원산지·FTA

원산지증명서 수량보다 더 많이 수입하면 FTA 세율은 어디까지 받나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

원산지증명서에 적힌 수량·중량까지만 FTA 협정세율을 적용받고, 그보다 많이 들어온 물량에는 일반 세율이 적용됩니다. 원산지증명서에는 수량이 기재사항으로 들어가고, 수입자는 협정관세를 신청할 때 그 물량을 덮는 원산지증빙서류를 갖추어야 합니다. 지금은 증명서 수량과 송품장·선하증권의 실제 수량부터 대조해 보아야 합니다.

수량이 다르다고 원산지증명서 전체가 무효가 되는 것은 아닙니다. 증명서에 적힌 수량까지는 협정관세를 받고, 넘는 물량만 일반 세율로 신고하면 됩니다.

이런 상담이 많습니다

A사는 2026년 3월 베트남 거래처에서 폴리에스터 원단 1만 미터를 들여오면서 한-베트남 FTA 원산지증명서를 받았습니다. 그런데 거래처가 추가 주문분 1천 미터를 같은 배에 실으면서 증명서에는 9천 미터만 적혀 있었습니다. A사는 증명서 한 장으로 1만 미터 전부에 협정세율을 받을 수 있는지, 아니면 증명서를 처음부터 다시 받아야 하는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 수량이 다른 원산지증명서를 어떻게 안내하나요?

원산지증명서는 거기에 적힌 수량·중량만큼만 원산지를 보증하므로, 그 범위까지만 협정관세를 적용하고 초과 물량에는 일반 세율을 적용합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 이 기준을 그대로 안내합니다. 초과분도 협정세율을 받으려면 초과 물량을 따로 증명하는 원산지증명서를 내거나, 수입신고 수량과 맞는 증명서를 다시 내야 한다고 설명합니다. 같은 기준은 수입신고 수리 뒤에 협정관세를 신청할 때에도 적용된다고 덧붙입니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률」 시행령은 원산지증명서에 수출자·품명·수량·원산지를 적도록 정합니다. 수량이 증명서의 기재사항이라는 뜻입니다. 수입자는 협정관세를 신청할 때 원산지증빙서류를 갖추고 있어야 하므로, 증명서가 덮지 못하는 물량은 증빙이 없는 물량이 됩니다.

실제 수입량이 증명서보다 적으면 남은 수량은 다음에 쓸 수 있나요?

아니요, 관세청은 원산지증명서가 한 번의 선적분을 기준으로 작성되므로 실제 수입량이 적어 남은 수량을 다른 수입 건에 다시 쓸 수 없다고 안내합니다. 이번에 실제로 들어온 물량에는 협정관세를 적용받을 수 있지만, 덜 들어온 수량을 다음 선적분에 끌어다 쓰는 것은 인정되지 않습니다.

우리 쪽 발급 실무도 같은 구조입니다. 관세청 고시는 원산지증명서를 원칙적으로 수출신고를 기준으로 작성·발급하고, 수출물품을 나눠 싣는 경우에는 선하증권(B/L)이나 항공운송장별로 발급할 수 있게 합니다. 다음 선적분은 그 선적분에 맞는 증명서를 새로 받아야 합니다.

한 번 선적한 물품을 나눠 신고하면 어떻게 되나요?

같은 선적분을 B/L 단위로 나눠 수입신고하는 경우에는 원산지증명서 하나를 나눠 쓰면서 분할 신고분마다 협정관세를 적용받을 수 있다고 관세청은 안내합니다. 이때는 원산지증명서에 신고할 때마다 사용한 수량이나 중량을 표시해 남은 수량을 관리해야 합니다. 반대로 서로 다른 선적분을 증명서 한 장으로 나눠 수입하는 것은 원칙적으로 허용되지 않습니다.

과세가격이 미화 1천달러 이하인 물품은 원산지증빙서류 제출 요구를 받지 않을 수 있지만, 한 B/L로 들어온 물품을 나눠 신고해 이 기준을 맞추는 방식은 부정한 분할로 보아 제외합니다. 분할 신고는 잔량 관리 목적에 그쳐야 합니다.

초과분에 FTA 세율을 받으려면 무엇을 준비하나요?

초과 물량에 협정세율을 받으려면 그 물량을 덮는 원산지증명서를 수출자에게 따로 받거나, 수입신고 수량과 일치하는 증명서로 다시 받아 제출해야 합니다. 통관 때 받지 못했다면 일반 세율로 먼저 신고하고, 증명서를 갖춘 뒤 수입신고 수리일부터 1년 안에 협정관세 적용신청서와 원산지증명서, 경정청구서를 내 차액을 돌려받는 방법이 있습니다.

증명서의 수량이 단순히 잘못 적힌 것이라면 정정한 증명서를 요청하는 편이 빠릅니다. 원산지증빙서류의 오·탈자처럼 원산지 판단에 영향이 없는 경미한 오류는 세관이 서류 효력 전체를 부인하지 않지만, 수량 차이는 협정관세를 받을 수 있는 범위 자체를 바꾸므로 경미한 오류로 넘어가기 어렵습니다.

통관 후 세관이 차액을 추징하면 어떻게 다투나요?

수량을 넘겨 협정관세를 적용받은 사실이 통관 뒤 심사나 원산지조사에서 드러나면, 세관은 협정관세 적용을 배제하고 일반 세율과의 차액을 부과·징수할 수 있습니다. 세관이 부족세액을 징수하려고 미리 서면으로 알리면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤에는 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구로 다툴 수 있습니다.

다툴 지점은 대개 실제 선적 수량, 증명서 수량, 분할 신고 내역이 서로 맞는지입니다. 선하증권, 포장명세서, 원산지증명서 사본에 표시한 잔량 기록이 그대로 증거가 됩니다.

원산지증명서 수량 불일치 대응 순서

• 수량 대조 - 원산지증명서, 송품장, 포장명세서, 선하증권의 수량·중량을 한 줄씩 맞춰 봅니다. 단위가 미터·킬로그램처럼 다르면 환산 근거도 남깁니다.
• 초과분 분리 신고 - 증명서 수량까지만 협정세율로 신고하고 넘는 물량은 일반 세율로 신고합니다. 초과분까지 협정세율로 신고하면 뒤에 차액 추징 대상이 됩니다.
• 추가 증명서 요청 - 초과 물량을 덮는 증명서나 수입 수량과 일치하는 증명서를 수출자에게 요청합니다. 기재 착오라면 정정 증명서를 받습니다.
• 사후적용 신청 - 통관 뒤 증명서를 받았다면 수입신고 수리일부터 1년 안에 협정관세 적용신청과 경정청구를 냅니다. 이 기간을 넘기면 사후적용을 신청할 수 없습니다.
• 잔량 기록 보관 - B/L을 나눠 신고했다면 증명서 사본에 신고 건별 사용 수량을 표시하고 보관합니다. 원산지조사에서 잔량 관리 기록이 협정관세 유지의 근거가 됩니다.

여기까지는 일반 기준이고, 협정마다 원산지증명서 기재사항과 분할 사용 방식이 다를 수 있으므로 적용 협정의 원산지 규정과 실제 서류를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 FTA 원산지조사 대응과 협정관세 배제에 따른 과세전적부심사·심판청구·행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 증명서 수량이 실제보다 적으면 전량 일반 세율인가요?
  아니요, 증명서에 적힌 수량까지는 협정세율을 적용받고 넘는 물량에만 일반 세율이 적용됩니다. 관세청 안내도 증명서를 기준으로 협정관세를 받을 수 있는 수량·중량을 판단합니다. 신고할 때 협정세율 적용분과 일반 세율 적용분을 나눠 적어야 합니다.
• 초과분 증명서를 나중에 받으면 환급되나요?
  초과분을 일반 세율로 신고했더라도 수입신고 수리일부터 1년 안에 협정관세 적용을 신청할 수 있습니다. 협정관세 적용신청서에 원산지증명서와 경정청구서를 붙여 내고, 세관이 타당하다고 보면 차액을 환급합니다. 1년이 지나면 이 방법은 쓸 수 없습니다.
• 남은 증명서 수량을 다음 선적에 써도 되나요?
  관세청은 원산지증명서가 1회 선적분을 기준으로 작성되므로 덜 들어온 수량을 다른 선적분에 다시 쓸 수 없다고 안내합니다. 다음 선적분은 그 선적에 맞는 원산지증명서를 새로 받아야 합니다. 반복 거래라면 협정에서 허용하는 포괄증명 방식이 있는지 따로 확인합니다.
• B/L을 나눠 신고하면 증명서를 어떻게 쓰나요?
  같은 선적분을 B/L 단위로 나눠 신고하면 증명서 한 장을 분할해 각 신고분에 협정관세를 적용받을 수 있다고 관세청은 안내합니다. 이때는 증명서에 신고 건별 사용 수량이나 중량을 표시해 잔량을 관리해야 합니다. 잔량 기록이 없으면 뒤에 초과 사용 여부를 설명하기 어렵습니다.
• 수량 오기도 경미한 하자로 인정되나요?
  고시는 오·탈자처럼 원산지 등 실질에 영향이 없는 경미한 오류가 있으면 원산지증빙서류의 효력 전체를 부인하지 않는다고 정합니다. 다만 수량 차이는 협정관세를 받을 수 있는 범위를 바꾸므로 경미한 오류로 보기 어렵습니다. 송품장 등으로 단순 기재 착오임을 입증할 수 있는지 먼저 확인합니다.
• 세관이 차액을 추징하면 언제까지 다투나요?
  세관이 부족세액 징수를 미리 서면으로 알리면 통지를 받은 날부터 30일 이내에 과세전적부심사를 청구할 수 있습니다. 납부고지를 받은 뒤에는 처분을 안 날부터 90일 이내에 심사청구나 심판청구를 제기합니다. 선적 서류와 잔량 기록을 미리 정리해 두어야 합니다.
• 수출자가 증명서를 정정해 줄 수 있나요?
  원산지증명서의 수량 착오는 정정 대상입니다. 우리나라 발급기관의 경우 관세청 고시가 오탈자·수량·품목번호 착오를 이유로 한 정정발급 신청 절차를 정하고 있습니다. 외국 수출자라면 그 나라 발급기관이나 협정이 정한 절차에 따라 정정 증명서를 요청해야 합니다.

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