법인세·소득세

보통주·우선주를 종류별로 나눠 합병 신주를 주면 적격합병이 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

네, 상장법인이 자본시장법에 따라 주식 종류별 합병가액을 산정해 신주를 교부한다면 주식 배정 요건은 종류별로 판단하므로, 종류별로 시행령 계산식 이상의 주식을 배정하면 요건을 갖출 수 있습니다. 법인세법 시행령은 합병교부주식 가액 총액에 각 주주의 지분비율을 곱한 가액 이상을 배정하도록 정하고 있습니다. 지금은 보통주와 우선주의 배정표를 따로 만들어 각 주주별로 계산해 보십시오.

종류주식이 있다고 해서 모든 주주에게 같은 종류의 주식을 같은 비율로 나눠 줘야 적격합병이 되는 것은 아닙니다. 종류별 합병가액에 맞춰 같은 종류의 신주를 배정했다면 그 방식 자체가 지분 연속성을 해치지는 않는다는 것이 국세청 해석입니다.

이런 상담이 많습니다

유가증권시장 상장법인 A사는 2026년 하반기에 같은 그룹의 상장법인 B사를 흡수합병할 계획입니다. B사는 보통주와 우선주를 함께 발행했고, 두 회사는 자본시장법에 따라 보통주와 우선주의 합병가액을 각각 산정해 B사 보통주에는 A사 보통주를, B사 우선주에는 A사 우선주를 교부하기로 했습니다. A사가 이미 가지고 있던 B사 주식에도 신주를 교부해 자기주식으로 둘 예정입니다. 재무팀은 이렇게 종류별로 배정해도 적격합병의 주식 배정 요건을 지킨 것인지 물었습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

종류주식이 있는 회사의 합병 신주는 어떻게 배정해야 하나요?

주식 종류별로 산정한 합병가액에 따라 신주를 교부한다면, 피합병법인 주주에게 주식 종류별로 시행령 계산식에 따른 가액 이상의 주식을 각각 배정해야 합니다. 2026. 10. 11. 기준 현행 「법인세법 시행령」의 계산식은 합병교부주식 가액 총합계액에 각 주주의 지분비율을 곱한 금액입니다.

종류별로 따진다는 말은 보통주 주주끼리, 우선주 주주끼리 각각 계산한다는 뜻입니다. 보통주에 교부한 합병교부주식 가액 총액에 피합병법인 보통주 중 각 주주의 지분비율을 곱한 금액 이상을 그 주주에게 배정했는지 확인하고, 우선주도 같은 방식으로 따로 확인합니다.

국세청은 종류별 배정을 어떻게 해석했나요?

국세청은 주권상장법인이 다른 내국법인을 합병하면서 주식 종류별로 자본시장법에 따라 산정한 합병가액에 따라 신주를 교부한다면, 피합병법인 주주에게 주식 종류별로 시행령 계산식 이상의 주식을 각각 배정해야 한다고 회신했습니다(사전-2015-법령해석법인-0187, 2015. 8. 31.).

회신은 지분 연속성 요건이 합병 전후 주주가 같은 정도의 지분을 유지하게 해 조세회피를 막으려는 것이라는 점을 출발점으로 삼았습니다. 상법은 종류주식을 발행한 회사가 합병으로 인한 주식 배정을 종류에 따라 특수하게 정할 수 있게 하고, 종류별 합병가액에 따른 배정은 경제적 실체의 연속성을 해치지 않는다고 보았습니다. 이 회신은 상장법인이 자본시장법상 합병가액을 종류별로 산정한 사실관계를 전제로 하므로, 비상장법인이 임의로 종류별 비율을 정했다면 따로 따져야 합니다.

지분 연속성 요건은 무엇을 확인하나요?

지분 연속성 요건은 합병대가 중 합병법인 주식의 비율, 주식 배정 방식, 지배주주의 보유 기간 세 가지를 확인합니다. 하나라도 어긋나면 적격합병이 되지 않아 피합병법인에 양도손익이 과세됩니다.

• 주식 비율 - 피합병법인 주주가 받은 합병대가 총합계액 중 합병법인 또는 그 모회사 주식 가액이 100분의 80 이상이어야 합니다.
• 배정 방식 - 각 주주에게 시행령 계산식 이상의 주식을 배정해야 합니다. 종류별로 합병가액을 정했다면 종류별로 계산합니다.
• 보유 기간 - 지배주주 등은 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 받은 주식을 보유해야 합니다.

지분비율을 계산할 때 피합병법인의 자기주식에 신주를 배정하지 않는다면 자기주식을 빼고 지분비율을 산정합니다. 이 괄호 문구는 2025. 2. 28. 시행령 개정으로 들어간 것이어서, 회신 당시보다 계산 기준이 분명해졌습니다.

합병법인이 가진 피합병법인 주식은 어떻게 계산하나요?

합병법인이 합병등기일 전 2년 안에 취득한 피합병법인 주식이 있으면, 그 주식에 신주를 교부했는지와 상관없이 일정 부분을 금전으로 교부한 것으로 보아 주식 비율 100분의 80을 판정합니다. 지배주주가 아니라면 2년 안에 취득한 주식이 발행주식총수의 100분의 20을 넘는 부분만 금전으로 봅니다.

사례처럼 합병법인이 오래전부터 가진 피합병법인 주식에 신주를 교부해 자기주식으로 두는 경우에는 취득 시기를 먼저 확인해야 합니다. 취득일이 합병등기일 전 2년을 넘는다면 이 간주 규정은 적용되지 않습니다.

배정 요건을 어기면 어떻게 다투나요?

배정 요건 위반으로 적격합병이 부인되면 피합병법인의 양도손익에 대한 법인세가 합병법인에 고지되므로, 세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 고지된 뒤에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 합니다.

다툼에서는 종류별 합병가액 산정 근거, 주주명부, 신주 배정표가 주된 증거가 됩니다. 이의신청은 선택 절차이고, 심판청구 결정에 불복하면 행정소송을 제기할 수 있습니다.

종류주식 합병 대응 순서

• 종류별 합병가액 확정 - 자본시장법에 따른 종류별 합병가액 산정 근거와 외부평가 자료를 정리합니다.
• 종류별 배정표 작성 - 보통주·우선주별로 합병교부주식 총액과 각 주주의 지분비율을 곱한 금액 이상을 배정했는지 계산합니다. 자기주식은 지분비율에서 뺍니다.
• 포합주식 취득 시기 확인 - 합병법인이 가진 피합병법인 주식의 취득일이 합병등기일 전 2년 안인지 확인합니다.
• 합병과세특례 신청 - 피합병법인 법인세 신고 때 합병법인과 함께 합병과세특례 신청서를 냅니다.
• 지배주주 보유 관리 - 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 지배주주의 주식 처분을 막고, 이후 사후관리 기간도 관리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 종류주식의 내용과 배정 방식은 정관과 합병계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 합병 과세특례 검토와 법인세 부과처분 취소소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 우선주 주주에게 보통주를 주면 요건 위반인가요?
  종류별 합병가액을 따로 정하지 않고 하나의 비율로 교부한다면 전체 합병교부주식 가액과 지분비율로 계산합니다. 어떤 종류를 주든 각 주주에게 계산식 이상의 가액이 배정되었는지가 기준이고, 종류를 섞을 때는 가액 산정 근거를 남겨 두십시오.
• 자기주식에도 지분비율을 계산하나요?
  피합병법인 자기주식에 합병교부주식을 배정하지 않는다면 자기주식을 빼고 지분비율을 산정합니다. 2025. 2. 28. 시행령 개정으로 이 기준이 조문에 명시되었습니다. 합병계약서에 자기주식에 대한 배정 여부가 어떻게 적혀 있는지부터 확인해 보십시오.
• 합병대가 일부를 현금으로 주면 어떻게 되나요?
  합병대가 총합계액 중 합병법인 주식 가액이 100분의 80 이상이면 나머지를 현금으로 줘도 주식 비율 요건은 충족할 수 있습니다. 다만 배정 계산식과 지배주주 보유 요건은 별도로 지켜야 합니다.
• 어떤 주주가 보유 요건을 지켜야 하나요?
  피합병법인의 지배주주 등이 대상입니다. 4촌인 혈족과 지분비율 100분의 1 미만이면서 시가 지분가액 10억원 미만인 주주 등은 제외됩니다. 이들이 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 주식을 보유해야 합니다.
• 합병 2년 전에 산 피합병법인 주식은요?
  합병법인이 합병등기일 전 2년 안에 취득한 피합병법인 주식이 있으면 일정 부분을 금전 교부로 보아 주식 비율을 계산합니다. 지배주주가 아니라면 발행주식총수의 100분의 20을 넘는 부분만 금전으로 봅니다.
• 비상장법인도 종류별로 배정할 수 있나요?
  상법상 종류주식을 발행한 회사는 합병으로 인한 주식 배정을 종류에 따라 특수하게 정할 수 있습니다. 다만 국세청 회신은 상장법인이 자본시장법상 종류별 합병가액을 산정한 경우를 전제로 하므로 비상장법인은 가액 산정의 합리성을 따로 갖춰야 합니다.
• 적격합병 부인 통지를 받으면 언제까지 다투나요?
  세무조사 결과 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 고지 후에는 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구를 해야 합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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