수입신고·환급

관세를 덜 낸 것을 6개월 지나 알았다면 수정신고하면 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 신고납부한 날부터 6개월인 보정기간이 지났다면 관세 수정신고로 부족세액을 스스로 바로잡을 수 있습니다. 수정신고한 다음 날까지 부족세액과 10% 가산세, 납부지연 가산세를 내야 하지만 일찍 할수록 10% 가산세를 줄여 줍니다. 지금은 신고납부일과 보정기간이 끝난 날부터 계산해 보세요.

세관이 먼저 연락할 때까지 기다릴 이유는 없습니다. 보정기간 6개월이 지난 뒤라도 스스로 수정신고하면 10% 가산세 일부를 줄여 주는 규정이 있어서, 빨리 신고할수록 부담이 작아집니다.

이런 상담이 많습니다

C사는 2025년 3월 유럽에서 산업용 펌프를 수입하면서 판매자에게 따로 보내는 로열티를 과세가격에 넣지 않고 신고납부했습니다. 2026년 1월 내부 회계감사에서 이 누락을 발견했고, 다시 계산해 보니 부족한 관세가 800만원이었습니다. 신고납부한 날부터 6개월이 이미 지나 보정신청은 할 수 없는 상황이었고, C사는 지금 수정신고를 하면 가산세가 얼마나 붙는지, 세관 조사를 기다리는 편이 나은지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 이 질문에 어떻게 안내하나요?

보정기간이 지났다면 수정신고로 부족세액을 스스로 바로잡고, 다음 날까지 가산세와 함께 납부하라는 것이 관세청 안내입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 보정기간을 신고납부한 날부터 6개월로 설명하고, 그 뒤부터 제척기간이 끝날 때까지 수입·납세신고정정 신청서를 통관시스템으로 보내 수정신고할 수 있다고 안내합니다. 가산세는 부족세액의 10%에 납부지연분을 더한 금액이라고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」도 같은 구조입니다. 다만 사례집은 감면 규정을 따로 소개하지 않는데, 현행법은 보정기간이 지난 날부터 1년 6개월 안에 수정신고하면 10% 가산세를 기간에 따라 줄여 줍니다.

수정신고하면 가산세는 얼마인가요?

수정신고 가산세는 부족세액의 10%에 납부지연 가산세를 더한 금액입니다. 납부지연 가산세는 부족세액에 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 일수와 1일 10만분의 22의 이자율을 곱해 계산합니다. 법정납부기한은 보통 납세신고 수리일부터 15일 이내입니다.

위 사례라면 10% 가산세가 80만원이고, 납부지연 가산세는 하루에 1,760원씩 쌓입니다. 이중송품장이나 거래 조작처럼 부정한 행위로 과소신고했다면 10% 대신 부족세액의 60%를 가산세로 냅니다.

일찍 수정신고하면 가산세를 얼마나 줄여 주나요?

보정기간이 지난 날부터 6개월 안에 수정신고하면 10% 가산세의 30%를, 6개월 초과 1년 이내면 20%를, 1년 초과 1년 6개월 이내면 10%를 감면합니다. 감면 대상은 10% 가산세 부분이고, 납부지연 가산세는 그대로 냅니다.

위 사례는 2025년 3월 신고납부라 보정기간이 2025년 9월에 끝났고, 2026년 1월 수정신고는 그 뒤 6개월 안입니다. 그래서 10% 가산세 80만원에서 30%인 24만원을 줄인 56만원이 됩니다. 다만 세관이 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우에는 감면을 받지 못합니다. 세관의 서면통지를 받은 뒤라면 감면 여부를 먼저 따져 봐야 합니다.

보정신청과 수정신고는 무엇이 다른가요?

신고납부한 날부터 6개월 안이면 보정신청을, 그 뒤면 수정신고를 합니다. 보정신청은 10% 가산세 없이 정기예금 이자율 수준(현행 연 1천분의 31)의 보정이자만 더해 내지만, 수정신고는 10% 가산세와 1일 10만분의 22의 납부지연 가산세가 붙습니다. 그래서 오류를 알았다면 6개월 안인지부터 확인합니다.

반대로 세액을 많이 냈다면 수정신고가 아니라 경정청구를 합니다. 최초 납세신고일부터 5년 안에 세관장에게 청구할 수 있습니다.

세관이 먼저 추징하면 무엇이 달라지나요?

세관장이 심사 결과 부족세액을 경정해 추징하면 감면 없는 10% 가산세가 붙고, 미리 서면통지를 받게 됩니다. 이 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구해 통지 내용이 적법한지 다툴 수 있습니다. 과세가격 산정이나 로열티 가산 여부처럼 해석이 갈리는 쟁점이라면 수정신고 전에 이 단계를 함께 검토합니다.

부족세액 수정신고 대응 순서

• 부족세액 계산 - 누락한 가산요소나 잘못 적용한 세율로 다시 계산합니다. 계산 근거가 된 계약서와 송금 내역을 함께 묶어 둡니다.
• 보정기간 확인 - 신고납부일부터 6개월이 지났는지 봅니다. 지나지 않았다면 보정신청으로 가산세 부담을 줄입니다.
• 감면 구간 확인 - 보정기간이 끝난 날부터 몇 개월째인지 셉니다. 6개월, 1년, 1년 6개월을 넘길 때마다 감면율이 내려갑니다.
• 수정신고와 납부 - 수입·납세신고정정 신청서를 제출하고 다음 날까지 세액과 가산세를 냅니다. 납부가 늦으면 납부지연 가산세가 계속 붙습니다.
• 추징 통지 대응 - 이미 세관 통지를 받았다면 30일 안에 과세전적부심사를 낼지 정합니다. 부정행위 60% 가산세가 거론되면 사실관계를 먼저 정리합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 부정행위 가산세가 문제되거나 같은 오류가 여러 해 수입신고에 걸쳐 있으면 거래 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세 추징에 대한 과세전적부심사·심판청구와 관세조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수정신고는 언제까지 할 수 있나요?
  보정기간이 지난 날부터 관세부과 제척기간이 끝나기 전까지 할 수 있습니다. 제척기간은 관세를 부과할 수 있는 날부터 원칙적으로 5년이고, 부정한 방법으로 관세를 포탈한 경우는 10년입니다. 제척기간이 지나면 세관도 부과할 수 없으므로 수정신고 대상도 아닙니다.
• 수정신고 후 세금은 언제까지 내나요?
  수정신고한 날의 다음 날까지 부족한 관세를 납부해야 합니다. 이때 부족세액의 10% 가산세와 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 납부지연 가산세도 함께 냅니다. 납부가 늦어질수록 납부지연 가산세가 하루 단위로 늘어납니다.
• 납부지연 가산세 이자율은 얼마인가요?
  현행 시행령은 1일 10만분의 22의 율을 정합니다. 부족세액에 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 일수를 곱하고 여기에 이 율을 곱해 계산합니다. 부족세액이 800만원이면 하루에 1,760원씩 붙는 셈입니다.
• 부정행위로 과소신고하면 가산세는요?
  부정한 행위로 과소신고했다면 10% 대신 부족세액의 60%를 가산세로 내고 납부지연 가산세도 더합니다. 시행령은 이중송품장·이중계약서 같은 허위문서 작성이나 수취, 세액심사 자료 파기, 거래의 조작·은폐 등을 부정한 행위로 정합니다. 단순 착오와 구별되는 사정이 문제됩니다.
• 수정신고 감면은 모든 경우에 받나요?
  아니요, 보정기간이 지난 날부터 1년 6개월 안에 한 수정신고만 감면 대상입니다. 그 안에서도 세관이 과세표준과 세액을 경정할 것을 미리 알고 수정신고한 경우로서 재정경제부령이 정하는 경우는 감면에서 빠집니다. 감면되는 것은 10% 가산세 부분뿐입니다.
• 세액을 많이 냈다면 어떻게 하나요?
  더 낸 세액은 수정신고가 아니라 경정청구로 돌려받습니다. 최초로 납세신고를 한 날부터 5년 안에 세관장에게 청구할 수 있고, 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 2개월 안에 통지가 없으면 그 다음 날부터 불복할 수 있습니다.
• 세관 추징 통지에는 어떻게 대응하나요?
  세관장이 부족세액을 징수하려고 미리 서면통지를 하면, 통지를 받은 날부터 30일 안에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 통지 내용 전부나 일부를 인정한다면 과세전적부심사 대신 조기경정을 신청할 수도 있습니다. 쟁점이 해석 문제라면 이 단계에서 다투는 편이 낫습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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