수입신고·환급

보세공장 유휴설비로 국산 원료만 가공하려면 허가를 받아야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 보세공장에서 내국물품만 원료로 제조·가공하는 내국작업은 세관장의 허가를 받아야 합니다. 관세법은 허가 없는 내국작업을 금지하고, 시행령과 고시는 신청서 기재사항과 작업 종료 후 반출 절차를 정합니다. 지금은 작업에 외국물품이 조금이라도 섞이는지와 작업기간·원재료 수량을 먼저 정리해야 합니다.

원재료를 들여올 때마다 따로 반입신고를 할 필요는 없습니다. 세관장은 작업기간에 쓸 원재료의 품명과 수량을 작업 시작 전에 한꺼번에 신고하게 할 수 있고, 허가받은 원재료의 반입신고는 내국작업허가서로 갈음합니다.

이런 상담이 많습니다

반도체 장비 부품을 만드는 D사는 2026년 들어 수출 주문이 줄면서 보세공장 설비 일부가 놀고 있었습니다. 2026년 9월 국내 거래처에서 국산 알루미늄 원재료만 써서 부품 3,000개를 가공해 달라는 주문을 받았고, 납기는 2개월이었습니다. D사는 이 작업도 세관 허가가 필요한지, 만든 부품을 언제 공장 밖으로 내보내야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 보세공장 내국작업을 어떻게 안내하나요?

관세청은 보세공장의 유휴시설로 내국물품만 원료로 제조·가공·수리하려면 내국작업 허가를 받아야 한다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 운영인이 내국작업허가신청서를 내면 세관장이 조업상태와 감시단속상 문제를 고려해 허가하고, 작업이 끝나면 종료신고 후 물품을 지체 없이 공장 밖으로 내보내야 한다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」과 「보세공장 운영에 관한 고시」도 같습니다. 신청서에는 작업의 종류, 원재료의 품명·수량과 생산지 또는 제조지, 작업기간을 적어야 하고, 내국작업은 외국물품을 쓰는 작업과 구별해서 해야 합니다. 공장 안에서도 내국작업 물품은 보세가공용 원재료, 제품, 잉여물품과 구분해 둡니다.

구분이 중요한 이유는 과세에 있습니다. 외국물품을 원료로 쓰거나 외국물품과 내국물품을 섞어 만든 물품은 외국에서 우리나라에 도착한 물품으로 보아 국내로 들일 때 관세를 냅니다. 국산 원료만 쓴 내국작업 생산품은 이 규정이 적용되지 않습니다.

내국작업으로 만든 물건은 언제 공장 밖으로 내보내나요?

작업이 끝나면 내국작업종료신고를 하고 만든 물품과 잉여물품을 지체 없이 보세공장 밖으로 반출해야 합니다. 반출신고는 종료신고로 갈음합니다. 보세화물과 구분해 둘 충분한 장소가 있으면 6개월 범위에서 공장 안에 계속 둘 수 있습니다.

일괄 허가를 받았다면 작업이 끝나기 전에도 만든 물품 일부를 먼저 내보낼 수 있습니다. 이때는 먼저 내보낸 물품의 품명과 수량을 기록해 두고, 작업이 끝나면 그 반출기록을 붙여 종료신고를 합니다. 내국작업으로 만든 물품은 내국물품이 되므로 수입신고 대상이 아닙니다.

내국작업용 원재료도 관세환급을 받을 수 있나요?

내국작업용 원재료는 세관장이 환급대상 물품반입확인서를 발급하지 않습니다. 보세공장에 반입한 원재료라도 내국작업 허가를 받아 쓴 것이면 수출용원재료 환급 근거 서류로 쓸 수 없다는 뜻입니다. 같은 원재료를 보세작업과 내국작업에 나눠 쓴다면 반입 단계부터 장부를 따로 둬야 나중에 환급 대상을 다투지 않습니다.

2026년 4월부터 무엇이 바뀌었나요?

2026. 4. 29. 개정 고시로 자율관리보세공장은 지정서에 특례로 적힌 경우 내국작업 허가 신청, 내국작업종료신고, 이에 따른 내국물품 반출입신고를 생략할 수 있게 됐습니다. 중소기업형 자율관리 보세공장은 작업내용과 작업원료를 미리 제출하면 특허기간 동안 내국작업을 일괄 허가받은 것으로 봅니다. 법이나 명령을 위반하면 1개월 이내 물품반입 정지 대상이 될 수 있으므로 특례 범위를 넘는 작업은 따로 허가를 받아야 합니다.

보세공장 내국작업 대응 순서

• 작업 범위 확인 - 원재료가 모두 내국물품인지 확인합니다. 외국물품이 섞이면 내국작업이 아니라 보세작업입니다.
• 허가 신청 - 작업 종류, 원재료 품명·수량·생산지, 작업기간을 적어 신청합니다. 10일 안에 회신이 없으면 허가로 봅니다.
• 구분 작업·장치 - 외국물품 작업과 라인이나 시간을 나누고, 내국작업 물품은 따로 둡니다. 재고조사 때 바로 확인됩니다.
• 중간 반출 기록 - 일괄 허가를 받았다면 먼저 내보내는 물품의 품명·수량을 기록합니다. 종료신고에 그 기록을 붙입니다.
• 종료신고·반출 - 작업이 끝나면 종료신고를 하고 지체 없이 반출합니다. 장소가 있으면 6개월 범위에서 더 둘 수 있습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 같은 설비에서 보세작업과 내국작업을 번갈아 하거나 잉여물품이 섞이면 장부와 원재료 소요량을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보세공장 운영인의 세관 처분·관세 추징에 대한 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 내국작업 허가 신청서에는 무엇을 적나요?
  작업의 종류, 원재료의 품명과 수량, 원재료의 생산지 또는 제조지, 작업기간을 적어 세관장에게 냅니다. 허가를 받은 뒤에는 외국물품을 쓰는 작업과 구별해서 작업해야 합니다. 같은 설비를 쓰더라도 시간이나 라인을 나눠 기록해 두는 것이 안전합니다.
• 원재료를 들여올 때마다 신고하나요?
  원칙은 반입 때마다 신고지만, 세관장은 공장 운영실태와 작업의 성질·기간을 고려해 작업 시작 전에 작업기간에 쓸 원재료의 품명과 수량을 한꺼번에 신고하게 할 수 있습니다. 고시는 허가받은 내국작업 원재료의 반입신고를 내국작업허가서로 갈음합니다.
• 세관이 허가 여부를 늦게 알려 주면요?
  세관장은 신청을 받은 날부터 10일 안에 허가 여부를 알려야 합니다. 그 기간 안에 허가 여부나 민원 처리 관련 법령에 따른 처리기간 연장을 알리지 않으면 기간이 끝난 날의 다음 날에 허가한 것으로 봅니다. 신청일을 기록해 두어야 합니다.
• 작업 중에 허가기간을 늘릴 수 있나요?
  허가기간 중 재해나 그 밖의 부득이한 사유로 허가 취소, 허가내용 변경, 기간 연장이 필요하면 내국작업 허가정정 신청을 할 수 있습니다. 납기 연장처럼 사정이 생기면 기간이 끝나기 전에 신청해야 허가 범위를 벗어나지 않습니다.
• 내국작업으로 만든 물건은 수입신고를 하나요?
  아니요, 허가받은 내국작업으로 제조·가공한 물품은 내국물품이 되므로 수입신고 대상이 아닙니다. 작업이 끝나면 종료신고를 하고 공장 밖으로 반출하며, 반출신고는 종료신고로 갈음합니다. 외국물품이 섞였다면 이 원칙이 적용되지 않습니다.
• 완성품 일부를 먼저 납품해도 되나요?
  내국작업 일괄 허가를 받았다면 작업이 끝나기 전에도 만든 물품 일부를 공장 밖으로 반출할 수 있습니다. 먼저 내보내는 물품의 품명과 수량을 기록·관리하고, 작업이 끝나면 그 반출기록을 붙여 종료신고를 해야 합니다.
• 공장 안에서는 어떻게 보관해야 하나요?
  운영인은 내국작업 물품을 보세가공용 원재료, 수입통관 후 쓸 외국물품, 제조된 물품, 잉여물품과 각각 구분해 장치해야 합니다. 전산 자동화 보관시설이 있고 세관장이 감시에 지장이 없다고 인정하면 예외가 될 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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