법무법인 윤성

원산지검증

수입할 때 FTA 협정관세를 신청하지 못했는데 지금이라도 되나요?

글쓴이 허진영 변호사 · 법무법인 윤성2026.09.21 갱신

됩니다. 자유무역협정의 이행을 위한 관세법의 특례에 관한 법률 제9조 제1항은 수입신고 수리 전까지 신청하지 못한 수입자가 수입신고 수리일부터 1년 이내에 협정관세의 적용을 신청할 수 있도록 정하고, 이미 납부한 세액은 같은 조 제5항의 경정청구로 차액을 환급받습니다.

수입신고 수리일부터 1년을 건별로 셉니다

수입신고의 수리 전까지 협정관세 적용신청을 하지 못한 수입자는 해당 물품의 수입신고 수리일부터 1년 이내에 협정관세의 적용을 신청할 수 있습니다. 기산점이 각 물품의 수입신고 수리일이므로 놓친 수입 건이 여러 개 쌓여 있으면 건마다 만료일이 다릅니다. 가장 오래된 건부터 신청 순서를 잡고, 서류가 늦게 오는 건은 먼저 신청해 두고 보완하는 쪽이 안전합니다.

품목분류가 바뀐 건은 3개월이 따로 열립니다

품목분류가 변경되어 수정신고를 하는 경우에는 수정신고를 한 날부터, 세관장이 다른 품목분류를 적용해 관세를 징수하는 경우에는 납부고지를 받은 날부터 3개월 이내로서 대통령령으로 정하는 기간 안에 사후적용을 신청할 수 있습니다. 분류가 바뀌어 세율이 올라간 사건에서 본세를 다투는 것과 별개로 열리는 문입니다. 불복을 준비하면서 이 3개월을 함께 재야 합니다.

원산지증빙서류를 먼저 확보합니다

신청할 때에는 원산지증빙서류를 제출해야 하므로 상대방에게서 받아 오는 시간을 1년 안에 넣어 역산해야 합니다. 다만 원산지 정보교환 시스템을 구축·운영하는 체약상대국에서 수입하는 경우로서 원산지증명서에 포함된 정보가 전자적으로 교환된 경우에는 원산지증명서를 제출하지 않을 수 있습니다. 상대국이 어디인지에 따라 준비 부담이 달라지므로 건별로 상대국과 협정을 먼저 확인합니다.

경정청구로 차액을 돌려받는 절차까지 맞춥니다

사후적용을 신청한 수입자는 이미 납부한 세액의 경정을 청구할 수 있고, 세관장은 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 협정관세의 적용 여부와 경정 여부를 통지해야 합니다. 심사 결과 청구가 타당하다고 인정되면 납부한 세액과 납부하여야 할 세액의 차액을 환급합니다. 청구서에 환급받을 계좌와 건별 세액 계산을 함께 맞춰 두면 통지 이후가 빨라집니다.

준비 자료와 질문

건별 수입신고필증과 납부 내역, 원산지증명서나 원산지증빙서류, 품목분류가 바뀐 건이면 수정신고서나 납부고지서, 체약상대국과 적용 협정을 확인할 수 있는 계약·송장을 준비합니다. 질문은 ‘건별로 남은 기한이 얼마인가’, ‘원산지증명서를 언제까지 받을 수 있는가’, ‘품목분류 변경으로 3개월이 열린 건이 있는가’로 나누면 좋습니다. 여러 건을 한꺼번에 볼 때에는 만료일 순으로 목록을 만들어 두면 순서가 정해집니다. 없는 자료는 없다고 표시하고 먼저 궁금한 사항부터 정리해도 됩니다.

이 상황에서 자주 묻는 것

수입신고필증과 원산지증명서, 건별 수리일과 궁금한 점을 정리해 보세요.

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질문을 정리하는 과정은 상담 범위를 미리 정하거나 제한하지 않습니다. 자료 제출과 유료 상담은 선택이고, 정보만 확인하고 끝내셔도 됩니다. 온라인 상담은 55,000원부터입니다.

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출처

2026.09.21 기준으로 조문을 확인했습니다.

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