

가능합니다. 대법원 2011. 3. 10. 선고 2009두23617, 23624 판결은 세무조사결정이 있으면 납세자가 질문에 답하고 검사를 받아들일 법적 의무를 지므로 항고소송의 대상이 된다고 보고, 이를 각하한 원심을 파기했습니다. 조사 종료 후 과세처분만 다투게 하는 것보다 분쟁을 일찍 해결할 수 있다는 점도 이유로 들었습니다. 재조사 금지가 쟁점이 된 대법원 2014두12062 판결도 세무조사결정의 취소를 구한 사건이었습니다. 조사가 이미 끝났다면 과세처분 취소소송에서 조사 절차의 위법을 처분의 위법 사유로 주장합니다. 조사 절차의 다른 흠은 「위법한 세무조사로 모은 자료로 과세했다면 그 세금은 취소되나요?」에서 다룹니다.

조사권 남용 다툼 대응 순서

• 통지 서류 확보 - 사전통지서나 세무조사통지서, 범위 확대·기간 연장 통지를 모두 모읍니다.
• 선정 유형 특정 - 정기선정, 수시선정, 결정 세목 조사 중 무엇으로 조사했는지 확인합니다.
• 선정 근거 대조 - 본인 신고에 탈루 자료가 있었는지, 질문·조사권의 상대방이었는지 따져 봅니다.
• 조사 경위 기록 - 누가 언제 무엇을 묻고 어떤 자료를 가져갔는지, 제보 경위를 정리합니다.
• 불복 기한 관리 - 조사 중이면 세무조사결정 취소소송을, 고지 후면 심판청구 90일과 취소소송 90일을 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사대상 선정의 근거 자료와 조사 착수 경위, 조사 범위가 넓어진 과정에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 세무조사 대상 선정과 조사권 남용의 위법을 이유로 한 과세처분 취소소송과 세무조사 단계 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 조사대상 선정 사유가 없으면 고지된 세금이 취소되나요?
  원칙적으로 그렇습니다. 대법원 2012두911 판결은 법이 정한 선정 사유 없이 조사대상으로 정해 과세자료를 모으고 과세한 것은 적법절차 원칙과 국세기본법을 어긴 것으로서 특별한 사정이 없는 한 위법하다고 보았습니다.
• 배우자 자금출처 때문에 저까지 조사받았다면 다툴 수 있나요?
  다툴 여지가 있습니다. 2012두911 판결 사안이 그런 경우였습니다. 처의 취득자금 출처가 불분명하다는 사정뿐이고 원고 본인 신고에 탈루 자료나 성실도 분석상 불성실 혐의가 없었다는 이유로 원고에 대한 과세처분이 취소되었습니다.
• 증여세 조사는 선정 사유 없이도 할 수 있지 않나요?
  세무서가 결정하는 세목은 선정 사유 없이 조사할 수 있지만, 대법원 2021두32088 판결은 조사 상대방이 증여세 납세의무자이거나 그렇게 합리적으로 추정되는 사람이어야 한다고 했습니다. 그 근거 없이 명의자를 조사한 처분은 위법하다고 보았습니다.
• 세무공무원이 개인적 이유로 조사를 시작했다면 어떻게 되나요?
  그 조사로 모은 자료에 기초한 과세처분은 위법합니다. 대법원 2016두47659 판결은 공무원이 토지 분쟁을 돕기 위해 탈세제보를 꾸미고 조사 범위를 넓힌 사안에서, 조사 과정에서 드러난 명의자에 대한 증여세 처분까지 취소한 원심을 유지했습니다.
• 사전통지 없이 세무조사가 시작되면 위법인가요?
  그것만으로 위법은 아닙니다. 증거인멸 등으로 조사 목적을 달성할 수 없다고 인정되면 생략할 수 있고, 대법원 2018두53849·2026두30419 판결은 그런 생략을 적법하다고 본 원심을 수긍했습니다. 생략 사유를 적은 세무조사통지서를 받았는지 확인합니다.
• 세무조사가 끝나기 전에 소송을 낼 수 있나요?
  세무조사결정은 항고소송 대상입니다. 대법원 2009두23617, 23624 판결은 납세자가 질문에 답하고 검사를 받을 의무를 지게 되므로 세무조사결정을 다툴 수 있다고 했습니다. 조사가 끝났다면 과세처분 취소소송에서 조사 위법을 주장합니다.

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