원산지·FTA

FTA 원산지증명서 유효기간이 신고 전에 지났으면 협정세율을 못 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

아니요, 유효기간이 지나기 전에 물품이 수입항에 도착했다면 도착 다음 날부터 협정관세를 신청한 날까지는 원산지증명서 유효기간 계산에서 빠집니다. 유효기간은 협정에서 따로 정하지 않으면 발급일 또는 서명일부터 1년이고, 한-미 FTA는 4년처럼 협정마다 다릅니다. 지금은 증명서 발급일과 수입항 도착일부터 확인해야 합니다.

물품이 항구에 도착한 뒤 서류 정리로 신고가 늦어졌다고 바로 포기할 필요는 없습니다. 유효기간 안에 수입항에 도착했다면 도착 다음 날부터 협정관세를 신청한 날까지는 유효기간 계산에서 빠집니다.

이런 상담이 많습니다

B사는 2025년 8월 중국 수출자가 발급받은 한-중 FTA 원산지증명서와 함께 기계부품을 주문했습니다. 수출자 사정으로 선적이 늦어져 물품은 2026년 8월 중순, 발급일부터 1년이 되기 직전에 인천항에 도착했습니다. 이후 검사와 서류 보완으로 수입신고는 발급일부터 1년이 지난 2026년 9월 초에 했습니다. B사는 신고일에 이미 1년이 지났으니 협정세율을 받을 수 없는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 원산지증명서 유효기간을 어떻게 안내하나요?

협정관세를 신청할 때 내는 원산지증명서는 유효기간 안의 것이어야 하고, 유효기간은 협정별로 시행령이 정한 기간을 따릅니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 이 원칙과 함께 유효기간 계산에서 빼는 두 가지 기간을 안내합니다. 하나는 유효기간이 지나기 전에 물품이 수입항에 도착한 경우의 도착 이후 기간이고, 다른 하나는 천재지변 같은 불가항력으로 운송이 늦어진 기간입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행령은 유효기간 판단의 기준일을 수입신고일로 적고 있습니다. 위 사례처럼 유효기간 안에 수입항에 도착했다면 도착 다음 날부터 협정관세 적용을 신청한 날까지의 기간을 빼고 계산하므로, B사의 증명서는 유효기간 안의 것으로 볼 수 있습니다.

협정마다 원산지증명서 유효기간은 얼마인가요?

유효기간은 협정에서 달리 정하지 않으면 발급일 또는 서명일부터 1년이고, 일부 협정은 2년이나 4년으로 길게 정합니다. 기산일도 협정마다 달라 발급일, 서명일, 발급일 다음 날 가운데 어느 것인지 확인해야 합니다. 한-페루 FTA는 서명일부터 1년이지만 물품이 비당사국 관세당국 관할 아래 일시 보관된 경우 2년으로 늘어납니다. 한-이스라엘 FTA는 발급일 또는 서명일부터 12개월로 적혀 있습니다.

아세안·베트남·인도네시아·필리핀·아랍에미리트와의 협정에서는 잘못 발급된 증명서를 대체해 재발급받은 경우에도 당초 발급일을 기준으로 유효기간을 셉니다. 재발급을 받았다고 기간이 새로 시작되지 않는다는 뜻입니다.

유효기간 계산에서 빠지는 기간은 무엇인가요?

유효기간을 셀 때 빠지는 기간은 두 가지입니다. 첫째, 유효기간이 지나기 전에 물품이 수입항에 도착했다면 도착한 날의 다음 날부터 그 물품에 협정관세 적용을 신청한 날까지입니다. 둘째, 천재지변 등 불가항력으로 운송이 지연되었거나 그에 준하는 사유가 생겼다면 그 사유가 발생한 날의 다음 날부터 사유가 소멸된 날까지입니다.

첫째 사유는 수입항 도착일이 핵심 증거입니다. 적하목록이나 입항 기록으로 도착일을 확인할 수 있어야 합니다. 둘째 사유는 태풍으로 인한 항만 폐쇄처럼 객관적으로 확인되는 사정이어야 하고, 수출자의 생산 지연이나 단순한 선복 부족만으로 인정받기는 어렵습니다.

통관 뒤 사후적용을 신청할 때는 어느 날을 기준으로 보나요?

통관 뒤 협정관세 사후적용을 신청할 때는 원산지증명서가 수입신고일 또는 협정관세 적용신청일을 기준으로 유효기간 안에 있으면 됩니다. 수입신고 때 증명서를 갖추지 못해 일반 세율로 냈더라도, 수입신고 수리일부터 1년 안에 유효한 증명서를 받아 사후적용을 신청할 수 있습니다. 도착 이후 기간과 불가항력 기간을 빼는 계산 방법도 같이 적용됩니다.

유효기간이 지난 증명서로 협정세율을 받았다면 어떻게 되나요?

수입자가 낸 원산지증빙서류만으로 원산지를 인정하기 어려우면 세관은 협정관세를 적용하지 않을 수 있고, 이미 감면받은 세액과의 차액을 징수합니다. 유효기간이 지난 증명서는 대표적인 사례입니다. 세관이 부족세액을 징수하려고 미리 서면으로 알리면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구해 도착일과 제외기간 계산을 다시 따져 볼 수 있습니다.

원산지증명서 유효기간 대응 순서

• 협정 확인 - 어느 FTA로 협정관세를 신청할지 먼저 정합니다. 협정에 따라 유효기간이 1년, 2년, 4년으로 달라집니다.
• 기산일 확인 - 증명서의 발급일과 서명일을 확인합니다. 베트남과의 협정처럼 발급일 다음 날부터 세는 경우도 있습니다.
• 도착일 기록 확보 - 적하목록, 입항 기록, 선하증권으로 수입항 도착일을 확보합니다. 유효기간 안에 도착했다면 이후 기간은 계산에서 빠집니다.
• 불가항력 자료 정리 - 항만 폐쇄나 운항 중단 같은 사정이 있었다면 발생일과 소멸일을 보여 주는 자료를 모읍니다. 이 기간도 유효기간 계산에서 빠집니다.
• 사후적용 검토 - 신고 때 증명서를 갖추지 못했다면 수입신고 수리일부터 1년 안에 사후적용을 신청합니다. 이때는 신고일이나 신청일 가운데 하나를 기준으로 유효기간을 봅니다.

여기까지는 일반 기준이고, 재발급·소급발급 증명서이거나 비당사국에서 일시 보관된 물품이라면 협정 원산지 규정과 운송 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 협정관세 적용 배제에 따른 과세전적부심사·심판청구와 FTA 원산지조사 대응을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 원산지증명서 유효기간은 보통 얼마인가요?
  협정에서 달리 정하지 않으면 발급일 또는 서명일부터 1년입니다. 한-미 FTA는 서명일부터 4년, 한-칠레·한-캐나다·한-뉴질랜드 FTA는 서명일부터 2년, 한-호주 FTA는 발급일 또는 서명일부터 2년입니다. 적용하려는 협정의 기간과 기산일을 먼저 확인합니다.
• 유효기간은 어느 날을 기준으로 판단하나요?
  수입신고 때 협정관세를 신청하는 경우 수입신고일을 기준으로 유효기간 안의 증명서여야 합니다. 통관 뒤 사후적용을 신청하는 경우에는 수입신고일 또는 협정관세 적용신청일을 기준으로 봅니다. 두 경우 모두 도착 이후 기간과 불가항력 기간은 계산에서 뺍니다.
• 물품이 늦게 도착하면 유효기간이 연장되나요?
  도착이 늦어진 것만으로는 연장되지 않습니다. 유효기간이 지나기 전에 수입항에 도착해야 도착 다음 날부터 신청일까지가 빠집니다. 천재지변 등 불가항력으로 운송이 지연된 경우라면 그 사유가 발생한 다음 날부터 소멸된 날까지를 따로 뺄 수 있습니다.
• 재발급받은 증명서는 유효기간이 새로 시작되나요?
  아세안·베트남·인도네시아·필리핀·아랍에미리트와의 협정에서 잘못 발급된 증명서를 대체해 재발급받으면 당초 증명서의 발급일을 기준으로 유효기간을 셉니다. 베트남과의 협정은 당초 발급일 다음 날부터 1년입니다. 재발급일부터 새로 세지 않습니다.
• 유효기간이 지난 증명서밖에 없으면 어떻게 하나요?
  일반 세율로 신고한 뒤 수출자에게 유효기간 안의 증명서를 다시 받을 수 있는지 확인합니다. 받으면 수입신고 수리일부터 1년 안에 사후적용을 신청할 수 있습니다. 협정에 따라 소급발급 가능 기간이 정해져 있으므로 수출자 쪽 발급 절차도 함께 확인합니다.
• 한-페루 FTA는 왜 2년이 되는 경우가 있나요?
  한-페루 FTA 원산지증명서는 서명일부터 1년이 원칙입니다. 다만 증명서에 적힌 물품이 비당사국 관세당국의 관할 아래 일시적으로 보관된 경우에는 유효기간이 2년으로 늘어납니다. 제3국 보세구역 보관 사실을 보여 주는 서류를 갖춰 두어야 합니다.
• 세관이 차액을 추징하면 언제까지 다투나요?
  세관이 부족세액 징수를 미리 서면으로 알리면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤에는 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 제기합니다. 도착일 등 날짜 계산 자료를 먼저 정리합니다.

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허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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