수입신고·환급

같은 회사 다른 공장에 넘긴 원재료도 기납증을 받을 수 있나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신

네, 공장별로 관세 환급을 신청하는 회사는 같은 회사 다른 공장에 넘긴 물품에도 세관장이 필요하다고 인정하면 기초원재료납세증명서(기납증)를 받을 수 있습니다. 환급사무처리 고시는 이동 원인 자료와 입출고 내역을 확인한 뒤 일반 기납증 절차를 준용해 발급하게 합니다. 지금은 원재료가 처음 수입된 날부터 2년이 지나지 않았는지 확인해야 합니다.

기초원재료납세증명서(기납증)는 다른 회사와 내국신용장으로 거래할 때만 받는 서류라고 생각하기 쉽습니다. 공장별로 환급을 신청하는 회사라면 같은 회사의 다른 공장으로 넘긴 물품도 세관장이 필요하다고 인정하면 기납증을 받을 수 있습니다.

이런 상담이 많습니다

E사는 두 곳의 공장을 운영하면서 공장마다 따로 관세 환급을 신청해 왔습니다. 2026년 4월부터 첫째 공장이 수입 원단으로 반제품을 만들어 둘째 공장에 넘기고, 둘째 공장이 완제품으로 만들어 수출하기 시작했습니다. 둘째 공장 명의로 환급을 신청하려니 반제품에 들어간 원단 관세를 증명할 서류가 없어, E사는 공장 사이 공급에도 기납증을 받을 수 있는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)

관세청은 같은 회사 공장 간 기납증을 어떻게 안내하나요?

제조장별로 환급을 신청하는 회사는 같은 회사 공장 사이에 넘긴 물품에도 세관장이 필요하다고 인정하면 기납증을 받을 수 있습니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 이 경우 기납증 발급신청 절차와 제출서류 규정을 준용해 발급한다고 안내합니다.

2026. 10. 7. 기준 현행 「수출용 원재료에 대한 관세 등 환급사무처리에 관한 고시」(2026. 5. 29. 시행)도 같은 내용입니다. 공급하는 공장이 발급을 요청하고, 세관장은 물품이 넘어간 원인과 입출고 내역을 확인한 뒤 발급합니다. 법률상 기납증은 원래 내국신용장이나 구매확인서로 거래된 수출용원재료의 납부세액을 증명하는 서류이고, 고시가 같은 회사 내부 이동에도 그 방식을 열어 둔 것입니다.

발급을 받으려면 어떤 자료를 내야 하나요?

물품이 넘어간 원인을 보여 주는 계약관계서류 등과, 그 물품의 입출고 내역을 보여 주는 자료를 함께 내야 합니다. 같은 회사 안의 이동이라 계약서가 없으면 공장 간 이송 지시서나 내부 결재 문서, 원재료·제품 출납대장으로 이동 원인과 수량을 맞춰 둡니다.

신청 절차는 일반 기납증과 같습니다. 전자문서를 관세환급시스템에 보내 접수통지를 받고, 그날부터 3일 안에 기납증과 관계서류를 관할지세관장에게 냅니다. 소요량을 계산해 신청한다면 소요량계산서, 원재료 납부세액 확인서류, 환급금 계산 내역표, 자재명세서(BOM)와 소요량 산정 증빙이 들어갑니다. 간이정액환급률표를 적용한다면 중소기업확인서 등을 냅니다.

원재료 수입 뒤 2년 기간은 어떻게 세나요?

같은 회사 공장 사이 공급으로 기납증을 받았다면 원재료가 처음 수입된 날부터 2년 기간을 셉니다. 다른 회사와 내국신용장으로 거래한 경우에는 수입일부터 최후 거래일까지의 기간을 빼 주는 특례가 있지만, 공장 간 공급 기납증에는 이 특례가 적용되지 않습니다. 첫째 공장에 원재료를 오래 쌓아 두었다가 넘기면 둘째 공장에서 수출할 때 2년이 지나 환급을 받지 못할 수 있습니다.

위탁생산에 무상으로 준 원재료도 기납증을 받을 수 있나요?

수출물품이나 그 중간원재료를 다른 업체에 위탁생산하면서 수입원재료를 무상으로 공급했다면, 그 물품과 수탁자가 가공해 돌려준 물품에도 세관장이 필요하다고 인정하면 기납증을 받을 수 있습니다. 자료와 절차, 2년 기간 계산은 공장 간 공급과 같습니다.

기납증 세액이 실제보다 많게 증명됐다면 어떻게 되나요?

기납증으로 이미 환급까지 받았다면 세관장은 과다하게 증명된 세액만큼 환급금을 징수하고, 환급한 다음 날부터의 이자 상당액을 더합니다. 징수 전에는 서면으로 통지하므로 과세전적부심사를 청구할 수 있고, 회사가 먼저 알게 되면 자진신고하고 납부할 수 있습니다. 거짓이나 부정한 방법으로 기납증을 발급받으면 3년 이하의 징역 또는 2천만원 이하의 벌금 대상입니다.

공장 간 기납증 신청 순서

• 환급 방식 확인 - 회사가 제조장별로 환급을 신청하는지 확인합니다. 주된 사무소에서 모든 공장 환급을 처리한다면 공장 간 기납증이 필요하지 않을 수 있습니다.
• 이동 자료 정리 - 공장 간 이송 문서와 원재료·제품 출납대장으로 이동 원인과 수량을 맞춥니다.
• 수입일 점검 - 원재료가 처음 수입된 날과 예상 수출일을 비교해 2년이 넘지 않는지 봅니다.
• 발급 신청 - 공급하는 공장이 전자문서를 보내고 접수통지일부터 3일 안에 서류를 관할지세관에 냅니다.
• 환급 신청 - 수출 공장은 받은 기납증으로 수출 등에 제공된 날부터 5년 안에 환급을 신청합니다.

여기까지는 일반 기준이고, 소요량 산정이나 공장 간 이동 수량에 세관과 다툼이 생기면 출납대장과 제조사양서를 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 관세 환급 추징에 대한 과세전적부심사·심판청구와 환급 관련 관세형사 사건을 수행합니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

• 공장 간 기납증은 누가 신청하나요?
  물품을 공급하는 쪽 공장이 발급을 요청합니다. 세관장은 계약관계서류 등 이동 원인을 보여 주는 자료와 입출고 내역 자료를 받아 확인한 뒤 일반 기납증 절차를 준용해 발급합니다. 받은 기납증으로 수출한 공장이 환급을 신청합니다.
• 모든 회사가 공장 간 기납증을 받을 수 있나요?
  아니요, 제조장별로 환급을 신청하는 업체가 대상이고 세관장이 기납증 발급이 필요하다고 인정해야 합니다. 주된 사무소에서 모든 공장의 환급업무를 처리하는 회사는 한 곳에서 환급을 신청하므로 사정이 다릅니다. 세관장 인정 여부는 이동 자료로 판단합니다.
• 서류는 접수통지 뒤 언제까지 내나요?
  전자문서를 관세환급시스템에 보내 접수통지를 받은 날부터 3일 안에 기납증과 관계서류를 관할지세관장에게 내야 합니다. 세관장이 전산으로 확인할 수 있는 서류 등 제출할 필요가 없다고 인정한 서류는 내지 않아도 됩니다.
• 수입 후 2년은 어느 날을 기준으로 세나요?
  수출이행기간 기준일은 수출신고를 수리한 날이 속하는 달의 말일입니다. 그날부터 거꾸로 2년 안에 원재료의 수입신고 수리 등이 있어야 환급 대상입니다. 공장 간 기납증은 원재료가 처음 수입된 날을 기준으로 이 기간을 셉니다.
• 공장 간 공급에도 내국신용장 기간 불산입이 되나요?
  아니요, 공장 간 공급으로 기납증을 받은 경우에는 내국신용장 거래 기간을 2년에 넣지 않는 특례가 적용되지 않습니다. 원재료가 처음 수입되거나 구매된 날을 기준으로 기간을 계산하므로, 첫째 공장의 재고 기간도 2년에 포함됩니다.
• 환급 신청은 언제까지 해야 하나요?
  관세 등을 환급받으려면 물품이 수출 등에 제공된 날부터 5년 안에 관세청장이 지정한 세관에 환급신청을 해야 합니다. 원재료 세액에 보정, 수정·경정이 있었다면 그 사유가 있은 날부터 5년 안에 신청할 수 있습니다.
• 기납증 세액이 잘못돼 추징 통지를 받으면요?
  세관장은 과다 증명된 세액으로 환급을 받은 경우 그 금액을 징수하기 전에 서면으로 통지해야 하고, 이때 관세법의 과세전적부심사 규정이 준용됩니다. 소요량 산정이나 이동 수량에 다툼이 있다면 통지 단계에서 자료를 갖춰 다투는 것이 현실적입니다.

법무법인 윤성 × Lexle

허진영 변호사법무법인 윤성 대표변호사대한변호사협회 등록 조세 전문변호사 · 세무사 등록

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