원산지·FTA

EU 수출자가 수입 뒤에 인증수출자가 됐다면 FTA 관세를 돌려받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, EU 수출자가 수입 뒤에 인증수출자가 되어 그 뒤 소급 작성한 원산지신고서라도 작성 당시 인증수출자였다면 한-EU FTA 사후적용을 신청할 수 있습니다. 협정 원산지의정서는 수출 뒤 작성을 허용하고, 우리 법은 수입신고 수리일부터 1년 안에 신청하게 합니다. 지금은 통관 때 협정세율을 신청했는지와 신고서 작성일을 먼저 확인해야 합니다.

수출 당시 EU 수출자가 인증수출자가 아니었다는 이유만으로 FTA 혜택을 포기할 필요는 없습니다. 원산지신고서를 쓴 날 수출자가 인증수출자였는지, 그리고 통관 때 협정관세를 신청했었는지 이 두 가지를 먼저 확인하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2026년 3월 독일 업체에서 공작기계 부품 2만유로어치를 들여왔습니다. 수출자가 한-EU FTA 인증수출자가 아니어서 원산지신고서를 받지 못했고, A사는 일반세율로 관세 1,800만원을 내고 통관했습니다. 6월에 수출자가 독일 세관에서 인증수출자 자격을 받았고, 3월 선적분 송품장에 인증번호를 적은 원산지신고서를 새로 작성해 보내왔습니다. A사는 이 신고서로 지금이라도 협정세율을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 수출 뒤에 인증수출자가 된 경우를 어떻게 안내하나요?

네, 수출자가 원산지신고서를 작성할 때 인증수출자였다면 수출 뒤에 작성한 원산지신고서도 유효하고, 이 신고서로 사후적용을 신청할 수 있다는 것이 관세청 안내입니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 한-EU FTA 협정문에는 인증수출자 지위를 언제 갖춰야 하는지 정한 규정이 없지만, 한국과 EU가 협정 발효 직후 소급 작성을 인정하기로 합의했다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」과 협정 원산지의정서를 보면 근거는 두 가지입니다. 의정서는 원산지신고서를 수출할 때 작성할 수도 있고, 수입 후 2년 또는 수입국 법령이 정한 기간 안에 제시한다는 조건으로 수출 뒤에 작성할 수도 있게 합니다. 조세심판원도 2011년 7월 한국과 EU 집행위원회가 주고받은 서한은 수출 뒤 인증수출자 지위를 얻은 수출자가 작성한 원산지신고서로 사후적용을 신청할 수 있다는 뜻이라고 보았습니다.

왜 인증수출자 자격이 필요한가요?

한-EU FTA에서 원산지신고서를 쓸 수 있는 수출자는 두 부류뿐입니다. 하나는 EU 회원국 세관이 인증한 원산지인증수출자이고, 다른 하나는 단일 운송서류로 한 수출자가 한 수하인에게 보낸 물품의 총가격이 6,000유로를 넘지 않는 경우의 수출자입니다. 위 사례처럼 2만유로어치를 한 번에 보냈다면 인증수출자가 작성한 신고서가 있어야 합니다.

그래서 소급 작성한 신고서를 받으면 송품장에 적힌 인증번호와 함께 인증서 사본을 받아 인증일자와 대상국에 한국이 들어 있는지 확인합니다. 신고서를 쓴 날이 인증일보다 앞서면 유효한 원산지신고서로 인정받기 어렵습니다.

통관 때 이미 협정세율을 신청했다면 어떻게 되나요?

이때는 사후적용 대상이 아닙니다. 사후적용은 수입신고 수리 전까지 협정관세를 신청하지 못한 수입자만 할 수 있습니다. 인증수출자가 아닌 수출자의 신고서로 협정세율을 받았다가 원산지 조사에서 배제되면, 그 뒤 수출자가 자격을 얻어 신고서를 다시 써 줘도 재신청이 인정되지 않습니다.

조세심판원은 수출자가 수입 뒤에야 인증수출자 자격을 다시 받은 사안에서, EU와의 합의는 처음부터 사후적용을 신청하는 경우에 쓰이는 것이라며 협정관세 배제와 가산세 부과를 유지했습니다. 인증번호의 유효성을 확인하지 않고 협정세율을 신청한 수입자에게 가산세를 면제할 정당한 사유도 인정하지 않았습니다. 수출자 자격이 불확실하면 통관 때는 일반세율로 신고하고, 자격을 갖춘 뒤 사후적용을 신청하는 편이 안전합니다.

사후적용은 어떻게 신청하고 언제 결과가 나오나요?

협정관세 적용신청서에 원산지신고서 등 원산지증빙서류와 경정청구서를 붙여 세관장에게 냅니다. 원산지증명서는 수입신고일 또는 사후적용 신청일을 기준으로 유효기간 안에 있어야 하는데, 한-EU FTA는 따로 정한 예외가 없어 서명일부터 1년입니다. 세관장은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 협정관세 적용과 세액 경정 여부를 알려야 합니다.

경정이 타당하면 이미 낸 관세와 협정세율로 계산한 관세의 차액을 돌려받습니다. 거부 통지를 받으면 통지받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.

소급 원산지신고서 사후적용 대응 순서

• 신청 이력 확인 - 수입신고 때 협정관세를 신청했는지 봅니다. 신청했다면 사후적용이 아닌 불복 절차를 검토합니다.
• 인증 자료 확보 - 수출자에게 인증서 사본을 받아 인증일자와 대상국을 확인합니다. 신고서 작성일이 인증일 뒤인지 대조합니다.
• 신고서 점검 - 송품장에 원산지신고 문안, 인증번호, 작성일, 서명이 있는지 확인합니다.
• 기한 계산 - 수입신고 수리일부터 1년이 되는 날을 달력에 적어 둡니다. 신고서 서명일부터 1년인 유효기간도 함께 봅니다.
• 신청과 불복 - 적용신청서와 경정청구서를 내고, 2개월 안에 통지가 없거나 거부되면 심판청구를 검토합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 인증 자격이 중간에 끊겼다가 다시 생겼거나 통관 때 협정세율을 신청했던 물량이 섞여 있다면 신고서별 작성일과 신고 이력을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 협정관세 배제·경정 거부에 대한 과세전적부심사와 심판청구, 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 수출자가 쓴 소급 신고서에 따로 표시가 있어야 하나요?
  의정서는 수출 뒤에 작성할 수 있다고만 정하고, 관세청 안내도 작성 당시 인증수출자이면 소급 작성한 신고서가 유효하다고 봅니다. 다만 세관 심사에서는 작성일과 인증일을 대조하므로, 신고서에 작성일과 인증번호가 분명히 적혀 있어야 하고 인증서 사본도 함께 받아 두는 것이 좋습니다.
• 6,000유로 이하 물품도 인증수출자가 필요하나요?
  아니요, 단일 운송서류로 한 수출자가 한 수하인에게 보낸 물품의 총가격이 6,000유로를 넘지 않으면 인증수출자가 아닌 수출자도 원산지신고서를 쓸 수 있습니다. 넘는 경우에만 인증수출자가 작성한 신고서가 필요하므로 송품장 총액부터 확인합니다.
• 수리일부터 1년이 지나면 의정서의 2년을 쓸 수 있나요?
  어렵습니다. 의정서는 수입 후 2년 또는 수입국 법령이 정한 기간 안에 제시하라고 정하고, 우리 법은 사후적용 신청을 수입신고 수리일부터 1년 안에 하도록 정했습니다. 국내 신청은 이 1년 기한을 기준으로 준비해야 합니다.
• 세관이 2개월 넘게 답이 없으면 어떻게 하나요?
  경정청구를 받은 세관장은 2개월 안에 결과를 알려야 합니다. 2개월 안에 통지를 받지 못하면 그 2개월이 되는 날의 다음 날부터 심사청구나 심판청구를 할 수 있으므로, 경정청구서 접수일을 기록해 두어야 합니다.
• 품목분류가 바뀌어 관세를 더 냈다면요?
  세관장이 다른 품목분류를 적용해 관세를 징수하면, 협정관세를 신청하지 않았던 수입자는 납부고지를 받은 날부터 45일 안에 사후적용을 따로 신청할 수 있습니다. 이 경우에도 인증수출자가 작성한 원산지신고서가 있어야 합니다.
• 원산지신고서 원본을 내야 하나요?
  원칙적으로 사본을 낼 수 있습니다. 협정에서 원본 제출을 정하거나, 세관장이 위조·변조를 의심할 사유가 있거나, 협정관세 적용제한자에게서 수입한 경우에만 원본이 필요합니다. 사본은 전자이미지로도 낼 수 있습니다.
• 사후적용이 거부되면 언제까지 다투나요?
  경정을 거부하는 통지를 받았다면 통지받은 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 해야 합니다. 쟁점은 대개 신고서 작성일이 인증일 뒤인지, 통관 때 협정세율을 신청한 이력이 있는지입니다. 같은 처분에 두 청구를 겹쳐 낼 수는 없습니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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