수입신고·환급
식용 활어를 수입해 팔려면 검역과 식품 수입신고를 모두 받아야 하나요?
글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.10.08 갱신
네, 식용 활어는 수산생물 수입검역과 식품 수입신고를 모두 거쳐야 수입통관이 됩니다. 수산생물질병 관리법은 지정검역물인 활어에 수입검역을, 수입식품안전관리 특별법은 판매용 수산물에 식품 수입신고를 요구합니다. 지금은 수입할 어종의 산지와 생태계교란 생물 해당 여부부터 확인해야 합니다.
활어를 보세창고 등에 반입했다면 반입일부터 30일 이내에 수입신고를 해야 합니다. 검역과 식품 수입신고는 그 전에 끝나야 세관이 요건을 확인하고 신고를 수리할 수 있습니다.
세관에 검역증명서 원본을 따로 들고 갈 필요는 없습니다. 검역기관과 지방식품의약품안전청이 확인 내역을 관세청 통관시스템에 전자문서로 보내고, 세관장은 그 내역을 조회해 요건을 확인합니다.
이런 상담이 많습니다
수산물 도매업을 하는 B사는 2026년 9월 중국에서 식용 활어 5톤을 들여와 국내 횟집에 공급하려고 했습니다. 수출국 업체가 보낸 서류만 믿고 배를 띄웠는데, 국내에 도착하고 나서야 수입검역과 식품 수입신고를 각각 받아야 한다는 안내를 받았습니다. B사는 두 절차가 무엇이 다른지, 어종이 생태계교란 생물이면 어떻게 되는지 물어 왔습니다. (상담 사례를 바탕으로 날짜와 금액을 바꿔 재구성한 예시입니다.)
관세청은 식용 활어 수입요건을 어떻게 안내하나요?
식용 활어는 수산생물 수입검역을 통과하고 식품 수입신고를 마쳐야 수입통관이 됩니다. 관세청 「2026 관세행정 민원상담 사례집」(2026. 6.)은 세 가지 요건을 안내합니다. 국립수산물품질관리원의 검역을 받아야 하고, 수입금지 지역에서 생산·발송됐거나 그 지역을 거친 활어는 들여올 수 없으며, 지방식품의약품안전청에 식품 수입신고를 해야 합니다. 생태계교란 생물에 해당하는 어종은 환경청 허가가 추가로 필요하다고 덧붙입니다.
| 요건 | 근거 법률 | 세관 확인 서류 |
|---|---|---|
| 수산생물 수입검역 (핵심 행) | 수산생물질병 관리법 | 수입검역증명서 |
| 식품 수입신고 | 수입식품안전관리 특별법 | 수입신고확인증 |
| 생태계교란 생물 허가 | 생물다양성법 | 생태계교란 생물 수입허가서 |
| 수입·판매업 영업등록 | 수입식품안전관리 특별법 | 세관 확인 대상 아님 |
생태계교란 생물 허가는 해당 어종일 때만 필요하고, 영업등록은 식품 수입신고의 전제입니다.
출처 - 관세법 제226조에 따른 세관장확인물품 및 확인방법 지정고시 별표 2
2026. 10. 7. 기준 현행 「관세법」 제226조와 관세청 지정고시 별표 2도 같은 구조입니다. 세관장은 수산생물질병 관리법 대상 물품에 수입검역증명서를, 수입식품안전관리 특별법 대상 수산물에 수입식품등의 수입신고확인증을, 생태계교란 생물에 수입허가서를 확인합니다.
수산생물 검역은 어떻게 받나요?
식용 활어는 지정검역물이므로 수산생물검역기관의 장에게 검역을 신청해 수입검역을 받아야 합니다. 신청할 때는 수출국 정부기관이 발행한, 수산생물전염병을 확산시킬 우려가 없다는 검역증명서를 붙여야 합니다. 검역 결과 전염병 확산 우려가 없다고 인정되면 수입검역증명서가 나옵니다.
수입이 아예 금지되는 경우도 있습니다. 해양수산부장관이 고시한 수입금지 지역에서 생산·발송됐거나 그 지역을 거친 활어, 수산생물전염병 병원체에 감염된 활어, 이식이 제한·금지된 수산생물은 수입할 수 없습니다. 항공기나 선박이 그 지역에 단순히 기항한 것은 거친 것으로 보지 않습니다. 활어는 해양수산부령으로 정한 항구·공항 등 수입장소로 들여와야 합니다.
식품 수입신고와 영업등록도 따로 해야 하나요?
네, 검역과 별개로 판매 목적으로 들여오는 활어는 식품의약품안전처장에게 식품 수입신고를 해야 합니다. 검역은 수산생물 질병을 막는 절차이고, 식품 수입신고는 사람이 먹는 식품으로서 안전한지를 보는 절차라서 서로 대신하지 못합니다.
수입신고를 하려면 그 전에 수입식품등 수입·판매업 영업등록을 해 두어야 합니다. 등록 없이 판매용 활어를 수입할 수는 없으므로, 처음 수입하는 업체는 시설기준을 갖춰 등록부터 마쳐야 합니다.
생태계교란 생물로 지정된 어종이면 어떻게 하나요?
생태계교란 생물은 원칙적으로 수입·사육·유통이 금지되고, 학술연구·교육·전시·식용 등 법령이 정한 목적으로 허가를 받은 범위에서만 들여올 수 있습니다. 허가는 살아 있는 생물이 자연환경에 노출될 우려가 없다고 인정될 때만 나옵니다. 그래서 식용으로 허가를 받더라도 보관·운반·유통 방식까지 허가 범위를 지켜야 합니다.
어떤 어종이 생태계교란 생물인지는 기후에너지환경부장관이 위해성평가를 거쳐 지정·고시합니다. 거래 전에 학명으로 고시 목록을 대조해 두는 것이 안전합니다.
요건을 갖추지 못하고 들여오면 어떻게 되나요?
요건을 갖추지 못하면 세관장은 통관을 보류하고, 검역관은 반송이나 소각·매몰을 명할 수 있습니다. 검역증명서를 붙이지 않았거나 수입금지 대상이면 반송 명령이 원칙이고, 반송이 방역에 지장이 있거나 불가능하면 소각·매몰을 명합니다. 이때 보관료와 반송·처리 비용은 화주가 부담합니다.
더 나아가 허가·승인·증명 등 법령상 조건을 갖추지 않거나 부정한 방법으로 갖춰 수입하면 관세법상 3년 이하의 징역 또는 3천만원 이하의 벌금 대상입니다. 세관은 범칙조사로 확증을 얻으면 벌금 상당액을 통고처분할 수 있고, 통고를 이행할지는 사실관계를 보고 판단해야 합니다.
식용 활어 수입 대응 순서
- 어종과 산지 확인 - 학명과 생산·발송 지역을 확인합니다. 수입금지 지역이나 생태계교란 생물이면 여기서 계획을 다시 세워야 합니다.
- 영업등록 - 판매용이면 수입식품등 수입·판매업 영업등록을 먼저 합니다. 등록이 없으면 식품 수입신고를 할 수 없습니다.
- 수출국 검역증명서 확보 - 선적 전에 수출국 정부기관의 검역증명서를 받아 둡니다. 증명서가 없으면 반송 명령 대상이 됩니다.
- 수입검역과 식품 수입신고 - 도착 즉시 수입검역을 신청하고 식품 수입신고를 진행합니다. 두 절차의 확인 내역이 통관시스템에 전송돼야 합니다.
- 세관 수입신고 - 보세구역 반입일부터 30일 안에 수입신고를 합니다. 요건 확인 내역이 없으면 통관이 보류됩니다.
여기까지는 일반 기준이고, 검역 불합격이나 통관보류가 이미 생겼다면 처분서와 검역 기록을 보고 따로 따져야 합니다. 법무법인 윤성은 통관보류·반송명령 등 수입 관련 처분에 대한 행정쟁송과 관세법위반 형사 사건을 수행합니다.
- 1
어종·산지 확인
수입금지 지역, 생태계교란 생물 해당 여부 확인
- 2
영업등록
수입식품등 수입·판매업 등록
- 3
수출국 검역증명서
선적 전 수출국 정부기관 발행분 확보
- 4
수입검역·식품 수입신고
확인 내역이 통관시스템에 전송
- 5
세관 수입신고
보세구역 반입일부터 30일 이내
실무상 착안점
활어 수입은 검역 한 번이면 끝난다고 생각하기 쉽습니다. 실제로는 질병을 막는 수산생물 검역과 식품 안전을 보는 식품 수입신고가 따로 돌아가고, 어종에 따라 환경청 허가까지 겹칩니다. 하나라도 빠지면 세관은 통관을 보류합니다.
판단을 가르는 것은 선적 전 서류입니다. 수출국 정부기관의 검역증명서, 생산지와 운송 경로를 보여 주는 선하증권, 학명이 적힌 거래 서류가 갖춰져 있어야 수입금지 지역 경유나 생태계교란 생물 해당 여부를 다툴 수 있습니다. 살아 있는 화물이라 도착 후 보완할 시간이 짧습니다.
이 기록은 반송·소각 명령이나 통관보류를 다툴 때 그대로 증거가 됩니다. 단순 기항이었는지, 증명서가 실제로 발급돼 있었는지를 서류로 보여 줘야 처분의 위법을 주장할 수 있고, 형사 사건으로 번질 때도 고의가 없었다는 사정을 뒷받침합니다.
— 허진영 변호사 · 무역·관세
관련 수행 이력
법무법인 윤성은 관세·외환 행정 대응과 행정처분 취소·집행정지 사건을 수행해 왔으며, 활어 등 검역 대상 물품의 통관보류·반송명령 사안은 검역 서류와 운송 경로를 대조해 대응합니다.
- 관세·외환 행정 대응
- 행정처분 취소·집행정지
- 관세법위반 형사 방어 및 관련 행정소송 병행
- 조세범칙조사 절차 대응
이 상황에서 자주 묻는 것
법무법인 윤성 × Lexle

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출처
- 수산생물질병 관리법 제27조 제1항
- 관세법 제241조 제3항
- 관세법 제226조에 따른 세관장확인물품 및 확인방법 지정고시 제9조 제1항
- 관세법 제226조 제1항
- 수산생물질병 관리법 제24조 제1항·제1항 제1호
- 수입식품안전관리 특별법 제20조 제1항
- 수입식품안전관리 특별법 제15조 제1항
- 생물다양성 보전 및 이용에 관한 법률 제24조 제1항
- 수산생물질병 관리법 제25조 제1항·제1항 제2호
- 관세법 제270조 제2항
- 수산생물질병 관리법 제23조 제1호
- 관세법 제226조에 따른 세관장확인물품 및 확인방법 지정고시 별표 2
2026.10.08 기준으로 조문을 확인했습니다.
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