수입신고·환급

수입업체 여러 곳이 창고 하나를 함께 보세창고로 쓰려면 어떤 요건이 필요한가요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

수입업체 여러 곳이 창고 하나를 보세창고로 함께 쓰려면 고시가 정한 여섯 가지 경우에 해당해 공동보세창고 특허를 받아야 합니다. 각 업체는 자기 관리면적만 특허면적으로 신청하고, 보세사 채용과 책임관계를 정한 내부 화물관리 규정을 각자 갖춰야 합니다. 지금은 회사별 관리면적과 결격사유·체납 여부부터 확인하셔야 합니다.

창고 건물 전체를 한 회사 명의로 특허받을 필요는 없습니다. 각 신청인은 전체 창고면적 가운데 자기가 관리하는 면적만 특허면적으로 신청합니다.

이런 상담이 많습니다

같은 산업단지에 있는 화장품 원료 수입업체 세 곳이 2026년 하반기에 창고 하나를 함께 빌려 보세창고로 쓰기로 했습니다. 세 회사는 각자 수입하는 원료를 통관 전까지 보관하려 했고, 보세사는 한 명만 두고 비용을 나누려 했습니다. 한 회사 대표는 공동으로 특허를 받을 수 있는지, 보세사를 회사마다 따로 두어야 하는지, 화물이 섞이면 누가 책임지는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 공동보세창고 특허 요건을 어떻게 안내하나요?

관세청은 정해진 여섯 가지 경우에 해당하면 자가용보세창고를 공동으로 특허받을 수 있다고 안내합니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 신청인이 전체 창고면적 중 자기 관리면적만 특허면적으로 신청해야 하고, 운영인마다 보세사 채용과 운영인 자격, 시설·장비, 내부 화물관리 규정을 갖춰야 한다고 설명합니다. 특히 도난·분실·멸실이 생겼을 때 운영인 사이의 책임관계를 내부 규정에 분명히 적어 두라고 합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」과 시행령은 특허보세구역 공통 요건으로 관세·내국세 체납이 없을 것, 운영인 결격사유가 없을 것, 위험물품이면 관계기관의 허가를 받을 것을 정합니다. 결격사유에는 피성년후견인, 파산 후 복권되지 않은 자, 관세법 위반으로 징역 실형 집행이 끝난 뒤 2년이 지나지 않은 자 등이 들어갑니다.

어떤 경우에 자가용 공동보세창고로 특허받을 수 있나요?

자가용 공동보세창고는 다음 중 하나에 해당해야 특허받을 수 있습니다. 2 이상의 수출입업체가 함께 자가화물을 보관하는 경우가 가장 흔합니다. 그 밖에 공공기관이 수입물품을 일괄 보관하는 경우, 중소기업협동조합이 회원사 수입원자재를 보관하는 경우, 물류단지 운영자가 입주업체 수입품을 일괄 보관하는 경우가 있습니다. 주식회사 케이티에스씨가 회원사 공급 물품을 일괄 수입·보관하는 경우와 정부·정부투자기관 비축시설에 관련 업체 수입물품을 보관하는 경우도 포함됩니다.

다만 귀금속 같은 소량·고가물품이나 농산물 같은 고세율 물품은 감시단속 문제가 있다고 보면 자가용보세창고 특허를 하지 않을 수 있습니다.

공동 운영인 각자가 갖춰야 할 요건은 무엇인가요?

공동보세창고 운영인은 각자 네 가지를 갖춰야 합니다. 보세사 채용과 운영인 자격 같은 자가용보세창고 특허요건, 반출입과 통관 절차를 위한 시설·장비, 장치물품 종류에 맞는 내부 화물관리 규정, 그리고 도난·분실·멸실 때 운영인 간 책임관계와 반출입절차·출입자 통제를 정한 내부 규정입니다. 세관장은 운영인별 관리면적을 나누어 특허하고, 특허기간도 가급적 같게 줍니다. 특허수수료도 운영인별 특허면적에 따라 따로 부과합니다.

사례집 이후 고시는 무엇이 달라졌나요?

현행 고시는 사례집이 쓴 「공동보세구역」 대신 「공동보세창고」라는 이름을 씁니다. 2026. 9. 29. 시행 고시(관세청고시 제2026-57호)에는 자가용 공동보세창고(제15조) 외에, 2인 이상 신청인이 함께 영업용보세창고 요건을 갖추면 영업용 공동보세창고로도 특허할 수 있다는 규정(제12조의2)이 있습니다. 영업용은 창고면적 1,000㎡ 이상 등 영업용보세창고 요건을 함께 갖춰야 합니다.

특허 뒤 운영 의무를 어기면 어떤 처분을 받나요?

특허를 받은 뒤에는 창고 안 화물이 섞이지 않도록 칸막이 등으로 운영인별로 나누어 장치해야 하고, 장부와 보고서류는 2년간 보관해야 합니다. 특허사항을 위반한 운영인에게는 200만원 이하의 과태료가 부과될 수 있습니다. 법령이나 명령을 어기면 세관장은 6개월의 범위에서 물품반입을 정지할 수 있습니다. 특허 없이 보세창고를 운영하면 2천만원 이하의 벌금 대상입니다. 반입정지 처분에는 처분을 안 날부터 90일 안에 심사청구나 심판청구를 할 수 있습니다.

공동보세창고 특허 대응 순서

• 유형 확인 - 공동 보관하려는 주체가 고시의 여섯 가지 경우 중 어디에 해당하는지 봅니다. 해당하지 않으면 각자 따로 특허를 받거나 영업용 창고를 이용해야 합니다.
• 결격·체납 점검 - 신청 회사와 보세구역 업무를 맡는 임원의 결격사유, 관세·내국세 체납 여부를 확인합니다. 한 회사라도 걸리면 그 회사 몫의 특허가 막힙니다.
• 면적 구분 - 전체 창고면적 가운데 회사별 관리면적을 도면으로 나눕니다. 특허면적과 수수료가 이 기준으로 정해집니다.
• 책임 규정 작성 - 도난·멸실 시 책임, 반출입 절차, 출입자 통제를 내부 화물관리 규정에 적습니다. 운영인 사이 분쟁이 생기면 이 규정이 기준이 됩니다.
• 보세사 관리 - 운영인별 보세사 채용 요건을 맞추고, 퇴사가 생기면 2개월 안에 후임을 채용합니다. 공백이 길어지면 특허사항 위반 문제가 생깁니다.

여기까지는 일반 기준이고, 운영인 중 한 곳이 결격사유에 해당하거나 반입정지 처분을 받으면 나머지 운영인의 특허와 화물 처리를 계약서·특허장을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 보세구역 특허·반입정지 처분에 대한 불복과 행정소송을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공동보세창고도 보세사를 회사마다 두어야 하나요?
  고시는 공동보세창고 운영인마다 관세법령과 특허고시에 따른 보세사 채용 등 자가용보세창고 특허요건을 갖추도록 정합니다. 운영인별로 요건을 심사하므로 보세사 한 명을 여러 회사가 나눠 쓰는 방식이 인정되는지는 신청 전에 관할 세관과 확인해야 합니다.
• 특허면적은 창고 전체로 신청하나요?
  아니요, 공동보세창고를 운영하려는 자는 전체 창고면적 중에서 자기 관리면적만 특허면적으로 신청합니다. 세관장은 운영인별 관리면적을 나누어 특허하고, 특허장에도 전체 면적과 운영인별 면적을 구분해 적습니다. 특허수수료도 운영인별 면적에 따라 따로 부과됩니다.
• 체납이 있는 회사도 함께 특허받을 수 있나요?
  관세나 내국세 체납이 있으면 특허보세구역 특허 요건을 갖추지 못합니다. 공동보세창고는 운영인별로 요건을 보므로 체납이 있는 회사는 그 회사 몫의 특허를 받기 어렵습니다. 신청 전에 각 회사의 납세증명을 받아 확인해 두는 것이 좋습니다.
• 임원 중에 결격사유자가 있으면 어떻게 되나요?
  보세구역 운영업무를 직접 담당하거나 감독하는 임원이 관세법상 결격사유에 해당하면 그 법인도 특허보세구역을 운영할 수 없습니다. 이미 특허를 받은 뒤라면 특허 취소 사유가 되지만, 피성년후견인·파산 후 미복권 임원은 3개월 안에 교체하면 취소되지 않습니다.
• 화물을 한 공간에 섞어 둬도 되나요?
  아니요, 공동보세창고 운영인은 창고 안에 장치한 화물이 섞이지 않도록 칸막이 등을 설치해 구분 장치해야 합니다. 안내문에도 운영인별 보세창고를 나누어 표시해야 합니다. 구분이 흐트러지면 분실·멸실 책임을 가리기 어렵고 특허사항 위반 문제도 생깁니다.
• 특허사항을 어기면 과태료가 얼마인가요?
  특허보세구역의 특허사항을 위반한 운영인에게는 200만원 이하의 과태료를 부과할 수 있습니다. 위반 정도에 따라 별도로 6개월 범위의 물품반입 정지 처분이 함께 문제 될 수 있습니다. 과태료는 통지를 받은 날부터 60일 안에 이의제기로 다툽니다.
• 공동보세창고를 영업용으로도 받을 수 있나요?
  현행 고시는 2인 이상의 신청인이 함께 영업용보세창고 요건을 갖추면 영업용 공동보세창고로 특허할 수 있다고 정합니다. 영업용은 창고면적 1,000㎡ 이상과 내부 화물관리 규정 제출 등 영업용보세창고 요건을 충족해야 하므로 자가용보다 시설 요건이 무겁습니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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