세금

판례가 바뀌기 전 기준대로 원천징수하지 않았다면 가산세까지 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.20 갱신

가산세는 원칙적으로 붙지만 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 부과할 수 없습니다. 미등록 특허 사용료 사건의 2019두47100 판결은 2025. 9. 18. 전원합의체 판결로 변경됐습니다. 본세를 다투기 어렵더라도 가산세는 따로 다퉈 볼 수 있습니다.

가산세는 원칙적으로 붙지만 의무를 이행하지 않은 데 정당한 사유가 있으면 부과할 수 없습니다. 미등록 특허 사용료 사건의 2019두47100 판결은 2025. 9. 18. 전원합의체 판결로 변경됐습니다. 본세를 다투기 어렵더라도 가산세는 따로 다퉈 볼 수 있습니다.

미등록 특허 사용료에 관한 판례는 어떻게 바뀌었나요?

국내원천소득이 아니라던 판례가 2025. 9. 18. 국내원천소득일 수 있다는 쪽으로 바뀌었습니다. 대법원 2022. 2. 24. 선고 2019두47100 판결은 국내 회사가 미국 회사에 지급한 스마트폰 특허 사용료 사건입니다. 세무서는 2013 사업연도 사용료 전액을 기준으로 원천징수분 법인세 차액을 고지했습니다. 원심은 처분을 취소했고 대법원은 과세관청의 상고를 기각했습니다. 대법원은 특허권 속지주의를 근거로 「미국법인이 그와 관련하여 지급받는 소득은 그 사용의 대가가 될 수 없으므로 이를 국내원천소득으로 볼 수 없다」고 했습니다.

이 판단은 대법원 2025. 9. 18. 선고 2021두59908 전원합의체 판결로 변경됐습니다. 다수의견은 특허의 사용을 특허권 자체가 아니라 특허기술의 사용으로 보았습니다. 그래서 「국내 미등록 특허권의 특허기술이 국내에서 사용되었다면 그 대가인 사용료소득은 국내원천소득에 해당한다」고 했습니다. 1992년 판결부터 2019두47100 판결까지 종전 판례들은 이 견해와 배치되는 범위에서 변경됐습니다. 대법관 3명은 반대의견을 냈습니다.

판례가 바뀌기 전에 지급한 사용료에도 새 판례가 적용되나요?

대법원은 판례 변경 전 지급분에도 새 법리를 적용했습니다. 전원합의체 판결 자체가 2014 사업연도 지급 사용료의 경정청구 거부 사건이었습니다. 대법원은 국내원천소득이 아니라고 본 원심을 파기하고 사건을 돌려보냈습니다. 대법원 2025. 12. 11. 선고 2022두30744 판결도 마찬가지입니다. 2012~2013 사업연도 지급분에 새 법리를 적용해 원심 중 피고 패소 부분을 파기했습니다.

그래서 종전 판례만으로 원천징수분 법인세 본세를 다투기는 어렵습니다. 남는 본세 쟁점은 특허기술이 국내 제조·판매에 사실상 쓰였는지와 그 몫이 얼마인지입니다. 2020. 1. 1. 이후 지급분에는 현행 법인세법 제93조 제8호 다목이 적용됩니다. 국내 미등록 특허권의 기술·정보가 국내에서 사실상 사용되면 사용료소득으로 봅니다. 환급 쪽 쟁점은 「국내에 등록 안 된 미국 특허 사용료로 낸 원천징수 법인세, 돌려받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

종전 판례를 따른 것이 가산세를 면할 정당한 사유가 되나요?

주장할 근거는 있지만, 위 두 판결은 이 점을 판단하지 않았습니다. 대법원은 「단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서」 정당하다고 볼 수 있는 경우를 그 예로 듭니다.

대법원 2017두41108 판결은 정당한 사유를 원칙적으로 신고·납부기한을 기준으로 판단한다고 했습니다. 원천징수세액은 지급한 달의 다음 달 10일까지 납부합니다. 2025. 9. 18. 전에는 대법원 판례가 국내원천소득이 아니라고 보고 있었습니다. 이를 따른 것을 단순한 법률의 부지로 보기는 어렵다고 주장할 수 있습니다.

불리한 사정도 있습니다. 전원합의체 판결의 다수의견에 대한 보충의견은 과세당국이 종전 판례와 다른 입장을 일관되게 유지해 왔다고 적었습니다. 판례 변경이 「감내하기 어려운 예측 가능성 내지 신뢰 침해를 야기하는 것도 아니다」라고도 했습니다. 2009. 1. 1. 시행 법인세법부터 국내 미등록 특허도 국내 제조·판매 등에 쓰이면 국내 사용으로 보는 규정이 있었습니다. 2022두30744 판결에서는 아일랜드 법인과 계약한 경위를 들어 정당한 사유를 부정한 원심을 대법원이 수긍했습니다.

정당한 사유를 주장하려면 어떤 자료가 필요한가요?

지급 당시 무엇을 근거로 원천징수하지 않았는지 보여 주는 자료가 핵심입니다. 지급일과 원천징수 납부기한, 그 무렵 선고된 대법원 판결을 날짜순으로 정리합니다. 지급 전에 작성한 내부 검토서나 자문 의견에 종전 판례가 근거로 적혀 있다면 함께 냅니다. 국세청 질의회신에 따라 처리했다면 법령상 가산세 면제 사유가 따로 있습니다.

계약 대상도 나눠야 합니다. 2019두47100 사건에서 원심은 국내 등록 특허권의 사용대가 부분을 정당한 과세표준으로 보았습니다. 다만 그 액수를 확인할 자료가 없어 추가 세액이 없다고 판단했고 대법원이 수긍했습니다. 국내 등록 특허처럼 종전 판례로도 국내원천소득이던 부분은 이 주장의 범위 밖입니다. 대법원은 본세 상고는 기각하면서 가산세 부분만 파기한 사례도 있습니다. 가산세를 다투는 일반 기준은 「세무서 직원 안내대로 신고했는데 가산세가 나왔다면 정당한 사유로 면제받을 수 있나요?」에서 설명했습니다.

원천징수 가산세 대응 순서

• 고지서 구분 - 원천징수분 법인세와 원천징수 등 납부지연가산세의 금액과 계산 기간을 나눠 적습니다.
• 시점 정리 - 지급일, 다음 달 10일 납부기한, 그 무렵 대법원 판결 상황을 한 표에 놓습니다.
• 대가 분리 - 계약 대상을 국내 등록 특허, 노하우, 국내 미등록 특허로 나누고 국내 사실상 사용 여부를 기술 자료로 확인합니다.
• 심판청구 - 고지서를 받은 날부터 90일 안에 본세의 사용·안분 쟁점과 가산세의 정당한 사유를 함께 주장합니다.
• 행정소송 - 심판청구 결정 통지를 받은 날부터 90일 안에 소송을 내고, 가산세 부분 판단을 따로 구합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 지급 시점과 계약 대상, 당시 검토 자료에 따라 가산세를 다툴 여지가 달라집니다. 법무법인 윤성은 원천징수 처분과 가산세에 대한 조세심판청구와 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원천징수를 하지 않으면 가산세는 얼마나 붙나요?
  미납세액의 100분의 3과 법정납부기한 다음 날부터 고지일 전날까지의 이자 상당액이 붙습니다. 이 둘을 합한 금액은 미납세액의 100분의 10이 한도입니다. 고지 뒤 지정납부기한을 넘기면 더 붙고 전체 한도는 100분의 50입니다.
• 외국 회사가 받을 돈인데 왜 지급한 회사가 세금을 내나요?
  지급하는 회사가 원천징수의무자이기 때문입니다. 원천징수하지 않으면 세무서는 지급한 회사에서 그 세액에 가산세 상당액을 더해 징수합니다. 법인세법상 사용료 세율은 지급금액의 100분의 20이고, 조세조약 제한세율이 적용되면 달라집니다.
• 가산세만 따로 다툴 수 있나요?
  다툴 수 있습니다. 대법원은 본세에 관한 상고는 기각하면서 가산세 부과처분 부분만 파기해 돌려보낸 사례가 있습니다. 본세 쟁점과 가산세 쟁점을 나눠 주장을 세우는 것이 좋습니다.
• 국세청 질의회신을 받고 원천징수하지 않았다면 어떻게 되나요?
  세법해석에 관한 질의회신에 따라 신고·납부했는데 나중에 다른 과세처분을 하는 경우는 법령이 정한 가산세 면제 사유입니다. 회신의 사실관계가 실제 거래와 같은지 함께 확인해야 합니다.
• 특허침해 화해금으로 지급했다면 원천징수 대상이 아닌가요?
  대상일 수 있습니다. 2020. 1. 1. 이후 지급분부터 국내 미등록 특허권 침해로 국내에서 지급하는 화해금도 국내원천 기타소득으로 봅니다. 국내 사실상 사용과 관련되고 사용지 기준 조세조약 상대국 법인이 받는 경우입니다. 세율은 100분의 15입니다.
• 미국이 아닌 나라의 회사에 준 사용료도 같은가요?
  같다고 단정할 수 없습니다. 전원합의체 판결은 한미조세협약을 해석한 것입니다. 상대국과의 조세조약이 사용지를 기준으로 사용료 원천을 정하는지와 사용료 정의가 어떤지부터 확인해야 합니다.
• 판례가 바뀐 뒤에 지급한 사용료도 정당한 사유를 주장할 수 있나요?
  주장하기 어렵다고 볼 수 있습니다. 정당한 사유는 원칙적으로 신고·납부기한을 기준으로 판단합니다. 2025. 9. 18. 전원합의체 판결 뒤에 납부기한이 오는 지급분은 종전 판례를 근거로 삼기 어렵습니다.

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