주식·명의신탁

대주주 주식을 상·하반기 나눠 예정신고했으면 확정신고는 안 해도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.12 갱신

아니요, 대주주 주식을 한 해에 두 번 이상 예정신고하면서 앞선 신고분과 합산하지 않았다면 다음 해 5월 확정신고를 해야 하고, 연간 과세표준이 3억원을 넘으면 초과분에 25%가 적용됩니다. 소득세법 제110조 제4항 단서와 시행령 제173조 제5항이 이 경우를 확정신고 예외에서 뺍니다. 지금은 그해 대주주 양도분의 연간 과세표준 합계부터 계산해 보십시오.

예정신고를 두 번 모두 기한 안에 했다면 그 신고 자체를 다시 할 필요는 없습니다. 연간 합산으로 늘어나는 차액만 확정신고로 정산하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

H씨는 중소기업이 아닌 상장회사 두 곳의 대주주로, 두 회사 주식 모두 1년 넘게 갖고 있었습니다. 2025년 상반기에 K사 주식을 팔아 과세표준 1억원으로 8월에 예정신고하며 20%인 2천만원을 냈고, 하반기에 B사 주식을 팔아 과세표준 3억원으로 2026년 2월에 예정신고하며 6천만원을 냈습니다. 두 번 다 신고했으니 끝났다고 보고 2026년 5월 확정신고를 하지 않았는데, 9월에 세무서에서 안내를 받았습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

반기마다 예정신고했으면 확정신고는 안 해도 되나요?

아니요, 대주주 주식처럼 누진세율이 적용되는 주식을 한 해에 두 번 이상 예정신고하면서 앞선 신고분과 합산하지 않았다면 다음 해 5월 확정신고를 따로 해야 합니다. 예정신고를 했다는 이유로 확정신고를 생략할 수 있는 원칙의 예외입니다.

2026. 10. 11. 기준 현행 「소득세법」 제110조 제4항은 예정신고를 한 사람은 확정신고를 하지 않아도 된다고 정하면서, 누진세율 적용 대상 자산에 대한 예정신고를 2회 이상 하는 경우 등을 단서로 뺐습니다. 시행령은 이미 신고한 양도소득금액과 합산해 신고하지 않은 경우를 그 예외로 정합니다.

같은 해 대주주 주식을 두 번 이상 팔아 연간 합산하면 세액이 달라지는 경우도 확정신고 대상입니다.

연간 합산하면 세액은 어떻게 달라지나요?

대주주가 1년 이상 보유한 주식은 연간 과세표준 3억원까지 20%, 3억원을 넘는 부분은 25%입니다. 반기별로 따로 계산하면 각각 20% 구간에 머물지만, 1년 치를 합치면 3억원 초과분에 25%가 적용됩니다.

사례의 H씨는 연간 과세표준이 4억원입니다. 3억원까지 6천만원, 초과분 1억원에 25%인 2천5백만원을 더해 산출세액은 8천5백만원입니다. 예정신고로 낸 8천만원과 비교하면 5백만원이 부족합니다.

부족한 세액에는 신고 관련 가산세와 납부지연가산세가 붙습니다. 세무서가 결정하기 전에 기한 후 신고를 하면 무신고가산세를 기간에 따라 감면받을 수 있습니다.

두 번째 예정신고 때 합산하면 확정신고를 피할 수 있나요?

네, 두 번째 예정신고를 할 때 이미 신고한 양도소득금액과 합산해 세액을 계산하면 그 범위에서는 확정신고를 따로 하지 않아도 됩니다. 이때 두 번째 신고의 산출세액은 합산한 금액에 세율을 적용한 세액에서 이미 신고한 세액을 뺀 금액입니다.

H씨가 2026년 2월 예정신고 때 상반기 1억원을 합쳐 4억원으로 계산했다면 8천5백만원에서 2천만원을 뺀 6천5백만원을 냈어야 합니다. 그랬다면 확정신고 누락 문제는 생기지 않았습니다. 합산 신고를 할지는 납세자가 선택하지만, 하지 않았다면 확정신고로 정산하는 것이 법이 정한 순서입니다.

해외주식이나 세율이 다른 주식이 섞이면요?

해외주식은 예정신고 대상이 아니므로 대주주 국내주식과 함께 다음 해 5월 확정신고에서 합산합니다. 해외주식에는 25% 누진 구간이 없고 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20%를 적용합니다.

같은 해에 손실 난 과세 대상 주식이 있다면 확정신고 때 같은 세율 주식 이익에서 먼저 빼고, 남은 손실을 다른 세율 주식 이익에서 비율대로 뺍니다.

대주주 주식 연간 합산 대응 순서

• 연간 양도분 정리 - 그해 대주주로 판 국내주식을 모두 모아 보유기간과 중소기업 여부로 세율을 나눕니다.
• 누진 구간 계산 - 1년 이상 보유분의 연간 과세표준이 3억원을 넘는지 확인하고 초과분에 25%를 적용합니다.
• 합산 예정신고 - 두 번째 예정신고부터는 앞선 신고분과 합산해 계산하면 확정신고 부담이 줄어듭니다.
• 확정신고 - 합산하지 않았다면 양도소득과세표준 신고 및 납부계산서로 다음 해 5월 확정신고를 하고, 기한을 놓쳤다면 기한 후 신고를 합니다.
• 불복 검토 - 세율 구간이나 합산 범위가 잘못된 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 검토합니다. 이의신청은 선택 절차입니다.

여기까지는 일반 기준이고, 1년 미만 보유분이나 중소기업 주식, 해외주식이 섞이면 세율 구간 계산이 달라지므로 종목별 자료를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 대주주 양도소득세 확정신고 누락과 관련한 경정청구·불복 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 예정신고를 한 번만 했으면 확정신고가 필요 없나요?
  그해 대주주 주식 예정신고를 한 번만 했고 다른 양도분이 없다면 원칙적으로 확정신고를 하지 않아도 됩니다. 다만 같은 해 해외주식 양도분이 있으면 그 부분은 확정신고 대상이므로 함께 합산해 신고합니다.
• 3억원 초과분 25%는 어떻게 계산하나요?
  대주주가 1년 이상 보유한 주식의 연간 과세표준이 3억원 이하이면 20%, 3억원을 넘으면 6천만원에 3억원 초과액의 25%를 더한 금액입니다. 반기별로 나누지 않고 1년 치를 합쳐 계산합니다.
• 두 번째 예정신고에서 합산하는 방법은요?
  이미 신고한 양도소득금액과 이번 양도소득금액을 더하고 기본공제를 뺀 금액에 세율을 적용한 뒤, 이미 신고한 예정신고 산출세액을 뺍니다. 이렇게 합산해 신고하면 연간 누진세율이 예정신고 단계에서 반영됩니다.
• 1년 미만 보유한 대주주 주식도 합산하나요?
  중소기업 외 법인 주식을 1년 미만 보유한 대주주 양도분은 누진세율이 아니라 30% 단일세율을 적용하므로 3억원 누진 구간 계산에 넣지 않습니다. 종목별 보유기간을 먼저 나눠 세율을 정합니다.
• 확정신고를 놓쳤다면 지금 무엇을 하나요?
  세무서가 결정해 통지하기 전에 기한 후 신고로 부족한 세액을 신고·납부합니다. 신고기한이 지난 뒤 1개월 이내면 무신고가산세의 50%, 3개월 이내면 30%, 6개월 이내면 20%를 감면받습니다.
• 해외주식도 25% 구간에 합산되나요?
  해외주식은 중소기업 주식 10%, 그 밖의 주식 20% 단일세율이라 대주주 국내주식의 25% 누진 구간에 합산하지 않습니다. 다만 같은 주식 양도소득 그룹이므로 확정신고에서 손익통산과 기본공제는 함께 계산합니다.
• 합산 계산이 틀린 고지는 어떻게 다투나요?
  세율 구간이나 합산 범위가 잘못된 결정·고지를 받았다면 납부고지서를 받은 날부터 90일 안에 심판청구를 할 수 있습니다. 종목별 보유기간과 세율 구분표를 근거로 계산 오류를 보여 주는 것이 중심입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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