주식·명의신탁

증자·감자·합병 때 주식이 움직이면 국세청은 무엇을 확인하나요? 과세유형별 점검표

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.11 갱신

증자·감자·합병처럼 회사 자본이 움직이면 주식등변동상황명세서에 지분 변동이 남고, 국세청은 지분율이 주주마다 다르게 바뀌었는지, 그 차이로 이익을 본 주주가 특수관계인인지, 주식이 실제 소유자 명의인지를 유형별 점검표로 확인합니다. 증자는 실권주 처리 방식에 따라, 감자와 합병은 대주주 여부와 이익 규모에 따라 증여세 요건이 다르고, 명의신탁 주식에 신주가 배정되면 새로운 증여의제가 문제 될 수 있습니다. 자본거래를 하기 전에 주주별 지분 변동표와 1주당 평가액부터 계산해 두십시오.

자본거래는 회사 의사결정이어서 주주 개인이 증여한다는 생각을 하기 어렵습니다. 하지만 세법은 지분 비율대로 나누지 않은 결과 특정 주주가 이익을 얻으면 그 이익을 증여로 봅니다. 어떤 유형이 어떤 기준으로 과세되는지 알면, 자본거래 전에 무엇을 계산해야 하는지가 분명해집니다.

이런 상담이 많습니다

철강 가공업체 B사는 오래전 지인 이름을 빌린 주식이 있는 상태에서 다른 회사를 흡수합병했고, 몇 년 뒤 유상증자도 했습니다. 증자 때 일부 주주가 인수를 포기했고 그 실권주는 대표의 아들이 인수했습니다. 실명전환을 검토하던 B사는 합병으로 지인 명의에 새로 배정된 주식과 증자 때 지인 명의로 인수한 주식이 있는지, 아들의 실권주 인수가 증여세 문제가 되는지 물어 왔습니다. 연도별 주식 수와 지분율을 정리하는 데만 상당한 시간이 걸렸습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

국세청은 자본거래를 어디서 포착하나요?

출발점은 법인세 신고 때 내는 주식등변동상황명세서입니다. 국세청은 명세서를 거래유형별로 출력해 지방국세청 분석팀이 서면검토할 때 주식 명의신탁, 불균등 증자·감자, 합병·분할, 신규 상장, 저가양수·고가양도, 현물출자를 통한 탈루 여부를 중점적으로 보도록 정합니다. 장기간에 걸쳐 자본거래를 변칙적으로 쓰거나 여러 거래유형을 결합한 경우도 따로 발굴하라고 합니다. 이 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

법인 주주가 낀 자본거래는 법인세 부분조사로도 이어질 수 있습니다. 국세기본법 시행령은 주식의 고가·저가 거래나 자본거래로 특수관계 주주에게 이익을 나눠 준 혐의를 부분조사 사유로 정합니다. 국세청은 법인 통합조사를 할 때 그 회사 주주의 주식변동조사를 함께 하는 것을 원칙으로 두고 있어, 회사 조사가 주주 개인의 자본거래 검토로 번지는 경우가 많습니다. 이 운영 원칙은 추후 변동될 수 있습니다.

회사 조사와 주주 조사가 함께 움직인다는 점도 알아 두어야 합니다. 국세청은 계열에 속하지 않는 법인을 통합조사할 때 그 사업연도 주주의 주식변동 탈루 혐의가 있거나 이미 주식변동조사 대상으로 선정된 주주가 있으면 같은 관서가 함께 조사하도록 정합니다. 최대주주가 자금출처조사 대상으로 선정되어 있어도 동시조사가 원칙입니다. 혐의 금액이 작고 구조가 단순한 비계열 법인의 증자·감자, 저가양수·고가양도, 초과배당 혐의는 지방청이 세무서에 조사를 맡기는 위임조사 대상으로 예시되어 있습니다. 이 운영 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

증자 때는 무엇을 확인하나요?

증자로 주주별 지분율이 달라졌다면 그 원인을 봅니다. 신주를 시가보다 낮게 발행하면서 일부 주주가 인수를 포기했고 그 실권주를 다른 사람에게 배정했다면, 실권주를 배정받은 사람이 얻은 이익이 증여재산가액이 됩니다. 주주가 아닌 사람이 신주를 직접 배정받거나, 주주가 지분 비율을 넘겨 배정받은 경우도 같습니다. 반대로 시가보다 높게 발행한 신주를 특수관계인이 인수해 포기한 주주가 이익을 본 경우도 과세 대상입니다.

기준금액이 유형마다 다릅니다. 저가 발행에서 실권주를 다시 배정하지 않고 실권 처리한 경우에는 1주당 차액이 증자 후 평가액의 30% 이상이거나 이익이 3억원 이상일 때만 과세됩니다. 실권주를 재배정하거나 제3자에게 직접 배정한 경우에는 이런 문턱 없이 이익 전체가 과세 대상이 됩니다. 이익을 준 사람이 지분 1% 미만이고 액면가 합계 3억원 미만인 소액주주로서 2명 이상이면 이익을 준 소액주주를 1명으로 보고 계산합니다.

국세청 점검표는 여기에 더해 결손법인 증자에 특수관계인이 고가로 인수했는지, 가장납입으로 주금을 냈는지, 신주 인수대금을 스스로 마련했는지를 확인하도록 합니다. 그리고 「주식을 증자한 주주가 실질 소유자가 맞는가」를 별도 항목으로 두어, 명의수탁 주주가 있으면 증여재산가액을 다시 계산하라고 정합니다. 이 점검 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

조사팀은 증자 대금이 실제로 납입되었는지도 확인합니다. 국세청 점검표에는 가장납입 방법으로 주금을 냈는지와 신주 인수자의 자력 취득 여부가 들어 있어, 인수자가 자녀라면 인수대금을 어디서 마련했는지가 자금출처 문제로 이어질 수 있습니다. 증자 대금을 부모가 대신 냈다면 실권주 이익과 별도로 현금 증여가 함께 검토됩니다. 이 점검 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

감자 때는 무엇을 확인하나요?

일부 주주의 주식만 소각해 다른 주주가 이익을 얻은 경우가 대상입니다. 주식을 시가보다 낮은 대가로 소각했다면 소각한 주주의 특수관계인인 대주주가 얻은 이익이, 시가보다 높은 대가로 소각했다면 대주주의 특수관계인인 소각 주주가 얻은 이익이 증여재산가액이 됩니다. 여기서 대주주는 특수관계인 지분을 합쳐 1% 이상이거나 액면가 3억원 이상을 가진 주주입니다.

기준금액은 3억원입니다. 다만 감자한 주식의 1주당 평가액과 소각 대가의 차액이 평가액의 30% 이상이면 기준금액을 0으로 보아 금액과 관계없이 과세합니다. 국세청 점검표는 명의신탁을 해소하려고 주식을 낮은 값에 소각한 것은 아닌지, 자기주식 매입을 통해 주주에게 우회적으로 자금을 빌려준 것은 아닌지, 의제배당 과세 대상은 아닌지를 함께 보도록 합니다. 이 점검 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

합병 때는 무엇을 확인하나요?

특수관계에 있는 법인끼리 합병하면서 주가가 과대평가된 법인의 대주주가 이익을 얻었는지 봅니다. 특수관계 여부는 합병등기일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도 개시일부터 합병등기일까지 한 번이라도 특수관계가 있었는지로 판단합니다. 상장법인이 자본시장법에 따라 하는 합병은 특수관계에 있는 법인 간 합병으로 보지 않습니다.

합병대가를 주식으로 받은 경우 기준금액은 합병 후 법인 주식 평가액의 30%와 3억원 중 적은 금액이고, 이익이 이보다 적으면 과세되지 않습니다. 국세청 점검표는 합병비율 산정에 쓴 1주당 평가액, 동일인이 양쪽 법인 주주인지, 피합병법인의 청산소득 신고, 합병에 따른 상장이익 발생 여부를 함께 확인하도록 합니다. 이 점검 항목은 추후 변동될 수 있습니다.

합병 비율에 따라 바뀐 주식 수를 정리하는 일도 생각보다 손이 많이 갑니다. 피합병법인 주주가 받은 합병 신주, 합병 뒤 증자로 늘어난 주식, 그 사이 명의자 사이의 이동을 연도별로 한 표에 놓아야 명의신탁 주식이 지금 몇 주인지, 언제 새로 생겼는지 답할 수 있습니다. 상담 사례처럼 합병과 증자를 모두 거친 회사라면 이 표를 만드는 것이 정리의 출발점입니다. 이 표는 주식변동조사 대응과 실명전환 소송, 증여세 신고에 모두 쓰입니다.

명의신탁 주식이 있으면 무엇이 달라지나요?

명의신탁 주식이 있는 상태에서 자본거래를 하면 두 갈래 문제가 생깁니다. 하나는 증자·합병으로 명의자 이름에 새 주식이 배정되는 경우입니다. 새로 배정된 주식은 별도의 명의신탁 증여의제 대상이 될 수 있고, 그 시점부터 부과제척기간을 따로 계산합니다. 무상증자처럼 종전 지분에 비례해 자동으로 늘어난 주식과 명의자가 새로 인수대금을 내고 받은 주식은 판단이 달라질 수 있습니다.

다른 하나는 증여세 계산의 기준이 바뀌는 경우입니다. 국세청은 증자나 감자로 이익을 본 주주가 명의수탁자라면 실제 소유자를 기준으로 증여재산가액을 다시 계산하라고 정합니다. 명의상으로는 남남인 주주 사이 거래가 실제로는 아버지와 아들 사이 거래가 될 수 있다는 뜻입니다. 그래서 자본거래 전에 차명주식부터 정리하는 순서가 안전합니다. 이 검토 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

배당 때는 무엇을 확인하나요?

최대주주가 배당을 포기하거나 지분에 비례하지 않는 조건으로 배당을 받아 특수관계인이 지분보다 많은 배당을 받으면, 초과배당금액에서 소득세 상당액을 뺀 금액이 증여재산가액이 됩니다. 증여일은 배당금 지급일이고, 다음 해 5월에 실제 소득세를 반영해 정산 신고를 합니다. 국세청은 법인별 혐의금액이 작은 초과배당 혐의를 세무서 위임조사 대상 예시로 들고 있습니다. 이 위임조사 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

배당 결의 방식도 기록으로 남겨 두십시오. 배당을 포기하거나 차등배당을 했다면 그 결의 과정과 포기 내용이 이사회나 주주총회 의사록에 남습니다. 국세청은 이 기록과 배당 지급 내역을 함께 보아 초과배당 여부를 판단합니다.

주식변동조사는 얼마나, 어떻게 진행되나요?

주식변동조사는 국세기본법상 조사기간 20일 제한과 연장기간 제한을 받지 않는 조사 유형입니다. 국세청은 대신 내부 기준표를 두어 주식변동가액이 100억원 미만이면 30일, 100억원 이상이면 40일을 기준으로 하고, 명의신탁 등 혐의가 있으면 10일, 동시조사 주주가 4~6명이면 10일, 7~9명이면 20일, 10명 이상이면 30일, 계열법인이 3개 이상이면 20일을 더할 수 있게 했습니다. 이 일수는 추후 변동될 수 있습니다.

규모가 작고 구조가 단순하면 간편조사로 진행될 수 있습니다. 국세청 기준으로는 최종 조사대상 연도 수입금액이 500억원 미만인 회사의 주주로서, 계열법인 주주가 아니고, 명의신탁처럼 금융조사가 필요한 유형이 아니며, 최근 감사의견이 적정하고, 본인과 최대주주에게 조세포탈 처벌 전력이 없고, 1천만원 이상 체납이 없으면 간편조사 대상이 될 수 있습니다. 간편조사는 기준 기간의 50~80% 안에서 서면 위주로 진행되고 금융조회와 기간 연장은 원칙적으로 하지 않지만, 자료 제출을 거부하거나 탈루 혐의가 크면 일반조사로 전환됩니다. 이 간편조사 기준은 추후 변동될 수 있습니다.

조사 착수 전에는 주주별 혐의와 조사할 사항이 미리 정리되고, 진행 중에는 조사팀이 위 점검표 항목을 하나씩 확인합니다. 조사 중 다른 사업연도가 필요하면 지방청장 승인으로 추가 선정하는데, 이때 그 사업연도에 혐의가 있는 주주를 모두 선정하도록 되어 있습니다. 같은 회사의 여러 주주가 한꺼번에 조사받는 경우가 많은 이유입니다. 조사 중 비상장주식을 보충적 평가방법으로 평가했다면 그 1주당 평가액이 국세청 전산에 남아 이후 다른 거래의 시가 판단에도 참고됩니다.

자본거래 전 점검 순서

• 지분 변동표 작성 - 주주명부와 주식등변동상황명세서로 연도별 주주, 주식 수, 지분율을 정리하고 특수관계 여부를 표시합니다.
• 실제 소유자 확인 - 명의만 빌린 주주가 있는지 확인하고, 있다면 자본거래 전에 정리할지 먼저 결정합니다.
• 1주당 평가액 계산 - 증자·감자·합병 전후의 상속세 및 증여세법상 평가액을 계산해 유형별 기준금액과 비교합니다.
• 인수대금 출처 확인 - 신주 인수대금이나 소각 대가를 누가 어떤 돈으로 냈는지 계좌로 확인합니다.
• 신고 여부 결정 - 기준금액을 넘는 이익이 있으면 증여일이 속하는 달의 말일부터 3개월 안에 증여세 신고를 준비합니다.
• 결의 전 시뮬레이션 - 증자·감자·합병 결의 전에 처리 방식별로 주주별 이익을 계산해 보고, 기준금액을 넘는 방식이면 다른 방식이나 신고 계획을 함께 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 실권주 처리 방식, 대주주 해당 여부, 합병 당사법인의 특수관계 기간, 명의신탁 주식 유무에 따라 과세 요건과 금액이 크게 달라지므로 거래 전후 주주명부와 평가 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 자본거래에 따른 증여세 검토와 주식변동조사 대응, 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 증자에 참여하지 않으면 왜 증여세가 나오나요?
  시가보다 낮게 발행한 신주를 내가 포기하고 그 실권주를 특수관계인 등이 인수하면, 인수한 사람은 낮은 값에 주식을 얻어 이익을 봅니다. 세법은 그 이익을 증여로 보아 인수한 사람에게 증여세를 매깁니다. 납세의무자는 이익을 얻은 사람입니다.
• 실권주를 재배정하지 않으면 과세되지 않나요?
  실권 처리한 경우에도 포기한 주주의 특수관계인이 신주를 인수해 이익을 얻었다면 과세될 수 있습니다. 다만 1주당 차액이 증자 후 평가액의 30% 이상이거나 이익이 3억원 이상일 때만 과세됩니다. 재배정한 경우에는 이런 문턱이 없습니다.
• 감자 증여세의 기준은 무엇인가요?
  일부 주주 주식만 소각해 대주주나 그 특수관계인이 이익을 얻으면 과세됩니다. 이익이 3억원 이상이어야 하지만, 1주당 평가액과 소각 대가의 차액이 평가액의 30% 이상이면 금액과 관계없이 과세됩니다.
• 합병하면 대주주는 모두 증여세를 내나요?
  특수관계 법인 간 합병에서 주가가 과대평가된 법인의 대주주가 이익을 얻은 경우에만 해당합니다. 이익이 합병 후 주식 평가액의 30%와 3억원 중 적은 금액 이상이어야 하고, 상장법인이 자본시장법에 따라 하는 합병은 제외됩니다.
• 명의신탁 주식에 증자 신주가 배정되면요?
  명의자 이름으로 새 주식을 인수하면 그 부분이 새로운 명의신탁 증여의제 대상이 될 수 있고 부과제척기간도 따로 계산합니다. 종전 지분에 비례해 자동으로 늘어난 주식인지, 명의자가 새로 인수대금을 냈는지에 따라 판단이 달라질 수 있습니다.
• 최대주주가 배당을 포기하면 어떻게 되나요?
  최대주주가 배당을 포기하거나 차등배당을 받아 특수관계인이 지분보다 많은 배당을 받으면, 초과배당금액에서 소득세 상당액을 뺀 금액에 증여세가 과세됩니다. 다음 해 5월에 실제 소득세를 반영한 정산 신고를 해야 합니다.
• 법인 주주가 낀 자본거래도 조사 대상이 되나요?
  법인 주주가 특수관계 주주에게 자본거래로 이익을 나눠 준 혐의가 있으면 그 법인에 대한 법인세 부분조사 사유가 됩니다. 같은 세목과 과세기간에 대한 부분조사는 일정한 경우 2회를 넘을 수 없습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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