양도소득세

살던 집을 팔아 양도세가 0원이면 거주주택 비과세를 안 쓴 것으로 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.07 갱신

아니요, 임대주택을 둔 채 살던 집을 팔아 과세표준이 0원이 나왔어도 거주주택 비과세 특례는 적용받은 것으로 봅니다. 국세청은 과세표준이 0원인 양도도 거주주택 비과세가 당연히 적용되므로 특례를 쓸지 말지 고를 수 없다고 회신했습니다. 지금은 그 양도가 뒤에 팔 집의 비과세 기간 계산에 어떤 영향을 주는지부터 확인해야 합니다.

과세표준이 0원이라고 해서 특례를 피하려고 신고서에 비과세 표시를 빼거나 일반 과세로 바꿔 신고할 필요는 없습니다. 그렇게 해도 법이 정한 요건을 갖춘 양도는 비과세로 처리된 것으로 보기 때문입니다.

이런 상담이 많습니다

A씨는 2021년 6월 다세대주택 한 호의 지분 25%를 상속받아 장기일반민간임대주택으로 등록했고, 2022년 3월 B아파트를 사서 가족과 함께 살았습니다. 2025년 2월 C아파트 분양계약을 맺었고, 2025년 4월 2년 넘게 보유하며 살던 B아파트를 팔았습니다. 양도차익이 적어 기본공제 250만원을 빼니 과세표준이 0원이었습니다. A씨는 세금이 없으니 거주주택 비과세를 쓰지 않은 것으로 하고, 나중에 다른 집을 팔 때 특례를 쓰고 싶다고 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

과세표준이 0원이면 거주주택 비과세 특례를 고를 수 있나요?

아니요, 장기임대주택과 거주주택을 가진 1세대가 요건을 갖춘 거주주택을 팔면 과세표준이 0원이어도 비과세 특례가 적용된 양도로 봅니다. 거주주택 비과세는 납세자가 신청해서 받는 감면이 아니라, 요건을 갖추면 소득세법 제89조에 따라 양도소득세를 과세하지 않는 것입니다. 양도소득금액이 기본공제 250만원보다 적어 과세표준이 0원이 되는 것과, 양도차익 자체가 비과세인 것은 서로 다른 문제입니다. 2026. 10. 7. 기준 현행 「소득세법 시행령」 제155조 제20항은 거주주택에 2년 이상 거주했고 장기임대주택을 등록해 임대하고 있으면 거주주택을 1주택으로 보아 비과세를 적용한다고 정합니다.

국세청은 이 경우를 어떻게 해석했나요?

국세청은 거주주택 양도소득 과세표준이 0원인 경우에도 거주주택 양도차익은 당연히 비과세되므로 거주주택 비과세 특례를 적용받은 것으로 본다고 회신했습니다(서면-2023-법규재산-0913, 2024. 6. 3.). 질의자는 2018년 6월 다세대주택 지분을 상속받아 장기일반민간임대주택으로 등록했고, 2020년 3월 산 거주주택에 2년 넘게 보유·거주하다가 2023년 2월 분양권을 얻은 뒤 2023년 4월 거주주택을 팔아 기본공제 후 과세표준이 0원이었습니다. 국세청은 거주주택 요건과 주택·분양권 특례 요건을 모두 갖춘 양도라면 과세표준 금액과 관계없이 특례가 적용된 것이고, 납세자가 특례 적용 여부를 임의로 고를 수는 없다고 보았습니다.

이 회신은 거주주택 취득일부터 1년이 지나 분양권을 얻고 분양권 취득일부터 3년 안에 거주주택을 판 사실관계를 전제로 합니다. 분양권을 거주주택 취득 후 1년 안에 얻었거나 임대주택이 등록 요건을 못 갖춘 상태였다면 거주주택 비과세 자체가 적용되지 않으므로 결론이 달라집니다.

임대기간을 채우기 전에 살던 집을 팔아도 되나요?

네, 장기임대주택의 임대기간요건을 채우기 전에 거주주택을 팔아도 그 임대주택을 장기임대주택으로 보아 거주주택 비과세를 적용합니다. 다만 특례를 받은 뒤 임대기간요건을 못 채우게 되면, 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 시행령이 정한 계산식에 따른 세액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다. 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘긴 경우도 요건을 못 채운 것으로 봅니다. 과세표준이 0원이었던 양도라면 추가로 낼 세액이 없을 수 있지만, 사후관리 의무 자체는 그대로 적용됩니다.

분양권이 있는데도 살던 집이 비과세가 되나요?

네, 집 한 채를 산 날부터 1년이 지난 뒤 분양권을 얻고 분양권 취득일부터 3년 안에 그 집을 팔면 1세대1주택으로 보아 비과세를 적용합니다. 2021. 1. 1. 이후 얻은 분양권은 주택 수에 들어가지만, 시행령 제156조의3 제2항의 요건을 갖추면 소득세법 제89조 제2항 단서에 따라 비과세가 유지됩니다. 회신 사안처럼 장기임대주택, 거주주택, 분양권을 함께 가진 세대는 거주주택 특례와 주택·분양권 특례를 함께 적용해 거주주택을 1주택으로 판단합니다.

• 거주주택 - 보유기간 중 거주기간이 2년 이상이어야 합니다.
• 장기임대주택 - 양도일 현재 사업자등록과 민간임대주택 등록을 하고 임대 중이며, 임대료 증가율이 5%를 넘지 않아야 합니다.
• 분양권 - 거주주택 취득일부터 1년이 지난 뒤 취득하고, 분양권 취득일부터 3년 안에 거주주택을 팔아야 합니다.

회신 이후 무엇이 바뀌었나요?

회신 당시에는 장기임대주택을 가진 세대의 거주주택 비과세가 생애 한 차례, 처음 파는 거주주택에만 적용됐기 때문에 과세표준 0원인 양도로 한 번뿐인 기회를 쓰게 되는지가 문제였습니다. 2025. 2. 28. 개정된 시행령(대통령령 제35349호)은 제155조 제20항에서 생애 한 차례 제한 문구를 삭제했고, 부칙 제14조에 따라 이 개정 규정은 2025. 2. 28. 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용됩니다. 그 대신 임대주택이나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 집을 거주주택으로 팔 때, 그 집을 보유하는 동안 먼저 판 다른 거주주택(직전거주주택)이 있으면 직전거주주택 양도일 뒤의 기간분에 대해서만 비과세를 적용하는 구조로 바뀌었습니다. 과세표준 0원인 양도도 거주주택 비과세를 적용받은 양도이므로, 그 집이 나중에 파는 집의 직전거주주택이 될 수 있습니다. 2026. 9. 30. 개정으로 제20항 괄호의 장기임대주택 범위 문구도 바뀌어, 현행 조문은 같은 호 가목 주택은 같은 목 1)의 기한 제한을, 다목 주택은 같은 목 단서의 기한 제한을 적용하지 않는다고 나누어 정합니다. 이 개정에는 별도 적용례가 없어 2026. 10. 1. 이후 양도분부터 현행 문구가 적용됩니다.

거주주택 비과세 과세표준 0원 대응 순서

• 양도 내역 확인 - 판 집의 양도가액, 취득가액, 필요경비, 기본공제를 적어 양도차익과 과세표준을 다시 계산합니다. 과세표준이 0원이어도 비과세 요건을 갖춘 양도인지가 먼저입니다.
• 요건 점검 - 거주 2년, 임대주택의 사업자등록·민간임대주택 등록·임대료 5% 제한, 분양권 취득 시점을 날짜순으로 맞춰 봅니다. 하나라도 빠지면 특례 양도가 아니라 일반 과세 양도입니다.
• 예정신고와 첨부서류 - 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 예정신고를 하면서 거주주택 특례 신고서와 임대차계약서 사본 등을 냅니다.
• 임대 사후관리 - 임대기간요건을 채울 때까지 임대 공백이 6개월을 넘지 않게 관리하고, 못 채우게 되면 2개월 안에 신고·납부합니다.
• 다음 집 양도 설계 - 임대주택이나 어린이집으로 썼던 집을 다음에 팔 계획이면, 이번 양도가 직전거주주택이 되어 비과세 기간이 나뉘는지 미리 계산합니다. 세무서가 특례 적용을 달리 보아 고지하면 경정청구나 심판청구로 다툴 수 있는지 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 임대주택 등록일과 거주 시작일, 분양권 계약일이 어떻게 놓였는지에 따라 결론이 달라지므로 등기부등본·임대사업자등록증·분양계약서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 양도소득세 비과세 부인에 대한 경정청구와 조세불복을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 과세표준이 0원이면 신고를 안 해도 되나요?
  거주주택 특례를 적용받으려면 양도일이 속하는 과세기간의 과세표준신고서와 특례 신고서에 장기임대주택의 임대차계약서 사본, 임차인 주민등록표 등본 등을 붙여 관할 세무서에 내야 합니다. 세액이 없더라도 특례 적용 사실과 임대주택 요건을 신고서로 남겨 두어야 뒤에 임대 사후관리나 다음 집 양도 때 다툼을 줄일 수 있습니다.
• 양도차익이 조금 있어도 세금이 0원이 될 수 있나요?
  네, 양도소득금액이 연 250만원 이하면 양도소득 기본공제를 빼고 과세표준이 0원이 됩니다. 기본공제는 소득별로 해당 과세기간에 한 번 적용되며, 미등기양도자산에는 적용되지 않습니다. 다만 기본공제로 세액이 0원이 되는 것과 양도차익 자체가 비과세인 것은 다른 문제이므로, 거주주택 요건을 갖췄다면 비과세 양도로 봅니다.
• 임대기간을 못 채우면 어떻게 되나요?
  거주주택 특례를 받은 뒤 장기임대주택의 임대기간요건을 채우지 못하게 되면, 그 사유가 생긴 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 안에 시행령의 계산식에 따른 세액을 양도소득세로 신고·납부해야 합니다. 임대의무호수를 임대하지 않은 기간이 6개월을 넘긴 경우도 포함됩니다. 과세표준이 0원이었던 양도라면 추가 세액이 없을 수 있지만 신고 의무는 남습니다.
• 분양권을 거주주택 취득 후 1년 안에 얻었다면요?
  거주주택을 취득한 날부터 1년이 지나기 전에 분양권을 얻었다면 주택·분양권 특례 요건을 갖추지 못합니다. 2021. 1. 1. 이후 취득한 분양권은 주택 수에 들어가므로 거주주택 양도에 1세대1주택 비과세가 적용되지 않고, 과세표준이 0원이라도 거주주택 특례를 적용받은 양도가 아니라 일반 과세 양도로 처리됩니다. 분양계약일과 거주주택 잔금일을 먼저 대조해야 합니다.
• 생애 한 차례 제한은 지금도 있나요?
  아니요, 장기임대주택을 가진 세대의 거주주택 비과세를 생애 한 차례로 제한하던 문구는 2025. 2. 28. 개정으로 시행령 제155조 제20항에서 삭제됐습니다. 대신 임대주택이나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 집을 거주주택으로 팔 때 먼저 판 직전거주주택이 있으면 그 양도일 뒤의 기간분에만 비과세를 적용합니다. 이 개정 규정은 부칙 제14조에 따라 2025. 2. 28. 이후 양도분부터 적용됩니다.
• 직전거주주택이 되면 어떤 불이익이 있나요?
  다음에 파는 집이 임대주택이나 어린이집으로 쓴 사실이 있는 거주주택이면, 과세표준 0원으로 판 이번 집이 직전거주주택이 되어 다음 집은 이번 양도일 뒤의 기간분에 대해서만 1세대1주택 비과세를 적용받습니다. 그 전 기간분 양도차익에는 양도소득세가 붙습니다. 임대주택으로 쓴 적이 없는 일반 주택을 다음에 판다면 이 기간 안분은 적용되지 않습니다.
• 세무서가 특례 적용을 달리 보면 언제까지 다투나요?
  신고한 세액이 많았다면 법정신고기한이 지난 뒤 5년 안에 경정청구를 할 수 있습니다. 세무서가 결정이나 경정으로 세금을 고지했다면 처분이 있음을 안 날부터 90일 안에 심판청구 등 불복을 제기해야 합니다. 거주주택 요건과 분양권 취득 시점을 증명하는 계약서와 등록증을 함께 준비해야 합니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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