세무조사

위법한 세무조사로 모은 자료로 과세했다면 그 세금은 취소되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.13 갱신

조사권 남용이나 중복조사처럼 조사 자체가 중대하게 위법하면 그 조사로 모은 자료에 기초한 과세처분은 위법합니다. 결과통지 뒤 과세전적부심사 결정 전에 한 처분은 무효입니다. 반면 조사기간 뒤 추가 자료 요청은 임의 협력이었다면 위법이 아니라고 본 판례도 있습니다. 조사 범위 확대 요건과 원천징수세액 반환까지 함께 정리했습니다.

세무조사 과정의 흠이 모두 과세처분 취소로 이어지지는 않습니다. 대법원이 처분을 취소한 것은 조사권 남용이나 중복조사처럼 조사 자체가 중대하게 위법한 경우, 그리고 과세전적부심사 기회를 빼앗은 경우였습니다. 조사기간을 넘긴 추가 자료 요청이나 사전통지 생략은 사정에 따라 적법하다고 보았습니다. 어떤 흠이 처분을 무너뜨리는지 판례로 나눠 보겠습니다.

이런 상담이 많습니다

C회사는 2026. 3. 2023~2024 사업연도 법인세 조사를 받았습니다. 조사 중 담당자는 대표의 개인 부동산 취득자금을 보겠다며 2022 사업연도까지 살폈지만 범위 확대를 문서로 알려 주지는 않았고, 조사기간이 끝난 뒤에도 이메일로 자료를 계속 요구했습니다. 2026. 6. 2. 결과통지를 받은 C회사가 과세전적부심사를 준비하던 2026. 6. 19. 법인세 고지와 함께 대표에 대한 상여 처분의 소득금액변동통지가 나왔습니다. 대표는 이렇게 모은 자료로 한 과세를 다툴 수 있는지, 적부심 전에 나온 통지는 어떻게 되는지 물으셨습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

위법한 조사로 모은 자료로 한 과세는 모두 취소되나요?

조사의 위법이 중대할 때 처분까지 위법해집니다. 대법원 2016. 12. 15. 선고 2016두47659 판결은 부정한 목적의 세무조사는 중대한 위법이고 그 조사로 수집된 과세자료를 기초로 한 과세처분도 위법하다고 했습니다. 이 판결의 사안은 「세무조사가 다른 목적으로 시작됐다면 그 과세처분까지 취소되나요?」에서 자세히 설명했습니다. 중복조사는 더 엄격해서, 대법원 2017. 12. 13. 선고 2016두55421 판결은 재조사 자료를 근거로 삼지 않았거나 그 자료 없이도 같은 처분이 가능해도 위법하다고 했고, 대법원 2020. 2. 13. 선고 2015두745 판결은 관세 사건에서 같은 수입물품의 과세가격을 다른 결정방법으로 다시 조사한 것도 금지되는 재조사로 보았습니다.

한계도 있습니다. 대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6083 판결은 2차 조사가 위법한 재조사였어도, 공통매입세액 안분을 빠뜨린 부분처럼 2차 조사와 무관하게 당초 경정처분의 오류를 바로잡은 부분은 적법하다고 보았습니다. 위법한 조사와 처분 사이의 연결을 세액 항목별로 따져야 하는 이유입니다.

조사 도중 다른 연도·세목으로 넓혔다면 어떤 요건이 필요한가요?

다른 과세기간·세목·항목에 대한 구체적인 탈루 증거자료가 확인되었거나, 조사 중인 항목의 명백한 탈루 혐의나 세법 적용 착오가 다른 과세기간에도 있을 것으로 의심되는 경우에만 넓힐 수 있습니다. 넓힐 때는 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다. 사업과 관련된 세목은 통합해 조사하는 것이 원칙입니다.

대법원 2016두47659 판결에서 조사팀은 제보된 혐의를 인정할 수 없다고 결론 내리고도 제보와 무관한 회사의 법인결산서를 조회해 가수금과 주주 변동이 많다는 이유로 포괄적인 법인통합조사로 넓혔고, 대법원은 이를 최소성 원칙 위반으로 보았습니다. 대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결은 다른 세목 조사 중 범위가 넓어져 일부 항목만 조사한 경우라면 나중에 나머지 항목을 조사해도 재조사가 아니라고 했습니다. 범위 확대가 적법했는지는 뒤에 올 재조사 판단과도 이어집니다.

조사기간이 끝난 뒤나 조사 중지 기간에 자료를 더 요구했다면 위법인가요?

사정에 따라 다릅니다. 법은 조사기간을 최소로 정하고, 연장하려면 법정 사유가 있어야 하며 그 사유와 기간을 문서로 알리게 합니다. 연간 수입금액 100억원 미만 납세자는 연장할 때마다 세무관서장의 승인도 받아야 합니다. 또 조사 중지 기간에는 질문이나 장부 검사, 제출 요구를 금지합니다.

관세조사 사건인 대법원 2025. 4. 24. 선고 2022두45647 판결 사안에서 세관은 2015. 8. 10.부터 8. 28.까지 조사한다고 통지하고도 그 뒤 추가 자료를 요청해 2017. 11. 관세 등 99억 8,811만여 원을 증액경정했습니다. 대법원은 납세자가 조사종료일 직전이나 그 뒤에야 대금청구서 등을 냈고, 종료일 이후 행위는 누락 자료 수집이나 추가 설명 요구에 그쳤으며, 현장 방문 질문조사가 없었고 강요나 회유 없이 납세자가 임의로 협력한 점을 들어 조사권 남용이나 절차적 권리의 중대한 침해가 아니라고 본 원심을 수긍했습니다. 대법원 2019. 1. 31. 선고 2018두53849 판결도 조사 중지 기간에 사실상 조사행위가 있었다고 볼 자료가 없다며 절차 위법을 부정한 원심을 수긍했습니다. 국세 조사는 연장 승인과 문서 통지 요건이 더 구체적이므로, 연장 통지 없이 사업장을 방문하거나 거부 의사에도 조사를 이어 갔는지가 갈림길이 될 수 있습니다.

결과통지 뒤 과세전적부심사를 내기도 전에 고지가 나왔다면?

예외 사유가 없다면 그 처분은 무효입니다. 세무조사를 마치면 20일 안에 결과를 설명하고 서면으로 통지해야 하고, 납세자는 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 대법원 2020. 10. 29. 선고 2017두51174 판결은 결과통지 뒤 적부심 청구나 결정 전에 한 과세처분은 적부심 제도를 형해화하는 중대하고 명백한 하자로 무효라고 했습니다. 법인세 포탈로 고발이나 통고처분을 했더라도 그것은 법인세에 대한 예외일 뿐, 대표자 상여 처분에 따른 소득금액변동통지까지 적부심 없이 할 수는 없다고 보았습니다. 현행 제81조의15 제3항 제2호 단서도 고발·통고처분과 관련 없는 세목이나 세액은 예외에서 뺍니다.

대법원 2026. 4. 30. 선고 2025다210837 판결은 같은 법리로, 적부심 전에 받은 소득금액변동통지에 따라 회사가 원천징수의무자로서 낸 원천징수세액 3억 5,536만여 원을 부당이득으로 반환하라는 원심을 유지했습니다. 2017두51174 판결 전에는 법리가 명백하지 않았다는 국가 측 주장도 받아들여지지 않았습니다. 무효이므로 불복기간이 지난 뒤에도 다툴 길이 있고, 과세예고통지 누락은 「과세예고통지나 과세전적부심사 기회 없이 나온 세금, 무효인가요?」에서, 반환 청구는 「과세처분이 무효라면 불복기간이 지나도 낸 세금을 돌려받을 수 있나요?」에서 다룹니다.

위법 세무조사 다툼 대응 순서

• 조사 기록 시간순 정리 - 사전통지, 범위 확대·기간 연장·중지 통지, 자료 요구 이메일을 날짜순으로 모읍니다.
• 세액 항목별 연결 확인 - 각 과세 항목이 어느 조사 단계에서 얻은 자료에서 나왔는지 표로 맞춥니다.
• 범위·기간 위반 점검 - 문서 통지 없는 확대, 통지 없는 기간 연장, 중지 기간 중 조사가 있었는지 봅니다.
• 적부심 기회 확인 - 결과통지일과 고지일을 비교해 적부심 결정 전 처분인지 확인합니다.
• 불복 경로 선택 - 취소 사유면 심판청구 90일과 취소소송 90일, 무효 사유면 무효확인이나 반환 청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 조사 절차의 흠이 얼마나 중대한지와 그 흠이 어느 세액 항목의 근거 자료와 이어지는지에 따라 결론이 달라집니다. 법무법인 윤성은 위법한 세무조사와 과세전적부심사 절차 위반을 이유로 한 과세처분 취소·무효 소송과 부당이득반환 청구를 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 세무조사 절차에 문제가 있으면 세금이 다 취소되나요?
  흠이 중대할 때 처분까지 위법해집니다. 부정한 목적의 조사(2016두47659)나 금지되는 재조사(2016두55421)는 처분을 위법하게 하지만, 증거인멸 우려로 한 사전통지 생략이나 임의 협력에 따른 추가 자료 요청은 위법이 아니라고 본 판례가 있습니다.
• 위법한 조사였다면 그 처분의 모든 세액이 취소되나요?
  항목별로 봅니다. 대법원 2010두6083 판결은 2차 조사가 위법한 재조사였어도 공통매입세액 안분 누락처럼 그 조사와 무관하게 당초 처분의 오류를 바로잡은 부분은 적법하다고 보았습니다. 세액 항목과 자료의 출처를 맞춰 보아야 합니다.
• 조사 중에 다른 연도까지 조사하겠다고 하면 막을 수 있나요?
  다른 과세기간·세목에 대한 구체적 탈루 증거자료가 확인되는 등 법정 사유가 있어야 넓힐 수 있고, 사유와 범위를 문서로 알려야 합니다. 대법원 2016두47659 판결은 혐의가 없다고 보고도 조사를 넓힌 것을 최소성 원칙 위반으로 보았습니다.
• 조사기간이 끝났는데 자료를 계속 요구하면 위법인가요?
  사정에 따라 다릅니다. 관세조사 사건인 대법원 2022두45647 판결은 납세자가 늦게 자료를 냈고 현장 방문 없이 추가 설명을 요구했으며 납세자가 임의로 협력한 경우 위법이 아니라고 본 원심을 수긍했습니다. 연장 통지가 있었는지부터 확인합니다.
• 결과통지를 받고 30일이 지나기 전에 고지서가 왔다면 어떻게 되나요?
  적부심 청구나 결정 전에 한 과세처분은 예외 사유가 없으면 무효입니다. 대법원 2017두51174 판결은 이를 중대하고 명백한 하자로 보았고, 법인세 포탈로 고발했더라도 대표자 상여에 따른 소득금액변동통지까지 예외가 되지는 않는다고 했습니다.
• 적부심 전에 받은 소득금액변동통지로 낸 원천징수세액도 돌려받나요?
  돌려받을 수 있습니다. 대법원 2025다210837 판결은 결과통지 뒤 적부심 전에 한 소득금액변동통지를 무효로 보고, 회사가 원천징수의무자로서 낸 원천징수세액 3억 5,536만여 원을 부당이득으로 반환하라는 원심을 유지했습니다.

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