원산지·FTA

수입신고 때 FTA 협정관세를 받으려면 무엇을 언제 내야 하나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

수입신고 수리 전까지 협정관세 적용신청서와 협정세율을 적은 수입신고서를 세관장에게 내야 하고, 원산지증명서는 갖추고 있다가 세관이 요구할 때 제출하면 됩니다. 수리 전까지 신청하지 못했다면 수입신고 수리일부터 1년 안에 사후적용을 신청할 수 있습니다. 지금은 수출자에게서 적용 협정의 원산지증빙서류를 받을 수 있는지부터 확인해야 합니다.

원산지증명서 원본을 수입신고 때 매번 세관에 내야 한다고 생각할 필요는 없습니다. 증빙서류는 갖추고 있다가 세관이 요구할 때 내면 되고, 대부분은 사본으로 낼 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

C씨는 2026년 7월 처음으로 독일 제조사에서 업소용 커피머신 5대를 들여오면서 한-EU FTA 세율을 적용받고 싶었습니다. 제조사는 송품장에 원산지 신고 문구를 넣어 주겠다고 했지만, C씨는 수입신고 때 무엇을 언제 내야 하는지, 서류가 늦게 오면 협정세율을 포기해야 하는지 몰라 문의했습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 협정관세 적용신청 절차를 어떻게 안내하나요?

협정관세는 수입신고 수리 전에 신청하는 방법과 수리 후 1년 안에 사후적용을 신청하는 방법 두 가지로 받을 수 있습니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 먼저 체약상대국 수출자에게서 원산지증명서를 받아 두고, 수리 전까지 협정관세 적용신청서를 세관장에게 내라고 안내합니다. 수리 전까지 증빙서류를 갖추지 못했다면 수리일부터 1년 안에 적용신청서와 수입·납세신고정정신청서, 원산지증명서 사본을 붙여 신청할 수 있다고 설명합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」과 관세청 고시도 같은 구조입니다. 수리 전 신청 때는 협정관세 적용신청서와 협정관세율·관세율 구분부호를 적은 수입신고서를 냅니다. 적용신청서에는 수출자·생산자, 품목번호, 적용한 원산지결정기준, 원산지증명서 발급일과 발급기관, 적출국과 환적국을 적어야 합니다.

원산지증명서는 수입신고 때 꼭 내야 하나요?

아니요, 수입자는 협정관세를 신청할 때 원산지증빙서류를 갖추고 있으면 되고, 세관장이 요구할 때 제출합니다. 다만 관세청장이 지정한 사전 협정관세 심사 물품은 수입신고 때 원산지증명서, 송품장, 국제운송 서류 등을 함께 내야 합니다. 세관은 대부분의 물품을 수입신고를 수리한 뒤 심사합니다.

원산지증명서를 낼 때는 사본을 낼 수 있습니다. 협정이 원본 제출을 요구하거나, 세관장이 위조·변조를 의심할 만한 사유가 있거나, 협정관세 적용제한자로부터 수입하는 경우에만 원본이 필요합니다. 신청서를 낸 뒤 수입자·수출자·생산자의 기재사항이 바뀐 것을 알았다면 즉시 세관장에게 통보해야 합니다.

소액 물품도 같은 절차를 거쳐야 하나요?

과세가격이 미화 1천달러 이하로서 협정에서 정한 범위 안의 물품은 세관장이 원산지증빙서류 제출을 요구할 수 없고, 신청도 간이하게 할 수 있습니다. 수입신고서의 원산지증명서 유무란에 표시하고 원산국 부호와 FTA 관세율 구분부호를 적는 방식입니다. 협정에서 금액을 달리 정하면 그 금액을 따릅니다.

다만 같은 B/L로 들어온 물품을 나눠 신고하거나, 같은 날 같은 해외공급자에게서 두 건 이상을 반입해 신고하는 식으로 1천달러를 넘지 않게 맞추면 이 특례에서 빠집니다. 관세 탈루 우려가 있으면 세관은 소액 물품에도 증빙서류를 요구할 수 있습니다.

신고 때 신청을 못 했다면 언제까지 할 수 있나요?

수입신고 수리일부터 1년 안이라면 협정관세 적용신청서에 원산지증빙서류와 경정청구서를 붙여 사후적용을 신청할 수 있습니다. 세관은 경정청구를 받은 날부터 2개월 안에 협정관세 적용과 세액 경정 여부를 알려야 하고, 타당하면 이미 낸 세액과의 차액을 환급합니다.

이때 원산지증명서는 수입신고일 또는 협정관세 적용신청일을 기준으로 유효기간 안의 것이어야 합니다. 서류가 늦게 온다고 협정세율을 포기할 일은 아니지만, 1년이 지나면 사후적용을 신청할 수 없으므로 수출자에게 증명서 발급 일정을 미리 확인해 두어야 합니다.

FTA 협정관세 신청 대응 순서

• 원산지증빙 확보 - 수출자에게 적용 협정의 원산지증명서나 원산지 신고 문구를 받습니다. 협정마다 기관발급인지 자율발급인지가 다릅니다.
• 적용신청서 작성 - 품목번호, 원산지결정기준, 증명서 발급일, 적출국·환적국을 적은 협정관세 적용신청서를 준비합니다. 수입신고서에는 협정관세율과 관세율 구분부호를 적습니다.
• 수리 전 신청 - 수입신고 수리 전까지 적용신청서를 냅니다. 사전 협정관세 심사 물품이면 원산지증명서와 송품장, 운송 서류를 함께 냅니다.
• 제출 요구 대응 - 세관이 원산지증빙서류를 요구하면 정해진 보완기간 안에 냅니다. 내지 않으면 협정관세를 적용받지 못할 수 있습니다.
• 사후적용 신청 - 신고 때 서류를 갖추지 못했다면 수입신고 수리일부터 1년 안에 적용신청서와 경정청구서를 냅니다. 기간이 지나면 신청할 수 없습니다.

여기까지는 일반 기준이고, 사전 협정관세 심사 물품이거나 제3국을 경유한 물품이라면 고시와 운송 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 협정관세 적용 배제·추징에 대한 과세전적부심사·심판청구와 FTA 원산지조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 협정관세 적용신청은 언제까지 해야 하나요?
  수입신고 수리 전까지 세관장에게 신청해야 합니다. 이 시점을 놓쳤다면 수입신고 수리일부터 1년 안에 사후적용을 신청할 수 있습니다. 품목분류 변경으로 수정신고를 하거나 납부고지를 받은 경우에는 그날부터 45일 안에 사후적용을 신청하는 특례가 따로 있습니다.
• 적용신청서에는 무엇을 적나요?
  수입자·수출자·생산자의 상호와 주소, 품명·규격·품목번호, 협정관세율과 원산지, 적용한 원산지결정기준을 적습니다. 원산지증빙서류를 갖추었는지, 원산지증명서 발급일과 발급기관, 적출국·적출항과 환적국·환적항도 적어야 합니다. 생산자를 모르면 생산자 항목은 빼도 됩니다.
• 원산지증명서 원본을 내야 하나요?
  원칙적으로 사본을 낼 수 있습니다. 협정이 원본 제출을 정하고 있거나, 세관장이 위조·변조를 의심할 만한 사유가 있다고 보거나, 협정관세 적용제한자로부터 수입하는 물품이면 원본이 필요합니다. 사본은 전자이미지나 사본 제출 스탬프를 찍은 형태로 냅니다.
• 세관이 서류를 요구했는데 못 내면 어떻게 되나요?
  세관장은 요구받은 원산지증빙서류를 내지 않거나 낸 서류만으로 원산지를 인정하기 곤란하면 협정관세를 적용하지 않을 수 있습니다. 보완요구를 받으면 보완기간 안에 수입신고서에 증빙서류를 붙여 내야 합니다. 기간 안에 내지 못할 사정이 있으면 미리 소명합니다.
• 1천달러 이하 물품도 신청서를 내야 하나요?
  과세가격 미화 1천달러 이하로서 협정에서 정한 범위의 소액물품은 수입신고서에 원산지증명서 유무 표시, 원산국 부호, FTA 관세율 구분부호를 적는 방식으로 간이하게 신청할 수 있습니다. 같은 B/L 물품을 나눠 신고해 기준을 맞추면 이 특례가 적용되지 않습니다.
• 세관은 언제 협정관세 적용을 심사하나요?
  세관장은 협정관세 적용신청을 받으면 원칙적으로 수입신고를 수리한 뒤 심사합니다. 다만 관세청장이 지정한 사전 협정관세 심사 물품 등은 수리 전에 심사하므로 원산지증명서와 송품장, 국제운송 서류 등을 수입신고 때 함께 내야 합니다. 수리 뒤 심사에서 문제가 되면 차액이 추징됩니다.
• 사후적용을 신청하면 환급은 언제 받나요?
  사후적용 신청과 함께 낸 경정청구를 받은 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 안에 협정관세 적용과 세액 경정 여부를 알려야 합니다. 심사 결과 타당하면 이미 낸 세액과 협정세율로 계산한 세액의 차액을 환급합니다. 서류가 빠지면 신청이 각하될 수 있습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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